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    系统比较Seurat和scanpy版本之间、软件之间的分析差异

    单细胞rna测序(scRNA-seq)是一种强大的实验方法,为基因表达分析提供细胞分辨率。随着scRNA-seq技术的广泛应用,分析scRNA-seq数据的方法也越来越多。然而,尽管已经开发了大量的工具,但大多数scRNA-seq分析都是在两种分析平台之一进行的:Seurat或Scanpy。表面上,这些程序被认为实现了分析相同或非常相似的工作流程:scRNA-seq结果计算分析的第一步是将原始读取数据转换为细胞基因计数矩阵X,其中输入Xig是细胞i表达的基因g的RNA转录本的数量。通常,细胞和基因被过滤以去除质量差的细胞和最低表达的基因。然后,将数据归一化以控制无意义的可变性来源,如测序深度、技术噪声、库大小和批处理效果。然后从归一化数据中选择高度可变基因(hvg)来识别感兴趣的潜在基因并降低数据的维数。随后,基因表达值被缩放到跨细胞的平均值为0,方差为1**。这种缩放主要是为了能够应用主成分分析(PCA)来进一步降低维数,并提供有意义的嵌入来描述细胞之间的可变性来源。然后通过k近邻(KNN)算法传递细胞的PCA嵌入,以便根据细胞的基因表达描述细胞之间的关系。KNN图用于生成无向共享最近邻(SNN)图以供进一步分析,最近邻图被传递到聚类算法中,将相似的单元分组在一起。图(s)也用于进一步的非线性降维,使用t-SNE或UMAP在二维中图形化地描绘这些数据结构。最后,通过差异表达(DE)分析鉴定cluster特异性marker基因,其中每个基因的表达在每个cluster与所有其他cluster之间进行比较,并通过倍比变化和p值进行量化。

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    Cell 深度| 一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案

    自北京大学汤富酬教授(当时为英国剑桥大学格登研究所(Gurdon Institute) Azim Surani实验室博士后)等人于2009年在Nature Methods上发表首个单细胞测序(single cell sequencing)方案以来【1】,这项革命性技术已历经十年的飞速发展;分子生物学、微流控(microfluidics)技术和纳米技术等关联技术的长足进步催生了数十种全新的单细胞测序方案,使测序细胞数目呈现指数级增长 (生信宝典注:指数级增长的转折点是郭国骥老师的工作)(下图)【2】。同时,通过谷歌搜索趋势分析可以发现,对单细胞测序这一词条的相对搜索频率在全球范围内一直呈稳定上升趋势,甚至在2018年超过了同样仅有十余年应用史的重要分子生物学测序方法——染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)(下图)。

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