说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包的来源 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("包名")来安装 2....Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("包名")来安装，今天的例子edgeR和limma都可以通过这种方法安装。 3...."包名") # CRAN BiocManager::install("包名") # Bioconductor devtools::install_github("用户名/包名") # Github 如果你不知道你需要的包来源哪里...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....BiocManager::install("pkg_name") # Bioconductor devtools::install_github("用户名/pkg_name") # Github 如果你不知道你需要的包来源哪里...安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
下面介绍一下如何查看已经安装的R包，应用场景很多，主要就是你想在另外电脑上配置同样的环境时，直接按图索骥就行了。当然，更简单的是把包直接copy进去，安装相同的版本，直接用就行了。...下面介绍几种R包的管理，包括如何查看已经安装的R包，如何查看已经加载的R包，如何安装R包，如何删除R包，如何查看R版本，如何查看R包的版本，所谓的一答解千文，就是说的本篇呀！ 1....查看已安装的包 installed.packages() 它会给出来，所有已安装的R包的详细信息，包括包名，路径，版本，优先级，建议等，提取已安装的包名： as.data.frame(installed.packages...查看已加载的R包 这里的小括号不可以省略 (.packages()) 可以看到，默认加载了7个基础包。...查看R包版本 载入R包，然后用：sessionInfor() 可以看到，ggplot2的版本是：3.3.6
我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一 问题来源 为什么要写今天这个推文呢？...通过正则表达式来查询感兴趣的函数 find . | grep "R$" | xargs grep -n "DoHeatmap" --color=auto 发现， DoHeatmap函数在visualization.R...和mixscape.R都出现了，感觉是visualization.R定义了DoHeatmap函数。...我们接下来使用r，打开两个文件看一下看一下 file.edit('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/mixscape.R') file.edit...('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/visualization.R') 最后就顺利找到了源代码，可以看到DoHeatmap的画图功能其实来自于另外一个函数
根据肺损伤纤维化模型，我们认为单核细胞来源的巨噬细胞具有促进纤维化的作用。...文章都做了什么： 使用SingleR来识别正常状态下和博来霉素诱导的肺纤维化小鼠的巨噬细胞。 使用基于SingleR的一种新聚类方法，来找出单核细胞来源的和肺泡巨噬细胞之间的过渡态细胞。...因为考虑到DC和巨噬细胞都来源于单核细胞，所以他们的转录组profile很相似，所以作者用了一组已发表的文章数据对图中我圈起来的那些细胞（DC和巨噬细胞）进行进一步的注释： ?...已经有研究报道巨噬细胞来源的Pdgf可以促进成纤维细胞的生长，在作者的single cell数据中，Pdgfa只在C2和C3细胞群里有表达，而且在第二周的时候C2中表达比C1中要高的非常明显： ?...Cluster A中的细胞周期最为活跃，而且主要是由肺损伤小鼠来源的细胞组成。 当然了，前面的实验都是体外实验，要想理直气壮，必须要有体内实验的！
在你的电脑被安装上了各种国产软件全家桶之后，各种各样的广告弹窗也就随之而来了。与网页广告不同的是，这些桌面弹窗有时无法判定来源软件，让人十分头疼。...比如下面这个来自网友的例子： 虽然提供了关闭按钮，但它如果不定时的弹出也会让人非常恼火，最重要的是我们不知道究竟是什么软件引发了这个弹窗。...不过有了 ViewWizard 窗口信息查看精灵这款绿色软件之后，定位窗口来源变得易如反掌。只要广告窗口还未关闭，我们便可以对他进行寻根溯源。...在打开软件后我们首先需要点击扩展按钮，将扩展信息栏展开，便于后续查看“进程路径”和“模块路径”。...或者也可以使用知乎网友提供的绿色版弹窗拦截软件 adkiller 。 最后附上 ViewWizard 窗口信息查看精灵的下载地址，虽然最新版已经更新到3.x，但是实测2.x在 win10 上运行良好。
3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量...no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用...browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign
核心命令：python -m pydoc 查询某包：python -m pydoc 包名 示例： C:\Users\xxx>python -m pydoc pydoc - the Python documentation
stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。...其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。...具体可以查看 a a.split a.split[[1]][1] "a" "b" "c" "d"#合并，其实就是拼接字符串#使用unlist将a.split变成向量#当输入为单一向量时，使用collapse...#提取filepath 字母大小写转换 场景：在Excel中，查找匹配不区分大小写，但是在R中区分大小写，常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到的情况，故先预处理统一大小写再做匹配。...熟练掌握后，对文本的预处理简直无往不利，如丝般顺滑。该包不仅仅只有以上几个函数，还有其他函数，只是工作中较少用到，所以未列举出来。可见stringr包确实强大，提供了一整套字符串的处理方案。
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...R包，比如edgeR这个包，搜索到后先查看其相关用途，再进行如下安装： install.packages('BiocManager') library(BiocManager) install('edgeR...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com...我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档 如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！ 应该没问题了！！！！吧？
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。
R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。...本次以dplyr为例安装和加载R包镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options...dplyr包有很多函数，为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突，使用时前面加上“包名::”dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按列筛选按列号筛选注意筛选内容与表格内容的统一...，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档?...dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面（善用搜索引擎，或者找帮助）##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”，其实就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看
在这篇文章中，我们将学习如何操控R中的字符串，主要用的是Biostrings包。...Getting started 如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...如果你想要查看这个包的说明文档，请点击链接http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/Biostrings/man/Biostrings.pdf...我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么，又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。...IRanges 就像Views能够被用来查看子序列。一个通常的任务是描述染色体一系列的起始位点，并接着查看每个起始位点给定长度后的子序列。
大家应该很熟悉windows下的R语言，并且也知道如何安装R包。但是呢，如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。...那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。
安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。...使用一个包，是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror...x和y，代码x == y将把x的第一个元素与y的第一个元素进行比较，然后将x的第二个元素与y的第二个元素进行比较在代码x％in％y中，将x的第一个元素与y中的所有元素进行比较，然后将x的第二个元素与y中的所有元素进行比较...z## 1 b A## 2 e B## 3 f C5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join根据x与y某个共同的交集，仅显示x中与y无交集的部分，不合并y项中除非交集外的其他部分anti_join...(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;
这几天收到师兄的任务，熟悉iGRaph包的使用，通过查资料，外加自己的实践，在此做个简单的学习笔记。 以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。...3,4), directed=T) > g IGRAPH D--- 4 5 -- > plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold) 2.创建多种图形的图表...layout.fruchterman.reingold,vertex.label.dist=0.3,edge.arrow.size=0.5,vertex.color="red") 3.随机图表和优先连接的生成...plot(g, layout=layout.reingold.tilford, vertex.label=NA, vertex.size=5,vertex.color="green") 4.简单图表的算法
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