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    R软件基于k-mer 的DNA分子序列比较研究及其应用

    科学技术的发展为各个领域都带来了深刻的变革,在生物学领域,随着计算机的应用,生物学与信息学的结合诞生了一门新的融合学科——生物信息学。作为生物信息学的重要研究内容之一,生物序列比较成为当下热点问题。基于k-mer的DNA分子序列比较研究是序列比较的一种,该方法以进化论作为依据,从序列的相似性出发探究同源的可能性。关于相似度的计算,首先将生物序列转化为k-mer的词频向量,然后利用距离公式求得生物序列的距离矩阵作为相似度的量化。基于k-mer的DNA分子序列比较研究在这篇论文中采用以熵权作为权重的加权欧氏距离与欧氏距离两种方法计算相似度。最后,通过相似性分析与系统发育树分析测试两种方法的分类效率,评价方法的应用效果。

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    spssk均值聚类报告_K均值聚类

    机器学习中的k均值聚类属于无监督学习,所谓k指的是簇类的个数,也即均值向量的个数。算法初始状态下,要根据我们设定的k随机生成k个中心向量,随机生成中心向量的方法既可以随机从样本中抽取k个样本作为中心向量,也可以将中心向量固定在样本的维度范围之内,避免中心向量过偏远离大多数样本点。然后每个样本点需要与k个中心向量分别计算欧氏距离,取欧氏距离最小的中心向量作为该样本点的簇类中心,当第一轮迭代完成之后,中心向量需要更新,更新的方法是每个中心向量取前一次迭代所得到各自簇类样本点的均值,故称之为均值向量。迭代终止的条件是,所有样本点的簇类中心都不在发生变化。 在spss中导入的二维数据如下所示:

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