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Excel的SNP数据如何变为plink格式

大家伙,我是邓飞,之前写过两篇Excle数据转为plink的格式: Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式 Excel的SNP数据变为plink格式的数据--代码分享 有些人可以成功,也有很多人各种报错...Excel格式的xls或者xlsx格式的文件 测序公司给的是xls或者xlsx格式的数据数据的格式如下: 第一列是ID 第二列是染色体 第三列是物理位置 第四列是Ref 第五列以后是每个个体的具体分型...第二,整理为map数据 第三,整理为ped数据 第四,保存为plink的格式 注意,这里的缺失定义为##,后面需要通过sed命令,将其转为00字符。...map数据: ped数据: 使用plink命令判断是否转化成功 plink --file file --missing 如果没有报错,就转化成功了。...报错总结 数据有空行,有缺失,有indel。

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    Excel的SNP数据变为plink格式的数据--代码分享

    最近,星球内有位老师问了一个问题,之前我写了一篇博客(Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式),老师说他的数据和我的一样,却报错了: 世界上有很多报错,我不为之操心,但是我的代码报错了,我就要负责到底...于是我问老师要来示例数据,测试了一下。...示例数据是这样的: 我把它放到了D盘,然后运行我的代码: setwd("D:/") library(openxlsx) library(tidyverse) library(data.table)...所以,代码有错误,不要用ped,要用点号.来表示数据的对象传参。...这里的缺失值是##,所以我们需要替换为00,在git终端下运行sed命令: sed -i 's/##/00/g' file.ped 查看plink的ped文件和map文件:(注意,我这里用cat是因为数据

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    数据类型的整数代码

    数据类型(五)数据类型的整数代码在查询元数据和其他上下文中,为列定义的数据类型可以作为整数代码返回。...CType(客户端数据类型)整数代码列在 %SQL.StatementColumn clientType 属性中。ODBC 和 JDBC 使用 xDBC 数据类型代码 (SQLType)。...可以将用户定义的数据类型创建为数据类型类。例如,可能希望创建一个最多占用 10 个字符的字符串数据类型,然后截断其余的输入数据。...语法是: minval^%apiSQL(precision,scale)如果需要将 DDL 数据类型映射到集合类型为 Stream 的 IRIS 属性,请为字符流数据指定 %Stream.GlobalCharacter...转换数据类型要将数据从一种数据类型转换为另一种数据类型,请使用 CAST 或 CONVERT 函数。

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    数据在内存中的存储——整数

    ——袁枚 1、整数的存储 任意一个整数(当然是不能超过INT_MAX的一个数字),都是以2进制的表示方式存储的,表示方法有三种,分别为原码,反码,补码 而这三种方法都是既有符号位又有数值位的两个部分,...当然不管是正数还是负数,整数的存储存放的就是补码。...==大端:==是指数据的低位字节内容保存在内存中的高地址处,而数据高字节内容,保存在内存中的低地址处。...==小端:==是指数据的低位字节内容保存在内存中的低地址处,而数据高字节内容,保存在内存中的高地址处。 记住大小端的区别,方便区分!...**但是对于c来说,是无符号的,提升的时候要按照前位补0的方法,所以到最后c的值变为了255。**当然要记住这时候还是补码,需要取反加1才会变为原码。

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    Python 的整数与 Numpy 的数据溢出

    看了图,我第一感觉就是数据溢出了。数据超出能表示的最大值,就会出现奇奇怪怪的结果。...所以新的问题是:如果说上图的数据溢出了,为何直接相乘的数却没有溢出? 由于我一直忽视数据的表示规则(整型的上限是多少?)...Numpy 支持的数据类型要比 Python 的多,相互间的区分界限很多样: ?...来作个结尾吧: Python 3 极大地简化了整数的表示,效果可表述为:整数就只有一种整数(int),没有其它类型的整数(long、int8、int64 之类的) Numpy 中的整数类型对应于 C 语言的数据类型...,每种“整数”有自己的区间,要解决数据溢出问题,需要指定更大的数据类型(dtype) ?

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    4、Redis数据结构——整数集合-intset

    整数集合 整数集合是集合键的底层实现之一,当一个集合只包含整数值元素,并且这个集合的元素数量不多时,Redis就会使用整数集合作为集合键的底层实现。...1、整数集合实现: 整数集合是redis用于保存整数值的集合抽象数据结构,它可以可以保存类型位int16_t、int32_t、int64_t的整数值,并且保证集合中不会出现重复元素。...length属性记录了整数集合包含的元素数量,也即是contents数组的长度。...虽然intset结构将contents属性声明为int8 t类型的数组,但实际上contents数组真正类型取决于encoding属性的值:【INTSET_ENC_INT16、INTSET_ENC_INT32...提升灵活性:C语言是静态类型语言,为了避免类型错误,通常不会将两种不同类型的值放到同一个数据结构里。 节约内存:如果直接让数组使用int64_t类型作为整数集合底层实现。

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    Elasticsearch数据类型及其属性

    一、数据类型 字段类型概述 一级分类 二级分类 具体类型 核心类型 字符串类型 string,text,keyword h 整数类型 integer,long,short,byte h 浮点类型 double...如果字段需要进行过滤(比如查找已发布博客中status属性为published的文章)、排序、聚合。keyword类型的字段只能通过精确值搜索到。...二进制类型只支持index_name属性。...8、 object类型 JSON对象,文档会包含嵌套的对象 9、ip类型 p类型的字段用于存储IPv4或者IPv6的地址 二、Mapping 支持属性 1、enabled:仅存储、不做搜索和聚合分析..., 范围: [-128 ~ 127] short 有符号的16位整数, 范围: [-32768 ~ 32767] integer 有符号的32位整数, 范围: [$-2^{31}$ ~ $2^{31}$

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    数据在内存中的存储之整数存储

    整数在内存中的存储 整数的2进制表示方法有三种,即原码、反码和补码 三种表示方法均有符号位和数值位两部分,符号位都是0表用示“正”,用1表示“负”,而最高的一位是被当做符号位,剩余的都是数值位。...正整数的原、反、补码都相同。 负整数的三种表示方法各不相同。 原码:直接将数值按照正负数的形式翻译成二进制得到的就是原码。 反码:将原码的符号位不变,其他位依次按位取反就可以得到反码。...对于整形来说:数据存放内存中其实存放的是补码。 为什么呢? 在计算机系统中,数值一律用补码来表示和存储。...大端(存储)模式:是指数据的低位字节内容保存在内存的高地址处,而数据的高位字节内容,保存在内存的低地址处。...小端(存储)模式:是指数据的低位字节内容保存在内存的低地址处,而数据的高位字节内容,保存在内存的高地址处。 上述概念需要记住,方便分辨大小端。

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    Redis 的底层数据结构(整数集合)

    当一个集合中只包含整数,并且元素的个数不是很多的话,redis 会用整数集合作为底层存储,它的一个优点就是可以节省很多内存,虽然字典结构的效率很高,但是它的实现结构相对复杂并且会分配较多的内存空间。...而我们的整数集合(intset)可以做到使用较少的内存空间却达到和字典一样效率的实现,但也是前提的,集合中只能包含整型数据并且数量不能太多。...整数集合最多能存多少个元素在 redis 中也是有体现的。...OBJ_SET_MAX_INTSET_ENTRIES 512 也就是超过 512 个元素,或者向集合中添加了字符串或其他数据结构,redis 会将整数集合向字典结构进行转换。...总结一下,整数集合(intset)使用了非常简洁的数据结构,可以更少的占用内存存储一些整数,但终究是基于数组的,也就避免不了不能存储大量数据的缺点。

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