它支持32位和64位硬件，能运行主要的Unix工具软件、应用程序和网络协议。 Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。...至于说Linux是基于Unix的，很大程度上也是因为这两者的基本思想十分相近。 完全免费 Linux是一款免费的操作系统，用户可以通过网络或其他途径免费获得，并可以任意修改其源代码。...这是其他的操作系统所做不到的。正是由于这一点，来自全世界的无数程序员参与了Linux的修改、编写工作，程序员可以根据自己的兴趣和灵感对其进行改变，这让Linux吸收了无数程序员的精华，不断壮大。...良好的界面 Linux同时具有字符界面和图形界面。在字符界面用户可以通过键盘输入相应的指令来进行操作。它同时也提供了类似Windows图形界面的X-Window系统，用户可以使用鼠标对其进行操作。...三、熟悉Linux基本操作 cd命令：切换目录 （1） 切换到目录“/usr/local” （2） 切换到当前目录的上一级目录 （3） 切换到当前登录Linux系统的用户的自己的主文件夹 cd
它支持32位和64位硬件，能运行主要的Unix工具软件、应用程序和网络协议。 Linux继承了Unix以网络为核心的设计思想，是一个性能稳定的多用户网络操作系统。...至于说Linux是基于Unix的，很大程度上也是因为这两者的基本思想十分相近。 完全免费 Linux是一款免费的操作系统，用户可以通过网络或其他途径免费获得，并可以任意修改其源代码。...这是其他的操作系统所做不到的。正是由于这一点，来自全世界的无数程序员参与了Linux的修改、编写工作，程序员可以根据自己的兴趣和灵感对其进行改变，这让Linux吸收了无数程序员的精华，不断壮大。...良好的界面 Linux同时具有字符界面和图形界面。在字符界面用户可以通过键盘输入相应的指令来进行操作。它同时也提供了类似Windows图形界面的X-Window系统，用户可以使用鼠标对其进行操作。...三、熟悉Linux基本操作 cd命令：切换目录 （1） 切换到目录“/usr/local” （2） 切换到当前目录的上一级目录 （3） 切换到当前登录Linux系统的用户的自己的主文件夹 cd /
目录 一、实验目的 二、实验平台 三、实验步骤 一、实验目的 理解HDFS在Hadoop体系结构中的角色； 熟练使用HDFS操作常用的Shell命令； 熟悉HDFS操作常用的Java API。...二、实验平台 操作系统：Linux（建议Ubuntu16.04）； Hadoop版本：2.7.1； JDK版本：1.8或以上版本； Java IDE：Eclipse。...，对该文件进行创建和删除操作。...如果文件所在目录不存在，则自动创建目录； 6.提供一个HDFS的目录的路径，对该目录进行创建和删除操作。...，由用户指定内容追加到原有文件的开头或结尾； 删除HDFS中指定的文件； 在HDFS中，将文件从源路径移动到目的路径。
R语言有windows版本，但是它主要的作用还是画图，也就是说拿转录组来说，下游分析我们可以用R去做，但是上游分析呢，像之前我有一篇推文的测序数据处理，就是Linux环境下的各种软件的使用，组合，最后形成一套处理数据的...一、Linux是什么 系统有很多种，像我们日常用的电脑是微软的windows和苹果的macos，那么macos其实源系统是unix系统，Linux的上家其实也是unix系统，但是macos作为一个封装版本...大家有时候就会产生一种错觉，以为macos与Linux系统很像，知道这一层关系后，就可以说Linux和macos都是unix的下游系统。...年纪稍微大些的前辈呢，在安卓手机刚出的时代，应该有接触到一些软件是可以编辑命令行的，“也可以说是和Linux很像了”，哈哈。其实大家都是unix。...二、Linux发行版本 三、为什么做生物信息要学习Linux 1、生物信息软件是 Linux 版本 2、命令行操作更加高效 3、命令行适合批量化 4、命令行适合自动化 四、如何获得Linux 学习环境
背景 由于在命令行界面无法显示具体文件夹图标，因此所有的目录都是采用文本模式显示，学习Linux 最难的地方在于熟悉 Linux 系统的目录结构，目录结构是整个 Linux 操作的核心，几乎每一次操作都涉及到目录结构...，因此，必须熟悉 Linux 的目录结构。...Linux 目录结构是 Linux 初学者最难的地方，也是最容易出错的地方，很多时候操作不正确都是因为目录结构的问题。...2 目录切换 目录切换是 Linux 操作中最频繁的操作。...熟悉linux就从这里开始了！
质量好 7碱基质量矫正base quality trimming 借用碱基矿工的这部分内容 当我们理解了fq数据之后，做这些过滤就不会很难，你也完全可以自己编写工具来进行个性化的过滤。...Trimmomatic的好处在于，它不但可以用来切除illumina测序平台的接头序列，还可以去除由我们自己指定的特定接头序列，而且同时也能够过滤read末尾的低质量序列，sickle和seqtk只能去除低质量碱基...具体的原理就是通过滑动一定长度的窗口，计算窗口内的碱基平均质量，如果过低，就直接往后全部切除，注！意！...不是挖掉read中的这部分低质量序列，而是像切菜一样，直接从低质量区域开始把这条read后面的所有其它碱基全！部！剁！掉！否则就是在人为改变实际的基因组序列情况。...-2.9.0+-x64-macosx.tar.gz echo 'export PATH=$PATH:~/src/ncbi-blast-2.9.0+/bin' >> ~/.profile # for linux
原地址 几点说明 1.非简单翻译，所有代码均可运行，为了辅助理解，基本每步代码都有结果，需要比较的进行了整合 2.原文中的软件都下载最新版本 3.原文中有少量代码是错误的，这里进行了修正 4....对于需要的一些知识背景，在这里进行了注释或链接到他人博客 ---- 一共4部分 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉...Linux下生物信息学各种操作3 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作4 ---- 20 Pileup和Coverage 上面已经得到的mutation files 需要用到前面的内容 20.1...tar.bz2 tar jxvf bcftools-1.9.tar.bz2 cd bcftools-1.9 make ln -s ~/src/bcftools-1.9/bcftools ~/bin 每个run的平均...coverage是什么 默认，samtools depth只输出非0 coverage的区域 samtools depth bwa.bam | awk '{ sum += $3 } END { print
平时我们使用的windows 有一个叫做cmd 的东西，大部分人可能几乎永远不会遇到使用cmd的情景；Linux操作系统下有同类型的bash，OS X下有Terminal。...简单的表述就是用命令行的执行代替图形界面的键鼠操作！OK，还不懂？下面从实例来体会一下吧！ 本文介绍一些在生活中最最常用操作（诸如：新建、删除文件与文件夹、打印文档树和关机等）的命令行实现方式。...命令还有其他很多其他参数，/l /r /g /h 等，可以用于睡眠、注销与重启操作。...很容易搞得装逼不成反而浪费了自己的时间（Linux Unix 或者 DOS 下用命令删除文件夹则方便的多） 删除指定文件 有关命令：del erase 常用参数：文件路径/文件名 用法实例：del d:...---- 对于一个程序员来说，一个操作系统好不好用一定会考虑命令行终端的使用方便程度，学会使用命令行终端也是程序员的必备修养。
原地址 一共三部分 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3 ---- 11安装使用...获取ebolas 基因组的前1行作为query序列 head -2 ~/refs/852/ebola-1999.fa > query.fa 现在用bwa-mem把上面的query map到它自己的基因组上去...CGGACACACAAAAAGAAAGAAGAATTTTTAGGATCTTTTGTGTGCGAATAACTATGAGGAAGATTAATAA * NM:i:0 MD:Z:70 AS:i:70 XS:i:0 12.1切片操作看特定列...为了查看特定列，可以进行cut操作，要深入理解每列的意义 query id，alignment flag and target id cat results.sam |cut -f 1,2,3...因为readseq调用的方式和前面安装的trimmomatic相似，所以cp cp ~/bin/trimmomatic ~/bin/readseq vi ~/bin/readseq 改成下图即可
原地址 一共三部分 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3 ---- 15awk的简单使用...15.1提取Ebola的coding feature，genes和coding sequences efetch -db nucleotide -id NC_002549.1 -format gb >...NC.gb ~/bin/readseq -format=GFF -o NC.gff NC.gb 找到每个feature的长度 cat NC.gff |awk '{print $1,$2,$3}'|head...计算每个feature的长度 cat NC.gff | awk ' { print $3, $5-$4 + 1 } ' | head -5 1 source 1 source 18959 5'UTR...1146 group CDS 1095 gene CDS 884 group CDS 10 group CDS 867 gene CDS 756 gene CDS 6639 gene 计算所有gene的累积长度
Docker 容器信息 ##查看docker容器版本 docker version ##查看docker容器信息 docker info ##查看docker容器帮助 docker --help 2、镜像操作...提示：对于镜像的操作可使用镜像名、镜像长 ID 和短 ID。...dockerfile vim mycentos ##（2）构建docker镜像 docker build -f /docker/dockerfile/mycentos -t mycentos:1.1 3、容器操作...提示：对于容器的操作可使用 CONTAINER ID 或 NAMES。...这是 docker 的机制：要使 Docker 容器后台运行，就必须有一个前台进程。解决方案：将你要运行的程序以前台进程的形式运行。
假设您已经安装了Linux操作系统，并已具备基本的终端使用知识。如果您对Linux系统尚不熟悉，请先了解一些基本概念。...终端和Shell Linux终端是一种字符界面，您可以在其中输入命令来执行各种任务。Shell是Linux系统用来解释和执行命令的程序。...帮助命令 在终端中输入以下命令可获取命令的帮助信息： command --help man command 例如，要查看"ls"命令的帮助信息，可以输入： ls --help 或者 man ls 文件和目录操作...# 进入上级目录 cd # 进入当前用户的主目录 创建目录和文件： mkdir directory_name # 创建目录 touch filename...） 系统信息和状态 查看系统信息： uname -a # 查看系统内核信息 lsb_release -a # 查看Linux发行版信息 查看系统负载和资源使用情况： top
总结 ---- 前言 本篇文章《大数据基础学习五：Hadoop 实验——熟悉常用的 HDFS 操作》是完全针对HDFS文件系统的，目的即理解 HDFS 在 Hadoop 体系结构中的角色，熟练使用...HDFS 操作常用的 Shell 命令，熟悉 HDFS 操作常用的 Java API。...---- 一、实验目的 理解 HDFS 在 Hadoop 体系结构中的角色； 熟练使用 HDFS 操作常用的 Shell 命令； 熟悉 HDFS 操作常用的 Java API。...二、实验平台 操作系统：Linux Hadoop版本：Hadoop-3.2.1 JDK版本：java-8-openjdk-amd64 Java IDE：Eclipse 三、实验内容和要求 3.1、目录操作...3.2、文件操作 首先使用 gedit 编辑器，在本地 Linux 文件系统的 /home/bailu/ 目录下创建一个文件 myLocalFile.txt，里面随意输入一些单词，如下： ?
前言 在深入学习后端进阶技术时，我们经常会和Linux系统打交道，因为Linux是目前应用最广泛的服务器操作系统，能长时间稳定地跑我们编写的程序代码，几乎成为程序代码运行的最佳系统环境。...而屏幕面前的你，是否还在为看不懂Linux指令而困惑呢？ 今天，我将向大家分享一些我自己在学习操作Linux系统时，经常用到的指令，并结合指令的运行效果图来介绍每条指令的作用。...本文概要 1.基础指令 2.进阶指令 3.高级指令 可以使用侧边栏的目录来查阅想看的指令哦！ ---- 一、什么是Linux指令？ 1、概念： 指令：在Linux终端（命令行）中输入的内容。...（计算机从开机到现在运行的时间） 2.用法： image.png 14、uname指令 1.作用：获取计算机操作系统相关信息 2.用法： 语法1：#uname 获取操作系统的类型 语法2：#uname...只要每个命令都亲手敲过一遍，看到效果，那么很快就记住了，之后实际操作linux系统中再不断巩固就好了。 如果各位觉得这篇文章对你们有帮助，记得点赞支持哦！
总结 前言 本篇文章《大数据基础系列 5：Hadoop 实验——熟悉常用的 HDFS 目录操作和文件操作》是完全针对 HDFS 文件系统的，目的即理解 HDFS 在 Hadoop 体系结构中的角色...，熟练使用 HDFS 操作常用的 Shell 命令，熟悉 HDFS 操作常用的 Java API。...一、实验目的 理解 HDFS 在 Hadoop 体系结构中的角色； 熟练使用 HDFS 操作常用的 Shell 命令； 熟悉 HDFS 操作常用的 Java API。...二、实验平台 操作系统：Linux Hadoop版本：Hadoop-3.2.1 JDK版本：java-8-openjdk-amd64 Java IDE：Eclipse 三、实验内容和要求 3.1、HDFS...3.2、HDFS 文件操作 首先使用 gedit 编辑器，在本地 Linux 文件系统的 /home/bailu/ 目录下创建一个文件 myLocalFile.txt，里面随意输入一些单词，具体如下图所示
Linux基本操作&&Linux操作MySQL 安装Linux系统 下载VMware虚拟机 下载CentOS-7系统 创建虚拟机 选择自定义 下一步 下一步 选择Linux 选择存放位置...系统 官网下载filezilla 设置主机ip 用户名 密码 端口号为22端口 Linux基本操作 Linux没有图形化界面，我们只能通过控制台去操作系统，我们就要使用类似DOS命令的Linux命令去操作系统...由于不需要图形界面，vi是效率很高的文本编辑器。尽管在Linux上也有很多图形界面的编辑器可用， 但vi在系统和服务器管理中的功能是那些图形编辑器所无法比拟的。...log dump 线程，用来给从库 i/o线程传binlog； SQL 线程，会读取relay log文件中的日志，并解析成具体操作，来实现主从的操作一致，而最终数据一致； 主从复制实现过程 主机...执行完之后记录下这两值，然后在配置完从服务器之前不要对主服务器进行任何操作， 因为每次操作数据库时这两值会发生改变 show master status; 记住这两个值 从机 Linux系统
起步 对于国内 React 开发者来说，Taro[1] 的出现无疑是福音——它能够让我们用熟悉的 React 代码去搭建各类小程序，并且一份代码可以编译成多个平台的应用（目前包括微信小程序、支付宝小程序...，模板选择“默认模板”，老司机可自行选择使用 TS）： 提示 本项目使用 Sass[8] 主要是为了兼容 taro-ui 的样式，并没有使用到 Sass 的高级特性，如果你不熟悉的话也不用担心哦，就当成是常规的...React 代码，熟悉的味道 从这一步开始，我们就来实现”奥特曼俱乐部“小程序。...：处理内容接收到用户输入时的回调函数 提示 如果你不熟悉 React，可能会对上面编写表单的方式有点困惑。...仅仅只需几个 API，就轻松地用纯函数的方式搞定了组件的状态管理和数据流，这是何等的神仙操作？ 幸运的是，Taro 团队也在 v1.3.0 版本中添加了对 Hooks 的支持[10]。
1、日常操作命令 查看当前所在的工作目录 pwd **查看当前系统的时间 ** date 查看有谁在线（哪些人登陆到了服务器） who 查看当前在线 last 查看最近的登陆历史记录 2、文件系统操作...，并定位到第一个找到的地方，按n可以定位到下一个匹配位置（按N定位到上一个） 3、文件权限的操作 linux文件权限的描述格式解读 drwxr-xr-x （也可以用二进制表示 111 101...(删除文件不是修改它,是操作父及目录),只要父级目录有执行和修改的权限 4、基本的用户管理 添加用户 useradd angela 要修改密码才能登陆 passwd angela 按提示输入密码即可...(ALL) ALL 然后，hadoop用户就可以用sudo来执行系统级别的指令 [hadoop@shizhan ~]$ sudo useradd huangxiaoming 5、系统管理操作...A上操作： %%首先生成密钥对 ssh-keygen (提示时，直接回车即可) %%再将A自己的公钥拷贝并追加到B的授权列表文件authorized_keys中 ssh-copy-id
文章目录 前言 初识Linux，环境搭建 Linux常用命令 参数 前言 这篇捋一下我在培训班学的东西，学明白就能做一个简单的服务器咯。...下一篇再捋一下我后面自己学的东西， 再一篇捋一下我面试中学到的东西，以及还不太熟练的技术点。 ---- 初识Linux，环境搭建 首先，Linux是一个系统。就像Windows也是一个操作系统一样。...看清楚不要选错 正常情况下会出现以下页面： 手动分区：点击Done 后面一路默认，账号密码啥的自己设，不要太花里胡哨，没人要去登你的系统，123456就够了、 ---- Linux常用命令...，可以按 ctrl + c Linux 下文件和目录的特点： Linux 文件 或者 目录 名称最长可以有 256 个字符参数 含义 以 ....后面要用） 查看配置网卡信息： ---- 关于操作环境就熟悉到这里吧。
问题背景： 当我们使用新的环境的时候，需要很快得熟悉自己环境的配置，这时候我们如果知道一些命令就极为方便了。这样你就能对自己的环境较为熟悉，进行工作的时候也能随心所欲了。 ...如果你使用workstation 版本，如果你使用的是gnome/kde桌面环境，你也可以通过系统设置工具来详细查看自己的环境的配置，只需要轻点几下鼠标，就可以完成你的目的了。...下面主要讲解命令行的方式，只要稍微敲几下键盘就能完成自己的目的，也是很是方便得，这种方式也是比较适合我这种懒人，哈哈。 ...version cat /issue lsb_release -a (有些系统可能没有，需要安装) CPU: cat /proc/cpuinfo top 命令 然后按 「1」，就会展开关于每个cpu详细的信息
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