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TCGA数据库:生存分析

本文介绍生存分析,其实,在R中,生存分析很简单,大家在网上能找到无数的文章。利用survival包就可以。就是按照下列公式就可以完成简单的生存分析。...fit <- survfit(Surv(生存时间, 生存状态) ~ 分组, data=数据框) 我们这里就结合基因的表达量,来进行分析。 首先加载我们的数据。...得到上面这样的数据后,我们就可以按照刚刚的公式进行生存分析了: ######################### 生存分析 library(survival) library(survminer)...如果我们要一次批量分析很多基因的高低表达与生存的关系,写一个循环,批量绘图了。...尽管本文是介绍基因表达量的生存分析,但其他的也是一样,就看你怎么分组,比如我们前面介绍SNP的数据处理后,能否做某基因突变与野生型的生存分析呢?其实都是一样的道理,其他的也是一样。

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    数据库相关异常分析

    起因 最近一段时间,生产系统持续碰到一些数据库异常,导致 sql 执行失败。...这种驱动采用 Socket 用来与数据库通信。若没有设置,一但发生网络故障,SCOKET 读取就会直接阻塞。...若没有设置,一旦如果数据库相关地址参数错误错误,将会长时间阻塞在建立数据库连接上。 使用网上一张图可以清晰的解析前三者关系。 ? 数据库相关异常分析 实际上还存在操作系统层面上 Socket 超时。...此时我们查看 executor.insert ,正常来说该方法应该会执行sql 语句,然后插入数据库。...数据库相关异常分析 查看时序图可知,在真正执行 SqlMapClientCallback 回调方法逻辑时,这个时候会首先从 DataSource 获取 Connection, 然后后面开始执行 SqlMapClientCallback

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    ApacheDoris分析数据库

    Apache Doris 是一个现代化的 MPP(Massively Parallel Processing,即大规模并行处理)分析数据库产品。...仅需亚秒级响应时间即可获得查询结果,有效地支持实时数据分析。Apache Doris 的分布式架构非常简洁,易于运维,并且可以支持 10PB 以上的超大数据集。...Apache Doris 可以满足多种数据分析需求,例如固定历史报表,实时数据分析,交互式数据分析和探索式数据分析等。...主要有三个角色:(1)Leader 和 Follower:主要是用来达到元数据的高可用,保证单节点宕机的情况下,元数据能够实时地在线恢复,而不影响整个服务。...⚫ BE(Backend):负责物理数据的存储和计算;依据 FE 生成的物理计划,分布式地执行查询。数据的可靠性由 BE 保证,BE 会对整个数据存储多副本或者是三副本。副本数可根据需求动态调整。

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    TCGA蛋白分析数据库

    该网站结合了反向蛋白质阵列(RPPA)和TCGA的蛋白质组数据库,可以后续结合TCGA的临床数据进行分析。 ?...每个体系都包括4个方面,基本操作一致,我们这里以肿瘤样本为例简要介绍一下该数据库的使用。 点击View details。 ? 进入,可以发现具体包含4个在线分析工具: ?...Summary 主要为各个肿瘤的数据预览。包括数据集所含样本数目、样本来源、蛋白质数目等信息。点击Details列的Show,可以查看该数据集的详细信息。 ? 2....1)相关性分析 选择欲要查看的数据集后,底部输入目标蛋白,即可进行查看。 ? 2)差异分析 可以对某个具体肿瘤的不同亚型进行分析,也可以对不同肿瘤进行分析。 ? ?...3)生存分析 具体操作同上,选择数据集,输入目标蛋白即可。 ?

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    数据库死锁怎么分析

    , '蜀'), (3, 'z诸葛亮', '蜀'), (8, 'c曹操', '魏'), (15, 'x荀彧', '魏'), (20, 's孙权', '吴'); 现在表中的数据就是这样的...创建死锁情景 我们先创建一个发生死锁的情景,在Session A和Session B中分别执行两个事务,具体情况如下: 我们分析一下: 从第③步中可以看出,Session A中的事务先对hero表聚簇索引的...40001): Deadlock found when trying to get lock; try restarting transaction 以上是我们从语句加了什么锁的角度出发来进行死锁情况分析的...思索分析的思路 查看死锁日志时,首先看一下发生死锁的事务等待获取锁的语句都是啥。...找到发生死锁的事务中所有的语句之后,对照着事务获取到的锁和正在等待的锁的信息来分析死锁发生过程。

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    miRNA富集分析数据库

    随着关于miRNA的研究过多,目前也有了关于miRNA功能注释的数据库也越来越多。这样的话,基于这样的数据库来进行功能预测了。...富集分析操作 2.1 数据输入 对于数据库的操作。我们只需要点击: Run MiEAA即可进行分析。剩下的,基本上就是按照数据库指引选择合适的数据和合适的分析即可。具体操作步骤包括: ? 1。...之前在关于富集分析算法的介绍,我们之前提到过,目前主要还是分ORA以及GSEA(基因富集分析算法介绍)。同样的这个数据库也可以做ORA以及GSEA两种。 ?...选择物种以及输入想要分析的miRNA。这个数据库一个支持包括人类在内的10个物种的分析 ? 4。选择想要分析数据库以及关于差异结果的定义。 ? 在以上的全部选择完成后,就可以获得结果了。 2.2....数据库其他功能 这个数据库,除了基本的可以做富集分析之外。还可以对于miRNAID转换的功能。

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    数据分析系列——SQL数据库

    数据分析系列——SQL数据库 总第49篇 ▼ 本文知识只是用作于常用的数据分析中,并未涉及专业数据库搭建等知识。...全篇分为四个部分:初识数据库数据库的操作、数据库存储数据的单元即表的基本操作、表的操作基础。全文较长,建议收藏,可当做sql使用教程。 1 初识数据库 ? 2 操作数据库 ?...创建数据库 使用数据库时第一步就是要创建数据库,SQL中的数据库通常由数据文件和事务日志组成,一个数据库可以有一到多个数据文件和事务日志组成。...2、查看创建的数据库: (1)、使用sp_helpdb命令可以查看所有的数据库,包括系统数据库。 (2)、使用sp_helpdb+ 数据库名字,可以查看该数据库数据文件和事务日志。...修改数据库 1、给数据库改名 (1)、使用ALTERDATABASE 语句更改 ? (2)、使用存储过程sp_renamedb更改 ? 2、给数据库换容量 ?

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    下载新冠分析数据库

    背景 一些分析需要与数据库进行比对,例如 blast 比对,物种分类鉴定等,这里我们下载两个数据库,一个是 NCBI 提供的一个用于 blast 比对的新冠病毒库,另外是利用 centrifuge...一、blast 比对数据库 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/Betacoronavirus.00.tar.gz wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...解压使用 tar -zxvf Betacoronavirus.00.tar.gz 循环解压 for i in *.tar.gz;do tar -zxvf $i;done; 二、物种分类数据库...该数据库包含人类全基因组,病毒基因组以及 106 个新冠病毒基因组,不包含细菌基因组序列,这样比对速度更快,结果更加简单。...download=1 tar -zxvf h+v+c.tar.gz 这样的话,我们前面的准备工作就做好了,下载了参考序列基因组和测序数据,用了数据库,软件也安装完毕。

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    分析数据库之MonetDB

    MonetDB起源于二十世纪90年代,一个数据挖掘项目需要一个分析数据库,CWI开发了一叫Data Distilleries,该产品成为了MonetDB的早期产品。...对于定长的数据类型(integer、decimal、float等),实际上存储就是实际数据的数组。...腾讯数据库技术团队对内支持QQ空间、微信红包、腾讯广告、腾讯音乐、腾讯新闻等公司自研业务,对外在腾讯云上支持TencentDB相关产品,如CynosDB、CDB、CTSDB、CMongo等。...腾讯数据库技术团队专注于持续优化数据库内核和架构能力,提升数据库性能和稳定性,为腾讯自研业务和腾讯云客户提供“省心、放心”的数据库服务。...此公众号和广大数据库技术爱好者一起,推广和分享数据库领域专业知识,希望对大家有所帮助。

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    Oracle数据库RAC原理分析

    Oracle Real Application Clusters(RAC)是Oracle数据库的一种高可用性解决方案,它允许多个数据库实例在一组共享存储上并行运行,从而提供更高的性能和容错能力。...本文将详细分析Oracle RAC的工作原理。一、RAC的基本概念1. Cluster一个Cluster是由两个或多个独立的、通过网络连接的服务器(Servers)组成的。...Oracle RACRAC是Oracle的一个软件结构,将数据库文件存放在物理或逻辑上连接每个节点的磁盘上。...实例和服务实例(Instance):实例是Oracle数据库的运行实体,包括内存结构和后台进程。服务(Service):服务是用户和客户端连接的接口,它可以包含一个或多个实例。6....三、RAC的关键进程RAC实例比普通实例多一些后台进程,这些进程主要用于管理全局资源,维持数据库在每个实例中的一致性。

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    数据库设计(一) 需求分析

    目前,大多数的应用系统都属于数据库应用程序,都离不开数据库的支持。数据库设计方案的优劣对于应用程序的运行至关重要。...数据库设计过程就是针对具体的应用环境,设计优化的逻辑模式,并根据所采用的数据库系统设计物理结构,最后建立应用程序的数据库。...数据库设计过程可以理解为提出问题、分析问题、解决问题的过程,具体包含6个步骤:需求分析、概念结构设计、逻辑结构设计、物理结构设计、数据库实施、数据库运行和维护。下图是数据库的总体设计过程。 ?...需求分析的的主要任务是熟悉系统的业务,明确用户的需求。终点是调查与分析用户在信息管理中的数据要求、处理要求、安全性与完整性的要求。...需求分析一般采用自上而下的需求分析方式,用数据流图和数据字典维护系统。 数据流图用来描述系统的逻辑模型,它描述数据流在系统中的流动情况和处理情况,是逻辑系统图形表示。

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    如何使用 Doris 分析 Mysql 数据库数据

    因此,如需对 Mysql 进行数据分析,使用 Doris 的迁移成本较低。...另外加上 Doris 各种优秀的计算能力,对原 Mysql 开发人员来说,基于 Doris 进行 Mysql 数据分析是一个良好的选择。...基于 Mysql binlog + Canal 实现实时同步 图片 4基于 Mysql binlog + Flink CDC 实现实时同步 Flink CDC 基于数据库日志的 Change Data...Capture 技术,实现了全量和增量的一体化读取能力,并借助 Flink 优秀的管道能力和丰富的上下游生态,支持捕获多种数据库的变更,并将这些变更实时同步到下游存储。...Flink SQL 原生支持的 Changelog 机制,可以让 CDC 数据的加工变得非常简单。用户通过 SQL 便能实现数据库全量和增量数据的清洗、打宽、聚合等操作,极大地降低了用户门槛。

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    开源数据库分析报告:深入了解开源数据库

    https://ossinsight.io 发布了一份有趣的关于开源数据库分析报告。...从4,572,765,143个GitHub事件中统计分析了开源数据库的许多深刻见解,例如数据库流行度、数据库贡献者、编码活力、社区反馈等。...以下为分析的全文: 数据库流行度 近十年 下图分别展示了过去十年开源数据库每年累计获得的star数及其增长趋势。 image.png 哪些数据库在 2021 年经历了人气热潮?...image.png 哪些国家和地区最青睐数据库? 下面的地图描述了数据库观星者的地理分布。这张地图上的色点越大越深,分布的数据库观星者就越多。 image.png 哪些公司最喜欢数据库?...助您轻松管理和运维集群,高效构建日志分析、运维监控、信息检索、数据分析等业务。通过此链接,你可以免费开启你的使用之旅。

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    故障分析 | MySQL 数据库升级后,数据库怎么卡住了

    作者:王顺 爱可生 DBA 团队成员,在公司负责项目中处理数据库问题,喜欢学习技术,钻研技术问题。...---- 问题背景: 第一天晚上 MySQL 数据库升级,版本从5.6.22到5.7.32,升级过程很顺利,业务验证正常。 两天后业务人员反馈数据库卡住了,sql 执行下去数据库没反应。...现象: 连上数据库看看发现了什么…… mysql> show processlist; +-------+-------------+---------------------+-------+----...原因分析 根据前面业务人员的描述,升级前直接运行 insert 语句中的查询语句20分钟可以出数据数据库升级后查询跑不出数据。测试环境升级后并没有验证这两个跑批。...本文关键字:#数据库升级# #派生表# ----

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    故障分析 | MySQL 数据库升级后,数据库怎么卡住了

    作者:王顺 爱可生 DBA 团队成员,在公司负责项目中处理数据库问题,喜欢学习技术,钻研技术问题。 本文来源:原创投稿 *爱可生开源社区出品,原创内容未经授权不得随意使用,转载请联系小编并注明来源。...问题背景: 第一天晚上 MySQL 数据库升级,版本从5.6.22到5.7.32,升级过程很顺利,业务验证正常。 两天后业务人员反馈数据库卡住了,sql 执行下去数据库没反应。...现象: 连上数据库看看发现了什么…… mysql> show processlist; +-------+-------------+---------------------+-------+----...原因分析 根据前面业务人员的描述,升级前直接运行 insert 语句中的查询语句20分钟可以出数据数据库升级后查询跑不出数据。测试环境升级后并没有验证这两个跑批。...官方文档:https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/derived-table-optimization.html 解决方案 是在数据库中关闭这个优化器配置 是改写业务

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    使用 NoSQL 数据库分析大规模数据

    NoSQL 入门 NoSQL 数据库被更多的人所关注是因为它在解决大规模数据的可扩展性上有它独到的解决方案。...无模式的数据存储模型与传统的关系型数据库有着本质上的区别,但是它们并不像想象中那么难以使用。 阅读: Java 开发 2.0: NoSQL 2....流行 NoSQL 数据库实用指南 现在,您已经对 NoSQL 有了一些基本的认识,是时候去认识一些目前流行的数据库了。...使用 MapReduce 分析分布式数据 大规模数据解决方案中的一项重要技术就是 MapReduce,它是一个由 Google 提出的用于处理大规模、分布式数据集的编程模型以及实现。...阅读: 用 Hadoop MapReduce 进行大规模数据分析 阅读: 用 MapReduce 解决与云计算相关的 Big Data 问题 阅读: 使用 Apache Hadoop 挖掘现有数据 下载

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    数据分析sql技能之数据库导入

    ---- 作为数据分析师很多时候由于各种原因无法直接连接到数据库上进行sql操作。 尤其是需要大量数据计算的时候,虽然只是查询操作,但是不小心会产生非常大的CPU消耗,影响正常业务。...这个时候我们需要将线上的数据库导入到本地的mysql进行离线分析。...步骤如下: 本地安装好mysql数据库,如果需要导入的文件比较大,需要修改mysql数据库的配置文件my.cnf中的max-allowed-packet 选项,否则导入的过程中会产生如下错误: ERROR...127.0.0.1 max-allowed-packet = 1073741824 修改后重新启动mysql服务,mac下命令如下: mysql.server restart 导入sql文件 # 创建一个数据库...create database demo; mysql> use demo; # 导入sql文件 mysql> source /path/to/data.sql 导入完成后就可以在本地肆无忌惮的进行各种各样的数据分析

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