因此，开发完成后，我简单地自测下就提测了。问题就出在清明节假收假上班后的第一天，那是一个下着小雨的周日。...这种天气配合周天以及三天假期的快乐后遗症让我慢悠悠地到了公司，把没做完的需求盘点下做完然后就可以早点下班了。...那么只能往更深层次看，于是点进Calendar相关的源码发现了其中的秘密：在Calendar类中，周日被默认为每周的第一天，周一为每周的第二天。...那么回到我们上面的代码，问题的原因就水落石出了：今天是周日，在周日这天获取的本周一自然就是明天，在我们看来就是获取到了下周一，这里程序逻辑上没问题，但与我们实际场景使用逻辑相悖，因此针对周日需要特殊处理下...，但是也提醒我们日常开发中无论是使用JDK自带的类库还是开源的工具类，对于其实现还是要有所了解的，这样在遇到问题的时候才能从容应对。
代码示例 public String subString(String str, int subBytes) { int bytes = 0; // 用来存储字符串的总字节数...} char c = str.charAt(i); if (c < 256) { bytes += 1; // 英文字符的字节数看作...1 } else { bytes += 2; // 中文字符的字节数看作2 if(bytes - subBytes
找数据集 稍微在GEO搜索了一下拟南芥的名字，找到了相关的数据集 然后 发现了一个出乎我意料的现象~ 我发现有个拟南芥分析相关的芯片竟然是个双色芯片。...但 这个公司的原始数据该如何读取？ emmm，先找找别人有没有写过的。 通过搜索公司名称找代码 没啥思路，于是就先拿公司名称上网搜了一下。 以下图为例，还搜了一些其他的。...额，我感觉搜索引擎的重点放在了芯片数据提取上而不是公司名称上。 搜索无果，我寻思这个公司的芯片应用范围应该不是很广泛（相比人类）。...这条解决问题的策略可能不太行~ 嗯，既然公司名搜索不太行，本着R对数据的识别是形式大于内容的态度，我打算先看一眼它原始数据的格式。 通过搜索数据类型找代码 嗯，有一种叫做gpr的格式。...f as.numeric(x$Flags > -99) 直接看的话，能看出来这是一个取子集比大小然后数值转换的函数，只能有0(F)和1(T)两种结果。
首先，我们来看下，整个算法设计的思路： 1.通过hive将近期的用户评价hadoop文件下载为若干个text文件 2.通过R语言将若干个text整合读取为一个R内的dataframe 3.利用R里面的正则函数将文本中的异常符号...@￥%%’，英文，标点等去除 （这边可以在hive里面提前处理好，也可以在后续的分词过程中利用停顿词去除） 4.文本分词，这边可以利用R中的Rwordseg，jiebaR等，我写这篇文章之前看到很多现有的语义分析的文章中...TF-IDF = TF*IDF 分别看下，里面的每一项的意义： TF，我们可以看出，在同一个评论中，词数出现的越多，代表这个词越能成为这篇文章的代表，当然前提是非无意义的助词等。...IDF，我们可以看出，所以评论中，包含目标词的评论的占比，占比数越高，目标词的意义越大，假设1000条评论中，“丧心病狂”在一条评论里面重复了10次，但是其他999条里面一次也没有出现，那就算“丧心病狂...data.frame的话，可以利用spply、apply等批量处理函数，这边用得是list的方式，对lpply不是很熟悉的我，选择了for的循环，后续这边会优化一下，这样太消耗资源了。
里面的正则函数将文本中的异常符号‘#！...TF-IDF = TF*IDF 分别看下，里面的每一项的意义： TF，我们可以看出，在同一个评论中，词数出现的越多，代表这个词越能成为这篇文章的代表，当然前提是非无意义的助词等。...IDF，我们可以看出，所以评论中，包含目标词的评论的占比，占比数越高，目标词的意义越大，假设1000条评论中，“丧心病狂”在一条评论里面重复了10次，但是其他999条里面一次也没有出现，那就算“丧心病狂...data.frame的话，可以利用spply、apply等批量处理函数，这边用得是list的方式，对lpply不是很熟悉的我，选择了for的循环，后续这边会优化一下，这样太消耗资源了。...，我觉得这边做的好坏在于数据预处理中剩下来的特征词。
只是示意图，我知道还是很丑。。。 另外还发现了几个函数可用于估计多样性。...estaccumR得到Species,Chao和ACE，基于abundance数据。 ? poolaccum的结果 群落中的指示物种 labdsv包的indval函数可计算群落中的指示物种。...结果中每个OTU都会得到一个P值。挑出P小于0.05的OTU即为指示物种。计算原理可以简单理解为考察物种组内相对频率与相对丰度的乘积。 ?...这个图为按照H2的含量进行分组，这些指示物种在每组中的相对丰度。 另外，isamic也可以计算指示物种。其原理为找到组内经常出现或者缺失的物种，即计算出现率。...Mantel test 代码中出现了两种计算mantel的函数，分别为： vegan包的mantel，输入类型为矩阵或dist； ape包mantel.test，输入必须是矩阵 adonis 和 adonis2
看到这个问题，我首先想到的是R和python。基础的爬虫无非是：构建URL、根据页面结构解析爬取关键信息、整理数据格式输出结果。...一、善用搜索 如果作为一个爬虫小白，首先要做的是去利用周边可利用的资源，互联网时代，你想要的资料网络上基本上都有。 于是我上网搜索了"R 爬虫"，发现一个叫做"revst"的R包。...我的操作是：中断爬虫，修改循环的起始点，从中断处继续往下跑循环。 3.根据阅读数和点赞数对问题排序。...How To Filter Mapped Reads With Samtools 下面是我的点评 怎么说呢，要求一个一直用python的小伙伴来刻意使用R写爬虫的确难为他了，所以可以看到代码里面初始化变量...其次，爬虫里面没有加入随机休眠函数，所以很容易被反爬机制检测到而中断，当然高级操作，还有使用多个代理IP来解决。 重点来了 难道爬取到的6.5M的 6万多个问题记录就简单排序吗？
作者 | 周运来 随着单细胞技术的成熟，单细胞数据分析往往不再是单个组织样本，这有时候在计算（资源与时间）上是一个挑战。为此，Seurat也提供了可以探索的并行策略。...在数据分析过程中，比如我们计算差异基因，其实是单个基因的计算，一般是算完一个再算下一个，并行的意思就是同时计算，以节约时间。 在Seurat中，我们选择使用future的并行化框架。...编写以下函数是为了利用future的框架，如果当前plan设置正确，这些函数将被并行化。重要的是，调用函数的方式不变。...FAQ 我的进度条去哪了? 不幸的是，当以任何并行计划模式运行这些函数时，您将丢失进度条。这是由于一些技术限制在未来的框架和R一般。...在代码中多使用rm()删除没用的变量，使用gc()回收内存空间； References [1] 由内而外释放R的力量||摘自《R大数据分析实用指南》: https://www.jianshu.com
p=13663 ---- 今天早上，我和同事一起分析死亡率。我们在研究人口数据集，可以观察到很多波动性。 我们得到这样的结果： 由于我们缺少一些数据，因此我们想使用一些广义非线性模型。...因此，让我们看看如何获得死亡率曲面图的平滑估计。我们编写一些代码。...is.na(subbase$A),] 第一个想法可以是使用Poisson模型，其中死亡率是年龄和年份的平稳函数，类似于 可以使用 persp(vZ,theta=-30,col="green",shade...在这个特定的例子中，我们的目标是开发一个神经网络来确定股票是否支付股息。...r语言实现copula算法建模依赖性 2020年4月 –copula是将多变量分布函数与其边际分布函数耦合的函数，通常称为边缘。
前言 上一期我们说：60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图 对于已有的原始数据进行绘图非常的方便。 可是，如果我们拿到手的就是处理后的统计结果呢？ 这时候需要我们自己计算一下了。...，每个cell 组别下的不同Both 列之间的数据进行比较： 这里我们首先看看两独立样本t 检验的计算公式： 完整代码如下： # 解决粉丝儿的一个小问题 load("....至于这个若干个数据数值设定为多少，还需要具体考虑这个统计结果来自何种分布的数据，具体问题具体对待。...至于本例中，freqCI 其实就是从正态抽取了频数个数的数据，那我们将数值设置为相同的频率个数N即可，那么自由度也就是N-1。...先挖个坑~ 我的思考 ggsignif 虽然没有给出它实现绘图统计显著注释棒自动调整函数的接口，但实际上我们或许可以通过它的源代码，来实现自己计算的统计结果绘图的自动调整。
比如把自己制作好的bam文件的坐标，跟提取自gtf文件的坐标信息对应起来，使用GenomicRanges包自带的函数即可。...grange对象和intersect及findOverlaps函数的使用。...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了，在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的，有点类似于各式各样的生物信息学文件格式，是一个标准。...)返回外显子的起始终止位点，长度，以及其它信息，也是一个对象class 'IRanges' [package "IRanges"] with 6 slots strand(exon_txdb)返回外显子的正负链信息...,setdiff,pintersect,psetdiff 关于 `findOverlaps`函数 本来应该是ChIPpeakAnno包带有的一个非常实用的peaks分析小工具，在我的GitHub很早以前关于
有成熟的R包可以把bam文件读入R，比如Rsamtools，很简单的代码： library(Rsamtools) bamFile="alignResults.BAM" quickBamFlagSummary...，这里我虽然不再演示了，但是作为初学者的你，应该是知道 但是把读入的数据变成grange对象就需要一点点技巧，下面演示如何创建grange对象samtools等命令行工具有多复杂的功能和技巧， 那么这个...R包就可以多复杂，如果你学习足够努力，那就发一个你比较Rsamtools和samtools命令行工具的心得笔记给我吧，我会给你惊喜的，我的邮箱是 jmzeng1314@163.com names(bam...关于 grange对象 三年前我在生信菜鸟团博客就多次强调过这个重点了，在R里面处理生物信息学数据是躲不过这个定义的，有点类似于各式各样的生物信息学文件格式，是一个标准。...<- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene exon_txdb=exons(txdb) genes_txdb=genes(txdb) 那么操作它的函数有： seqnames
不过现在有一个取巧的手段， 就是虽然是单个单细胞样品，但是里面可以拆分出来不同的来源，有点类似于混样策略。...这些算法层面的区分，就面临准确性问题。其实更好的混样，应该是每个样品样独立的标签，然后混合起来作为一个样品去做单细胞，这样就省经费了。...# 信息熵的4个量化指标的R代码实现 熵（entropy）在统计学中是一个很重要的概念，代表着信息的多少。...但是有一个矫正后的香农信息熵，可以抹去人数的影响，代码如下： R代码函数如下： # 默认x 是一个群体的,每个人的收入,数值组成的向量 shannon.entropy R代码函数如下： # 默认x 是一个群体的,每个人的收入,数值组成的向量 Simpson.index <-function(x,type='raw'){ if(type=='raw'){ myfreqs
p=26147 最近我们被客户要求撰写关于预测人口死亡率的研究报告，包括一些图形和统计输出。 今天早上，我和同事一起分析死亡率。...我们在研究人口数据集，可以观察到很多波动性 我们得到这样的结果： 由于我们缺少一些数据，因此我们想使用一些广义非线性模型。因此，让我们看看如何获得死亡率曲面图的平滑估计。我们编写一些代码。...is.na(subbase$A),] 第一个想法可以是使用Poisson模型，其中死亡率是年龄和年份的平稳函数，类似于 可以使用 persp(vZ,theta=-30,col="green",shade...模型对年死亡率建模预测预期寿命 01 02 03 04 还可以提取年份的平均值，这是 Lee-Carter模型中系数的解释 predAx=function(a) mean(predict...plot(seq(1,99),coefficients(regnp)[2:100],col="red",lwd=3,type="l") 这里我们有很多系数，但是，在较小的数据集上，我们具有更多的可变性
下面是读取Excel表格的记录 (生信技能树学员 ) 自我介绍：医学博士，之前19年疫情刚开始就开始在b站上自学曾老师的R语言视频，但是因为那时候心态很浮躁，所以后续一有点困难就弃坑了。...近期毕业盲审过了，工作也定下来了，总算可以沉下来学点东西了，想着也为未来医生生涯做一点技术储备，因此报名了曾老师的数据挖掘课。...今天是R语言基础课的最后一天，也学习了ggplot2的画图，以前也找厂家做过代谢组的测序，因此迫不及待的把厂家给的数据拿出来想自己试一试 任务：读取测序厂家给的差异分析excel文件 1.首先看一下这个原始文档...，是个excel文件 2.第一次读取数据,error 尝试设置row.names = NULL继续error 换成read.table() 后 （我也不知道自己为什么会这样思考，换函数肯定是不对的...，尝试另存为，发现有UTF-8 的csv 5.转化以后轻松读取 6.读取的数据没有报错但是仍有问题 可以看到数值比较大，需要log 然后就出错了。。。
p=12350 最近我们被客户要求撰写关于空间可视化的研究报告，包括一些图形和统计输出。 在本文中，我使用ggmap可视化纽约市的交通事故 数据来自纽约市开放数据。...我的数据范围是2012年至2015年。该数据跟踪车辆的类型，发生事故的街道的名称以及事故的经度和纬度坐标。两个坐标都保存为单个字符变量，称为“ LOCATION”。...我还解析日期变量以创建年份变量，并使用该变量创建两个数据集：一个数据集包含2013年的所有车辆事故，另一个数据集包含2014年的所有车辆事故。...我使用stat_density2d（）向该地图添加了一个二维密度层。我对2013年和2014年的数据都执行此操作，并使用gridExtra的grid.arrange（）并排放置地图。...我编写了一个函数boro（），该函数会删除所有缺少街道名称的观测值，并基于自治市镇（2013）子集。我将它们堆叠在一起，同时添加自治市镇名称，然后在向量col_vals中为每个自治市镇分配一种颜色。
这个分析需求已经不是第一次有人问我了，可能是因为某个基因集相关的lncRNA的数据分析策略深入人心吧。越来越多的人选择了它相关性分析。...$cor > 0,'postive','negative') table(cor_df$R) table(as.character(cor_df$m6A)) 因为是模拟数据，所以迫不得已，设置了R的阈值是...两个apply循环嵌套 这个问题是粉丝提问，我让对方发给我了代码，我看了看， 虽然对方已经是很灵活应用了apply函数，以及unlist函数，而且还可以自己创造函数，比如下面的cor_2_matrix函数...可能是对 R基础包stats里面的cor函数 不熟悉，以为它只能是对两个向量进行相关性计算，其实它可以直接对一个表达量矩阵进行相关性计算。...如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢，如下所示： We thank Dr.Jianming Zeng
最近重复新翻阅R语言领域唯一一本关于网络数据采集的参考书——《基于R语言的自动数据收集》，开篇就是一个数据爬取的案例。...,c(2,5,7,9))] 原始数据非常混乱，我使用stringr结合sapply函数，分别提取了遗产的所在地址、经纬度信息、类别信息等。...以下函数除了sapply之外，我都在最近几篇的推送中有所涉及，特别是正则表达式在本次数据清洗中起到了很大的作用，如果你对正则还不太熟悉，可以参考这篇文化文章。...sapply函数在这里起到批量提取列表中单个对象第n个子对象的作用，因为strsplit函数按照“;”作为分隔符分列，这里“[[”其实是一个函数，详细用法参考?sapply文档说明。...，我觉得这里有必要解析一下，我提取了原始字符串，这个字符串中末尾有一个“;”分割的两个浮点数值分别代表维度和经度，而且每一个文化遗产该项都是如此，也就是说符合模式匹配的需求，仔细观察最后的那两个数值间的模式
p=13663 最近我们被客户要求撰写关于预测人口死亡率的研究报告，包括一些图形和统计输出。 今天早上，我和同事一起分析死亡率。...我们在研究人口数据集，可以观察到很多波动性 我们得到这样的结果： 由于我们缺少一些数据，因此我们想使用一些广义非线性模型。因此，让我们看看如何获得死亡率曲面图的平滑估计。我们编写一些代码。...is.na(subbase$A),] 第一个想法可以是使用Poisson模型，其中死亡率是年龄和年份的平稳函数，类似于 可以使用 persp(vZ,theta=-30,col="green",shade...这是 Lee-Carter模型中系数的解释 predAx=function(a) mean(predict(regbsp,newdata=data.frame(A=a, Y=seq(min(subbase...plot(seq(1,99),coefficients(regnp)[2:100],col="red",lwd=3,type="l") 这里我们有很多系数，但是，在较小的数据集上，我们具有更多的可变性
R是一个非常灵活的平台，是专用于探索、展示和理解数据的语言，与其说它接近统计分析工具，倒不如说它更像是一款定向开化的程序语言。...¹ 另外，贝尔实验室的大佬们将R做成一个开源项目，在很多操作系统上都可以免费得到，包括Windows、Mac OS X和Linux。R还在持续发展中，每天都在纳入新的功能。...真的是居家必备，杀人越货的…… R以能创建漂亮优雅的图形而闻名，但实际上它可以处理各种统计问题。基本的安装就提供了数以百计的数据管理、统计和图形函数。...【在R中最最心痛的事情是在输入一长段代码的时候不小心摁下了↑↓箭头】 2 R的函数，R是一种解释性语言，输入后可以直接得到结果，功能靠函数实现，类似于大多数的编程语言。...本文仅仅粗略地介绍了有关R软件的部分使用方法，对于R的深层次的运用，三言两语难以总结。
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