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    MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标

    在上一篇数据库提取教程中,小编教大家提取了“肺栓塞”患者的实验室指标,具体步骤可以参考MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标。...在本期数据库提取教程,小编依旧以“肺栓塞”患者为例,教大家如何提取患者的人口统计学指标。 在mimiciv数据库中,患者的人口统计学信息主要分为两部分。...第一部分为患者的“语言”,“种族”,“婚姻状态”这几种信息,这些信息直接记录在了hosp模块的admissions表中,大家直接提取即可。...第二部分为患者的“年龄”,“身高”,“体重”这几个信息,这几个信息都不可以直接从表中直接提取,而是要经过计算才能获取患者正确的指标。...本期小编就教大家如何在mimiciv数据库中获取患者的“年龄”,“身高”,“体重”这几个很重要的指标。

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    从NT_NR数据库中提取子库

    1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件,http://bioinf.shenwei.me...3 下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有...accession2taxid库,这个库里面也有蛋白以及核酸的accession以及对应的分类id,但是经过尝试,采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少,很可能是该库的accession与NT/NR...库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号...nt序列,并提取子库序列 blastdbcmd -db $NT -dbtype nucl -entry all -outfmt "%f" -out - | pigz -c > nt.fa.gz time

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    从NT_NR数据库中提取子库

    那么就有一个问题,如何选择去除污染的数据库呢? 思来想去,还是从NT库入手,打算把NT库所有动物的序列或者所有小鼠的序列提取出来,做成一个子库,用来去除宿主污染。...百度了一下提取子库的方法,大多都是人云亦云,干脆还是自己整理整理。...下面是一些步骤 1 首先下载NCBI的taxonomy数据库 下载完解压缩,其中names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要,是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件,http...taxonkit 3下载NCBI的csvtk软件,http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/,linux系统也是直接解压,即可使用 4 (选择性步骤)NCBI taxonomy数据库下还有...库的accession不一致,前者可能冗余更多,因此该方法可忽略,见仁见智吧,下面给个例子,例如: #从taxonomy数据库中的nucl_wgs.accession2taxid提取accession号

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    服务器端Javascript

    我们服务器端也是用Javascript啊,当然有时也用C,B好像是Apple的粉丝,它在服务器端用Javascript+Object-C哦!     ...那么相对而言,我们软件工程可以相对轻松一些,因为目前前端开发和后台开发使用语言都是不同的,并且服务器端语言还有很多种,这无疑给Web软件工程师打来很大的学习成本和压力。...我接触服务器Javascript应该去年,当时有同学告诉我,Javascript就是客户端脚本语言,只能运行在浏览器中,不可能运行在服务器端。呵呵!...我后来查询了相关外文资料,发现他说的不对,Javascript可以运行在服务器端。当然目前需要服务器安装javascript脚本引擎吧!当Jaxer横空出世时,这一切都改变了。...1606466.html 帕兰映像 http://paranimage.com/aptana-jaxer-the-worlds-first-real-server-ajax/ 第一个Javascript服务器端程序

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    服务器端网页编程-前言

    开始服务器端编程通常比客户端编程要简单,因为动态的页面倾向于执行非常类似的操作(从数据库中获取数据然后显示到一个页面中,确认用户输入的数据以及保存到一个数据库中,检查用户的权限和登陆用户,以及更多),并且它是用能使这些和其他的常见网页服务端操作变简单的网页框架来构建的...服务端web框架 服务器端框架(亦称 "web 应用框架") 使编写、维护和扩展web应用更加容易。...它们提供工具和库来实现简单、常见的开发任务, 包括 路由处理, 数据库交互, 会话支持和用户验证, 格式化输出 (e.g. HTML, JSON, XML), 提高安全性应对网络攻击....在这个时候,你可能需要水平扩展(将你的网站分散到好几个服务器和数据库上来加载)或者“地理上地”扩展, 因为你的一些客户距离你的服务器很远。你所选择的框架将会影响到扩展你的网站的难易程度。

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    Java服务器端结构

    数据库连接池: 应用程序想要访问数据库中的数据,需要和数据库建立连接。而数据库连接池就是用来 负责分配、管理和释放数据库连接,你可以把数据库连接池理解为一把钥匙,而数据库就是锁。...没有数据库连接池 ,应用程序就不方便访问数据库。...1)数据库连接池允许应用程序重复使用一个现有的数据库连接,而不是再重新建立一个 2)释放空闲时间超过最大空闲时间的数据库连接来避免因为没有释放数据库连接而引起的数据库连接遗漏。...数据库中的事务: 数据库事务(Database Transaction),是指一个功能(里面有多个要执行的Sql),这些Sql语句要么同时执行成功,要么都不执行。...3)服务器端操作系统,将来你要学习的就是Linux操作系统。 4)浏览器通过http协议去访问服务器。

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