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生信学习-Day6-学习R

让我们分解一下代码的各个部分来理解它的含义: iris: 这是R语言中自带的一个数据集,包含了150个样本,每个样本都是不同的鸢尾花,4个花的测量特征(萼片长度、萼片宽度、花瓣长度、花瓣宽度)和一个种类标签...这样做的目的通常是为了在后续的函数调用中简化代码,特别是在你想要操作数据中特定的时。 这会从 your_data_frame 数据中选择列名与 vars 向量中的字符串匹配。...,%in%是一个匹配操作符,用于测试一个是否在某个集合中。...在dplyr包的filter()函数中使用时,它可以用于筛选数据匹配给定集合中任一值的行。这行代码的作用如下: filter(test, ...): 在test数据中筛选行。...这意味着函数将查找 test1 和 test2 中列名为 "x" 的,并基于这两中的匹配合并行。只有当两个数据中都存在 "x" 且某些行在这一的值相等时,这些行才会出现在最终的结果中。

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R语言入门系列之一

R中对象(object)是指可以赋值给变量(variable)的任何事物,在R语言中使用对象存储数据也即储存变量,对象类型标量、向量、矩阵、数组、数据、列表。...;蓝色部分字符串处理,R支持正则表达式;红色部分为对象属性及操作): 函数含义round()round(x, 2)将数值对象x四舍五入法保留小数点后2位trunc()四舍五入去整,floor()向下取整...id进行索引,如下所示: 1.3数据与因子 有时候通过实验、调查获得的数据不只有一种模式,也即字符型、数值型等混杂在一起(但是每一必须同一模式),需要一种简单的数据存储变量数据,即数据(dataframe...数据元素索引三种方法,第一种为通过的序号索引,第二种通过列名字索引,第三种通过$变量名索引,如下所示: 可以使用attach()函数来将数据添加到当前平台,这样就可以直接使用列名字或变量名调用数据中的数据...由于因子的存在,数据分组信息等都可以转换为一个变量,从而使得数据可以存储远多于矩阵的数据。 1.4表 列表(list)是R中最复杂的一种数据类型。

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    tcR包:T细胞受体和免疫球蛋白数据进行高级分析和可视化(二)

    clonotypes之间共享的cloneset评估相似度的函数,处理数据数据。...在函数find.clonotypes中,用户可以选择将哪种方法应用于元素:元素的精确匹配(exact)、Hamming距离匹配或Levenshtein距离匹配。...函数intersectCount返回相似元素的数量;intersectIndices(x, y)返回两矩阵,第一表示给定x中一个元素的索引,第二表示y中的与x中的相对元素相似的元素的索引;intersectLogic...#'avrc'中的第一个字母a表示使用CDR3氨基酸序列,若换成n表示核苷酸序列 #'avrc'中的第二个字母v表示是否使用V.gene,若换成0代表不使用 #'avrc'中的第三个字母r表示选择带有数字字符的时使用...热图 集合的配对距离或相似度可以表示为二元矩阵,其中每一行和每一表示一个克隆集。vis.heatmap用来可视化。

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    R包系列——stringr包

    stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一,主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说,简直是一把“利器”,可谓是上能屠龙,下能剔牙。...space 分割与合并 场景:数据中某一按某一个分隔符分隔,需要将该分列;或者数据中某几列需要按分隔符合并成一。...这个参数a.unite a.unite[1] "a_b_c_d" 替换 场景:批量导入csv文件时,由于部分文件是以逗号作为小数点的,虽然可以使用read.csv2函数正确读入,但是需要先判断出哪一部分以逗号为小数点...#替换comma 截取 场景:这个就比较特定的场景了,在公司一个表,其中一是规格,一是规格与颜色合并,但是合并后也没有特定的分隔符,需要把颜色截取出来。...#大小写转换r.letter 检测 场景:常跟ifelse函数配合使用,对某一字符串进行判断是否匹配

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    R语言实现︱局部敏感哈希算法(LSH)解决文本机械相似性的问题(一,基本原理)

    整个流程: 1、一般的步骤是先把数据点(可以是原始数据,或者提取到的特征向量)组成矩阵; 2、第一次hash functions(多个哈希函数,是从某个哈希函数族中选出来的)哈希成一个叫...(找相似:同一个篮子里面的就是可能相似的样本;如果两个篮子都有同样的颜色和同样的ID,说明这几个同样的ID相似性较高) 4、相似性分析案例 下面来看看一个例子,算一下概率,假设有两个document...,simhash可以指定划分的维度; 第三个参数:bands(b),签名矩阵分块,分为不同的部分; 第四个参数:行数row(r),r=h/b,签名矩阵每一块r行(r个文本); 第五个参数:相似性...目前图像检索技术在最近几年得到了较大的发展,兴趣的读者可以查看基于内容的图像检索引擎的相关介绍。...(5)指纹匹配 一个手指指纹通常由一些细节表征,通过对比较两个手指指纹的细节的相似度就可以确定两个指纹是否相同或相似。

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    R学习笔记(4): 使用外部数据

    数据中, 可以是不同的对象。 可以数据看作是一个 行表示观测个体并且(可能)同时拥有数值变量和 分类变量的 `数据矩阵' ,行和可以通过矩阵的索引方式进行访问。...对于两个相同数据可以用merge()函数进行合并,可以指定安装哪一个进行合并: > x <- data.frame(k1 = c(NA,NA,3,4,5), k2 = c(1,NA,NA,4,5...可以字符串指定文件名,也可以使用函数,如:file('file.dat',encoding='utf-8') header:首行是否为字段名。...这些函数个以字符串作为输入的参数,在 函数调用时会打开一个文件连接,但显式地打开文件连接允许一个文件 可以连续地以不同格式读入。...函数 sqlSave 会把 R 数据复制到一个数据库的表中, 而函数 sqlFetch 会把一个数据库中的表拷贝到 一个 R数据中。 通过sqlQuery进行查询,返回的结果是 R数据

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    Hash哈希游戏开发 哈希竞猜游戏系统开发玩法说明 哈希竞猜游戏现成源码成品设计

    似的,当预映射的空间很大的情况下,算法必须有足够的强度保证不能轻易找到”相同生日”的人。...哈希函数的运用错误校正使用一个函数可以很直观的检测出数据在传输时发生的错误。在数据的发送方,对将要发送的数据应用散函数,并将计算的结果同原始数据一同发送。...语音识别对于像从一个已知列表中匹配一个MP3文件这样的应用,一种可能的方案是使用传统的散函数——例如MD5,但是这种方案会对时间平移、CD读取错误、不同的音频压缩算法或者音量调整的实现机制等情况非常敏感...数字签名:Hash 算法也是现代密码体系中的一个重要组成部分。由于非对称算法的运算速度较慢,所以在数字签名协议中,单向散函数扮演了一个重要的角色。...SHA-1 设计时基于和MD4同原理,并且模仿了该算法。

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    R语言 常见函数知识点梳理与解析 | 精选分析

    ) 5、complete.cases( ) 判断对象中是否数据完全 6、grep()找出所数据中元素所在的值(仅数据中) 7、assign()通过变量名的字符串赋值 8、 split()根据因子变量拆分数据...22、输入输出 23、工作环境 24、简单统计量 25、时间序列 【往期回顾】 R语言 | 第一部分数据预处理 R语言|第2讲:生成数据 R语言常用的数据输入与输出方法 | 第三讲 R语言数据管理与...complete.case()可以判断对象中是否数据完全,然后返回TRUE, FALSE。...4 5 6 7 8 9 10 8、 split()根据因子变量拆分数据/向量 split(x,f);x 可以为向量或者数据,f 为对应的因子,函数以列表的形式返回 > x = data.frame...pattern是一个具名参数,可以列出所有名称中含有字符串“s”的对象。

    2.3K21

    tcR包:T细胞受体和免疫球蛋白数据进行高级分析和可视化(一)

    “genesegments”数据 genesegments是由个数据组成的列表,每个数据是人类alpha-beta链片段数据, genesegments的第一个数据数据及解释: 1) V.allelles...该函数的参数.head用于输入数据或子设置之前的数据的输入列表。该函数接受数据数据列表作为参数。...该函数输入参数是数据数据列表,目标(是是序列和其他附加的向量或数据),一或多的返回值,比较两个序列(精确匹配用“exact”;用Hamming距离匹配序列用“hamm”(即当H≤1时2...一些函数可以比较 tcR之间的基因取用情况。 1....函数的输出是数据,第一表示一个基因,另一表示频率。

    2.2K30

    独家 | 用于数据清理的顶级R包(附资源)

    纠正错误 R许多预先构建的方法纠正数据错误,例如转换值,就像在Excel或SQL中那样,使用简单的逻辑,例如as.charater()将转换为字符串。...例如,此函数将完全消除所选数据中缺少的值。 Na.omit(YOUR_DATA_COLUMN) 似的选项可以用0或N / A替换空白值,具体取决于字段类型,并提高数据集的一致性。...单独和传播函数做类似的事情,一旦你了包,你可以探索,但最终根据需要你的数据。 这里一些其他的注释包可能对R中的数据清理有用: Purr包 purr包专为数据整理而设计。...这个函数允许你在R studio中编写SQL代码选择你的数据元素 Janitor包 该软件包能够通过多个查找重复项,并轻松地从您的数据中创建友好。...splitstackshape包 这是一个较旧的包,可以使用数据中的逗号分隔值。用于调查或文本分析准备。 R拥有大量的软件包,本文只是触及了它可以做的事情的表面。

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    pandas中的字符串处理函数

    在pandas中,通过DataFrame存储文件中的内容,其中最常见的数据类型就是字符串了。针对字符串,pandas提供了一系列的函数提高操作效率。...这些函数可以方便的操作字符串类型的Series对象,对数据中的某一进行操作,这种向量化的操作提高了处理效率。pandas中的字符串处理函数以str开头,常用的以下几种 1....Name: 0, dtype: object # 当拼接的对象为一个数据时,将数据的所有都进行拼接 >>> df[1] = df[0].str.cat(['1','2', '3', '4'])...(r'(\w)_(\d)') 0 1 0 A 1 1 B 2 2 C 3 3 D 4 # 用下述写法指定数据的表头 >>> df[0].str.extract(r'(?...# 返回值为一个行为多重索引的数据 # match表示匹配的顺序,从0开始计数 >>> df[0].str.extractall(r'(?

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    R语言笔记完整版

    R的基本数据类型有数值型(numeric)、字符型(character)、复数型(complex)和逻辑型(logical),对象类型向量、因子、数组、矩阵、数据、列表、时间序列。...,有些自带函数输入名称x可以直接看到,一些需要调用methods方法才能查看函数x的源码,出现多重名,输入对应名称即可 str()——查看数据)中的数据总体信息(比如样本个数、变量个数...详情参见例子 R语言利器之ddply transform(x,y)——将x和y的转换成·一个数据。...sub()函数——和gsub是类似的,但只替代第一个发现结果。...处理缺失数据na 1、将缺失部分剔除 2、用最高频率值填补缺失值 3、通过变量的相关关系填补缺失值 4、通过探索案例之间的相似性填补缺失值

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    R语言数据分析利器data.table包 —— 数据结构处理精讲

    一个R对象转化为data.table,R可以时矢量,列表,data.frame等,keep.rownames决定是否保留行名或者列表名,默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中,keep.rownames...; na.strings,对NA的解释; file文件路径,再确保没有执行shell命令时很有用,也可以在input参数输入; stringsASFactors是否转化字符串为因子, verbose...by]    i 决定显示的行,可以是整型,可以是字符,可以是表达式,j 是对数据进行求值,决定显示的,by对数据进行指定分组,除了by ,也可以添加其它的一系列参数: keyby,with,nomatch...(x, v)] #取DT的x,v列上x="b",v=3的行 j 对数据进行求值输出   j 参数对数据进行运算,比如sum,max,min,tail等基本函数,输出基本函数的计算结果,还可以用n输出第...(a = .(), b = .())] 输出一个a、b数据,.()就是要输入的a、b的内容,还可以将一系列处理放入大括号,如{tmp <- mean(y);.

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    【IOS开发进阶系列】SQLite3专题

    具有TEXT近似的可以用NULL,TEXT或者BLOB类型存储数据。...如果数值数据被插入到具有TEXT近似的,在被存储前被转换为文本形式。         一个NUMERIC近似的可以使用1中的所有5中存储类存储数据。...一个字符串可能看起来像浮点数据小数点或指数符号,但是只要这个数据可以使用整形存放,NUMERIC近似就会将它转换到整形。...具有REAL近似的和具有NUMERIC近似的一样,除了它将整形数据转换成浮点型形式。         具有NONE近似的不会优先选择一个存储,也不会强制将数据一个存储类转换到另外一个类。...是否在比较操作之前发生转换基于操作数的近似(类型)。

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    2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

    本节课程大纲 六个专题—— 1.玩转字符串★★★ 2.玩转数据★★★ 3.条件和循环★★★★★ 4.表达矩阵画箱线图★★★★ 5.隐式循环★★★ 6.两个数据的连接★★ 课前提示: 六个专题互不干扰互相独立...等的逻辑值向量; -(3)可以用来做“根据逻辑值提取x的子集”; str_detect(x2,"h") #判断x的每个字符串含不含有某个字母或者多个字母的组合; str_starts(x2,"T")...:安装R包的满分操作——根据一个是否已安装决定要不要安装这个包; if(!...require(tidyr)) install.packages('tidyr') #根据一个是否library成功决定要不要安装这个包 练习7-1 图片 # 1.读取group.csv,从第二中提取圈出来的信息...(1)apply() 处理矩阵或数据 apply(X, MARGIN, FUN, …) 其中X是数据/矩阵名; MARGIN为1表示行,为2表示,FUN是函数; rm(list = ls())

    3.6K80

    MUMmer共线性分析与SNP检测

    MUMmer核心是基于后缀树(suffix tree)数据结构的最大匹配路径。...概念1:suffix tree: 表示一个字符串的所有子字符串数据结构,比如说abc的所有子字符串就是a、ab、ac、bc、abc。...Mummer为基于后缀树(suffix tree)数据结构,能够在两条序列中有效定位极大唯一匹配(maximal uniquematches),因此它比较适用于产生一组准确匹配(exact matches...b:同时查找正向链和反向互补链的匹配 -r:只查找反向互补链的匹配 -s:显示匹配的子字符串 -c:汇报与原始链对应的反向互补匹配的query-position -F:不管输入序列的数目,强制4的输出结果格式..._armatimo.fasta 391_armatimo.fasta 142_391 -r重排的高度相似序列,有时候两个序列是高度相似的,但是会出现大片段的序列重排、颠倒或插入。

    4.2K20

    Pandas 2.2 中文官方教程和指南(三)

    这些方法通常与单个元素的内置字符串方法具有匹配的名称,但是在每个值的列上逐个应用(记得逐元素计算吗?)。 创建一个Surname,其中包含乘客的姓氏,通过提取逗号前的部分。...事实上,这些字符串函数可以连接起来组合多个函数! 到用户指南 有关提取字符串部分的更多信息,请参阅用户指南中关于拆分和替换字符串部分。 提取关于泰坦尼克号上女伯爵的乘客数据。...字符串方法Series.str.contains()检查Name中的每个值是否包含单词Countess,并对每个值返回True(Countess是名称的一部分)或False(Countess不是名称的一部分...到用户指南 更多有关提取字符串部分的信息,请参阅用户指南中有关字符串匹配和提取的部分。 泰坦尼克号的乘客中,哪位乘客的名字最长?...操作符 %in% 用于返回一个逻辑向量,指示是否匹配项: s <- 0:4 s %in% c(2,4) isin() 方法类似于 R 的 %in% 操作符: In [12]: s = pd.Series

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    复现腾讯表格识别解析| 鹅厂技术

    由于各类像素数量不平衡,我们的损失函数采用加权交叉熵,迭代到后期收敛速度变慢后可用Dice Coeff Loss。训练数据我们采用人工标注+仿真生成结合。...注意我司几个OCR平台返回的结果都是一串文字的文本,这个文本不一定与表格单元格能一一对应,可能一个文本里包含多个单元格,也可能一个单元格里检测出多个文本。...由表格线推导行()的高(宽)比较容易,只需对所有的横(竖)线按从上(左)到下(右)排序,线形成一行(),所以只需计算线的y坐标(x坐标)差即可。...由表格线推导单元格坐标就不太容易了。因为现实中存在很多单元格合并的情况,一个单元格可能跨了若干行和若干。...接着遍历排序好的候选单元格,去判断其上下左右的线是否都真实存在,若存在,则此单元格就在原图存在。

    2.8K20

    Oracle字符串函数

    下面列出部分Oracle针对字符串操作的一些函数,以下函数可以使用在字符串上,也可以使用在列名上: 1.LOWER(string) 将输入的字符串转换成小写 2.UPPER(string) 将输入的字符串转换成大写...例:select CONCAT(City,country) from Table 5.LPAD和RPAD,填充函数,这是两个十分似的函数,使用方式完全一样。允许在的左[右]边填充一组字符。...7.LENGTH 该函数很简单,就是告诉用户一个字符串多长,即字符串中有多少个字符,该函数本身并不是很好用,但可以做为其它函数的一部分,用于计算表格需要多少空格,或者做为orderby 子句的一部分。...PS:您不能对一个使用LONG数据类型的使用LENGTH之类的函数。...PS:如果set中不止一个字符而是几个字符组成的,则INSTR给出该字符集中的第一个字符的位置。 10.Chr和ascii函数在即席查询中很少使用。

    1.4K60

    R 数据整理(一:base R数据处理函数

    数据汇总 summary 对一个数据 d,用 summary(d) 可以获得每个连续型变量的基本统计量,和每个离散取值变量的频率。以及分类变量的各种类型的统计结果。...table 还可以接受两个参数,实现联表: 对于 table() 的结果联表,可以用 addmargins() 函数增加行和与和: 数据概括 用 colMeans() 对数据或矩阵的每列计算均值...split split 函数可以数据的各行按照一个或几个分组变量分为子集的列表,然后可以用 sapply() 或 vapply() 对每组进行概括。...这部分函数具备了正则表达式,因此强大的搜索和匹配的功能。...^,表示字符串开头部分;^abc,匹配abc 开头的字符串。 $,匹配字符串结尾;abc$,匹配abc 结尾的字符串

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