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R语言nlme、nlmer、lme4用(非)线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

nlsfit1 nls(X ~ SSfp) coef(nlsfit1) 可以用gnls来拟合组间差异(我需要指定起始值 我的第一次尝试不太成功。...,该函数还需要计算相对于固定效应参数的梯度。...为了确定,我应该按照同样的思路生成一个更大的人工数据集,看看我是否能让它工作起来。 现在我们可以用稳定版(lme4.0)得到一个答案。...似然分析 计算一个( sigma^2_R ) 似然函数的代码并不难,但运行起来有点麻烦:它很慢,而且计算在置信度下限附近的几个点上出现了非正-无限矩阵;我运行了另一组值,试图充分覆盖这个区域。...在sigma^2_R 上的95%剖面置信区间是{0.0386,0.2169}。

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Broom |tidy up a bit,模型,检验结果一键输出!

结果如上,只需要将上面的P值,R squared,Adjusted R squared等关心的模型结果,用时间和耐心“精确”的复制粘贴出来就可以了!...嫌麻烦的小伙伴可以用broom试一下,其实只一行就行。 R-broom提取结果 1)tidy函数 library(broom) #返回模型的统计结果的数据框 tidy(lmfit) ?...对于广义线性模型(glm) 和非线性模型(nls)同样适用,可自行尝试。 生存分析 生信分析常用的生存分析,结果是否可以提取呢? 答案是可以的,参数上稍微有点区别。...基础方法提取 #通过函数来提取关键结果 coef(summary(fit_cox)) #提取HR和95%置信区间 exp(coef(fit_cox)) #提取HR的95%置信区间 exp(confint...注:上述返回值只有一行,与 glance函数返回相同的结果,自行尝试。

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    来自全球大厂的100+数据科学面试Q&A!

    用简单的话来说,当系数估计趋势时,R平方代表最佳拟合线周围的散布。 但是,每增加一个独立变量到一个模型中总是会增加R平方值,因此,具有多个自变量的模型似乎更适合,即使并非如此。...问22:如何检查回归模型是否与数据吻合? 你可以使用几个指标: R平方/调整后的R平方:相对拟合度。...然后可以进行研究,看看葡萄酒如何影响睡眠。 问18:缺失数据的均值插补是否可以接受?为什么或者为什么不? 均值插补是用数据均值替换数据集中的空值。 均值插补通常是不好的做法,因为它没有考虑特征相关性。...其次,均值插补减少了数据的方差,并增加了我们数据的偏差。由于方差较小,导致模型精度较低,置信区间较窄。 问19:什么是离群值?解释如何筛选离群值,以及在数据集中发现离群值时将如何处理?...有几种方法可以识别离群值: z分数/标准差:如果我们知道数据集中99.7%的数据位于三个标准差之内,那么我们可以计算一个标准差的大小,将其乘以3,并确定超出此范围的数据点。

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    突破最强算法模型,回归!!

    例如,对于一个特征 x ,多项式回归可以考虑添加 x^2 、 x^3 等项。...直接删除含有缺失值的记录是否是一个好主意,还是有其他更好的方法?” 大壮答:处理缺失数据是数据预处理中非常重要的一步,因为缺失值可能影响模型的性能和准确性。...不是总是移除异常值,而是根据具体情况综合考虑不同的处理方式。 # 理解p值和置信区间 读者问:“在回归分析中,模型系数的p值和置信区间有什么作用?如果p值很高,这意味着什么?”...模型系数的p值 作用: p值用于检验一个模型系数是否显著不同于零,也就是该变量对响应变量是否有显著影响。 原理: 在假设检验中,p值表示在零假设成立的情况下,观察到当前统计量或更极端统计量的概率。...原理: 置信区间是一个区间估计,通常表示在给定置信水平下,我们对模型系数的估计在某个区间内。 2 个关键点: 置信水平: 通常使用95%的置信水平,表示我们对真实模型系数在置信区间内的信心水平。

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    R语言广义线性混合模型(GLMM)bootstrap预测置信区间可视化

    置信区间(CI)的重点在于回归线,其可以解释为(假设我们绘制的是95%的置信区间):“如果我们重复抽样X次,那么回归线将有95%的概率落在这个区间内”。...另一方面,预测区间的重点在于单个数据点,其可以解释为(同样假设我们绘制的是95%的置信区间):“如果我们在这些特定的解释变量值上抽样X次,那么响应值将有95%的概率落在这个区间内”。...= 20)) # 生成一个新的数据框newdat,其中x是从0到10的等差序列,长度为20 这段代码是继续上面的线性混合效应模型(LMM)分析的,它计算了预测值、预测区间和置信区间,...在R中,可以使用bootMer函数(来自lme4包)或predictInterval函数(来自merTools包)来近似计算这些区间。...那里的想法是从模型中模拟N次新数据,然后获取一些感兴趣的统计数据。在我们的案例中,我们感兴趣的是通过推导自举拟合值来获取回归线的置信区间。bb$t是一个矩阵,其中列是观测值,行是不同的自举样本。

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    Nat Med | 在中国,通过‘一刀切’的方法提高退休年龄可能无法有效实现延长工作年限的目标

    Sensitivity analyses 敏感性分析 Para_01 不同转换概率模型的敏感性分析结果非常相似,无论插值时间较短、每年转换还是插值时间较长,这表明健康寿命期望(HWLE)的估计对插值步长不敏感...) 软件版本 0.99r2449 进行插值。...Para_08 HWLE 置信区间的标准误差是通过使用泰勒级数近似转换概率,从估计的转换概率方差和协方差中得出的,可以进一步计算出 HWLE 95% 置信区间。...对于总人口和亚组分析,健康期望寿命使用每年过渡概率模型进行估计,插值步长为12个月。 由于男性或女性分层的亚组中观察到的过渡频率较低,因此从2年过渡概率模型进行估计,插值步长为24个月。...除非另有说明,否则使用年过渡概率模型计算健康期望寿命,插值步长为12个月。 其次,我们使用较短的插值(6个月步长或9个月步长)和较长的插值(24个月步长)构建过渡概率模型来计算TLE和健康期望寿命。

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    ISLR线性回归笔记

    对单个的predicter做是否有效(不等于0)的检验可以使用t-test,但是对整体做是否有效(至少有一个系数不等于0)则需要用F-test。...R2:lm.fit的R2为0.606,意味着mpg有60.6%的方差可以被horsepower解释。 ---- 3.相关关系是负相关,因为horsepower的coefficient系数为负。...‾‾‾‾‾√ RSE = \sqrt{RSS/(n-2)} RSE可以被用来计算置信区间(confidence intervals),95%的置信区间意味着有95%的概率区间包含真实值,区间具体为...决定重要的变量 forward selection:从0变量开始逐个重复增加变量。 back selection: 从全模型开始移除最大的P值变量。...mixed selection:先增加,增加的过程中删除变大的且不满足p值要求的变量。 模型拟合 当加入新的变量,R2总是提高的,但是RSE不一定,两者都要参考决定适合的模型。

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    【机器学习】乱象中寻序,虚实间求真:统计学连接数据与真理的桥梁

    备择假设(Alternative Hypothesis, H_1 ):假设有显著的效果或差异。 通过计算p值,我们可以判断是否拒绝零假设。...1.2.3 置信区间 置信区间(Confidence Interval)是通过样本数据推断总体参数的一种方式。例如,95%的置信区间表示我们有95%的信心认为总体参数位于该区间内。...通过统计推断,我们可以回答以下问题: 总体均值是多少? 两个总体的均值是否显著不同? 某个变量是否对另一个变量有显著影响?...比如,95%的置信区间表示我们有95%的信心认为总体参数位于该区间内。 在机器学习中,置信区间可以帮助我们评估模型参数的稳定性,或者推断某些统计量(如均值、比例等)的范围,从而增强对结果的信心。...{x} :样本均值 Z_{\alpha/2} :标准正态分布的临界值(例如,95%置信水平时, Z_{0.025}=1.96 ) s :样本标准差 n :样本数量 2.3.3 示例:居民收入的置信区间计算

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    R基于贝叶斯加法回归树BART、MCMC的DLNM分布滞后非线性模型分析PM2.5暴露与出生体重数据及GAM模型对比

    分布滞后函数 f(x_i) 可以有多种线性及非线性形式。DLNM允许每个时间点的暴露与结果之间存在独特的非线性关联。...(二)树形DLNM方法 我们引入一个基于贝叶斯加法回归树(BART)框架的树和模型来估计暴露 - 时间 - 响应函数 f(x_i)。...树DLNM摒弃了基函数强加的平滑性假设,然而,当不同树的时间和暴露断点交错时,树的集成可以近似平滑函数。...用于BART的MCMC方法不适用于当前模型,原因有两个:一是奇普曼等人的算法依赖于这样一个事实,即任何特定的预测变量向量 x_i 都包含在每棵树的单个终端节点中,而树DLNM将与每个观测值相关的暴露划分到各个终端节点中...在这方面的 RMSE 高于部分基于样条的模型,因为基于样条的模型在数据点稀少的极端暴露值处插值效果更好。

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    广义估计方程和混合线性模型在R和python中的实现

    提供了与Wald检验相关的p值。它指示系数是否具有统计显著性。Estimate_95CI:$\beta$置信区间提供可以合理确信真实总体参数位于其中的范围。...Estimate 和 Std.err 值用于计算置信区间。例如,micro 变量的比值几率的95%置信区间可能是 [-23.75, -16.72]。...该区间表示可以有95%的信心,真实的GFR比值几率位于-23.75和-16.72之间。OddRatio:风险值,一般用于逻辑回归,可以通过对系数估计进行指数化来计算比值几率。...Estimate_95CI:$\beta$置信区间提供可以合理确信真实总体参数位于其中的范围。Estimate 和 Std.err 值用于计算置信区间。...例如,micro 变量的比值几率的95%置信区间可能是 [-25.04, -15.44]。该区间表示可以有95%的信心,真实的GFR比值几率位于-25.04和-15.44之间。

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    matlab—回归与内插(完结)

    十七、拟合(回归)与内插 17.1 polyfit()     假设当前有一组身高数据,与其对应的有一组体重数据,我们要分析两者之间是否有某种关联,这时就需要用到曲线拟合函数polyfit,其调用格式为...    b 回归得到的自变量系数     bint b的95%的置信区间矩阵     r 残差向量     rint 区间矩阵 17.4 插值     拟合与插值是数学建模中常用的两种数据分析的方法,...说明 y=interp1(x,Y,xi) 由已知点集(x,Y)插值计算xi上的函数值 y=interp1(x,Y,xi) 相当于x=1:length(Y)的interp(x,Y,xi) y=interp1...(x,Y,xi,method) 用指定插值方法计算插值点xi上的函数值 y=interp1(x,Y,xi,method,’extrap’) 对xi中超出已知点集的插值点用指定插值方法计算函数值 y=interp1...图17-3 插值     当然,插值不止可以用于平面中,还可以用于三维图中,函数是interp2,参数及方法类似,zi = interp2(x,y,z,xi,yi,method),读者下去练习即可 十八

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    R语言贝叶斯广义线性混合(多层次水平嵌套)模型GLMM、逻辑回归分析教育留级影响因素数据|附代码数据

    在频率论模型中,使用 95% 的不确定性区间(置信区间)背后的想法是,在重复抽样的情况下,95% 的结果不确定性区间将覆盖真实的总体值。...这让我们可以说,对于给定的 95% 置信区间,我们有 95% 的置信区间包含真实的总体值。然而,它不允许我们说置信区间有 95% 的机会包含真实的总体值(即 频率论不确定性区间不是概率陈述)。...请注意,估计值的 68%(较粗的内线)和 95%(较细的外线)置信区间都包括在内,以使我们对估计值的不确定性有所了解。 模型评估 我们了解到我们可以使用似然比检验和 AIC 来评估模型的拟合优度。...#使用`prdct()`函数,从拟合的模型中计算出原始数据中学生的预测概率 Prd <- prdct(BadlBay, type = "espnse") Ped  0.5...保持其他一切不变,随着 MSESC 增加,学生留级的概率降低(从 0.19 到 0.08)。灰色阴影区域表示每个 值处预测值的 95% 置信区间 MSESC。

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    R语言JAGS贝叶斯回归模型分析博士生延期毕业完成论文时间|附代码数据

    向下滑动查看结果▼ 相关视频 ** 拓端 ,赞36 准备--导入和探索数据 数据是一个.csv文件,但你可以使用以下语法直接将其加载到R中。 一旦你加载了你的数据,建议你检查一下你的数据导入是否顺利。...重要的是要认识到,置信区间只是构成一个模拟量。在从人口中抽取的无限多的样本中,构建(95%)置信区间的程序将使其在95%的时间内包含真实的人口值。...另外,你也可以使用后验的平均数或中位数。使用相同的分布,你可以构建一个95%的置信区间,与_频率_主义统计中的置信区间相对应。除了置信区间之外,贝叶斯的对应区间直接量化了人口值在一定范围内的概率。...所关注的参数值有95%的概率位于95%置信区间的边界内。与置信区间不同,这不仅仅是一个模拟量,而是一个简明直观的概率声明。...结果是否与默认模型有可比性?** ** 问题:使用不同的先验,我们最终的结论是否相似? 要回答这些问题,按以下步骤进行。我们可以计算出相对偏差来表示这种差异。

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    R语言JAGS贝叶斯回归模型分析博士生延期毕业完成论文时间

    _ 向下滑动查看结果▼ 准备--导入和探索数据 数据是一个.csv文件,但你可以使用以下语法直接将其加载到R中。 一旦你加载了你的数据,建议你检查一下你的数据导入是否顺利。...重要的是要认识到,置信区间只是构成一个模拟量。在从人口中抽取的无限多的样本中,构建(95%)置信区间的程序将使其在95%的时间内包含真实的人口值。...另外,你也可以使用后验的平均数或中位数。使用相同的分布,你可以构建一个95%的置信区间,与_频率_主义统计中的置信区间相对应。除了置信区间之外,贝叶斯的对应区间直接量化了人口值在一定范围内的概率。...所关注的参数值有95%的概率位于95%置信区间的边界内。与置信区间不同,这不仅仅是一个模拟量,而是一个简明直观的概率声明。...结果是否与默认模型有可比性? 问题:使用不同的先验,我们最终的结论是否相似? 要回答这些问题,按以下步骤进行。我们可以计算出相对偏差来表示这种差异。

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    R语言JAGS贝叶斯回归模型分析博士生延期毕业完成论文时间|附代码数据

    重要的是要认识到,置信区间只是构成一个模拟量。在从人口中抽取的无限多的样本中,构建(95%)置信区间的程序将使其在95%的时间内包含真实的人口值。...另外,你也可以使用后验的平均数或中位数。使用相同的分布,你可以构建一个95%的置信区间,与_频率_主义统计中的置信区间相对应。除了置信区间之外,贝叶斯的对应区间直接量化了人口值在一定范围内的概率。...所关注的参数值有95%的概率位于95%置信区间的边界内。与置信区间不同,这不仅仅是一个模拟量,而是一个简明直观的概率声明。...然而,如果你的先验分布不遵循与你的似然相同的参数形式,计算模型可能会很麻烦。 共轭先验避免了这个问题,因为它们采用了你构建的模型的函数形式。...结果是否与默认模型有可比性?****问题:使用不同的先验,我们最终的结论是否相似?要回答这些问题,按以下步骤进行。我们可以计算出相对偏差来表示这种差异。

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    MATLAB 插值与拟合

    一.插值 1.1维插值函数 (1)通用接口: 进行1维插值:vq=interp1([x,]v,xq[,method,extrapolation) #参数说明: x,v:分别指定样本点的x,...y值;x默认为[1,2...length(v)](v为向量)或[1,2...size(v,1)](v为高维数组) #注意:要求x是单调的 xq:指定查询点(即求该点的插值) method...:x等距时可使用快速插值,此时指定method为'*linear'等 extrapolation:指定外插策略;可为'extrap'(使用method计算)/标量值(返回该值)/NaN(默认值;返回...bint:返回1个矩阵,其中包含系数估计值的95%置信区间 r:返回由残差组成的向量 rint:返回1个矩阵,其中包含可用于诊断离群值的区间 stats:返回1个向量,其中包含R2统计量.../F统计量及其p值,以及误差方差的估计值 #X应包含1个全为1组成的列,以便正确计算模型统计量 3.曲线拟合工具箱(Curve Fitting Toolbox): >> cftool%见下图

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    R in action读书笔记(17)第十二章 重抽样与自助法

    置换检验主要用于生成检验零假设的p值,它有助于回答“效应是否存在”这样的问题。 12.5 自助法 所谓自助法,即从初始样本重复随机替换抽样,生成一个或一系列待检验统计量的经验分布。...无需假设一个特定的理论分布,便可生成统计量的置信区间,并能检验统计假设。比如,你想计算一个样本均值95%的置信区间。假设均值的样本分布不是正态分布: (1) 从样本中随机选择10个观测,抽样后再放回。...可以对一个统计量(如中位数)或一个统计 量向量(如一列回归系数)使用自助法. 自助法有三个主要步骤。 (1) 写一个能返回待研究统计量值的函数。...boot()函数中返回对象所含的元素 t0 从原始数据得到的k个统计量的观测值 t 一个R × k矩阵,每行即k个统计量的自助重复值 你可以如bootobject$t0和bootobject$t这样来获取这些元素...可以看到,自助的R平方值不呈正态分布。

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    R语言贝叶斯广义线性混合(多层次水平嵌套)模型GLMM、逻辑回归分析教育留级影响因素数据

    在频率论模型中,使用 95% 的不确定性区间(置信区间)背后的想法是,在重复抽样的情况下,95% 的结果不确定性区间将覆盖真实的总体值。...这让我们可以说,对于给定的 95% 置信区间,我们有 95% 的置信区间包含真实的总体值。然而,它不允许我们说置信区间有 95% 的机会包含真实的总体值(即 频率论不确定性区间不是概率陈述)。...请注意,估计值的 68%(较粗的内线)和 95%(较细的外线)置信区间都包括在内,以使我们对估计值的不确定性有所了解。 模型评估 我们了解到我们可以使用似然比检验和 AIC 来评估模型的拟合优度。...#使用\`prdct()\`函数,从拟合的模型中计算出原始数据中学生的预测概率 Prd <- prdct(BadlBay, type = "espnse") Ped 的概率降低(从 0.19 到 0.08)。灰色阴影区域表示每个 值处预测值的 95% 置信区间 MSESC。

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    R语言用线性回归模型预测空气质量臭氧数据

    要查看线性模型的假设是否适合手头的数据,我们将计算变量之间的相关性: # 散点图矩阵 plot(ozone) # 成对变量的相关性 cors <- cor(ozone) print(cors) ##...我们可以使用该coefficients 函数来获取模型的拟合系数: ## (Intercept) Solar.R Temp Wind ## -65.76603538...Error 是系数估计的标准误差 t value 以标准误差表示系数的值 Pr(>|t|) 是t检验的p值,表示检验统计量的重要性 标准误差 系数的标准误差定义为特征方差的标准偏差: 在R中,可以通过以下方式计算模型估计的标准误差...因此,调整后的R方可以像这样计算: n <- length(trainset) # 样本数 print(r.squared.adj) ## [1] 0.5758832 如果R平方和调整后的R方之间存在相当大的差异...区间有两种类型:置信区间和预测区间。

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    深度解析机器学习中的置信区间(附代码)

    例如,置信区间可以用来呈现分类模型的性能,可以这样描述:给定样本,范围x到y覆盖真实模型精度的可能性为95%。或者,在95%的置信水平下,模型精度是x+/-y。...置信区间也能在回归预测模型中用于呈现误差,例如:范围x到y覆盖模型真实误差的可能性有95%。或者,在95%的置信水平下,模型误差是x+/-y。...95%的置信区间(CI)是根据我们的数据计算出的值区间,很可能包括我们对总体估计的真实值。...下面的例子在假设的情况下演示了这个函数,其中一个模型从100个实例的数据集中做出88个正确的预测,并且我们对95%的置信区间(作为0.05的显著性供给函数)感兴趣。...我们可以通过一个实例来计算bootstrap置信区间。 假设我们有一个由均匀分布产生的数据集,其中包含1,000个观察值在0.5到1.0之间。

    4.4K30
    领券