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Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

"正确地打开方式": [ "阅读", "置顶", "转发" ] } } 在Python...Python解析PSIBLAST的JSON输出结果 BLAST的输出结果可以有多种,在线的配对比较结果,线下常用的表格输出,这次尝试的是JSON的输出,运行命令如下 psiblast -db nr -out...Known_CPS.CUI.mfa.psiblast -evalue 0.0001 -outfmt 13 -num_threads 10 -num_iterations 0 -in_msa Known_CPS.CUI.mfa 这次编程的目的是通过解析输出的...JSON结果获取匹配的蛋白的名字和序列,JSON文件解析的关键是知道关注的信息在哪个关键字下可以找到,然后需要怎么操作进入到关键字所在数据层,具体操作见如下视频,视频中一步步尝试如何不断试错,解析JSON...文件,获得想要的Python脚本和解析结果。

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    下列python语句的输出结果是print_下列 Python语句的输出结果是「建议收藏」

    【单选题】Python语句 print(type(1/2)的输出结果是 【填空题】下列Python语句的程序运行结果为: class account: def __init__(self, id, balance...(只写函数名) 【判断题】如有下面代码,输出的结果是一个元组 def f(a,b,c): print(a,b,c) f(*(1,2,3)) 【单选题】下面的程序段求x和y两个数中的大数,( )是不正确的...【填空题】下列 Python语句的输出结果是 def judge( param,*param2): print(param2) judge(1,2,3,4,5) 【填空题】将读取的内容写入到文件中。...【单选题】Python语句 print(type([1,2,3,4])的运行结果是 【单选题】print(r”\nGood”)的结果是 【填空题】下列 Python语句的输出结果是 def judge(...(i,end=’-‘)”的输出结果为( ) 【单选题】Python语句 print(type(1J))的输出结果是 【填空题】Python语句re. split(‘\W+’,’go, went, gone

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    python命令行or控制台or日志带有颜色的输出

    python命令行or控制台or日志带有颜色的输出 python控制台带颜色输出 在几年前,我写过一个项目,喜欢花里胡哨的我看到别人输出到控制台带有颜色,于是我也想要。...早期带有颜色输出的代码如下: msg = "我是一个有颜色的字体!"...颜色异常输出示例 用之前颜色代码拼凑输出,通过命令行调用的时候,发现直接输出的是颜色代码,而不是带有颜色的字体。 这里稍微讲解一下。 在终端中设置输出文本的颜色可以使用 ANSI 转义序列来实现。...colorama 库是一个「跨平台」的 Python 模块,可以使在终端中显示 ANSI 转义序列变得更简单。 划重点:跨平台!!!(我已邀请大佬做过测试,windows,mac完美!)...」 带有颜色的日志输出 使用colorlog库 colorlog 是一个方便的 Python 日志库,可以帮助在控制台中添加颜色和样式来美化日志输出。

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    用python输出stata一样的标准化回归结果

    如果你经常用stata写论文,会了解stata有个outreg2的函数,可以把回归的结果输出成非常规范的论文格式,并且可以把多个回归结果并在一起,方便对比。例如下图 ?...本文的目的是用python实现outreg2的效果,得到上面这样的结果,方便对比和分析。...01 OLS格式化输出 例子使用前文Fama-Macbeth中使用过的数据,首先取其中一期的数据做回归,这里主要是展示格式化输出的结果,所以不要太在意系数的符号和显著性。...这里的info_dict里子定义了三个行数,效果是两行空白,第三行输出变量个数,也就是图里的Observation,如果你想在结果里输出更多的统计量,也可以用类似的方法实现,小数位数也是可以调的。...另外这个包目前还是在完善过程中,所以如果python版本不一样,输出结果可能会有一些差异,比如上图是用python3.7实现的,python3.8实现出来R2的结果会显示在回归系数的下方。

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    Python3 初学实践案例(4)可设定长度和密码复杂级别的生成密码脚本

    Python3 初学实践案例(4)可设定长度和密码复杂级别的生成密码脚本 在学习 python 的第一次实战中,我就完成了一个生成密码的脚本。...这个结果可能并不满足我们的想要的条件,因此,必须检查一下,如果不满足,则需要重新生成一个,直到满足为止。...好,设定我的程序的目标: 随机生成一个密码 可以指定密码的长度 可以指定密码的复杂等级 简单:由纯数字组成 一般:数字+小写字母+大写字母 复杂:数字+小写字母+大写字母+标点符号 密码必须符合指定的复杂等级才输出...由于之前我已经学习了 argparse 命令行参数处理的库,《argparse 命令行参数库的使用》,所以处理命令行参数对于我来说变得异常简单,我配置好之后,只需要把努力全部放在逻辑处理上即可。...help="The password is made up of numbers, letters, and punctuation", action="store_true") # 获取命令行参数结果

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    数据科学入门必读:如何使用正则表达式?

    这样做的目的是在本教程中输出显示测试结果时,就不用每次都显示数千行结果了。这能免除很多烦恼。你自己练习的时候使用完整语料库或我们的测试文件都不会有问题。 现在,假设我们想知道这些电子邮件的发件人。....* 会获取这一行中下一个引号前的所有字符。当然,该模式中的下一个引号也经过了转义。这让我们可以得到引号之中的名称。每个名称都输出显示在方括号中,因为 re.findall 以列表形式返回匹配结果。...我们马上就要去掉每个结果中的 : 和 <。 现在让我们显示结果,看看代码的效果。...现在我们使用 | 来查找来自一个域名或另一个域名的电子邮件。...我们用以下方式显示输出其结果。

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    python中常用的模块的总结

    : 1 import package_test #执行__init__.py 2 package_test.test1.test() 这样运行p_test的结果: 1 D:\python35\python.exe...,win下为"\\",Linux下为"/" 14 os.linesep 输出当前平台使用的行终止符,win下为"\t\n",Linux下为"\n" 15 os.pathsep 输出用于分割文件路径的字符串...) 返回path所指向的文件或者目录的最后修改时间 6、 sys模块 1 sys.argv 命令行参数List,第一个元素是程序本身路径 2 sys.exit(n)...d.get("date")) 运行结果如下: 1 D:\python35\python.exe D:/python培训/s14/day5/shelve模块/shelve_test.py 2 dean 3....group() 结果 '\t' r代表取消引号里面特殊字符的意义 最常用的匹配语法: re.match从头开始匹配 re.search匹配包含 re.findall把所有匹配到的字符放到以列表中的元素返回

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    NLP将迎来黄金十年,7个案例带你入门(附Python代码)

    随着计算机的普及以及互联网的发展,大量的信息以电子文档方式呈现在人们的面前。 NLP通常所需要处理的语料一部分来自于web网页的信息抽取,一部分来自于文本格式的文档。...为了让大家更好地理解正则表达式在Python中的应用,我们会通过一系列的例子来阐述。 案例中,我们会提到re的一个方法: re.search。...regex,返回的是一个match对象 print(line) #如果匹配到,打印这行信息 运行上面的程序,我们可以看到输出结果为: 利用一个爬虫抓取到网络中的信息 根据用户的需求,爬虫可以有主题爬虫和通用爬虫之分...for line in p_string: if re.search(regex,line) is not None: print(line) 我们可以看到输出为: 文本最重要的来源无疑是网络...运行以上代码,我们看到结果正确提取了所需的新闻标题。

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    别再问如何用Python提取PDF内容了!

    今天我们再次回到PDF,详细讲解如何使用Python从PDF提取指定的信息。...我们将以一份年度报告PDF为例进行介绍,内含大量文字、表格、图片,具体如下 模块安装 首先需要安装两个模块,第一个是pdfplumber,在命令行使用pip安装即可?...,则要直接使用.extract_tables() 例如示例文件中第 13 页有 2 个表格,我们分别利用.extract_table()和.extract_tables()观察输出结果 import pdfplumber...图片提取 对于图片提取,现在没有任何一个模块可以做到百分之百的提取。本文只介绍基于fitz模块的代码,基本思路是通过正则查找图片并将其输出 例如提取示例文件中的图片,代码可以这么写?..._getXrefString(i) isXObject = re.search(checkXO, text) isImage = re.search(checkIM, text

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    PYTHON正则学习记录

    本文声明 1.本文内容来自个人编写、python官方文档、参考菜鸟教程和网上部分解析。 2.本文加入大部分个人理解,并删去部分官方解释。可能存在理解错误,造成本文存在错误。...+',text) print(y.expand(r'\g你好')) #输出结果如下: #2020你好 #2020你好 python re模块方法 (仅列举常见常用的) 以下为各方法中参数的含义...'年') 结果表明: group()(等价与group(0))输出为整个表达式的值,group(1)为第一个()匹配的结果,group(2)为第二个()匹配的结果。...groups()则输出所有的()所匹配的结果构成的元组。...re.search(r'[a-z]+', text,re.I) print(y.group()) #输出结果如下: #ebyz #Mbyz re.M作用: text='''me byz''' x=re.search

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    【Python基础】正则表达式

    本文不介绍正则表达式的语法本身,只介绍Python中使用正则表达式。 1 字符串搜索 1.1 re.search 使用re.search函数,扫描整个字符串并返回第一个成功的匹配。...我们以简单例子说明: import re result = re.search("bitpy", "www.bitpy.com") print(result) 输出结果如下: <re.Match object...re result = re.search("bitpy", "www.bitpy.com") print(result.span()) 输出结果如下: (4, 9) 除此之外,还有start()函数返回匹配开始的位置...输出结果如下: ('www', 'bitpy', 'com') www.bitpy.com www bitpy com 2 字符串匹配 re.match尝试从字符串的起始位置匹配一个模式,如果匹配成功,...输出结果如下: (0, 5) ('bitpy',) 3 标志位flags参数 正则表达式可以包含一些可选标志修饰符来控制匹配的模式。修饰符被指定为一个可选的标志。

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    向python脚本传递参数

    () Python文件内部接收参数用: sys.argv sys.argv[0]:是python脚本名 sys.arg[1]及以后各项:是接收的参数 #!...test.py hello world 脚本名:test.py 参数 1 hello 参数 2 world python中使用命令行选项: 例如我们需要一个convert.py脚本。...它的作用是处理一个文件,并将处理后的结果输出到另一个文件中。...要求该脚本满足以下条件: 1.通过-i -o选项来区别参数是输入文件还是输出文件. >>> python convert.py -i inputfile -o outputfile 2.当不知道convert.py...opts为分析出的格式信息。args为不属于格式信息的剩余的命令行参数。 opts是一个两元组的列表。每个元素为:(选项串,附加参数)。如果没有附加参数则为空串''。

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    第一章:正则表达式

    特殊的元字符   三. python3的re模块方法   四. python3的re模块练习   五. 第一章课后练习题   六. re模块综合应用之计算器 一....print(re.split(':', 'str1:str2:str3')) # 结果: # ['str1', 'str2', 'str3']  四. python3的re模块练习  练习一: 择一匹配多个字符串...# 1-18 通过确认整数字段中的第一个整数匹配在每个输出行起始部分的时间戳,确保在redata.txt 中没有数据损坏。...提供一个链接列表(以及可选的简短描述),无论用户通过命令 # 行方式提供、 通过来自于其他脚本的输入,还是来自于数据库, 都生成一个 # Web 页面(.html),该页面包含作为超文本锚点的所有链接,...# 使用正则表达式或者标记解析器,例如 BeautifulSoup、 lxml 或者 html5lib 来解析 # 排名,然后让用户传入命令行参数,指明输出是否应当在一个纯文本中,也许包 # 含在一个电子邮件正文中

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