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脚本分享——对fasta文件中的序列进行排序和重命名

小伙伴们大家下午好,我是小编豆豆,时光飞逝,不知不觉来南京工作已经一年了,从2018年参加工作至今,今年是我工作最快乐的一年,遇到一群志同道合的小伙伴,使我感觉太美好了。...今天是2022年的最后一天,小编在这里给大家分享一个好用的脚本,也希望各位小伙伴明年工作顺利,多发pepper。‍...pip install biopython pip install pandas 查看脚本参数 python Fasta_sort_renames.py -h 实战演练 # 只对fasta文件中的序列进行命令...python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s F -a rename_fasta.fna # 对fasta文件中序列根据序列长短进行排序...,并对排序后的文件进行重命名 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s T -a rename_fasta.fna

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    Python 使用列表的sort()进行多级排序实例演示,list的sort()排序方法使用详解,python3中sort()的cmp自定义排序方法,sort()的逆序、倒叙排序方法

    Python 列表 sort 排序方法使用详解 第一章:常规功能 ① sort() 的默认排序 ② sort() 的多级排序实例演示 ③ sort() 的逆序、倒叙排序 ④ sort() 方法的源码 第二章...:扩展功能 ① sort() 的 cmp 自定义排序方法 ② sort() 的 cmp 引用 lambda 函数实现自定义排序 第一章:常规功能 ① sort() 的默认排序 下面是我打印一张图片的各个点的...② sort() 的多级排序实例演示 通过 key 参数可以设定对哪一位进行排序。...None 第二章:扩展功能 ① sort() 的 cmp 自定义排序方法 python2 中有 cmp 参数,python3 中已经给取消了,如果使用会报 TypeError: 'cmp' is an...(custom_sort)) 效果图如下: ② sort() 的 cmp 引用 lambda 函数实现自定义排序 引用 lambda 函数进行第三列逆序排序。

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    iOS实践:打造一个可以快速索引的城市列表页1. 从plist中获取城市字典2. 对城市的首字母进行排序3. 设置边栏索引4. 关于约束的重要提示5. 完善:封装

    相信绝大部分LBS的APP里面,大家都能看到一个带索引的城市列表页面,用来让用户选择所在城市。...我们就一步一步的来实现这个页面,最终效果如下: Paste_Image.png 最终我们会按照首字母汉语拼音对所有城市进行排序,可以通过右侧的首字母索引来快速定位到城市。 1....对城市的首字母进行排序 对所有字典key的数组中的内容进行排序 对于排序,系统提供了两种办法可以进行排序。我们就不用再写什么冒泡儿、选择之类的算法了,直接来就可以用。...排序结果记录在了NSComparisonReuslt中。 NSComparisonReuslt是一个枚举。通过操作两数比较的结果,进行排序。...设置边栏索引 边栏的索引显示的文字和实际跳转没有直接关系。 边栏索引无论写什么,都是按照实际的key值进行跳转的。

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    【深入浅出C#】章节 5: 高级面向对象编程:泛型编程和集合类型

    它们提供了方便的方法来添加、删除、访问和搜索集合中的元素。在C#中,常见的集合类型包括数组、列表、字典、集合和队列等。...五、集合类型的排序和比较 5.1 集合类型的排序方法和算法 集合类型在C#中提供了多种排序方法和算法,可以根据具体的需求选择合适的方式进行排序。...使用 Sort() 方法:集合类型(如列表)提供了 Sort() 方法,可以直接对集合进行原地排序。默认情况下,Sort() 方法使用元素的自然顺序进行排序。...5.2 自定义比较器和排序规则 在 C# 中,可以通过自定义比较器来定义排序规则。...然后,使用 Sort 方法并传入自定义比较器的实例,对列表中的元素进行排序。 通过自定义比较器,可以灵活地定义排序规则,以满足具体的排序需求。

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    搜索引擎-处理查询

    查询词格式化: 把词汇转换成wordID 3) 根据查询词从倒排索引库获取匹配的检索结果 4)根据特定相关度排序算法进行排序,生成最后搜索结果。 当然了,这个流程还会涉及到缓存的过程。...,所以可以根据各自的TF和IDF等参数计算文档和查询单词的相似性(具体相似性计算有很多种,此处对相似性计算做了简化处理,TF * IDF就是分数),之后将两个分数相加获得了文档1和用户查询的相似性得分:...2) 随后搜索系统开始处理文档2, 因为文档2只在"技术"这个词汇的倒排列表中,所以 根据相应的TF和IDF计算相似性后,即可得出文挡2和用户查询的相似性得分。...图4-2是一次一单词 处理流程: 1)搜索系统首先对包含"搜索引擎"的所有文档进行部分得分计算,比如对于文档1, 可以根据TF和1DF等参数计算这个文档对"搜索引擎...5)当全部计算完毕时,哈希表中存储了每个文档和用户査询的最终相似性得化排序后输出得分 最高的K个文档作为搜索结果。

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    【愚公系列】2023年11月 数据结构(三)-列表

    2.列表常用操作2.1 初始化列表1、自定义列表的初始化C#中的列表可以使用以下语法进行初始化:使用花括号{}进行初始化,每个元素用逗号分隔:List myList = new List排序列表可以使用List类的Sort()方法来对列表进行排序。该方法接受一个参数,即一个委托,用于比较两个元素的大小关系。...支持索引:列表支持按照下标访问元素,方便对元素进行读取和修改操作。空间效率高:列表在存储元素时只需要按顺序排列,不需要为每个元素预留空间。...数据处理:列表可以用于对一组数据进行处理,例如排序、筛选、搜索等。栈和队列的实现:栈和队列都可以通过列表来实现。迭代器:列表可以被用作迭代器,使得可以对数据进行迭代处理。...NET Framework 2.0 推出了List3.List表示可通过索引访问的对象的强类型列表。 提供用于对列表进行搜索、排序和操作的方法。

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    RAG项目推荐:bRAG-langchain-构建自己的 RAG 应用程序所需了解的一切

    加入等待列表,成为早期使用者之一! 本仓库包含了对检索增强生成 (RAG) 在各种应用中的全面探索。 每个笔记本都提供了从入门级到高级实现的详细实践指南,包括多查询和自定义 RAG 构建。...内容包括: 逻辑路由:实现基于函数的路由,根据编程语言将用户查询分类到适当的数据源。 语义路由:使用嵌入和余弦相似性将问题引导到数学或物理提示,优化响应准确性。...ColBERT 集成:演示基于 ColBERT 的令牌级向量索引和检索,捕捉细粒度的上下文含义。 ColBERT 的维基百科示例:使用 ColBERT 检索模型检索有关宫崎骏的信息进行演示。...[5]_rag_retrieval_and_reranking.ipynb 这个最后的笔记本将 RAG 系统组件结合在一起,重点关注可扩展性和优化: 文档加载和拆分:加载并分块文档以进行索引,准备将其存储到向量存储中...检索器和 RAG 链设置:构建检索链以回答查询,使用融合排名和 RAG 链提取上下文相关信息。 Cohere 重新排序:演示使用 Cohere 模型进行重新排序,以进行额外的上下文压缩和优化。

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    C#3.0新增功能09 LINQ 标准查询运算符 04 运算

    本篇主要介绍标准查询运算符的常用运算功能。 01 对数据排序 排序操作基于一个或多个属性对序列的元素进行排序。 第一个排序条件对元素执行主要排序。...通过指定第二个排序条件,您可以对每个主要排序组内的元素进行排序。 下图展示了对一系列字符执行按字母顺序排序操作的结果。 ? 下节列出了对数据进行排序的标准查询运算符方法。...) 匿名类型 构建联接和叉积查询 join 子句 如何:使用组合键进行联接 如何:联接不同文件的内容 (LINQ) (C#) 如何:对 join 子句的结果进行排序 如何:执行自定义联接操作 如何:执行分组联接...Enumerable.ToLookup 查询表达式语法示例 下列代码示例根据奇偶性,使用 group by 子句对列表中的整数进行分组。...方法 方法名 说明 C# 查询表达式语法 详细信息 聚合 对集合的值执行自定义聚合运算。 不适用。

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    【你真的会用ES吗】ES基础介绍(二)

    这里需要大家提前知道一点:通过倒排索引的方式去实现聚合和排序,是非常不现实的,ES(其实是底层Lucene)底层将数据转成了另一个结构存储以实现这个逻辑,它就是DocValues,基于列式存储的数据格式...从公式中可以看出,这个相似性算法仅与文档词频相关,覆盖不够全面。例如:缺少文档长度带来的权重,当其他条件相同,“王者荣耀”这个查询关键字同时出现在短篇文档和长篇文档中时,短篇文档的相似性其实更高。...query的关注点除了是否之外,还关注这些文档的匹配度有多高他们本质上的区别是是否参与相关性得分。在查询过程中,官方建议可以根据实际使用情况配合使用 filter 和 query 。...sort在执行ES查询时,默认的排序规则是根据相关性得分倒排,针对非全文索引字段,可以指定排序方式,使用也非常简单。...:根据价格升序排序 我们根据优先级顺序定义每个条件的权重,指定自定义相关性得分规则后,在 sort 中指定先根据 _score 降序排列,再根据价格升序排列。

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    pinterest使用 Apache Flink(近)实时地检测图像相似性

    请注意,本文不是关于检测图像相似性,而是关于如何实时进行。 挑战 Pinterest 上的大量图像在可扩展性和稳健性方面提出了一系列挑战。...设计与实现 对于每个新创建的图像,我们运行以下步骤来检测相似图像: 从视觉嵌入中提取 LSH 项 查询自定义搜索引擎(使用 LSH 术语索引引导)以识别一组潜在候选人。...根据与相关图像匹配的词条数量对候选者进行排序。 使用基于 TensorFlow 的分类器评估候选集。 我们使用经验确定的阈值来过滤掉不匹配的图像 如果检测到类似的图像,则识别集群并更新存储。...由于我们需要根据重叠项的数量对候选者进行排序,因此搜索集群已针对延迟的正确性进行了优化。 与传统搜索引擎不同,我们的用例通常需要扫描整个语料库,并期望返回具有最高术语重叠的结果。...如上所述,我们在存储中持久化了两种关系: 图像到簇头的映射 簇头到簇成员列表 图像到簇头的映射很简单,并且存储在 RocksDB 的本地变量中,它为我们提供了低延迟和线性可扩展性。

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    【算法与数据结构】--高级算法和数据结构--排序和搜索

    它选择一个基准元素,将列表分为小于基准和大于基准的两部分,然后递归地对这两部分进行排序。...无论使用C#还是Java,你可以根据需要选择合适的算法来排序你的数据。 二、搜索算法 以下是一些常见的搜索算法,包括线性搜索、二分搜索和哈希表查找。...它通过将目标值与中间元素进行比较,然后排除一半的列表,继续在剩余的一半中搜索,以此类推,直到找到目标元素或确定它不存在。...线性搜索适用于未排序的列表,二分搜索适用于已排序的列表,而哈希表查找适用于键值对的存储和检索。你可以根据你的需求选择适当的搜索算法。 三、总结 本文介绍了常见的排序算法和搜索算法。...排序算法包括冒泡排序、选择排序、插入排序、快速排序和归并排序,它们分别用于按不同方式对数据进行排序。每个算法都伴随着C#和Java的示例代码。

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    【C# 基础精讲】数组的创建与操作

    数组元素通过三个索引访问,例如cube[1, 2, 1]表示获取第二个维度的第三行第二列的元素,值为17。 7. 数组方法 C#提供了一些常用的数组方法,方便对数组进行操作。...下面介绍一些常用的数组方法: Array.Sort() Array.Sort()方法用于对数组元素进行排序。默认情况下,会按照数组元素的自然顺序进行升序排序。...int[] numbers = { 5, 2, 8, 1, 9 }; Array.Sort(numbers); // 对数组进行排序 在上述代码中,numbers数组将会被排序为 { 1, 2, 5,...除了数组,List也是存储一组数据的好选择。根据不同的需求,合理选择数组或List,能够更好地处理和操作数据,提高代码的效率和可维护性。...希望本文对您理解C#数组的创建与操作有所帮助,祝您在C#编程的学习和实践中取得更多进步!

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    【深入浅出C#】章节 9: C#高级主题:LINQ查询和表达式

    适用于简单查询,特别是只涉及筛选、排序和投影等基本操作。 可以在代码中进行更细粒度的操作控制,适用于灵活的操作序列。 操作更加灵活,可以根据需求组合不同的方法调用。...六、LINQ和集合类型 6.1 如何在LINQ查询中处理集合类型 在LINQ查询中处理集合类型是非常常见的情况,因为LINQ的主要目的之一就是对集合进行查询、过滤、投影和操作。...var result = collection.Skip(3); 6.2 使用LINQ对集合进行过滤、映射和排序 使用LINQ对集合进行过滤、映射和排序非常简单,只需使用LINQ的相应操作符即可。...九、自定义LINQ查询 9.1 创建和使用扩展方法 在 C# 中,LINQ 扩展方法是一种允许你自定义 LINQ 查询操作的方式。...9.2 自定义LINQ查询操作符 在 C# 中,你可以创建自定义的 LINQ 查询操作符,以扩展 LINQ 查询语法,使其支持你自定义的查询操作。

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    AI 搜房,贝壳找房的Milvus实践

    通过深度学习模型将非结构化数据转化为特征向量导入 Milvus 库,Milvus 对特征向量进行存储并建立索引,然后在 Milvus 中进行搜索,Milvus 将返回与搜索向量相似的结果。...| 房源推荐系统介绍 在房源推荐系统中主要是采用的相似推荐方法,根据”物以类聚,人以群分“定理,当用户对某房源比较感兴趣时,就为用户推荐与之相似的房源信息。...基本上所有的推荐算法都是在计算相似度,包括用户相似度或者物品相似度,所以说推荐算法中相似性计算是基础,接下来将简单介绍相似推荐的算法: 算法思想 基于用户的收藏找到相似的房源,然后将这些相似性排序较高的房源推荐给用户...搜索相似的房源 将系统中现有的房源信息都转为特征向量,根据用户收藏的房源,计算收藏房源与它们之间的余弦距离,根据计算结果得到一个排序的相似房源列表作为推荐。...具体实现 在上一节我们介绍了房源搜索场景的具体流程,那么房源推荐系统类似,基于 Milvus 向量相似度搜索引擎可以快速地得出相似性结果列表,根据用户偏好准确地推荐房源。

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    c#使用自定义的比较器和循环遍历去重

    在C#中,自定义比较器和循环遍历是处理集合数据时的两个重要概念。自定义比较器允许我们定义对象比较的逻辑,而循环遍历则是操作集合的基本方法。...本文将详细介绍如何在C#中实现自定义比较器,以及如何使用循环遍历进行高效的数据操作。...自定义比较器的基本概念在C#中,自定义比较器通常通过实现IComparer或IEqualityComparer接口来实现。...在Compare方法中,我们首先比较年龄,如果年龄相同,再比较姓名。然后,我们使用PersonComparer来对people列表进行排序。...for循环for循环提供了更多的控制,允许我们在循环中使用索引访问集合中的元素。for循环通常用于数组或列表。while循环while循环是最通用的循环结构,它允许我们在循环中进行更复杂的逻辑判断。

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    C# 元组

    概要 在C#中,元组是一种轻型数据结构,用于组合多个不同类型的值。它允许将多个值组合成一个逻辑整体,而无需创建专门的类或结构。C#中的元组有两种形式:Tuple类和ValueTuple(值元组)。...比较和排序 元组(Tuple)的比较和排序通常需要自定义比较器(comparer)来实现。这是因为元组是值类型,直接使用比较运算符(如)进行比较会比较元组的各个组成部分,而不是整个元组。...以下是比较和排序元组的步骤: 自定义比较器:创建一个实现IComparer接口的比较器类,其中T是元组的类型。在比较器中,实现Compare方法来定义元组的比较规则。...:使用自定义的比较器类进行排序,可以通过List.Sort()方法或LINQ的OrderBy()方法来实现。...TupleComparer()).ToList(); 以上示例中,TupleComparer类定义了元组的比较规则,然后通过该比较器进行元组的排序。

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