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比较两个vcf文件的多种实现方法

想有比较它们,首先得保证两个vcf文件的参考基因组一致,因为版本不一致,所以需要使用CrossMap等软件进行参考基因组版本转换,然后里使用 SnpSift 软件的 Concordance 命令比较它们...突变位点区域分类百分比 可以看到,两个vcf文件的变异位点在intron和exon区域的比例差异是最大的,其实是因为它们两个区域本来就长度很大。 另外一个统计指标 ?...image-20200711195600818 最后看专业的软件进行两个vcf文件比较 这里使用 SnpSift 软件的 Concordance 命令,代码如下: java -Xmx1g -jar...有意思的是ALT_1/ALT_1 22538 两个流程不可能完全一致,近4万个位点在两个vcf文件里面都有,超过80%的一致性了。挺好的。...但是可以继续细致的探索 comp.results.txt 文件,拆分染色体后,继续统计上面提到的6种情况发生的频次。那就出一个学徒作业吧,比较两个vcf文件,然后区分染色体绘制韦恩图。

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    WPF 列表右键菜单比较符合 MVVM 的命令绑定方法

    我不使用小伙伴的逻辑,就按照我自己会采用的写法,我认为这样写比较符合 WPF 框架的设计,下面让我告诉大家我的用法,十分简单 我开源了一个文件下载库,原因是我的几个项目里面都有自己的文件下载库,我想要统一这些文件下载库...GridView 是哪一行,然后弹出右键菜单,设置对应的属性,此时的代码逻辑相对来说很复杂 在 WPF 如此优秀的框架里面怎么也需要提供更清真的方法 先忽略绑定的数据是什么,因为没什么意义。...让右键菜单知道当前选中的是哪个 GridView 的 Row 是很逗比的,因为咱可以使用 WPF 的 DataContext 绑定的方法,让数据一层层分发。...parameter 参数传入到后台代码的方法,也就是通过命令的参数可以拿到当前右击的 ListViewItem 的数据 那么如何让命令拿到 DataContext 的参数?...通过绑定的方法和 DataContext 是视觉树继承的,就可以做到自动拿到当前的右击项的数据,传到后台方法 本文的更改放在 github 上,小伙伴可以通过对比更改内容,就能知道本文修改的代码 如果在右击的本身是需要修改

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    加快 .NET 开发的 20 个基本 C# 列表处理方法

    C# 是一种通用且强大的编程语言,它构成了众多.NET 应用程序的基础。为了提高日常开发效率,存在一些每个开发人员都能从中受益的模式、方法和技巧。...在本文中,我将分享 20 个与列表和集合相关的 C# 提示,它们能够简化你的.NET 编码工作,并帮助你充分发挥 C# 列表的作用。...作用:识别列表中的最大值,这在计算和数据分析中很常见。 示例: int maxNumber = numbers.Max(); 合并两个列表 提示:“在 C# 中如何合并两个列表?”...作用:这是一种基于条件检索单个项目的简单方法,可避免更复杂的 LINQ 查询。...示例: var customerDictionary = customers.ToDictionary(c => c.Id); 使用 Zip 合并两个列表 提示:“在 C# 中如何使用 Zip 合并两个列表

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    比较两个概率分布的方法——Kullback-Leibler散度

    来源|Count Bayesie 在这篇文章中,我们将探讨一种比较两个概率分布的方法,称为Kullback-Leibler散度(通常简称为KL散度)。...将我们的两个模型与原始数据进行比较,我们可以看出,两个都没有完美匹配原始分布,但是哪个更好? ? 现如今有许多错误度量标准,但是我们主要关注的是必须使发送的信息量最少。...让我们回到我们的数据,看看结果如何。 比较我们的近似分布 现在我们可以继续计算两个近似分布的KL散度。对于均匀分布,我们发现: ? 对于我们的二项式近似: ?...一种常见的解决方法称为“变分自编码器”,它学习了近似数据集中信息的最佳方法。...包括变分自动编码器在内的变分贝叶斯方法使用KL散度来生成最佳近似分布,从而可以对非常困难的积分进行更有效的推断。

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    分析两种Dump(崩溃日志)文件生成的方法及比较

    做windows产品开发的,永远绕不开一个问题——程序崩溃。如果希望不断提升产品质量,就得不停的收集和分析崩溃日志。但是我们会发现一个问题,我们经常采用的方案无法拦截崩溃。...(转载请指明出于breaksoftware的csdn博客)比如会出现如下提示: ? ?         这是一个非常不好的体验,至少说这个是对提升软件质量无益的体验。...这个结构体自然不是我们自己构造的,而是系统给我们的。我们该从哪个接口接收系统给我们的该信息呢?        ...我们先看下SetUnhandledExceptionFilter的实现,用IDA查看的逆向结果比较杂乱,我就以ReactOS的代码作为例子来讲解,其核心思想是一致的 LPTOP_LEVEL_EXCEPTION_FILTER...然后我们继续执行,会发现75BF7735处执行的结果是0,即我们获取的回调函数执行为空。这样便分析出,为什么SetUnhandledExceptionFilter方法设置的回调没有被执行。

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    生成类似人类的运动:基于环境特征的两种方法的比较(CS)

    艾本 模拟中逼真的人类行为是一个持续的挑战,它存在于社会科学、哲学和人工智能等几个领域之间。人类运动是一种特殊的行为类型,由意图(如购买杂货)和周围环境(例如好奇地看到有趣的新地方)所驱动。...在线和离线提供的服务在规划路径时通常不会考虑环境,尤其是在休闲旅行中。有两种新颖的算法提出,以基于环境特征生成人样轨迹。...基于吸引力的 A* 算法在计算信息中包括环境特征,同时,基于特征的 A* 算法在计算中还注入了来自真实轨迹的信息。人类相似方面已经由一位人类专家测试,认为最终产生的轨迹是现实的。...本文在效率、功效和超参数灵敏度等关键指标中对两种方法进行比较。...尽管根据我们预定义的指标生成更接近真实的轨迹,但我们将展示,与基于吸引力的 A* 算法相比,基于特征的 A* 算法在时间效率上如何不足,而这阻碍了模型在现实世界中的可用性。

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    VBA实战技巧04: 一个用于两个列表区域比较的自定义函数

    目的 在Excel中,经常会碰到比较两个列表的问题,以查看列表中不同的项目。...实现 下面的VBA用户自定义函数(UDF)——IsInList2调用了6个方法: 1.对LookIn列表进行排序并使用二分搜索来比较LookFor列表中的项目 2.在LookIn列表中使用线性搜索LookFor...列表中的每个项目 3.创建一个包含LookIn列表的集合,并检查其每个项目是否在LookFor列表中 4.创建一个包含LookIn列表的字典,并检查其每个项目是否在LookFor列表中 5.使用已排序的...为简单起见,该函数假设两个列表都是至少包含2个项目的区域,因此,第一个任务是从区域中获取值到变体数组。然后,创建的输出数组为调用单元格和LookFor列表的较小者。...随后,该函数使用适当的过程方法遍历LookFor列表,并将结果存储到输出数组中。

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    谈一谈两种常用的多重比较校正方法(附Matlab程序)

    本文,笔者对Bonferroni和False Discovery Rate(FDR)两种校正方法进行论述,特别是对于应用比较广的FDR校正方法,笔者用具体的例子详细阐述了其原理,并给出其Matlab程序...为什么要进行多重比较校正 当在同一个数据集上进行多次统计检验时,就需要进行多重比较校正。举个简单的例子,A、B两组被试,我们从每个被试身上得出10个指标。...Bonferroni 校正方法应该属于最严格的一种校正方法,当统计比较的次数比较多时,Bonferroni 校正后的p值会非常小,此时不推荐使用这种校正方法。...当统计比较的次数较小时,如小于几十个时,可以尝试使用。 FDR 校正方法 这里,笔者主要对FDR校正方法的原理进行论述。...FDR校正方法是Benjamini和Hochberg于1995年提出了一种多重比较校正的方法。

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    C# 将多个图片合并成TIFF文件的两种方法(续集)

    01 前言 为啥名称后面加个续集呢,因为之前有位仁兄写过一篇,我是在他的基础上继续开发和探索的,他那篇文章的链接: C# 将多个图片合并成TIFF文件的两种方法 然后这位仁兄在文末提了一个遗留问题...: 两个方式生成的tif文件大小简直天壤之别。。。...这个问题实际上就是因为两种压缩方式和压缩比率不一样导致的. 02 名词解释 首先要弄清楚几个名词: ① 图像的压缩品质:指的就是压缩后的图象清晰度,通俗地讲,就是用图像处理软件保存图像时,为了节省硬盘空间...03 新的探索 变化一:这位仁兄的处理方式是把每张图片先用CompressionImage这个方法加载到内存进行编码压缩的,实际上这一步是没有必要的,不仅仅浪费了时间还没有节省空间,因为调用的第三方本身就带了图片压缩的功能...: Program.cs:这里有三个方法,依次是Main、BmpToTiff和CopyImage,CopyImage负责图片克隆,BmpToTiff方法的for循环中可以选择图片合成的方案一或者二。

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    C#开发代码规范中PascalCase和camelCase的两个有用的方法类

    #region 代码规范风格化         ///          /// 转换为Pascal风格-每一个单词的首字母大写         ///          ...                         return result;         }         #endregion 近期为统一Oracle数据库下大写表名和字段,以及下划线_分隔符的特点...,升级了旺财C#.NET代码生成器,将规范化的代码写了2个方法用于Camel和Pascal风格化,用于有表字段分隔符的场景。...分为两种: 第一个词的首字母小写,后面每个词的首字母大写,叫做“小骆驼拼写法”(lowerCamelCase); 第一个词的首字母,以及后面每个词的首字母都大写,叫做“大骆驼拼写法”(UpperCamelCase...),又称“帕斯卡拼写法”(PascalCase) 两者核心差别:PascalCase第一个单词的首字母大写,而CamelCase第一个单词的首字母小写。

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    如何比较两个或多个分布:从可视化到统计检验的方法总结

    在这篇文章中,我们将看到比较两个(或更多)分布的不同方法,并评估它们差异的量级和重要性。我们将考虑两种不同的方法,可视化和统计。...每个人要么被分配到4个不同的实验组要么被分配到对照组。 2组数据对比-可视化 让我们从最简单的开始:我们想要比较整个实验组和对照组的收入分配。我们首先探索可视化方法,然后是统计方法。...T检验 第一个也是最常见的是学生 t 检验。T 检验通常用于比较均值。我们要检验两组的收入分配均值是否相同。两均值比较检验的检验统计量由下式给出: 其中 x̅ 是样本均值,s 是样本标准差。...置换检验 一种非参数替代方法是置换检验。在原假设下,两个分布应该是相同的,因此打乱组标签不应该显着改变任何统计数据。 可以选择任何统计数据并检查其在原始样本中的值如何与其在组标签排列中的分布进行比较。...总结 在这篇文章中,我们看到了很多不同的方法来比较两个或多个分布,无论是在可视化上还是在统计上。这是许多应用程序中的主要问题,尤其是在因果推断中,我们需要使随机化使实验组和对照组尽可能具有可比性。

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    Python合并两个字典成一个新字典的几种方法比较

    stdin>", line 1, in TypeError: unsupported operand type(s) for +: 'dict' and 'dict'>>>现总结如下几种方法以及简要分析比较...如果在Python2中,items()方法本身返回的就是列表,无需用list()转成列表。元素拼接在构造字典可以满足要求,只是看上去代码有些重复。...8.chain items目前为止,我们讨论的解决方案中,最符合Python语言习惯而且只有一行代码实现的,是创建两个items的列表,然后拼接成字典。...我们可以用itertools.chain来简化items拼接过程:>>> d = dict(chain(d1.items(), d2.items())) 这种方案很不错,可能比另外创建两个不必要的列表更高效...总结上面说了十种可以合并两个字典成一个新字典的方式,具体用哪个取决于你。

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