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    Advanced Science | 利用动态集成剪枝来识别和解释单细胞分子异质性和转录调控

    本文介绍吉林大学李向涛教授课题组发表在Advanced Science的研究成果,题为“Reliable Identification and Interpretation of Single-cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning”。无监督聚类是从单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中识别细胞类型的一个重要步骤。然而,无监督聚类模型的一个共同问题是,在没有监督信息的情况下,目标函数的优化方向和最终生成的聚类标签可能是不一致的,甚至是任意的。为了应对这一挑战,作者提出了一个动态集成剪枝框架(DEPF)来识别和解释单细胞分子的异质性。特别是,开发了一个基于剪影系数的指标来确定双目标函数的优化方向。此外,采用分层自动编码器将高维数据投射到多个低维潜空间集,然后通过基本聚类算法在潜空间中产生聚类集合。随后,设计了一种双目标果蝇优化算法,以动态地修剪集合中的低质量基本聚类。

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