我想使用snakemake来编写我的RNA-seq管道，但它总是报告相同的errors.It使我恼火！ 下面显示了当前文件夹中的整个文件。.py Snakefile中有我的全部内容 SBT=["wt1","wt2","epcr1","epcr2"]
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浏览 5提问于2019-04-25得票数 1
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使用Snakemake，是否有任何方法可以使用--configfile标志访问传递给工作流的配置文件的路径？通过在中查看workflow对象，我最初认为下面是最小的Snakefile将打印包含所有配置文件的列表，但运行snakemake --configfile [path/to
浏览 4提问于2021-04-15得票数 2
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我希望在我的蛇文件的一部分python代码中保存一些信息，并将这些信息用于snakemake在运行工作流时创建的每个实例中的python代码中。但是单独运行的工作流应该有自己独立的信息实例。例如，假设我要在python代码中创建一个UUID，然后在python代码中使用它。但是，我</
浏览 2提问于2018-07-03得票数 1
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下面是一个带有的示例。Test include from snakemake `r snakemake@input`.错误: pandoc文档转换失败，错误99
简单的解决方案是将custom.css移到呈现report.rmd的位置，但我们没有这个位
浏览 10提问于2021-08-03得票数 1
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Snakemake -强制
、、、、
我试图使用snakemake从RNA-seq管道构建DAG或规则图，结果是图形生成了错误消息。“error：：文件”附近第1行的语法错误。
该错误可以通过注释掉两个没有可见语法错误的打印命令来纠正。我已经尝试过将脚本从UTF-8转换为Notepad++中的Ascii。Graphviz似乎与这两个特定的print语句有问题，因为管道脚本中<
浏览 2提问于2019-08-16得票数 5
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我有一个Snakemake工作流，其中一个python文件中的函数在另一个python文件中调用，类似于以下内容： ### Snakefile input:[0]def run_test(): with open(out_file, "w")
浏览 28提问于2020-06-12得票数 1
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问题
drmaa.errors.DeniedByDrmException: code 17: ERROR!{{print $1}}5)我可以使用confi
浏览 2提问于2017-05-25得票数 0
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我从shell脚本调用Snakemake工作流。conda activate myenvsnakemake工作流中的规则使用"&qu
浏览 2提问于2021-05-02得票数 2
我在和Snakemake建一条管道。一条规则涉及使用readr读取CSV文件的R脚本。我正在容器中运行整个管道，以确保可再现性。Snakemake建议在Miniconda容器上使用Mambaforge，因为它更快，但我认为我的错误涉及Mambaforge，因为使用Miniconda解决了错误。下面是一个复制错误的工作流<
浏览 4提问于2021-06-21得票数 2
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我目前正在编写一个snakemake管道，我想为此包括一个perl脚本。脚本不是由我编写的，而是从页面编写的。我以前从未使用过perl。
根据我在研究过程中所了解到的</em
浏览 12提问于2022-08-09得票数 5
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我使用一系列R标记脚本在Snakemake管道的末尾生成报告。如果其中一个标记文件出现错误并失败，则错误不会保存到日志文件中，因此以后不可能进行调查。根据我的研究，我还没有找到一种方法来做到这一点，但是:在管道中运行减价文件时，是否有一种将R标记中的错误重定向到日志文件的方法？(我</
浏览 4提问于2021-01-22得票数 1
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我正在使用snakemake来编写我的工作流程。为了重用代码，最简单的方法是使用语句include: "path/to/other/Snakefile" 这在大多数情况下都可以正常工作，但在通过report()函数创建报告时会失败。问题是它找不到为标题指定的.rst文件。 因此，report()似乎具有其他Snakefile所在的工作目录，而不是主S
浏览 26提问于2019-10-04得票数 2
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我是Snakemake和StackOverflow的新手。不要犹豫，告诉我，如果有什么不清楚，或如果你想要任何其他细节。我编写了一个工作流，允许将.BCL Illumina调用文件转换为多路复用的.FASTQ文件，并生成QC报告(FastQC文件)。该工作流由以下部分组成：
子工作流"convert_bcl_to_fastq"它从BCL文件中</em
浏览 0提问于2020-03-12得票数 1
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我有一个用Snakemake编写的工作流，用于分析生物测序数据。工作流程要求组织所有数据文件，以便每个原始读取文件都以分析类型(RNASeq、DNaseSeq等)开头。我在设置这些规则时遇到了麻烦，这样snakemake才能知道对哪些文件使用哪些规则。但是，我仍然收到关于其他分析的模糊规则的错误，所以我认为我需要约束其他规则中的
浏览 5提问于2017-10-21得票数 1
2回答
在Linux下如何在多个用户之间共享相同数据的Snakemake工作流是否有指导原则，或者整个事情被认为是不好的做法？ 让我解释一下，以防不清楚： 假设用户A在目录dir/中执行工作流。假设工作流成功终止，然后他/她以递归方式正确地设置了所有输出和中间文件以及.snakemake/子目录上的文件/目录权限，以供其他用户进行读
浏览 29提问于2021-10-27得票数 1
我正在练习用snakemake编写工作流。我的Snakefile的内容 input:两列似乎同时被调用。
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我试图将一个名为--config的参数传递给snakemake函数。似乎不管我怎么传递它，所有的下划线都被删除了？有什么建议吗，还是我做错了什么？snakemake -s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/snakemake/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6,sn
浏览 4提问于2019-10-20得票数 3
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这里有一个复杂的问题，我正在努力寻找一个干净的解决方案：
想象一下，有一个Snakemake工作流，有几个规则可以以某种方式进行参数化。现在，我们可能需要测试一些规则的不同参数设置，看看结果有何不同。但是，理想情况下，如果这些规则依赖于没有参数化的其他规则的输出，我们希望重用这些不可更改的文件，而不是为每个参数设置重新计算它们。我还意识到，这并不完全是Snakemake (“可复制
浏览 2提问于2020-08-17得票数 1
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在执行Snakemake (6.0.0)工作流时，我遇到了一个错误，即在同一个节点上同时启动两个作业，这两个作业都使用相同的conda环境。下面是最小的例子。几点意见：
当在我的机构集群的一个节点上运行工作流时，而不是在我的本地机器上运行工作流时，就会出现这个问题。(我在
浏览 4提问于2021-03-06得票数 2
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Snakemake的调度程序忽略我的mem_mb声明，并在并行作业中执行，其加起来的要求超过可用内存(例如，在128 GB系统中有三个带有mem_mb=53000的作业)。此外，即使连续运行，它也会运行声明为需求(当我运行snakemake -T10时超过1TB )的作业。尽管Snakemake分配的内存比它声明的要多，但它似乎也能保持作业的运行
浏览 9提问于2021-08-09得票数 1
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