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    Trimmomatic 数据过滤

    Trimmomatic 是一个很常用的 Illumina 平台数据过滤工具。支持 SE 和 PE 测序数据。...:1:TRUE LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 -threads 8 MINLEN:50 done 处理步骤及主要参数: Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关...,通常的过滤步骤如下: ILLUMINACLIP: 过滤 reads 中的 Illumina 测序接头和引物序列,并决定是否去除反向互补的 R1/R2 中的 R2。...SLIDINGWINDOW: 从 reads 的 5’ 端开始,进行滑窗质量过滤,切掉碱基质量平均值低于阈值的滑窗。...MAXINFO: 一个自动调整的过滤选项,在保证 reads 长度的情况下尽量降低测序错误率,最大化 reads 的使用价值。 LEADING: 从 reads 的开头切除质量值低于阈值的碱基。

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    illumina数据质控过滤

    背景 我们拿到测序的原始数据后,其实并不是所有的都是能用的数据,我们需要先做质控与过滤。首先认识下碱基的指标Q20(百分之一出错率),质量值>=Q20:好碱基,质量值<Q20:坏碱基。...fastqc -f fastq -o illumina_qc/ illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 碱基质量分布图 碱基含量分布图 二、数据过滤...学习目标: 1、知道为何要进行数据过滤; 2、掌握数据过滤的内容; 3、掌握数据过滤软件 fastp 以及 SOAPnuke 的使用; 4、了解其他过数据滤软件...; 利用 fastp 进行数据过滤 fastp 数据过滤 fastp -i illumina_1.fastq.gz -I illumina_2.fastq.gz -o clean.1.fq.gz -O...1、不要求100%精确,原则是不影响后续分析 2、可以根据最终结果,重新过滤数据 三、过滤完质控 过滤完质控 mkdir illumina_clean fastqc -f fastq

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    转录组数据过滤-4

    生信技能树学习笔记 数据过滤条件 测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列,为了保证信息分析的准确性, 需要对原始数据进行质量控制,得到高质量序列(即Clean Reads),原始序 列质量控制的标准为...: (1) 去除含接头的reads; (2) 过滤去除低质量值数据,确保数据质量; (3) 去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%的reads;(可以根据实际情况) 数据过滤-trim_galore...前台运行命令 暂停命令 Ctrl+Z 查看命令ID 前台转后台 杀程序 后台:Kill -9 %1 前台:Ctrl+C 如何检查脚本内容:echo命令 使用echo将命令打印出来查看是否变量等有错误 数据过滤数据过滤...-trim_galore运行结果 第二种数据过滤软件——fastp https://github.com/OpenGene/fastp 特点:快 fastp常用参数 注意大小写 小技巧:\的妙用 表示手动换行...cleandata}/${id}.fastp.jsondone # 运行fastp脚本nohup bash fastp.sh >fastp.log & 报告解读 总结 去掉的接头 过滤前后的碱基质量

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    python过滤 Kubernetes api数据

    default/endpoints services api地址 http://ip地址:端口/api/v1/namespaces/default/services 下面主要展示 endpoints api的部分数据...                        "protocol": "TCP"                     }                 ]             }         ]     }, ] } 需要提取以下数据...二、数据结构 上面的api需要提取6个字段信息,最终的数据结构如下: {     "voucher-center-master":[         {             "ip":"192.169.167.105...python3 # coding: utf-8 import sys import json import socket import ipaddress import requests """ 要求的数据格式...那么有了这些数据,就可以做端口的健康检测了!

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    1.状态数据过滤隔离

    在Fabric中,一般来说我们有四种隔离方法,从软到硬分别是: 1.状态数据过滤隔离 我们知道状态数据都存储在一个KV数据库,而我们可以通过构建特定的前缀实现数据存入和数据查询时的过滤。...如果是有区块链浏览器提供的话,我们也需要给浏览器进行改造,使得在浏览数据前用户必须选择租户ID,然后根据租户ID展示数据。...优缺点: 这样做可以实现一种逻辑上的数据隔离,实际上所有租户的链上数据都存在同一个区块链中,只是根据调解过滤而已,具有数据泄露的风险,还有因为某租户高频交易导致整个区块链交易大量堆积,排队等待打包的情况...而且以后想单独把某个租户的所有数据独立出来基本上是不现实的。 2.通道隔离 我们为每个租户都创建一个对应的通道,由于通道与通道之间是数据隔离的,所以可以实现租户之间的数据隔离。...优缺点: 我们这样做算的上是数据的所谓物理隔离(因为不同通道是不同数据库,或者是磁盘上不同文件夹位置),但是仍然要求各个通道的数据在同一个组织和节点下,所以还不能算真正的物理隔离。

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    Redis(5)——亿级数据过滤和布隆过滤

    一、布隆过滤器简介 上一次 我们学会了使用 HyperLogLog 来对大数据进行一个估算,它非常有价值,可以解决很多精确度不高的统计需求。...如上图所示,布隆过滤器(Bloom Filter) 就是这样一种专门用来解决去重问题的高级数据结构。...可能是一个不错的解决方案,理论上时间复杂度可以达到 O(1 的级别,但是当数据量起来之后,还是只能考虑布隆过滤器。...二、布隆过滤器原理解析 布隆过滤器 本质上 是由长度为 m 的位向量或位列表(仅包含 0 或 1 位值的列表)组成,最初所有的值均设置为 0,所以我们先来创建一个稍微长一些的位向量用作展示: 当我们向布隆过滤器中添加数据时...,亿级数据过滤算法你值得拥有!

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    筛选老师-过滤器模式:解耦逻辑,实现灵活的数据过滤

    大家看名字就应该清楚 过滤器模式就是用来过滤数据的,与策略模式不同,过滤器模式属于结构型模式,这种模式允许开发人员使用不同的标准来过滤一组对象,通过运算逻辑以解耦的方式将它们连接起来。...过滤器模式可结合多个标准来获得单一标准。简单点说就是用不同的规则来过滤数据。在过滤器模式中。...主要有三种角色抽象过滤器undefined 抽象过滤器即定义了各个规则下过滤的原则 具体过滤器具体过滤器则针对每一种情况对其进行过滤过滤对象过滤对象即是过滤的主体内容上面这张图就表示了这种关系在接口中定义了一个过滤的方法...在TeacherContext中可以有这样一些属性待筛选的老师集合是否满足条件筛选所需的其余条件这样在每个实现中只需要执行过滤,返回数据就可以。...,时间过滤,年龄过滤,这样,代码的可维护性就会上一个档次注意点首先 在定义具体过滤器时应对使用尽可能低的粒度。

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    SQL学习之高级数据过滤

    一、高级数据过滤之IN操作符 IN 操作符用来指定条件范围,范围中的每个条件都可以进行匹配。IN取一组由逗号分隔、括在圆括号中的合法值。...现在我们需要检索ItemId值为0002和0004的行记录数据, (1)第一种写法,通过or操作符 select ItemId,ItemName,CheckValueNum,CheckValueString...第三点:重要的一点是IN操作符一般比一组OR操作符执行的更快(上面的例子中可能无法察觉,但是一旦查询的数据量大的话,就能看出来) 第四点:超级重要的一点就是IN操作父可以包含其他的select语句,能够更动态的建立...NOT关键字可以用在要过滤的列前,而不仅实在其后。...现在我们需要ResultLevel列值不为-1的所有数据行 第一种写法:"代表!

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    MySQL(二)数据的检索和过滤

    column from table; 该SQL语句的检索结果将返回表中的所有行,数据没有过滤过滤将得出结果集的一个子集),也没有排序(如没有明确排序查询结果,则返回数据的顺序没有特殊意义,只要返回相同数目的行...三、过滤数据 数据库包含大量的数据,很少需要检索表中所有航,通常会根据特定操作或报告需要提取表数据的子集; 只检索所需数据需要指定搜索条件(search criteria),搜索条件你也被称为过滤条件...(filter condition) 1、where子句 select语句中,数据根据where子句中指定的搜索条件进行过滤,where子句在表名(from子句)之后给出 select column from...,一定要验证返回数据中确实给出了被过滤列具有null的行) 四、使用操作符过滤数据 操作符(operator):用来联结或改变where子句中的子句的关键字。...not操作符有且只有一个功能,就是否定它之后所跟的任何条件 MySQL支持使用not对in、between和exists子句取反,这与其他多数DBMS允许使用not对各种条件取反有很大差别 五、使用通配符过滤数据

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