但是这样的入门,远远不够,一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的,而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ,比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat,这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行,才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ;
我实际做的事情就是写了两个R的函数,可以通过调用的方式创建Rmarkdown文档,并利用knitr包的knit函数将其转换为markdown文档。
比如李东风的这本:23 用bookdown制作图书 | R语言教程 (pku.edu.cn)[3]
这是第 2 章的内容,概要性地讲解基于bookdown拓展包进行图书排版的整体思路与实现方式.
在写一些学术演示文档时,经常有可能用到Beamer——一种Latex的学术风PPT模板,比如下图所示的这种:
R的bookdown扩展包是继knitr和rmarkdown扩展包之后, markdown格式的另一种扩展, 使得Rmd格式可以支持公式、定理、图表自动编号和引用、链接, 文献引用和链接等适用于编写书籍的功能。
前段时间推了一篇推送:R语言数据处理120题。如今张敬信老师[1]将这120题进行重新整理,写了一份基于tidyverse的版本。
嵌入汇编是指在C和C++的源程序中插入汇编语言指令,也称内嵌汇编、内联汇编或行内汇编。VisualC++中使用“__asm”关键字指示嵌入汇编,不需要独立的汇编系统就可以正常编译和连接。使用“__asm”关键字既可以引导单条回汇编语言指令,也可以用空格在同一行分隔多个“__asm”引导的汇编语言指令,更好的方法是使用花括号书写一个汇编语言程序片段。
在本指南中,我们想向您展示如何使用现在提供的一些奇妙,免费的工具和软件包编写美观,可重复的报告。这些工具将帮助您交流科学知识,并希望您再也不会复制和粘贴R输出。
假设你已经安装了R[1](R Core Team 2020)和RStudio IDE[2]。
合并再编织(M-K):将不同的Rmd文件(不同章节)合并到一个Rmd 文件中(Merge),再将他们输出成一本书(knit)。
参见:https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/rmarkdown.html[1]
前面我们已经对xaringan进行详细的入门介绍:R沟通|用xaringan包制作幻灯片,并且做了一个小小的拓展:R沟通|设置xaringan主题。今天介绍下另一个与xaringan幻灯片息息有关的包:xaringanExtra[1]。
结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题. ">"变为了引用, Rmarkdown还有一个优势, 其能够将执行R代码, 然后将结果保存为markdown的格式, 其它标准markdown不具备这种能力.
强烈要求我们推荐纯粹的R语言的文献图表复现全套代码,其实很容易检索到,2020奶牛7月仅仅是单细胞高分(IF>9)文章就有一百多篇,全部的单细胞相关文章有六七百篇了。一般来说,公布代码,都是在GitHub,所以只需要关键词合适,搜索十几篇带有配套文章的图表的数据和代码很正常。
Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具,运用 rmarkdown 撰写文章,既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本,也可以在 rmarkdown 中插入代码块,并将代码运行结果输出在 markdown 里。R Markdown 格式,简称为 Rmd 格式, 相应的源文件扩展名为.Rmd。输出格式可以是 HTML、docx、pdf、beamer 等。
在Rmarkdown中提供了直接生成Word文档格式的选项,只要在新建rmarkdown时选择Word选项就行了。
如果你简单谷歌搜索关键词:gatk best practices pipeline rna-seq 会搜索到大量过期的教程:
在[[70-R茶话会15-你的编程菜鸟路上缺失的一课]] 和[[04-可重复工作执行简明指南(中)]] 我们都提过,Rmd 的参数化功能非常的实用。
想必熟悉小洁老师的学员们都有看过小洁老师发的如何做好你的R语言笔记,这也是马拉松课程的课前准备工作的一项——学习如何记录笔记。
最近读了 Karl Broman[1] 的initial steps toward reproducible research (kbroman.org)[2],颇有感悟,结合自己阅读时候的体验,分享给你们。
我在日常更改 sigminer 手册后使用 knitr 生成网页文档时发现一直报错:
bookdown是著名R包作者谢益辉开发的,支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档,然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。样式清新,使用简单,值得拥有。(点击阅读原文,跳转博客,所有外链可点) 在Bookdown的官网,有很多免费的用bookdown写的R书籍,如Hadley Wickham等撰写的《R for Data Science》,Roger D. Peng撰写的《R Programming for Data Science》, 陈总的《液
本杂志开源(GitHub: ShixiangWang/weekly[1]),欢迎提交 issue,投稿或推荐生信相关内容。
bookdown是一款及其方便的编写技术文档或教材的工具,语法简洁,数据处理灵活。支持Rmarkdown或普通markdown通过pandoc软件转换为HTML或PDF。 Here lists the usage of bookdown for writing documents. Get required information Install required software Rstudio或Pandoc二选一, bookdown必须安装。 Install Rstudio (version>1.0.0
rticles包提供了适用于各类场景的rmd模板,安装以后便可以选择支持中文的模板,在rstudio菜单栏中依次选择file->new file->R Markdown,然后选择下图所示的模板。
Bookdown 是著名 R 包作者谢益辉开发的,主要服务于数据科学家和统计学家,但它的灵活性和易用性也使得其他领域的作者能够利用它来撰写、编译和发布不同格式的文档。
科学研究的过程可重复性可以说是一件不言而喻的事情:如果你提出一观点或发现一个现象,在别人那里完全重复不出来,谁知道是不是臆想呢?但是有时候重复人家的研究结论又会显得不可理喻:分析的环境,软件的版本,试剂的保质期,甚至是历史条件都会成为不可重复的原因。然而,我们仍然做着这样的努力,至少我们看到数据科学家在做着这样的努力。
这个单细胞文献的项目的10x数据分析表达量矩阵,以及配套代码,甚至全部的图表,都是在公开可以学习的!它的价值对初学者来说,不可限量。每个人都可以下载它,打开代码,一行行学习和解读,甚至可以出一个自己的系列笔记。
这个问题困扰大家很久了,感觉Powered by ECShop出现在网站里边不爽,想方设法无法去除。今天在下专门把解决方法贴出来,希望能够方便大家!
1什么是VS Code 🧐 Visual Studio Code(简称 VS Code)是一款由微软开发的跨平台编辑器,支持语法高亮,代码自动补全,代码重构等功能。😚 用户可以通过安装扩展程序,来扩展软件的功能。🔍 2019年,Stack Overflow组织了开发者调查,其中Visual Studio Code被认为是最受开发者欢迎的开发环境。🥰 据调查,87317名受访者中有50.7%的受访者声称正在使用Visual Studio Code。🌟 2下载并安装R 这里我们就不做具体介绍了,大家可以翻看之前
习惯了Windows电脑下的所见即所得,找到程序或文件双击即可运行或打开;于是我们被惯得以为电脑会像人一样聪明,给他一个名字就可以运行程序或打开文件;于是在命令行下或程序里不断碰壁,为啥这个命令不运行了呢?
1、问题:“ECSHOP演示站” 方法:在后台商店设置 – 商店标题修改 2、问题:“ Powered by ecshop” 方法:打开includes/lib_main.php文件第156行 $page_title = $GLOBALS[‘_CFG’][‘shop_title’] . ‘ – ‘ . ‘Powered by ECShop’;修改这里的‘Powered by ECShop’。
要想在Java中连接Redis,并进行操作,由两种方式,一种是spring data redis,它是由spring集成的,不支持集群,一种是官方推荐的jedis,支持集群,其他功能差不多一样,
在做数据分析时,常常遇到的一个场景是,1,2,3 需要转换成其对应的"a","b","c"。比如在对结果进行分类统计的时候。
关于RMarkdown使用时,小编日常会使用的一些有用技巧,当然我也是通过学习谢大大的Rmarkdown-cookbook[1]以及日常使用需求上网搜的解决方案,在此分享给大家。如果大家还有其他什么需求,可以在留言板留言。或者有其他实用技巧也欢迎分享!
CNS图表复现之旅前面我们已经进行了10讲,你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群,自己去:你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了(单细胞)找到我们的拉群小助手哈。
问题描述 hdu1061-Rightmost Digit hdu1097-A hard puzzle 这两个oj题目思路几乎一样,都是为了快速求出一个数n次方后的末尾数为都多少? 解题思路 1的所有次方都是1 0的所有次方都是0 5的所有次方都是5 6的所有次方都是6 2^1=2 2^2=4 2^3=8 2^4=6(四个一循环) 3^1=3 3^2=9 3^3=7 3^4=1(四个一循环) 7^1=7 7^2=9 7^3=3 7^4=1(四个一循环) 4^1=4 4^2=6(两个一循环)
当一个入侵者进入了你的系统并且种植了木马,通常会想法来隐蔽这个木马(除了木马自身的一些隐蔽特性外,他会尽量给你检查系统的过程设置障碍),通常入侵者会修改一些文件,比如管理员通常用ps -aux来查看系统进程,那么入侵者很可能用自己经过修改的ps程序来替换掉你系统上的ps程序,以使用ps命令查不到正在运行的木马程序。如果入侵者发现管理员正在运行crontab作业,也有可能替换掉crontab程序等等。所以由此可以看出对于系统文件或是关键文件的检查是很必要的。目前就系统完整性检查的工具用的比较多的有两款: Tripwire和AIDE,前者是一款商业软件,后者是一款免费的但功能也很强大的工具。
参考:HTML Output Formats and Templates for rmarkdown Documents • rmdformats (juba.github.io)[3]
Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具,运用 rmarkdown 撰写文章,既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本,也可以在 rmarkdown 中插入代码块,并将代码运行结果输出在 markdown 里。
2. 线粒体基因比例特别高的,往往细胞表达的nCount比较大,可以通过percent.mt过滤
请注意,第一行文本(Coluumn 1)下的一系列破折号是第二级标题的另一种 Markdown 语法形式,即
因为我只想保留recal后的bam和,call出来的gvcf文件,但是发现有些样本根本就走不通这个流程,就需要debug了。
最近读了 Karl Broman[3] 的initial steps toward reproducible research (kbroman.org)[4],颇有感悟,结合自己阅读时候的体验,分享给你们。
代码块部分,在R语言使用快捷键command+option+i,平常写就是英文输入法模式下的3个点`
参考:http://www.iamle.com/archives/1664.html
沟通文档系列第一期为:如何使用Rmarkdown制作Rbeamer。今天来介绍下另一种文档沟通形式:如何使用Rmarkdown制作私人定制版ppt!
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