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将rmd文件输出为含中文的pdf：踩过的坑及最终解决

RMarkdown渲染成pdf是先渲染成LaTeX，然后再转成pdf的，所以上面的准备工具中也可以看到需要安装一种LaTeX编译环境图片Rmd输出过程首先R Markdown会将Rmd文件转化为一个名为...knitr的文档， knitr可以理解为一个由纯文本和代码交织在一起的文档，然后再将这个文档转化为一个新的Markdown文件（.md），最后由pandoc转化为任意指定的文档格式。...先放出最终解决在新建rmd文件时，选择CTeX模板，并按如下格式修改头文件documentclass: ctexartkeywords:output: pdf_document:...包rticles包提供了适用于各类场景的rmd模板，安装以后便可以选择支持中文的模板，在rstudio菜单栏中依次选择file->new file->R Markdown，然后选择下图所示的模板。...因此，要做到以下几点：在系统修改UTF-8编码CTeX格式为唯一支持中文rmd输出为pdf的格式必须保证output的latex_engine: xelatex在下一次尝试输出pdf文件时，请关闭先前打开的所有

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    82-R分享04-用模板美化你的Rmd输出

    前言 不知道你们的观点如何，个人觉得Rmd 默认模板下的风格过于朴素： 即便加上了一些设置： 其实也有非常多的内置Rmd 模板的： 比如这样的poster： 这里介绍一些拓展包里的主题。...： 不过我发现这个包有个通病，就是如果用浏览器打开html 文件，并没有一个很好的排版适配： 其他模板 还有如cerulean，tufte 包等。...我的模板 我还是基础rmd 派的啦：https://mugpeng.notion.site/Rmd_template-a1bd26e71a6343eb86d0788621eb6a13 主要还是考虑到我对于目录组件...，以及浏览器html一些排版适配的考虑。...参考资料 [1](10条消息) Rmarkdown第四弹—— 主题格式更换_庄闪闪的r语言手册的博客-CSDN博客_rmdformats包: https://blog.csdn.net/qq_37379316

    1.4K10

    93-R分享06-Rmd的多种输出格式

    参考： Output Formats (rstudio.com)[1] 前言 最近想将rmd的结果转换成md，于是来学习一下啦。...R Markdown文件(.Rmd)文件支持多种输出， 如网页(html_document)、MS Word(word_document)、PDF(pdf_document, 需要LaTeX编译器支持)...文件如下： 这样，我就可以将Rmd 的内容输出成md，来发公众号啦。...不过，对于内容的输出图片来说，其结果会保存在一个文件夹中： 这时候有两个选择： 将图片上传到图床，并不在Rmd 中输出图片，这也是我一直使用的方法； 利用Mweb 的发布服务，将本地图床一键全部上传到云端...输出的方法 这些内容我们除了可以直接在yaml 头部文件中设置外，还可以使用命令render特别设置： render("1-example.Rmd", output_format = "word_document

    2.2K20

    快速将rmd文件转化为R纯代码文件，你喜欢吗？

    R包的文档是躲不过去的，而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ，比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat，这个很完整的解决方案就需要看文档。...，其实真正的代码没有几句话： 图文并茂的教程 而每个rmd文件的网页形式背后都是有rmd源代码的，也是很容易搜索到： rmd源代码的 我们下载 https://github.com/ncborcherding.../scRepertoire 的源代码，就可以拿到其文档配套的rmd文件啦。...= 2) 可以快速将rmd文件转化为R文件，注释内容变#，这样大家在demo人家数据的时候，就不用一直复制粘贴了，直接吧rmd文件转为r文件，run就行。...但是却引发了讨论，到底是自己从rmd文件里面慢慢复制粘贴，一个个单元的运行并且理解好一点呢，还是使用 knitr::purl 的技巧首先把rmd文件变成纯粹的r代码好一点呢？

    1K20

    94-R分享07-我的第一本bookdown写的书

    最简单的bookdown 内容可以仅仅由Rmd 文件组成： index.Rmd 文件，书写book的基本配置，以及book 的首页介绍； 书本的不同章节，以xx-name.Rmd 比如01-CapterOne.Rmd...…… 2.1-index 一般命名为index.Rmd，你可以理解为一个关于书的readme文件，最终将是这本书的封面。...2.3-其他细节 将你的章节按照顺序编辑： 你的Rmd 名称并非是你的目录上的章节名称。给每个Rmd 文件仅仅配置一个# 标题，这个标题名也就是你的章节名。...此外，默认下bookdown 的作用模式为合并再编织（M-K）：将不同的Rmd文件（不同章节）合并到一个Rmd 文件中（Merge），再将他们输出成一本书（knit）。...不同章节中的R 环境，会继承到后续章节（按照代码顺序），包括使用的包、变量等等； 不同章节中的代码块不可以有相同的名称； 你可以自由管理Rmd 文件的位置，比如放在工作目录的其中某个子目录下。

    1.3K10

    R沟通｜Bookdown中文书稿写作手册（中）

    该目录中的所有的文本文件都要使用UTF-8编码。 2.3.1 index.Rmd文件 一本bookdown书， 一般都需要有一个index.Rmd文件， 这是最后生成的网站的主页的原始文件....实际上， 也可以在_output.yml文件中设置一项rmd_files， 列出所有需要作为一章的文件，并以列出次序编译； 在index.Rmd的元数据中也可以指定一些 LATEX 的选项, 例如 fontsize...文件中的R程序都在一个单独的R会话中独立地运行，避免了不同Rmd文件之间同名变量和同名标签的互相干扰。...2.3.3 _output.yml文件 另一个设置文件是_output.yml， 用于图书输出格式的设置, 本小册子的_output.yml文件内容如下 bookdown::gitbook: css...`index.Rmd`及`_output.yml`中的设置会嵌入到这个模板中，生成完整的单文档`tex`源文件.

    2.8K10

    R沟通｜用bookdown制作图书(1)

    在bookdown的管理下：一本书的内容可以分解成多个Rmd文件， 其中可以有可执行的R代码， R代码生成的文字结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中， 表格和图形可以是浮动排版的。...设置文件名和路径，点击创建即可 ? 这时候就会出现下面的界面，右下角是自带的一些文件，其中小框内部是每章节的rmd，可以看到bookdown是将很多个rmd文件合成的一本书。...为了在本地支持网页中的数学公式显示还有一个MathJax目录， 参见其中的readme.txt说明文件。...使用教程 新建一个新的project（File-New Project），然后将CBook文件夹内部的所有文件复制粘贴到project文件夹中，例如： ?...介绍下其中的一些文件： index.Rmd 一本bookdown书， 一般都需要有一个index.Rmd文件， 这是最后生成的网站的主页的原始文件， 可以在这个文件中写一些书的说明， 并在开头的YAML

    1.4K40

    生信爱好者周刊（第 28 期）：华大Stereo-seq系列成果揭秘超高分辨率生命全景时空图谱

    ，揭示其在小鼠、斑马鱼、果蝇、拟南芥等模式生物中的应用成果，其中Cell文章详细介绍了Stereo-seq技术原理和细节。...2、Nature Communication｜基于2万余个肿瘤体细胞突变谱，揭示年龄对肿瘤突变数量及进化时间的影响 该研究通过分析来自TCGA、AACR GENIE和PCAWG三个项目中的数据，揭示了年龄对肿瘤中的突变数量...在每个阵列中，包含2万到4万个柱子，每个珠子中，可以检测到的DNA序列，约为165-421个。...2、通俗科普文：贝叶斯优化与SMBO、高斯过程回归、TPE 贝叶斯优化是AutoML中的重要概念，近年来变得很火热。作为一种重要的基于先验的调参/策略选择技术，贝叶斯的应用范围也很广。...3、pdfcpu - a Go PDF processor[6] 一个处理PDF文件的命令工具。

    1.2K10

    95-R分享08-bookdown的一些小知识点

    两种bookdown作用形式 合并再编织（M-K）：将不同的Rmd文件（不同章节）合并到一个Rmd 文件中（Merge），再将他们输出成一本书（knit）。...或是，编织再合并（K-M）：将不同的Rmd文件先各自输出（knit），接着由bookdown 将他们合并成一本书（merge）。 这二者看似差别不大，实际上不同的设定却对最终结果有很大的影响。...M-K： 不同章节中的R 环境，会继承到后续章节（按照代码顺序），包括使用的包、变量等等； 不同章节中的代码块不可以有相同的名称； 你可以自由管理Rmd 文件的位置，比如放在工作目录的其中某个子目录下。...K-M： 各Rmd 代码彼此独立，互相的变量、环境中的函数、加载的包，互不干扰； 不同章节中的代码块可以有相同的名称； 必须将所有章节对应的Rmd 文件放在工作目录中。...比如我们在编译时，就是先生成一个大的_main.Rmd 文件，其集合了所有的Rmd 文件代码： 如果你希望切换到K-M 模式： new_session = TRUE when calling render_book

    70730

    你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）

    强烈要求我们推荐纯粹的R语言的文献图表复现全套代码，其实很容易检索到，2020奶牛7月仅仅是单细胞高分（IF>9）文章就有一百多篇，全部的单细胞相关文章有六七百篇了。...一般来说，公布代码，都是在GitHub，所以只需要关键词合适，搜索十几篇带有配套文章的图表的数据和代码很正常。...全套代码在：https://github.com/czbiohub/scell_lung_adenocarcinoma 而且是以rmarkdown形式组织的条理清楚，目录如下: 01_Import_data_and_metadata.Rmd...自己想办法把R的知识点路线图搞定，如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算（计算器） 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子） 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表） 文件读取和写出 简单统计可视化...无限量函数学习 我们也可以解析每个代码 每个人写代码的习惯不一样，而且有更好的rmarkdown书写方式，大家都可以运行一遍作者提供的数据和代码，在他们的基础上面进行创作和发挥： --- title:

    1.5K32

    通过R Studio用Markdown写Beamer

    安装成功后，打开R Studio的界面是这样的： 新建Rmd文件 R Markdown的Beamer PPT格式都是Rmd的后缀，用于写R Markdown，然后按顺序编译成Latex和对应的Pdf格式...，而R Studio就提供了一个把Rmd文件编译成Latex文件的编译环境。...创建好Rmd文件之后，会有一个默认的Rmd文档，这也是基于Beamer模板生成的markdown格式的文档： 我们可以将这个默认的案例修改为我们自己的案例（注意，这个markdown内容不能直接用，为了避免这个文件中的代码块模块所包含的点号跟本博客内容所带的点号引起错误配对...写完了Rmd文件之后，如果本地环境已经安装好了pdflatex，可以直接点击Knit中的Beamer模式，直接生成Beamer文档的pdf文件，也可以在R Studio中预览： 但问题是，博主本机Win11...在上图的步骤中，我们已经同时构建了tex文件，只是在从tex文件编译到pdf文件的这个过程中报了错，因此，我们可以直接将这一个tex文件复制到Overleaf的latex环境中进行编译，如下图所示便是预览效果

    1.5K40

    别人的电子书，你的电子书，都在bookdown

    后面可以跟一段概括性语句，概述本章的内容，方便理解，同时也防止二级标题出现在这一页。默认系统会按照文件名的顺序合并Rmd文件。...另外章节的顺序也可在_bookdown.yml文件中通过rmd_files:["file1.Rmd", "file2.Rmd", ..]指定。...在第一个出现的Rmd文件中 (通常是index.Rmd)，可以定义Pandoc相关的YAML metadata, 比如标题、作者、日期等 (去掉#及其后的内容)。...另外当目录下同时存在name1.png和name1.pdf文件时，会自动选择在HTML展示name1.png文件，在PDF输出中引入name1.pdf格式的文件。...插入引文 假如我们的bib文件中内容如下，如果我们要引用这个文章，只要写 [@chen_m6a_2015]就可以了。

    3.5K110

    C++嵌入汇编语言计算有符号数组的平均值

    本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42449444/article/details/102556037 关于嵌入汇编： 嵌入汇编是指在C和C++的源程序中插入汇编语言指令...例如，在汇编语言编写的函数中，不必保存EAX、EBX、ECX、EDX、ESI和EDI寄存器，但必须保存函数中使用的其它寄存器（如ESP、EBP和整数标志寄存器等）。...嵌入式汇编语言语句中，可以使用汇编语言格式表示整数常量（如378H），也可以使用C++的格式来进行表示（如0x378）。嵌入式汇编中的标号和C++的标号相似，它的作用是在定义它的函数中有效。...在VC++集成开发环境中，建立一个win32控制台程序的项目，输入源代码后进行编译连接就可以产生一个可执行文件。需要注意的是：debug活动解决方案平台一定要选X86！不能够X64！...avg mov rmd,edx //将EDX的值赋给*m } *m = rmd; //直接mov *m,edx会有内联汇编语法错误 return avg

    1.9K10

    71-R分享01-Rmd新手入门指南

    ★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...我们可以将Rmd 理解为，可以在md 文档中运行R 代码，并能将R 代码的运行结果最终输入到输出报告中的文件。 输出格式可以是HTML、docx、pdf、beamer等。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown...::render()编译， Rmd文件中的程序是在当前会话中执行的， 会带来一定的兼容性问题， 有可能在别人的环境下就不能正确执行或者会给出不同结果。...编译的第一步， 会调用knitr包的knit()函数将代码段中的程序依次运行， 结果保存为一个临时.md文件中， 图形结果暂存在单独的图形文件中， 文字结果会直接保存在临时.md文件中。

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