首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

循环通过Dataframe for中的列以构建重复测量线性模型lme in R

重复测量线性模型(lme)是一种统计方法,用于分析具有重复测量数据结构的数据集。在R语言中,可以使用nlme包中的lme函数来实现重复测量线性模型。

首先,需要确保已经安装了nlme包。如果尚未安装,可以使用以下命令进行安装:

代码语言:txt
复制
install.packages("nlme")

安装完nlme包后,可以使用lme函数来构建重复测量线性模型。下面是一种循环通过Dataframe for中的列来构建重复测量线性模型的方法:

代码语言:txt
复制
library(nlme)

# 假设我们有一个名为df的Dataframe,包含了多个重复测量的变量
# 变量之间的重复测量关系由一个名为Subject的变量指定
# 我们想要循环通过每一列构建重复测量线性模型

# 首先,创建一个空的list,用于存储模型结果
model_results <- list()

# 循环遍历df的每一列
for (col in colnames(df)) {
  if (col != "Subject") {
    # 提取当前列和Subject列的数据
    data <- cbind(df[[col]], df$Subject)
    
    # 构建重复测量线性模型
    model <- lme(fixed = col ~ Time, random = ~1 | Subject, data = data)
    
    # 将模型结果添加到list中
    model_results[[col]] <- model
  }
}

# 输出每个列的模型结果
for (col in colnames(df)) {
  if (col != "Subject") {
    print(paste("模型结果 -", col))
    print(model_results[[col]])
  }
}

上述代码中,我们首先创建了一个空的list来存储模型结果。然后,通过循环遍历df的每一列(除了Subject列),将当前列和Subject列的数据合并,并使用lme函数构建重复测量线性模型。最后,将每个列的模型结果打印输出。

重复测量线性模型的应用场景包括但不限于:长期研究中的多次测量数据分析、医学研究中的药效评估、教育研究中的学生学习成绩跟踪等。

腾讯云提供的相关产品和产品介绍链接地址如下:

  1. 云服务器(CVM):腾讯云的云服务器产品,提供可靠高性能的虚拟机实例。产品介绍链接:云服务器 (CVM)
  2. 数据库(TencentDB):腾讯云的数据库产品系列,包括关系型数据库和NoSQL数据库。产品介绍链接:数据库 (TencentDB)
  3. 对象存储(COS):腾讯云的对象存储服务,提供安全、可扩展的云端存储空间。产品介绍链接:对象存储 (COS)

请注意,以上只是腾讯云提供的一些相关产品,还有其他厂商提供的产品和解决方案可供选择。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例|附代码数据

在本文中,我们将用R语言对数据进行线性混合效应模型拟合,然后可视化你结果 线性混合效应模型是在有随机效应时使用,随机效应发生在对随机抽样单位进行多次测量时。...混合效应线性模型R命令lme4和lmerTest包实现。另一个选择是使用nmle包lme方法。lme4用于计算近似自由度方法比nmle包方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...是否有证据表明不同年份之间存在着测量变异性? 构建线性混合效应模型 对数据进行线性混合效应模型,将单个鸟类视为随机组。注:对每只鸟两次测量是在研究连续年份进行。为了简单起见,在模型不包括年份。...在R把它转换成一个字符或因子,这样它就不会被当作一个数字变量。按照下面步骤(2)和(3)所述,用这个模型重新计算可重复性。重复解释如何改变? 从保存lmer对象中提取参数估计值(系数)。...点击标题查阅往期内容 R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型(GLM),逻辑回归分析教育留级调查数据 左右滑动查看更多 01 02 03 04 # 1.混合效应模型 # 2.

1.2K30

R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例|附代码数据

在本文中,我们将用R语言对数据进行线性混合效应模型拟合,然后可视化你结果 线性混合效应模型是在有随机效应时使用,随机效应发生在对随机抽样单位进行多次测量时。...混合效应线性模型R命令lme4和lmerTest包实现。另一个选择是使用nmle包lme方法。lme4用于计算近似自由度方法比nmle包方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...是否有证据表明不同年份之间存在着测量变异性? 构建线性混合效应模型 对数据进行线性混合效应模型,将单个鸟类视为随机组。注:对每只鸟两次测量是在研究连续年份进行。为了简单起见,在模型不包括年份。...在R把它转换成一个字符或因子,这样它就不会被当作一个数字变量。按照下面步骤(2)和(3)所述,用这个模型重新计算可重复性。重复解释如何改变? 从保存lmer对象中提取参数估计值(系数)。...点击标题查阅往期内容 R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型(GLM),逻辑回归分析教育留级调查数据 左右滑动查看更多 01 02 03 04 # 1.混合效应模型 # 2.

1.6K00
  • 如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据|附代码数据

    简易智能量表评分是一种非常常见神经心理学测试,用于测量老年人整体认知功能。它具有非常不对称分布,因此通常将其归一化应用于高斯变量方法。...预归一化函数完成: hist( MMSE )hist( norm )要建模单个重复测量是:color <-IDxyplot考虑模型我们考虑以下潜在类线性混合模型,其中 g 表示类别,i表示主题,j...R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩...mixed effect modelR语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言 线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于...copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题基于R语言lmer混合线性回归模型R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次

    94600

    r语言 固定效应模型_r语言coef函数

    例如我们对一些人群进行重复测量,此时存在两种随机因素会影响模型,一种是对某个人重复测试而形成随机噪声,另一种是因为人和人不同而形成随机效应(random effect)。...因变量和自变量通过联接函数产生影响。根据不同数据,可以自由选择不同模型。大家比较熟悉Logit模型就是使用Logit联接、随机误差项服从二项分布得到模型。...(4)与分层线性模型(HLM)区别。 介于线性模型与分层线性模型之间,线性混合模型平行地加入解释变量形式加入了随机效应,分层线性模型是以系数项为二层回归引入了随机效应。...R线性混合模型介绍(翻译博客)(来自科学网邓飞博客)原来来自:http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...包 R中有很多软件包可以做混合线性模型,这里我只介绍nlme、lme4和ASreml(对!

    5.6K30

    R语言︱线性混合模型理论与案例探究(固定效应&随机效应)

    例如我们对一些人群进行重复测量,此时存在两种随机因素会影响模型,一种是对某个人重复测试而形成随机噪声,另一种是因为人和人不同而形成随机效应(random effect)。...因变量和自变量通过联接函数产生影响。根据不同数据,可以自由选择不同模型。大家比较熟悉Logit模型就是使用Logit联接、随机误差项服从二项分布得到模型。...(4)与分层线性模型(HLM)区别。 介于线性模型与分层线性模型之间,线性混合模型平行地加入解释变量形式加入了随机效应,分层线性模型是以系数项为二层回归引入了随机效应。...R线性混合模型介绍(翻译博客)(来自科学网邓飞博客)原来来自:http://www.r-bloggers.com/linear-mixed-models-in-r/ 1、nlme lme4 Asreml...包 R中有很多软件包可以做混合线性模型,这里我只介绍nlme、lme4和ASreml(对!

    19.8K76

    R语言:混合效应模型分析基于随机对照试验重复测量资料(结局为连续型变量)

    本文约3000字,建议阅读5分钟本文介绍了利用R语言混合效应模型分析基于随机对照试验重复测量资料。...重复测量资料在临床数据中非常普遍,常用重复测量方差分析进行统计分析,但是经常面临问题有: ①临床资料又常常含有缺失值,例如采用某新药治疗疾病,分别在治疗前,治疗后1月,治疗后3月测量Y指标,但由于病人依从性等原因...推荐分析神器之一:混合效应模型。本文结合文献,分享基于R语言实现混合效应分析方法,主要采用nlme包lme函数。...2021年发表在Neuroimage上,影响因子是5.8,作者观察了4个时间点,通过重复测量三个连续性指标,构建混合效应模型研究正常睡眠和睡眠不足对大脑微观结构影响。...3 时间作为分类变量,考察时间点和分组交互效应 lme参数说明: formula:混合效应模型表达式,类似线性回归和二元逻辑回归,*表示分别考虑time,group,以及他们交互作用。

    91620

    GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值

    GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值 #2021.12.12 本节,介绍如何使用R语言lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue) 1....Springer International Publishing, 2017.❞ 该数据有62个重组自交系(RIL),在4个地点进行试验,随机区组,每个地点2个重复,每个小区种植20株,随机选择5株表型平均值作为观测值...emmeans这一就是预测均值了。 4....95%同学,在计算GWAS分析表型值计算时,都是用上面的模型计算出blue值,然后直接进行计算,其实还有更好模型。...比如设置每个地点残差异质,然后和残差同质模型进行LRT检验,选择最优模型。 比如设置每个地点与品种互作方差异质,比较方差同质模型,选择最优模型。 下节见。

    1.2K30

    R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例

    p=23050 在本文中,我们将用R语言对数据进行线性混合效应模型拟合,然后可视化你结果。 线性混合效应模型是在有随机效应时使用,随机效应发生在对随机抽样单位进行多次测量时。...混合效应线性模型R命令lme4和lmerTest包实现。另一个选择是使用nmle包lme方法。lme4用于计算近似自由度方法比nmle包方法更准确一些,特别是在样本量不大时候。...是否有证据表明不同年份之间存在着测量变异性? 构建线性混合效应模型 对数据进行线性混合效应模型,将单个鸟类视为随机组。注:对每只鸟两次测量是在研究连续年份进行。为了简单起见,在模型不包括年份。...在R把它转换成一个字符或因子,这样它就不会被当作一个数字变量。按照下面步骤(2)和(3)所述,用这个模型重新计算可重复性。重复解释如何改变? 从保存lmer对象中提取参数估计值(系数)。...读取和检查数据 读取文件数据,并查看前几行确保读取正确。 使用交互图来比较不同光波长实验下个体鱼反应。 使用什么类型实验设计?*这将决定在拟合数据时使用线性混合模型

    8.6K61

    广义估计方程和混合线性模型R和python实现

    广义估计方程和混合线性模型R和python实现欢迎大家关注全网生信学习者系列:WX公zhong号:生信学习者Xiao hong书:生信学习者知hu:生信学习者CDSN:生信学习者2介绍针对某个科学问题...上述两个因素导致在探索结果和观测指标相关性分析时,一般线性(linear regression model)或广义线性模型(generalized regression model)以及重复测量方差分析...P*P维作业相关矩阵(自变量X),用以表示因变量各次重复测量值(自变量)之间相关性大小求参数$\beta$估计值及其协方差矩阵混合线性模型(mixed linear model,MLM):构建包含固定因子和随机因子线性混合模型...(LME)模型可以被认为是具有附加成分回归模型,这些成分可以解释个体(重复测量环境)或群体(多层次/分层环境)之间截距和/或斜率参数变化。...= mod_lme.fit()print(modf_lme.summary())参考线性混合效应模型入门之二 - 实例操作及结果解读(R、Python、SPSS实现)混合线性模型介绍--Wiki广义估计方程工作相关矩阵选择及

    37100

    用SPSS估计HLM多层(层次)线性模型模型|附代码数据

    它仅在分析人员想要为重复测量指定协方差模式时使用 。单击继续。弹出一个新菜单,用于指定模型变量。空模型没有自变量,因此将因变量mathach放在适当。空模型截距被视为随机变化。...将(7)和(8)组合成(6)产生:要在SPSS估算(9),请转到分析→混合模型线性。再次出现“ 指定主题”和“重复”菜单。和以前一样,将id放在“ 主题”框,并将“ 重复”留空。单击继续。...点击标题查阅往期内容R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度关系R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear...mixed model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA和可视化R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例R语言用lme4多层次(混合效应...线性混合效应模型实战案例R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型畸形拟合

    2.4K10

    R语言广义线性混合模型GLMMs在生态学应用可视化2实例合集|附数据代码

    相关视频 本文旨在通过2个实例,帮助客户展示R语言中广义线性混合模型在生态学应用及其可视化方法。...固定效应部分模型选择:这部分代码通过拟合不同混合效应模型来比较固定效应部分影响。lme函数用于拟合线性混合效应模型,而lmer函数用于拟合线性混合效应模型,但使用lme4包。...图1 r 旨在与任何可以与 lme 4 lmer 或 glmer 配合线性混合模型 (LMM) 或 GLMM 一起使用。这允许具有不同固定和随机效应规范各种模型。...还支持在 r 中使用 lm 和 glm 线性模型和广义线性模型允许没有随机效应模型r 功效分析从适合 lme 4 模型开始。...在 r 通过重复以下三个步骤来计算功效:(i) 使用提供模型模拟因变量新值;(ii) 将模型重新拟合为模拟因变量;(iii) 对模拟拟合应用统计检验。

    88510

    R语言实现混合模型

    普通线性回归只包含两项影响因素,即固定效应(fixed-effect)和噪声(noise)。噪声是我们模型没有考虑随机因素。而固定效应是那些可预测因素,而且能完整划分总体。...例如我们对一些人群进行重复测量,此时存在两种随机因素会影响模型,一种是对某个人重复测试而形成随机噪声,另一种是因为人和人不同而形成随机效应(random effect)。...) X: 固定效应 e: 噪声 混合线性模型有时又称为多水平线性模型或层次结构线性模型由两个部分来决定,固定效应部分+随机效应部分, 二、R语言中线性混合模型可用包 1、nlme包 这是一个比较成熟...R包,是R语言安装时默认包,它除了可以分析分层线性混合模型,也可以处理非线性模型。...在优势方面,个人认为它可以处理相对复杂线性和非线性模型,可以定义方差协方差结构,可以在广义线性模型定义几种分布函数和连接函数。

    4.3K70

    R语言、SAS潜类别(分类)轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|附代码数据

    我们使用体重指数 (BMI) 重复测量 10,000 个样本长格式数据框。提供了一个示例(模拟)数据集 bmi 来描述整个步骤。...包含变量有:id - 个人 ID年龄 - BMI 测量年龄,年为单位bmi - 个人在 T1、T2、T3 和 T4 时间体重指数, kg/m^2 为单位 true_class - 用于识别模拟个人...R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度关系R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed...model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA和可视化R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型...R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit

    76300

    如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据|附代码数据

    简易智能量表评分是一种非常常见神经心理学测试,用于测量老年人整体认知功能。它具有非常不对称分布,因此通常将其归一化应用于高斯变量方法。...预归一化函数完成:  hist( MMSE ) hist( norm ) 要建模单个重复测量是: color <-ID xyplot 考虑模型 我们考虑以下潜在类线性混合模型,其中 g 表示类别...点击标题查阅往期内容 R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状 左右滑动查看更多 01 02 03 04 用户预先指定值 在以下示例,初始值由用户预先指定:方差协方差参数取自线性混合模型估计值...grid(lme iter=30,) 推荐使用此方法,因为它可以在重复次数足够大且迭代次数相当大时更好地探索参数空间。...2-class 线性混合模型描述 模型概要 summary(m2d) 模型预测 只要模型中指定所有协变量都包含在数据框,就可以为数据框包含任何数据计算特定于类预测。

    51420

    R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

    它比较适合处理嵌套设计(nested)实验和调查研究数据 序言 此外,它还特别适合处理带有被试内变量实验和调查数据,因为该模型不需要假设样本之间测量独立,且通过设置斜率和截距为随机变量,可以分离自变量在不同情境...简单说,混合模型把研究者感兴趣自变量对因变量影响称为固定效应,把其他控制情景变量称为随机效应。由于模型包括固定和随机效应,故称为混合线性模型。...非线性混合模型就是通过一个连接函数将线性模型进行拓展,并且同时再考虑随机效应模型。...LME1 <- lme(X ~ Group*Day, random = ~Day|Individual, data=d) 我试着用SSfpl拟合一个非线性模型,一个自启动四参数Logistic模型(...现在尝试用固定效应分组,使用上面构建虚拟变量(也可以使用if语句,或者用R[Group[i]]for循环R值向量,或者(最佳选择)为R传递一个模型矩阵...)。

    88700

    R语言、SAS潜类别(分类)轨迹模型LCTM分析体重指数 (BMI)数据可视化|附代码数据

    我们使用体重指数 (BMI) 重复测量 10,000 个样本长格式数据框。提供了一个示例(模拟)数据集 bmi 来描述整个步骤。...包含变量有:id - 个人 ID年龄 - BMI 测量年龄,年为单位bmi - 个人在 T1、T2、T3 和 T4 时间体重指数, kg/m^2 为单位 true_class - 用于识别模拟个人...R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度关系R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed...model分析藻类数据实例R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA和可视化R语言线性混合效应模型(固定效应&随机效应)和交互可视化3案例R语言用lme4多层次(混合效应)广义线性模型...R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(LMM)R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit

    66800

    生态学模拟对广义线性混合模型GLMM进行功率(功效、效能、效力)分析power analysis环境监测数据

    p=24861 概括 r 语言允许用户计算 lme 4 包中广义线性混合模型功效。功率计算基于蒙特卡罗模拟。...图1 r 旨在与任何可以与 lme 4 lmer 或 glmer 配合线性混合模型 (LMM) 或 GLMM 一起使用。这允许具有不同固定和随机效应规范各种模型。...还支持在 r 中使用 lm 和 glm 线性模型和广义线性模型允许没有随机效应模型r 功效分析从适合 lme 4 模型开始。...在 r 通过重复以下三个步骤来计算功效:(i) 使用提供模型模拟因变量新值;(ii) 将模型重新拟合为模拟因变量;(iii) 对模拟拟合应用统计检验。...还有一个连续因变量 _y _,在本教程没有使用。 拟合模型 我们首先将 lme 4 一个非常简单泊松混合效应模型拟合到数据集。

    72340

    如何用潜类别混合效应模型(Latent Class Mixed Model ,LCMM)分析老年痴呆年龄数据

    简易智能量表评分是一种非常常见神经心理学测试,用于测量老年人整体认知功能。它具有非常不对称分布,因此通常将其归一化应用于高斯变量方法。...预归一化函数完成: hist( MMSE ) hist( norm ) 要建模单个重复测量是: color <-ID xyplot 考虑模型 我们考虑以下潜在类线性混合模型,其中 g 表示类别...用户预先指定值 在以下示例,初始值由用户预先指定:方差协方差参数取自线性混合模型估计值,并针对特定于类尝试任意初始值: lme( B = c(0, 50, 30, 3, -1)) 随机生成值...grid(lme iter=30,) 推荐使用此方法,因为它可以在重复次数足够大且迭代次数相当大时更好地探索参数空间。...2-class 线性混合模型描述 模型概要 summary(m2d) 模型预测 只要模型中指定所有协变量都包含在数据框,就可以为数据框包含任何数据计算特定于类预测。

    2.9K10

    混合线性模型介绍--Wiki

    混合线性模型: 是即包括固定因子,又包括随机因子模型。 混合线性模型被广泛应用于物理、生物和社会科学。尤其是一些重复测量数据及面板数据。...混合线性模型比较突出特点是可以非常好处理缺失值,相对于传统方差分析, 它有更广泛使用范围。...对随机因子评估是最佳线性无偏预测(BLUP)。随后,混合模型在统计学研究成了一个热门领域,相关模型不断提出, 比如非线性混合模型,极大似然发估计,混合模型缺失值处理,贝叶斯估计混合模型等。...混合模型被应用在许多领域,特别是观测值之间是有关联重复测量数据,比如动植物育种,医学,也被应用在其它领域,比如棒球,工业统计等。...评估方差组分方法有很多种, 有EM 方法, REML方法, Beyes方法等, 现在R包(nlme, lme4, MCMCglmm,asreml)对这些方法都有应用.

    2.2K31

    R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model

    注意:由于食草动物种群测量规模存在差异,因此我们使用标准化值,否则模型将无法收敛。我们还使用了因变量对数。我正在根据这项特定研究对数据进行分组。...NLME模型(固定效应&随机效应)对抗哮喘药物茶碱动力学研究 R语言用线性混合效应(多水平/层次/嵌套)模型分析声调高低与礼貌态度关系 R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度 R语言nlme...、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例 R语言混合线性模型、多层次模型、回归模型分析学生平均成绩GPA和可视化 R语言线性混合效应模型...mixed effect model R语言LME4混合效应模型研究教师受欢迎程度 R语言 线性混合效应模型实战案例 R语言用Rshiny探索lme4广义线性混合模型(GLMM)和线性混合模型(...LMM) R语言基于copula贝叶斯分层混合模型诊断准确性研究 R语言如何解决线性混合模型畸形拟合(Singular fit)问题 基于R语言lmer混合线性回归模型 R语言用WinBUGS

    25920
    领券