install_version()： require(devtools) install_version(“ggplot2”, version = “2.0.0”, repos = “https://cran.r-project.org.../src/contrib/Archive/ggplot2/”) 除此之外，还可以直接从源代码安装： packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib...现在打算不定期更新记录一些笔记，公众号也会将简书的内容整理一下发布~
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下，一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。...R包的两大分发位置是CRAN和bioconductor，CRAN的R包是本文讨论的重点，bioconductor包的版本依赖比较严格，因此本文暂不分析bioconductor包的旧版本安装。...由于是为了下载R包，因此重点关注R包主页中的Downloads那里，里面共有四个选项： Package sorce: 是R包的源码文件，需要编译安装； Windows binaries: 二进制R包，已经是经过编译的...R包，也是最好安装的R包，不像R包的源码安装往往会出现编译错误； macOS binaries: 同上，mac平台的二进制R包； Old sources: 旧版本R包的源码。...R中安装R包的函数是install.packages函数，一般使用都是install.packages('包名')，比如安装ROCR包就是install.packages('ROCR')。
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。...5、如何实现快速下载 如果官网速度慢，请使用镜像网站 图片 图片 官方网站CRAN网站的镜像使用方法1，Bioconductor网站的镜像使用方法2，方法2也适用CRAN 三、安装R包会遇到问题
1.R包的重要性 R包 包括代码（不仅是R代码）、说明文档（对包以及其功能）、数据集等； 通过优化R的现有功能或添加新的功能来助力R R包是这样的人写的 当前R包满足不了自己的需求 乐于分享，开源的精神...2.R包的来源 CRAN（ Comprehensive R Archive Network） CRAN是世界各地的ftp和Web服务器网络，为R存储相同的，最新的代码和文档版本，是R包的主要‘仓’，如果是专业相关...(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi")) ####查看现今已安装的bioconductor中的包，会询问是否需要对包进行更新 BiocManager::install...() ####卸载的话，这个命令同样适用 remove.packages('GenomicFeatures') github 这里不介绍devtools了，介绍另一个安装github R包的包（可以先不掌握...搜到的我这边有用的解决方案 https://ask.csdn.net/questions/713186 ? ----
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...源码方式安装 如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl <- "http://...BiocInstaller 安装 我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装 不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。 我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages() install.packages()是从镜像安装包，在括号中输入包的名称字符串就可以完成包的安装。...方法一：通过devtools包中的install_github函数。...本方法的缺点在于，因为要进行搜索，所以运行耗时较长。 除上述方法，通过本地安装包也是常用的方法之一。...但实际操作中，经常会遇到要安装一个包要先安装很多包的情形，因此本地安装方法有时可操作性较差，因此不在这里详细介绍。
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...，在线安装方式使用的是外网地址，离线安装方式可以解决没有外网的情况，但是如果Package有多个依赖需要安装的时候，则需要先安装好依赖包然后再安装需要的包。...（一个个依赖包安装累啊，有没有类似在线安装包的方式自动安装依赖？...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。
安装R语言的包的方法： 1....自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...手动安装（离线安装） Windows: 下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” 选择package.zip...文件 Linux上安装R包（离线安装）: 下载package.tar.gz文件 在Shell终端（注意不是R）输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意：需要sudo...查看全部安装的R包： .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包： library("XML") help(package="XML")
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...而如果是linux平台下或者包安装路径并没有“.RLibrary”之类的文件夹， 那么注意R包的安装或者载入过程中是否出现如下warnning或error： Error in completeSublasses...解决方案就是想办法让dbplyr显式的置于这个包的安装依赖中，且使其依赖优先级最高。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。
欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分。...当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。
本来我这个段位，就不应该为安装包发愁了，毕竟统计学不会可以理解，编程学不好忍忍就过去了，但是说安装包出错，是可忍孰不可忍？ 统计编程我惹不起就算了，你一个安装包我还搞不定了？？？...测试成功安装ggplot2 现在最新的R版本是4.2.1，因为有些包只能运行在3.6版本中，因此我需要安装3.6，这里安装常用的ggplot2时报错了，总结一下问题解决的方法。...问题来了，我有两个选择： 第一个：下载旧版本的ggplot2，它支持rlang0.4.11版本，但是很多更新的函数我无法使用了。测试了一下，可以实现。但我要用第二个。...，比如ggplot2，键入： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2 可以看到，旧版本的ggplot2，下载到本地，然后安装就可以了...一路走来，哪里报错安哪里，本来自动化安装依赖的R语言让我整成了手动。 7.
但是R语言不一样，没有R包寸步难行，虽然用R的base包可以把程序写得像bash一样冗长无味，但我还是习惯用tidyverse系列，习惯了，毕竟R包是另一种语言，tidyverse结构的一致性，让我张口就来...，不用查说明文档了…… R语言包，就是别人编写好的程序、函数放到一起，你直接用就可以，不用重新编写，大部分的R包在CRAN中，用install.packages进行安装，还有一些在bioconductor...下面介绍一下如何查看已经安装的R包，应用场景很多，主要就是你想在另外电脑上配置同样的环境时，直接按图索骥就行了。当然，更简单的是把包直接copy进去，安装相同的版本，直接用就行了。...下面介绍几种R包的管理，包括如何查看已经安装的R包，如何查看已经加载的R包，如何安装R包，如何删除R包，如何查看R版本，如何查看R包的版本，所谓的一答解千文，就是说的本篇呀！ 1....安装和卸载R包 安装R包，如果是在CRAN中，直接用install.packages()， install.packages("ggplot2") 加载一下，看看是否成功： > library(ggplot2
---title: "R包的三种安装方法"output: html_documentdate: "2023-03-11"---R包可以理解为是多个函数的打包存放，R语言中特定的分析功能需要用相应的R包实现...，那么R包应该怎么安装呢？...R包，可以去搜素引擎中搜一搜或者自己逐一试一试！...2.检查R包是否安装成功R包安装成功的唯一标准library（）没有error！library(tidyr) require(tidyr)3.避免R包重复安装的方法if(!...require(stringr))install.packages("stringr")# 在包未加载成功的情况下则执行if后面的函数，即安装R包# 包加载成功的情况下，则不执行安装该包的命令
安排新来的实习生整理最简单的GEO数据库的表达量芯片数据处理代码，有一个拼图的需求，不知道为什么实习生找到了一个customLayout包，但是无法安装和使用它，所以求助了我。...我看了看，直接安装customLayout确实会报错： 报错 简单的搜索一下customLayout的官网 ： customLayout的官网 可以看到每个包都可以通过这样的URL查询： https...://cran.r-project.org/package=customLayout 会根据包的情况自动跳转，这个包就进入了：https://cran.r-project.org/web/packages...，需要先单独安装它依赖的包即可 ： 单独安装 是不是很简单啊！...需要基本生信背景知识 当然需要读者具备计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...TRUE } if (is.object(obj)) { objectlist$object[i] <- TRUE } # 我认为这些基本是常量...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
以下笔记分享来自于2019-11月学徒，里面有3个生信技能树的笔记教程： 最近在安装 FACETS 的包，一直报error，脑壳疼。网上各种方法都尝试了，根本没有用！！...1.下载 因为mskcc/pctGCdata这个R包在GitHub上面，有100多m，实在是太大了，用传统的方法根本下载不下来，还好访问外国网站之后，多次尝试手动下载到本地搞定了 library...GitHub的R包毕竟没那么可靠，所以这个坑没有踩。...因为不会编译，还是用笨办法，本地下载后在vignettes文件夹里删除就ok 然后本地安装 install("/Users/macbook/Downloads/facets-master"...昨天的Jimmy老师推文提到过，哈哈哈哈 3.gfortran缺失 根据Jimmy老师的推文不知道为什么MAC安装R包时候总是出现gfortran错误来做就行 brew reinstall
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