我正在尝试开发力场，为了做到这一点，我需要一个列表，列出所有可能的键，角和分子中的二面体，从微笑字符串oe .xyz文件。 有没有可能用RDkit做到这一点？如果是这样的话，是怎么做的？
浏览 17提问于2019-10-15得票数 0
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我有一组脂肪酸分子(以微笑的形式)，我想在其中找到C=C双键的位置。位置意义:计算出双键从第一个碳中移出多少碳，即羧基的碳。C(O)(=O)CCCC=CC=CCC这个解决方案很简单，直接对微笑字符串进行正则搜索，但这并不容易
浏览 5提问于2022-04-30得票数 2
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如何将分子储存在记忆中？
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我想把分子储存在记忆里。这些分子可以是简单的分子：C-H bond-length: 108.7 pm但也有更复杂的分子，如对乙酰氨基酚(C8H9NO2)：
我如何将分子储存在记忆中，包括所有键长和角度？将原子结构存储在数组中的好
浏览 6提问于2010-08-23得票数 4
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我想用Python实现以下内容，但不确定从哪里开始。这种类型的最短路径问题有好的模块吗？
浏览 3提问于2017-03-31得票数 0
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我现在有一个HashSet of NElement对象。每个NElement对象都有一个唯一的Element字段和一个整数n。
public void
浏览 4提问于2012-10-01得票数 0
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我在看..。分子自编码器使我们可以对化合物进行插值和梯度优化。我在理解本文时遇到的问题是确定输入和输出结构是什么样子的。
本文在输入输出结构上有些模糊
浏览 3提问于2016-10-15得票数 1
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从微笑文件中检索所有分子
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我正在处理.smiles文件。.smiles文件的文件结构为：
我要拿到笑脸档案里所有的原子。这意味着如果有一个'C‘原子，就意味着将有4个'H’原子与它们相连。在搜索过程中，我发现python中有一些模块可以解析微笑格式，但它们没有给出支持的氢原子。(例如:它们只给出&#
浏览 9提问于2013-02-12得票数 3
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对于学校的一个化学项目，我想计算所有可能的分子式组合的分子量，包括碳(1个原子到100)，氧(1到50)，氢(1到200)，氮(1到20)和硫(1到10)，并将结果保存在一个向量中，将相应的分子式字符串保存在另一个向量中字符串是"C“、"
浏览 4提问于2017-01-20得票数 1
我看过类似的帖子，关于从默认字典中删除/过滤特定的键，但所有这些选项实际上都不会删除空值-键对，而只是创建一个没有它们的新字典。这样做，我将无法访问清理程序默认字典的项目。以下是我的问题的详细信息：
我正在尝试从一个列表中读取多个分子，这样我就可以
浏览 0提问于2018-10-26得票数 0
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我用RDKit计算了两个微笑结构的分子列表之间的分子相似度。现在，我能够从两个单独的csv文件中提取微笑结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块，以及如何计算两个分子列表之间的相似性。= [
浏览 0提问于2018-08-04得票数 4
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背景：我用networkx.chain_decompostion来计算链的数目。import networkx as nx问题：
我发现它只找到闭环<e
浏览 0提问于2018-10-11得票数 1
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我正在进行一些MD模拟，涉及数百万个原子的系统。
我已经编写了一些代码来生成一个文件，该文件只是XYZ原子坐标的列表。现在我需要在原子之间生成键。如果两个原子彼此在一定的距离内，那就被认为是键。XYZ文件
浏览 4提问于2013-01-31得票数 7
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我有一个由mathematica中的ListPlot3D创建的3D曲面。曲面本身是相对平面的，并且在任意平面xy中。我想把这个表面放在一个分子的上面，这个分子可以是从ChemicalData函数产生的，也可以是从.pdb或其他分子输入产生的。这个分子也是平面的，并且又放在xy平面上。我希望这两
浏览 0提问于2012-01-18得票数 3
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我并不是要求任何人来解决这个问题，而是希望被指出一个或多个有前途的方向。
假设生态系统有生物，它由一个或多个分子组成，由一个或多个原子组成。要成为有生命力的生物，它的分子必须共同使用每种类型的原子中的一个。在下面的例子中，请注意，每个生物只使用一次<
浏览 1提问于2011-09-07得票数 0
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我正在使用RDKit完成一些任务，并遇到了一些问题。我正在尝试使用SaltRemover()函数对我的数据集进行清理，但是发生了ArgumentError，但我找不到它。所使用的代码如下：from rdkit.Chem import AllChemremover = SaltRemover.SaltRemover(defnFormat='s
浏览 12提问于2019-12-03得票数 2
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我正在编写解析器来解析PyMOL文件(生物信息学语言)。我知道双引号字符可以生成像"text"这样的字符串。但是单引号字符'是不同的。下面是带有这个奇怪符号的PyMOL代码行的示例。select test,*/Na\++O4'
select test,*/O2\*+O2&#
浏览 22提问于2019-10-05得票数 0
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我有两个MP4文件需要连接，并且我需要以编程的方式来完成-即命令行工具不会剪切它。从许可的角度来看，ffmpeg是不可能的。
为了清晰起见，没有预览，海报，编辑或任何其他复杂性。MOV几乎是最简单的(H.264编码，只有视频-没有音频，每个文件一个TRAK )。我相信“所有”
浏览 3提问于2013-07-03得票数 0
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我从事数据科学工作，我在清理Pandas数据帧时遇到的一个典型问题是将列从一种字符串格式转换为另一种字符串格式(特别是，我正在查看的字符串是化学标识符，它们中的每一个都以一种晦涩的方式表示一个分子，所以仅仅通过查看字符串并不容易理解它们我有许多小函数(从一个
浏览 36提问于2020-06-15得票数 1
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