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R语言实现高级的韦恩图可视化

今天给大家介绍一个在R语言中更加高级的展示形式，实现此功能的R包是UpSetR。...首先看下包的安装： install.packages("UpSetR") 接下来我们直接通过实例来看下如何进行数据的可视化： ##载入包 library(UpSetR) library(ggplot2...", "Thriller","Romance", "War", "Western"), mb.ratio = c(0.55,0.45), order.by = "freq") ##基于相交的等级进行排序..."Western"), mb.ratio = c(0.55,0.45), order.by = "freq", keep.order = TRUE) ##对交集结果进行分组，nintersects交叉点的数目阈值...upset(movies,nintersects = 70, group.by = "sets", cutoff = 7) ##空的交叉点展示 upset(movies,empty.intersections

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PHPCMS推荐位文章列表手动排序

一些比较重要的文章我们通常会设置为推荐，但是即使都是推荐的文章，也分重要程度的，如何把最重要的放到第一，把相对不重要的排序到后面呢？...a href="{$v['url']}">{$v['title']} {/loop} {/if} {/pc} 我本意是希望推荐序号为2的文章，能够按照listorder这个字段来进行排序...，也就是后台文章列表最左侧的排序的数字，但是不尽人意的是根本就是无效的。...但单单这样还不行，因为推荐标签在取数据的时候，是根据v9_position_data表的listorder来排序的，但后台更新文章排序的时候，并没有更新v9_position_data这个表的listorder...现在才算是完美的解决了，PHPCMS推荐位文章列表手动排序的问题。

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R|UpSet-集合可视化

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。...一、R包及数据 #安装及加载R包 #install.packages("UpSetR") library(UpSetR) #载入数据集 data <- read.csv("upSet.csv",header..." , "Children","Crime"),#查看特定的几个集合 mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 order.by = "freq", #如何排序...，这里freq表示从大到小排序展示 keep.order = TRUE, #keep.order按照sets参数的顺序排序 number.angles = 30, #调整柱形图上数字角度 point.size...三、参考资料 hms-dbmi/UpSetR Index of /web/packages/UpSetR/vignettes

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UpSet|多集合可视化，韦恩图？upSet！

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。...一载入R包数据 #安装及加载R包 #install.packages("UpSetR") library(UpSetR) #载入数据集 data <- read.csv("upSet.csv",header...二 upSet集合可视化使用UpsetR包里面的upset()函数绘制集合可视化图形。 1....,"Crime"),#查看特定的几个集合 mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 order.by = "freq", #如何排序...，这里freq表示从大到小排序展示 keep.order = TRUE, #keep.order按照sets参数的顺序排序 number.angles = 30, #调整柱形图上数字角度

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手把手教你学习可视化武器--upsetR

今天我们学习一下可视化的利器upsetR，谈到这个工具包，我们不得不去了解一下该工具包的兄弟-韦恩图VennDiagram。 ?...当我们的数据分组越来越多的时候，韦恩图解读效果不再那么一目了然了，这时候我们需要利用upsetR包，对数据进行重新操盘。 1. 安装并加载包，关于包的安装，已经讲过多次，直接上代码 ? 2....order.by：交集如何排序。这里先根据freq，然后根据degree decreasing：变量如何排序。...这里表示freq降序，degree升序 keep.order , #keep.order按照sets参数的顺序排序 number.angles, #调整柱形图上数字角度 point.size , line.size

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UpSet|多集合韦恩图看不太清楚咋整？用upSet吧！

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。...一载入R包数据 #安装及加载R包 #install.packages("UpSetR") library(UpSetR) #载入数据集 data <- read.csv("upSet.csv",header...=TRUE) #先大致浏览一下该数据集,数据集太长，就只看前几列 head(data,6) 二 upSet集合可视化使用UpsetR包里面的upset()函数绘制集合可视化图形。...,"Crime"),#查看特定的几个集合 mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 order.by = "freq", #如何排序...，这里freq表示从大到小排序展示 keep.order = TRUE, #keep.order按照sets参数的顺序排序 number.angles = 30, #调整柱形图上数字角度

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跟着nature communications学绘图(12) ggplot2注释韦恩点图

❝本节来介绍如何绘图韦恩点图及对其进行注释，图表主要使用「ggplot2」,「UpSetR」，「ggplotify」等包来实现，此图我想介绍的重点在于图形格式的转换及拼图下面来进行具体介绍， A highly...with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants ❞ library(tidyverse) library(UpSetR...library(ggrepel) otu_RA % column_to_rownames(var="OTUID") 绘制韦恩点图 p1 UpSetR...nset = 7, # 集合数 nintersects = 10, # 绘制交叉数目 order.by = "freq", # 排序方式

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可视化—Upset图绘制

这种情况下我们需要使用 UpSetR 包来反映集合间的关系。...rm(list=ls())#install.packages("UpSetR")library(UpSetR)## 数据导入#设置文件路径file_path UpSetR::upset( fromList(input_list...3.1对交集大小进行排序通过置 order.by 参数，来对交集进行排序freq默认是升序，可以使用 decreasing = TRUE 让其降序排列upset(fromList(input_list)...order.by = "degree"，参数，degree 默认为降序排序，设置 decreasing = FALSE 使其升序排列upset(fromList(input_list), sets

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生信爱好者周刊（第 53 期）：为什么现在的中国大学生普遍焦虑内卷？

16、UpSetR - 一个产生静态UpSet图的R包 UpSetR产生静态的UpSet图形，这UpSet技术可根据分组和查询的集合交叉点进行可视化，有效的展示相关数据统计信息。...对于更详细细节可参考UpSet website[11] Github：https://github.com/hms-dbmi/UpSetR 历史上的本周 2021：第 13 期：他开发了基因界的百科全书

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最强大的upset plot包之二

按交集排序按集合排序分组高级用法拼图调整图形高度画韦恩图调整集合面板 set_sizes用来调整左侧集合面板。...axis.text.x=element_text(angle=90)) ) ) ) plot of chunk unnamed-chunk-40 高亮交集（查询query）和UpsetR...按交集排序可以通过ratio或者degree等进行排序，使用sort_intersections_by参数： upset( movies, genres, name='genre', width_ratio...OK，这就是complexUpset全部的功能，看完之后，果然如最开始所说：具有UpsetR的所有优点，且完全支持ggplot2语法！...不出意外，这个包以后应该是我以后画upset plot的首选包了，功能甚至比UpsetR包还要强大，对ggplot2语法的支持，完全把其他同类型包甩在身后！以上就是今天的内容，希望对你有帮助哦！

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表观调控13张图之三。。。

本文的目录如下： DESeq2 寻找差异基因可视化 (1)MAplot：图a和图b (2)差异基因韦恩图:UpSetR/VennDiagram (3)两样本 log2FC...resOrdered 排序 head(resOrdered) DEG_SppsKO = as.data.frame(resOrdered...2 差异基因韦恩图:UpSetR/VennDiagram 我们下面将用两种方式来展示交集第一种：我们使用 R 包 UpSetR 来绘制差异基因之间的韦恩图（多组时候，这种更加一目了然） library...(UpSetR) load(file = 'deg_output.Rdata') colnames(DEG_PhoKO) DEG_PhoKO$change = ifelse(DEG_PhoKO$padj

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3D场景中物体模型选中和碰撞检测的实现

检查射线和物体之间的所有交叉点（包含或不包含后代）。交叉点返回按距离排序，最接近的为第一个。返回一个交叉点对象数组。...*注意*，对于网格，面（faces）必须朝向射线原点，这样才能被检测到；通过背面的射线的交叉点将不被检测到。...检查射线和对象之间的所有交叉点（包含或不包含后代）。交叉点返回按距离排序，最接近的为第一个。返回结果类似于 .intersectObject。...intersects 变量返回被击中对象的信息，来判断指定对象有没有被这束光线击中，相交的结果会以一个数组的形式返回，其中的元素依照距离排序，越近的排在越前。...如果设置，必须在每次调用之前清除这个数组（例如，array.length= 0;) 注意，对于网格，面（faces）必须朝向射线原点，这样才能被检测到；通过背面的射线的交叉点将不被检测到。

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LeetCode 分类刷题 —— Linked List

链表排序，时间复杂度要求 O(n * log n)，空间复杂度 O(1)。只有一种做法，归并排序，至顶向下归并。第 148 题。...判断链表是否存在环，如果有环，输出环的交叉点的下标；判断 2 个链表是否有交叉点，如果有交叉点，输出交叉点。第 141 题，第 142 题，第 160 题。

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用遗传算法求解函数

x = self.decode(chromosome) return x + 10*math.sin(5*x) + 7*math.cos(4*x) 自然选择 """ 选择先对适应度从大到小排序...再进行随机选择，选出适应度虽然小，但是幸存下来的个体 """ def selection(self, retain_rate, random_select_rate): # 对适应度从大到小进行排序...male = parents[male] female = parents[female] # 孩子将获得父亲在交叉点前的基因和母亲在交叉点后...def selection(self, retain_rate, random_select_rate): """ 选择先对适应度从大到小排序...male = parents[male] female = parents[female] # 孩子将获得父亲在交叉点前的基因和母亲在交叉点后

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gggibbous带你绘制月亮散点图

'class'列将'df'数据框分割成多个子数据框 # 对每个子数据框进行操作 packing <- lapply(df, function(x) { # 按'detector'列对子数据框进行排序...) + # 创建一个新的点大小比例尺 # 设置新点大小比例尺的连续缩放范围 scale_size_continuous(range = c(.75, 3)) + # 添加垂直虚线，x轴交叉点为...1.5 geom_vline(xintercept = 1.5, linetype = "dashed", linewidth = .3) + # 添加水平虚线，y轴交叉点为1.5 geom_hline...# 设置y轴的刻度位置、标签和文本样式 scale_y_continuous(breaks = c(1, 2), labels = c("AI", "Human")) + # 设置填充颜色的手动映射

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人工智能常见知识点⑥

选择完成之后进行数值对及其对应的二进制重置交叉算法说明：首先随机生成两个数，分别代表个体编号，然后随机生成两个交叉点。...两个个体编号选择其他一个交叉点进行交叉运算，即交叉点及其后面的二进制数字进行互换，再找出剩下的两个个体编号按照上述方法进行运算。然后进行数值对及其对应的二进制重置。...public static void selectXX(Map listFlag) { int times = 0; //利用Map的entrySet方法，转化为list进行排序...Map.Entry> entryList = new ArrayList(listFlag.entrySet()); //利用Collections的sort方法对list排序...Integer, Integer> o1, Map.Entry o2) { return o1.getValue() - o2.getValue(); } }); //遍历排序好的

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几何绘图软件尝鲜：让你的学生真正告别三角板量角器尺规作图

在学习函数和曲线方程的时候，又要手动绘制很多的坐标、点、曲线。学生一点一滴地理解，但是不够直观。什么最直观，动态图最直观。整个流程让学生在头脑中立马有一种清晰的认识，这是教学中的一个高效办法。...然后绘制交叉点。 ? 交叉点，也就是内切圆心，标记为点D。 ? 接着从点D向边BC绘制垂直线。 ? ? 绘制垂直线之后，绘制经过点D与边BC交叉点E。 ? 使用圆心和半径绘制圆。 ?...下面我们使用手动修改三角形属性，发现上述绘制流程依然有效。 ? ? 结语 geogebra所能解决的远远不止于此，其在代数，微积分，统计等领域，同样提供了支持。计算机辅助教学，您值得学习尝试。

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遗传算法实例

def selection(self, retain_rate, random_select_rate): #英语不好表达了，我就用汉语了 #通过适应度大小从大到小进行排序...= femalelocation: #随机选择交叉点 cross_pos = random.randint(0, self.length)...for i in range(cross_pos): mask |= (1 << i ) #孩子将获得父亲在交叉点前的基因和母亲在交叉点后...（包括交叉点）的基因 child = (male & mask) | (female & ~mask) children.append(child

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使用操作系统异常巧妙获取交叉链表的交点

下面，我们通过手动操作，让这两个链表构成Y型交叉链表： int _tmain(int argc, _TCHAR* argv[]) { int data1[] = {1, 2, 3, 4, 5,...(NULL, data1, ARRAY_SIZE(data1)); RecursiveList(pHeadList1); printf("\n\n"); // // 手动选取交叉节点...p = p->pNext; q = q->pNext; } return pNode_X; } } 通过调用此函数获得的交叉点可以和我们手动选取进行判断是否一致...可以发现，上面算法成功找出了交叉点，正是我们选取的那个点：“4” 下面，我们另辟蹊径，使用一个投机取巧的方式来找到这个点： step 1: 遍历链表1，并把所有节点的pNext域加上0x80000000...step 2: 遍历链表2，使用__try __except捕获异常，当第一次出现访问异常，则当前指针就是交叉点的pNext域，如此可获取交叉节点 step 3: 重新遍历链表1，把所有pNext域减去

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用Gaussian寻找圆锥交叉点

不过这些计算耗时都大，学习门槛也不低，本文暂只涉及用CASSCF寻找圆锥交叉点。...(4) 寻找圆锥交叉点。这是一项需要经验和技巧的任务。在exploring3中，使用的方法是利用柔性扫描的结果作为优化交叉点的初始结构。...优化得到的圆锥交叉点的垂直激发能为0.0012 eV，结构如下图所示： ?...(5) 观察圆锥交叉点的结构，可以看到，若将C2−C6键拉长，则接近苯的结构，而将C2−C6键缩短，则向盆苯的结构靠近，因此若想得到盆苯的结构，我们尝试手动将键长缩小，如至1.8 Å，以此结构为初始，进行结构优化...总结一下便是，基态的苯在光照下得到激发态，在激发态势能面上行走到达能量极小点，并可能进一步跨越能垒（也可能没有能垒）到达圆锥交叉点，顺着圆锥交叉点进入基态势能面上的两个盆苯互变异构的过渡态，再得到盆苯的能量极小结构

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