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    DCP:一款用于弥散磁共振成像连接组学的工具箱

    摘要:由弥散磁共振成像(dMRI)衍生的大脑结构网络反映了大脑区域之间的白质连接,可以定量描述整个大脑的解剖连接模式。结构性脑连接组的发展导致了大量dMRI处理包和网络分析工具箱的出现。然而,基于dMRI数据的全自动网络分析仍然具有挑战性。在这项研究中,我们开发了一个名为“扩散连接组管道”(DCP)的跨平台MATLAB工具箱,用于自动构建大脑结构网络并计算网络的拓扑属性。该工具箱集成了一些开发的软件包,包括 FSL、Diffusion Toolkit、SPM、Camino、MRtrix3和MRIcron。它可以处理从任意数量的参与者那里收集的原始dMRI数据,并且还与来自HCP和英国生物样本库等公共数据集的预处理文件兼容。此外,友好的图形用户界面允许用户配置他们的处理管道,而无需任何编程。为了证明DCP的能力和有效性,使用DCP进行了两次测试。结果表明,DCP可以重现我们之前研究的发现。但是,DCP存在一些局限性,例如依赖 MATLAB 并且无法修复基于度量的加权网络。尽管存在这些局限性,但总体而言,DCP软件为白质网络构建和分析提供了标准化的全自动计算工作流程,有利于推进未来人脑连接组学应用研究。

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    【计算机视觉】OpenCV图像处理基础

    OpenCV是目前最流行的计算机视觉处理库之一,受到了计算机视觉领域众多研究人员的喜爱。计算机视觉是一门研究如何让机器“看”的科学,即用计算机来模拟人的视觉机理,用摄像头代替人眼对目标进行识别、跟踪和测量等,通过处理视觉信息获得更深层次的信息。例如,通过拍摄环绕建筑物一周的视频,利用三维重建技术重建建筑物三维模型;通过放置在车辆上方的摄像头拍摄前方场景,推断车辆能否顺利通过前方区域等决策信息。对于人类来说,通过视觉获取环境信息是一件非常容易的事情,因此有人会误认为实现计算机视觉是一件非常容易的事情。但事实不是这样的,因为计算机视觉是一个逆问题,通过观测到的信息恢复被观测物体或环境的信息,在这个过程中会缺失部分信息,造成信息不足,增加问题的复杂性。例如,当通过单个摄像头拍摄场景时,因为失去了距离信息,所以常会出现图像中“人比楼房高”的现象。因此,计算机视觉领域的研究还有很长的路要走。

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