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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...(ggalluvial) 导入数据 df % column_to_rownames(var="ID") 数据清洗 # 按列求和单独计算每列的相对丰度...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 图片绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...) library(ggalluvial) 导入数据 df % column_to_rownames(var="ID") 数据清洗 # 按列求和单独计算每列的相对丰度...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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R中优雅的绘制环状sina图

❝在R中创建sina图使用geom_sina函数，sina图是一种用于显示单个分类变量的每个观测值的图形。它与箱线图和小提琴图类似，但是它显示了每个单独的数据点，这可以提供关于数据分布的更多信息。...gas_day_started_on)) 数据可视化 df %>% ggplot(aes(x=mth, y=gas_in_storage_t_wh,group=mth)) + # 使用ggforce包中的...geom_sina函数绘制sina图 ggforce::geom_sina(aes(color=gas_in_storage_t_wh), alpha=.5, shape=21)+ # 添加文本标签...), lab=c("2","4","6","8TWh")), aes(x=x, y=y, label=y),inherit.aes = FALSE)+ # 使用scico包中的...month.abb[1:12]) + scale_y_continuous(breaks=c(seq(0,8,2))) + coord_polar() + # 使用极坐标系 # 使用cowplot包中的

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。...order", groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较...，并绘制树状热图 gut_metacoder$data$diff_table <- metacoder::compare_groups(gut_metacoder, data = "tax_abund"...<- calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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MATLAB中plot函数功能详解

，以1:m为X横坐标，Y中的每一列元素为Y坐标，绘制n条曲线；如果Y是n×1或者1×n的向量，则以1:n为横坐标，Y为坐标表绘制1条曲线；如果Y是复数，则plot(Y)等效于plot(real(Y),...plot(X1,Y1,…)如果X和Y都是数组，按列取坐标数据绘图，此时它们必须具有相同的尺寸；如果X和Y其中一个是向量另一个为数组，X和Y中尺寸相等的方向对应绘制多条曲线；如果X和Y其中一个是标量另一个为向量...X Y 结果备注 m×n m×n 按列取坐标数据绘制n条曲线 X和Y必须具有相同的尺寸 1×n或n×1 m×n或n×m 自动匹配尺寸相同方向绘制m条曲线任意四种组合，效果一样 m×n或n×m 1×n...plot函数支持同时绘制任意组图形。...也就是说’r-.*’、’-.r*’、’*-.r’等形式是等效的，都表示使用红色点划线连接各个节点，各节点使用“*”标识。

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能一定程度上代替IGV的R包Gviz绘制基因组区域reads覆盖情况

很久以前我们介绍过Sushi这个R包可以绘制基因组区域reads覆盖情况，这次我们介绍另外一个功能更强大的R包 Gviz：全称：Plotting data and annotation information...，依赖于很多bioconductor的基础R包，所以这个时候学习这个R包的速度其实取决于我们自己对其它R包或者R基础知识的掌握程度。...首先是画染色体示意图既然我们使用R包 Gviz是为了可视化reads的覆盖情况，那么参考基因组的染色体是必不可少的环节，最简单的展示如下： library(Gviz) idTrack <- IdeogramTrack...，理论上我们可以展示所有参考基因组的所有染色体的任意起始终止坐标位置情况。...把染色体信息，基因结构信息，覆盖度情况结合起来假设，我们上面3个例子绘制的都是同一个区域的图，就可以结合： tracklist=list() tracklist[['bw']]=bw tracklist

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多维组学通路分析R包ActivePathways的使用方法及Cytoscape绘制网络图的实用教程

导语 GUIDE ╲ 之前我们介绍了一项整合多维组学通路分析的工作ActivePathways，能够在多个数据集中识别到显著富集的通路，包括那些在单个数据集中不明显的通路。...今天来介绍一下这个R包的使用方法和使用输出文件进行Cytoscape绘制网络图。...下面这个图就是ActivePathways工作中对乳腺癌样本分析的绘图，下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点为饼图的网络图~ R包介绍 ActivePathways的输入文件只需要两类，一个是...R包中示例文件：（1）Adenocarcinoma_scores_subset.tsv 关于该文件中NA值，在下面R包程序中有做处理（2）hsapiens_REAC_subset.gmt 1....（3）pathways.gmt：提供的gmt文件的缩减版，仅包含 pathways.txt中的terms （4）legend.pdf：图例展示scores列及匹配颜色 Cytoscape绘图 1.

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数据视化的三大绘图系统概述：base、lattice和ggplot2

)等；还提供了更加高级的图形系统lattice和ggplot2. base基本图形系统相关内容可参照：《R语言图形初阶：hist、plot和图形布局layout | 第6讲》，作为R语言图形绘制的入门一节...Split/position 数值型向量，在一页上绘制多幅图形 Type 字符型向量，设定一个或多个散点图的绘图参数，（如p=点，l=线，r=回归，smooth=平滑曲线，g=格点） xlab/ylab...：第一个plot()函数把页面分割为一列两行的矩阵，并将图形放置到第一列第一行中；第二个plot()函数将图形放置到第一列第二行中，由于plot()函数默认启动新的页面，因此使用newpage = FALSE...2 ggplot2绘图系统 ggplot2将数据、数据到图形要素的映射以及图形要素绘制分离，然后按图层叠加的方式作图，通过+进行叠加。...）：很多时候需要将数据按某种方法分组分别作图。

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origin怎么做多组柱状图_origin怎么对比两组数据

Y2：13.2，13.5，14.4，13.8，13.9，13.2，… 这时如果将两组数据的X值放在一列里，则Y1和Y2会出现不连续的情况，绘出的曲线发生间断。...解决的办法是：每组数据的X值都放在各自的X列中，绘出的每条曲线就都是连续的了。具体的操作如图1所示。图1 改变数据列的坐标轴属性 2....设置数据列的值 (1)用系统自带函数设置单击鼠标右键选中需要设置新值的数据列，从弹出菜单中选择“set column values…”命令，在弹出的对话框中设置需要用到的函数和数据列(选择了函数和列后别忘了单击后面的...add function 和add column)，最后单击OK，新计算出的数据出现在先前选中的数据列中。...在action中选simulate，在参数中填上你根据数据及其它一些条件确定的粗略的初始参数以及拟合起始点的位置及拟合点数，然后按下create curve就会在图上出现一条拟合曲线，但这往往与期望值差距较大

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Matplotlib三维绘图，这一篇就够了

ax = fig.add_subplot(projection='3d') # 获取测试数据 X, Y, Z = axes3d.get_test_data(0.05) # 绘制基本的线框图...# 为了最大限度地提高渲染速度，将 rstride 和 cstride 分别设置为行数减 1 和列数减 1 的除数。例如，给定 51 行，rstride 可以是 50 的任何除数。...= np.sqrt(X ** 2 + Y ** 2) Z = np.sin(R) # 绘制曲面图 # 绘制使用冷暖色图着色的 3D 表面。...# 绘制使用冷暖色图着色的 3D 表面。...=False)[..., np.newaxis] # 将polar极坐标（半径、角度）转换为cartesian笛卡尔坐标（x、y） # （0，0）在此阶段手动添加，因此（x，y）平面中的点不会重复

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BIC无代码绘制差异基因火山图

选择对应的列进行绘制，绘图就是把数据的结构用几何形状表示出来，并用颜色、大小等代表特定的属性展示。...Padj越小转换后的值越大，越在图的上方; Gene expression change status variable这是一个可选参数，是说文件中是否已经根据某个阈值做了差异基因标记，哪些上调了，哪些下调了...先设置下level变量的顺序，然后按顺序设置颜色 Status variable order依次选择下拉内容为trt up, untrt UP, NoDiff; Customized point colors...提交后获得结果，正确了，可以下载PDF格式和相关的R代码 ?...上图中的两条垂直虚线和一条水平虚线是参数DE genes filtering threshold控制的，如果你筛选差异基因的标准(生成level列中哪些上调、哪些下调的标准)不是默认标志，则需要修改这个值为你设置的阈值

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使用 Matplotlib 在 Python 中进行三维绘图

使用 Matplotlib绘制 3 维线图为了绘制 3 维线图，我们将使用 mpl_toolkits 库中的 mplot3d 函数。为了在 3D 中绘制直线，我们必须为直线方程初始化三个变量点。...3D 线图使用 Matplotlib 绘制 3 维散点图要使用散点绘制相同的图形，我们将使用matplotlib 中的scatter()函数。...使用 Matplotlib 库绘制线框图为了绘制线框图，我们将使用matplotlib 库中的plot_wireframe()函数。...3D 线框图使用 Matplotlib 库绘制等高线图等值线图采用二维规则网格中的所有输入数据，并在每个点评估 Z 数据。...因此，通过这种方法，我们使用一组随机抽签。函数ax.plot_trisurf 用于绘制该图。虽然不是那么明确，但是更加灵活。

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Excel小技巧75：再来5个Excel操作技巧

在使用Excel时，不断收集整理好的操作技巧，与大家分享。本文分享最近遇到的5个操作技巧。...技巧1：输入版本符号和注册符号在输入“(c)”后面跟一个空格，可以快速输入版权符号“©” ；在输入“(r)”后面跟一个空格，可以快速输入注册符号“®”。注意，要在英文状态下输入。...技巧2：快速调出函数参数对话框输入函数名和左括号后，按Ctrl+A键，将弹出“函数参数”对话框，例如在单元格中输入“=sum(”，然后按Ctrl+A键，则弹出关于SUM函数的“函数参数”对话框。...技巧3：列出全部函数参数输入函数名和左括号后，按Ctrl+Shift+A键，将列出整个函数及其参数，例如在某单元格中输入“=sum(”，然后按Ctrl+Shift+A键，该单元格将显示“=sum(number1...技巧5：绘制圆形或正方形要绘制椭圆的同时，按住Shift键，则会绘制一个圆。同样，绘制矩形时，按住Shift键，则会绘制一个正方形。欢迎在下面留言，完善本文内容，让更多的人学到更完美的知识。

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Matlab系列之二维图形（下）

特殊图形从matlab的界面，菜单中的绘图选项，就可以看到除了最常见的plot所得的曲线图以外，还有柱状图、饼状图、直方图等等相对特殊的图形，该部分将介绍几种特殊的图形，如果还有更特殊的图形要求，可以在绘图菜单中...如果 X 的值不增加，则 area 将在绘制之前对值进行排序。如果 Y 是矩阵，则将 X 指定为由递增值组成的向量，其长度等于 Y 的行数。area 将 Y 的列绘制为填充区域。...对于每个 X，最终结果是 Y 行的相应值的和。还可以将 X 指定为大小等于 Y 的矩阵。为了避免 X 为矩阵时出现意外输出，一般将 X 的列指定为重复列。...r = 2*ones(size(theta));%定义 r 为与 theta 同样大小的向量。 [u,v] = pol2cart(theta,r);%创建显示 theta 的方向的羽毛图。...2.5 3];%为方便理解，直接设置了和为10的五个数，然后按百分比就分别是：10% 30% 5% 25% 30% explode=[0 1 0 0 1];%将第2、5块饼图进行偏移，即将两个3分别代表的饼块从原本的饼状图分离出来

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论文中绘制神经网络工具汇总

作为一名科研人员，也许你经常会在不同类型的论文中看到各种令人称赞的算法框图或者神经网络框图，作为一名AI从业者，你经常需要在你的论文、Poster或者Slide中添加一些神经网络框图，作为新手的我也经常遇到这个问题...可以用来绘制图表，流程图，组织结构图以及插图，也可以用来组织头脑中思考的信息，组织头脑风暴的结果，绘制心智图，作为样式管理器，或设计网页或PDF文档的原型。...prototxt文件复制到左边的黑色区域，然后按下Shift+Enter即可获得可视化结果。...Caffe自带绘图工具 caffe源码中的tools文件夹下面有个draw_net.py文件。Python/draw_net.py, 这个文件，就是用来绘制网络模型的。...TensorBoard 这个工具也好用于，可以保存好多在训练网络过程中的中间结果，同时也可以可视化整个网络的架构。

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【数据可视化】Matplotlib 从入门到精通学习笔记

Stem 用来绘制二维离散数据绘制（又称为“火柴图”）Step 绘制阶梯图 Quiver 绘制一个二维按箭头...例如： subplot(233)表示在当前画布的右上角创建一个两行三列的绘图区域（如下图所示），同时，选择在第 3 个位置绘制子图。...下面，在画布（figure）中添加了行、列跨度均不相同的绘图子区域，然后在每个绘图区上，绘制不同的图形。...通俗地讲，它反映的是一个变量受另一个变量的影响程度。散点图将序列显示为一组点，其中每个散点值都由该点在图表中的坐标位置表示。对于不同类别的点，则由图表中不同形状或颜色的标记符表示。...线框图可以将数据投影到指定的三维表面上，并输出可视化程度较高的三维效果图。通过 plot_wireframe() 能够绘制 3D 线框图。

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Python中tkinter模块的常用参数总结

，参数有： column: 组件所在的列起始位置； columnspam: 组件的列宽； row：　　　组件所在的行起始位置； rowspam...组件中多行文本的对齐方式；text 　　指定组件的文本；value 　　指定组件被选中中关联变量的值；variable 　指定组件所关联的变量；indicatoron...特殊控制参数，当为0时，组件会被绘制成按钮形式;textvariable 可变文本显示，与StringVar等配合着用9、组图组件Canvas控制参数background(bg...鼠标指针离开某一组件区域；　　　滚动滚轮；　　　　按下A键，A可用其他键替代；　　　同时按下alt..._show函数的控制参数：default 指定消息框按钮；icon 指定消息框图标；message 　　指定消息框所显示的消息；parent

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GenVisR 绘制全基因组突变景观图

上期分享了ComplexHeatmap R包中的oncoprint用于绘制全基因组突变景观图（上期精彩点击ComplexHeatmap 绘制全基因组突变景观图），小伙伴们很感兴趣，后台收到很多测试和代码的需求...通过上期分享发现绘制全基因组突变景观图也不是很复杂，理顺了还是比较容易的。...今天小编仍带给大家另外一款可以绘制全基因组突变景观图的R包-GenVisR，这款R包可以绘制： mutation overview graphic mutation hotspot graphic...，R包可以通过搜索列文件名来找出作图所需要的信息。...（16）clinVarOrder：按指定顺序绘制临床信息。（17）clinVarCol：根据clinData中的变量指定颜色。（18）plotGenes：设定绘制的基因。

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好玩的文字流程图：flowchart-fun

但是，绘制流程图 / 思维导图的方式能不能更高效一些呢？比如，随手敲字，就自动生成简洁明了的可伸缩矢量图。现在，一款名叫flowchart.fun的网页工具，就实现了这样的功能。...像这样敲下一行文字，就能自动生成一个框图，输入的文字即为图上显示的文字。而想要绘制下一级框图，另起一行，用缩进就能控制：这样一个小工具，已经在 GitHub 上获得了 300+ 的标星。...并且，它能实现的效果，也不止是上面展示的这么简单，具体详情，不如一起来在线试试 ~ 功能试玩你可能也注意到了，在上图中，当输入一行： on the fly: by type 连接框图的箭头线上就出现了...比如 if 结构，就可以这样表示：并且，箭头并非只能单向连接到下一级，比如想拉一个从第 4 级框图到第 1 级框图的箭头，只需另起一行缩进，输入 ( 1 ) 。括号中的数字，即为箭头指向的列。...另外需要说明的是，图中的框线都是可以手动调整位置的。是不是还挺简单、方便的？网站地址：https://flowchart.fun/

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26.基于Excel可视化分析的论文实验图表绘制总结——以电影市场为例

文章目录：一.论文实验图表的重要性二.柱状图绘制三.饼图绘制四.折线图绘制五.条形图绘制六.词云图绘制七.方框图绘制八.重点：四象限图绘制九.重点：演员关系图谱绘制十.总结《娜璋带你读论文...本文以2022年中国电影市场数据为例，介绍基于Excel可视化分析的论文实验图表绘制方法。首先是柱状图，其效果如下图所示。...---- 五.条形图绘制为更好地比较近四年三大黄金档期票房，绘制如下图所示的条形图。第一步：假设存在近四年中国内地电影市场三大黄金档期票房。...此时的效果如下图所示：第三步：选择图像右键，设置不同字体的颜色及格式。 ---- 七.方框图绘制玫瑰方框图绘制效果如下图所示：第一步：假设2022年总票房前十的观众年龄画像如下图所示。...在“标签包括”选项中勾选“单元格中的值”。

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