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《利用Python进行数据分析·第2版》第4章 NumPy基础:数组和矢量计算4.1 NumPy的ndarray:一种多维数组对象4.2 通用函数:快速的元素级数组函数4.3 利用数组进行数据处理4.

NumPy(Numerical Python的简称)是Python数值计算最重要的基础包。大多数提供科学计算的包都是用NumPy的数组作为构建基础。 NumPy的部分功能如下: ndarray,一个具有矢量算术运算和复杂广播能力的快速且节省空间的多维数组。 用于对整组数据进行快速运算的标准数学函数(无需编写循环)。 用于读写磁盘数据的工具以及用于操作内存映射文件的工具。 线性代数、随机数生成以及傅里叶变换功能。 用于集成由C、C++、Fortran等语言编写的代码的A C API。 由于NumPy提供了一个

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arXiv|使用深度生成模型在3D空间上生成类药分子

今天给大家介绍的是北京大学来鲁华课题组在arXiv上挂出的预印论文《Learning to design drug-like molecules in three-dimensional space using deep generative models》。近年来,分子图的深度生成模型在药物设计领域受到了越来越多的关注。目前已经开发了多种模型来生成拓扑结构,但在产生三维结构方面的探索仍然有限。现有的方法要么关注于低分子量化合物而不考虑药物相似性,要么利用原子密度图来间接生成三维结构。在这项工作中,作者介绍了配体神经网络(L-Net),一种新的图生成模型,用于设计具有高质量三维结构的类药分子。L-Net直接输出分子(包括氢原子)的拓扑和三维结构,而不需要额外的原子放置或键序推理算法。实验结果表明,L-Net能够产生化学正确、构象有效的类药分子。最后,为了证明其在基于结构的分子设计中的潜力,作者将L-Net与MCTS结合,并测试其产生靶向ABL1激酶的潜在抑制剂的能力。

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