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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？我刚接触生物信息学，你的建议对我很有用。
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
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序列比对
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我想用uniprot和pdb序列进行成对比对。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件，如下所示。pdb id uniprot id
1e43 P00692首先，我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot序列3)进行比对并计算序列同一性。通常，我使用以下程序进行成对比对和seq.identity计算。
浏览 6提问于2013-02-08得票数 0
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我有数以千计的DNA序列，范围在100到5000 bp之间，我需要对指定对进行比对并计算身份得分。the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对的工具，但它们主要只能将比分写入输出文件中，需要再次读取和解析，以便检索和使用比对分数。有没有什么工具可以像pairwise2那样在python环境中对序列进行比对并返回比对分数，而不会造成
浏览 1提问于2015-11-10得票数 4
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我有一个多序列比对(Clustal)文件，我想读取这个文件，并以这样一种方式排列序列，使其在顺序上看起来更清晰和精确。我想要做的是在每行中只打印50个序列，并一直打印到比对文件的末尾。
我希望从输出。
浏览 5提问于2010-05-22得票数 0
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我正在寻找一个在视窗和Linux上使用C#的NoSQL数据库。我更喜欢这样的解决方案，我可以在我的应用程序中拥有DB服务器(作为程序集".dll")，并且不需要专用服务器。原生Mono支持将比对现有数据库解决方案(如 )打补丁更好
谢谢你的帮助。
浏览 3提问于2012-05-30得票数 0
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有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件，直到它们都达到一定的长度，以便我可以将它们添加到多个序列比对中？类似于这里的答案，除了多个序列，没有文本文件，最后它都应该被合并到一个多序列比对中。最终目标是所有序列都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15提问于2019-12-01得票数 0
我正在尝试检索两个序列的比对分数，使用biopython中的emboss进行比较。据我所知，唯一的方法是从emboss生成的输出文本文件中检索它。问题是将有数百个这样的文件需要迭代。有没有一种更简单、更干净的方法来检索比对得分，而不是求助于此？这是我使用的代码的主要部分。
浏览 3提问于2013-08-19得票数 0
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我在CentOS客户操作系统上，在VirtualBox上。我需要使用它的公共IP通过SSH连接到这个服务器。更重要的是，我需要从客户主机内连接到这个服务器。SSH输出只是ssh: connect to host xx.xxx.xxx.xxx port 22: Connection refused
我能够通过主机连接到服务器。
浏览 0提问于2016-12-20得票数 0
我在Linux机器上，试图用Tomcat 6实例替换Apache2实例。我通过在适当的pid上运行杀死来关闭Apache实例，但是当我试图访问任何页面时，我会得到一个错误504，而不是404。对端口80的请求返回速度比对端口8080的请求快得多。你知道我能做些什么让Tomcat 6启动并运行吗？
浏览 0提问于2011-10-12得票数 0
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题，譬如现在有一串字符串s1=“agtcgtaatgc”,想将另一个字符串s2="cgaa"比对到s1上，可以看到s2并非完全比对到s1上面，其中是有一个错配的。现在我要实现的就是寻找s2比对到s1上面的错配最少的位点。
浏览 779提问于2017-11-27
长话短说，我有一个重要的Python应用程序，它在Linux上比对"losetup“、"mount”等的调用更好。本质上是消耗系统资源，这些资源必须在完成时释放。
浏览 1提问于2008-09-18得票数 12
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我有一台旧的XP PC，它看起来不像是一个很好的分区选择--各种不可移动的文件和文件无法被碎片化。奔腾4，2.79 GHz，1GB内存，约30 GB自由安装前。在这行中将ro替换为rw：
linux /boot/vmlinuz-3.13.0-24-generic root=UUID=AAC884AC1F144321我对MS和DOS比较有经验(我对命令行很满意)，但不是Linux<
浏览 0提问于2014-08-06得票数 1
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在进行成对序列比对时，序列文件的典型大小是多少？我们能把生物体的整个基因组统一起来吗？
浏览 4提问于2014-04-06得票数 0
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我想提取两个字符串(DNA序列)并生成比对分数。我找到了解密包，但它只允许我生成比对，而不是比对分数。我也试过使用“生物字符串”，但我无法生成分数。 谢谢你的帮忙!
浏览 9提问于2019-08-30得票数 0
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我试图在Linux机器上对一些磁盘进行一些性能测试。我得到了一些不一致的结果，在同一个磁盘上运行相同的测试。我知道磁盘具有不同的性能，这取决于正在访问的磁盘的哪个部分。特别是，由于接近恒定的数据密度和恒定的转速，对磁盘外部的读写比对磁盘内部的读写具有更高的吞吐量。如果没有，我想我可以编写一些东西，直接查找、读取和写入设备文件本身，绕过(并摧毁)文件系统，但我希望避免这种情况。我目前正在3.0内
浏览 0提问于2011-09-09得票数 11
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我正在尝试使用'Needleman -Wunsch‘的“全局比对”算法实现蛋白质成对序列比对。
我不清楚如何在我的源代码中包含'Blosum62矩阵‘来做评分或填充二维矩阵？我在谷歌上搜索了一下，发现大多数人都建议使用包含标准“Blosum62矩阵”的平面文件。这是否意味着我需要从这个平面文件中读取并填充我编码的"Blosum62矩阵“？
浏览 1提问于2010-03-04得票数 3
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如何在R中执行基本的多序列比对？
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(我试过在上问这个问题，但文本挖掘的人可能会认为有更好的解决方案，所以我也在这里转发这篇文章)我没有一个基本的模式可以匹配。
浏览 2提问于2010-12-21得票数 9
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. &我对Windows比对Linux更熟悉。是否有与start命令等效的Linux？
浏览 1提问于2012-11-16得票数 1
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