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我感兴趣的是从FASTA格式的BLAST输出中获得未映射的序列。我认为我可以使用hsps_no_gap，但它不起作用。有没有什么方法可以让我完成这件事？
浏览 0提问于2011-09-15得票数 1
我从fasta文件中创建了一个序列名称和序列列表。有谁知道我怎样才能从序列名称列表中删除can >‘>字符？我试过用带，替换，地图。该列表提供了以下输出：>chrII在应在的地方：chrIIfp = open(r'demo_fasta_file_2022.fas', 'r')
def read_fasta(
浏览 2提问于2022-03-11得票数 1
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我有多个具有相同长度序列的多个人的fasta文件。我想做的是沿着fasta文件创建物种序列的串联。在循环中:如果在下一个文件中发现一个物种，我连接它的序列，如果没有，我连接间隙('-')，与其余序列具有相同的长度。') species_list
浏览 11提问于2018-01-24得票数 0
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我的问题很简单，但我想不出怎么解决它。我有一个大约一百万个序列的列表，每个序列都需要与测序适配器进行比对。我正在考虑在python中使用Biopython中的pairwise2工具进行对齐。我想使用这个工具，因为我需要收集所有的比对分数，做一些数学运算，并根据数学运算选择序列。如果我运行下面的代码，它可以工作，但速度很慢，因为每次只运行一次对齐。+ " " + record.seq + " " + adapter.
浏览 16提问于2017-03-14得票数 0
我正在尝试根据ID列表从fasta文件中提取序列子集，到目前为止还不错。我的问题是我的ID列表包含额外的第二列(它表示序列的编码部分)，我希望将它保存在新的fasta文件中。from Bio import SeqIOfor line in open("test.txt","r"):
id</
浏览 4提问于2014-02-01得票数 1
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>3对于每个fasta文件，我也有一个ID列表，我想用这些ID来提取特定的序列，创建一个2序列fasta，然后执行一些操作(对齐，计算距离)。列表：1cat file2.list1 我正在尝试循环列表中的每一行，以提取与特定id/行匹配的
浏览 3提问于2017-02-20得票数 1
我有两个非常大的fasta文件，都在2 2GB左右。它们有一些序列具有相同的名称，因此如下所示：">ABC001 ACTGTGTCGTG">ABC005 ACTGTGTCGTG">ABC002 ACTGTGTCGTG">ABC005 ACTGTGTCGTG
"&g
浏览 2提问于2013-05-02得票数 1
我有一个fasta文件，另一个文件包含位置，我想用默认设置替换每个序列的某个位置，例如，我的位置文件看起来像a/c 120，我的替换表看起来像a/c到W，所以我想得到一个新的fasta文件，位置120用w替换。该程序是用Python编写的
所以第一个问题是我不能到达正确的位置，例如，如果我使用my_seq_id0:3，我就得到了序列</
浏览 0提问于2014-05-15得票数 0
无论如何，我正在尝试使用grep查询fasta文件(DNA序列-一行的DNA序列ID和下面一行的DNA序列)，以便根据要查询的字符串文件列表输出文件的子集。目前，我有一个列表，它是在换行符和fasta文件上分隔的单个单词，正在使用以下命令
grep -A1 -f query_list.txt initial_file.fasta > query_subset
浏览 0提问于2014-09-08得票数 4
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我有一个类似的文件( fasta格式的DNA序列)：ATCGTGATNNNNNNNNAGTCGATCGGATTCTNNNNATGTNNATGTCCNNNNNNN我想数一下缺口的长度，也就是N个字符串的长度。例如，在第一个序列中，长度为8。在第二个序列中，我的间隙为4，另一个为2，另一个为7。如果我能得到一个具有间隙长度密度的</e
浏览 0提问于2014-03-04得票数 0
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我有9个FASTA文件，代表了9个基因的DNA序列。>1>16>2...>2>34>1...我想把这9个基因FASTA文件转
浏览 0提问于2018-09-29得票数 1
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我需要从"goodProteins.fasta“文件(第一个输入)中提取一些fasta序列，其中id列表文件位于单独的文件夹中(第二个输入)。fasta序列文件的格式是：FSKVJLKDFJFDAKJQWERTYU......SKJFHKDAJHLQWERTYGFDFHU......1_12258
1_1
浏览 2提问于2015-02-02得票数 1
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我试图了解FASTA算法在数据库中搜索类似查询序列的基本步骤。算法的步骤如下：我混淆了使用PAM250分数矩阵的第3和第4步，以及如何“加入使用空白”。
浏览 5提问于2011-12-03得票数 7
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不等字符串长度的多序列对齐
、、、、
我需要一个方法来创建一个一致的序列3-1000短(10-20 10)核苷酸("ATCG")读取的不同长度。一个简化的例子："AGGGC""AGGAGC"应该会产生一个一致的"AGGGGC"序列。我在BioPython库中找到了进行多序列比对(MSA)的模
浏览 4提问于2015-07-01得票数 4
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我有一个很大的文件，里面有很多FASTA序列。其中一些需要重命名--我正在尝试将FASTA序列ID替换为它们的更新版本。我将信息存储在字典中，这样旧ID就是键，新ID就是值。无论我做什么，我似乎既不能替换I，也不能正确地写一个新的fasta文件。我正在使用SeqIO读取我的fasta文件。下面是我的一些代码：
浏览 1提问于2018-08-14得票数 0
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重叠记分矩阵生物工程
、、、
我有一个包含DNA序列和序列名称的FASTA文件，我需要建立一个重叠分数的矩阵。我在Biopython中找到了模块pairwise2，它似乎做得很好。除了我的序列已经对齐，当我使用pairwise2时，它再次尝试对齐序列，这花费了很长的时间，显然每次对齐都得到相同的重叠分数。因此，我的问题是，如何获得重叠评分，而不试图再次对齐序列？= SeqIO.parse('unamb
浏览 4提问于2017-01-10得票数 3
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我在同一个目录中有多个fasta文件，其中只有一个序列。我想用fasta文件中存在的单个序列的标题重命名每个fasta文件。当我运行我的代码时，我得到了“替换模式没有终止于(用户提供的代码)” 我的代码： #!/bin/bash
do
if [ !.*$/\1&#
浏览 42提问于2019-01-08得票数 0
我正在尝试编写代码，以获得文件夹中各个fasta对齐的每个100+文件的一致序列。一开始，我只想获得一个序列的共识(然后我将使用for循环来处理所有序列)，但我在共识的字母表中遇到了麻烦。我的测试fasta对齐方式是：ACGTACGATCGTTACTCCTAACGTACGA---TTACTCGTAACGTACGANNNTTACTCSTA
浏览 4提问于2013-05-01得票数 1
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