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    快速有效的IBD检测工具:hap-ibd

    IBD 指的是 Identity By Descent,即血缘同源。其含义是两个或者多个等位基因均遗传于同一祖先,且在此过程中不发生基因重组事件,则我们称此类等位基因具有共同血缘。又可以解释为,多个子代中共同拥有的一段或多段 DNA 区域或等位基因均从共同的一个祖先处获得。检测的IBD 片段可用于多种不同的场景,可以用于检测有关个体之间遗传关系的信息。比如,成对IBD和表型的相似性之间的相关性可以被用来检测基因组区域渗入对表型的影响,估算遗传效力,计算准确的群体结构。Homozygous-by-descent (HBD) 又称为纯合同源,由来自祖先的单个染色体片段的两个拷贝的遗传产生的。

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    10X Cell Ranger ATAC 算法概述

    执行此步骤是为了修复条形码(barcode,细胞的标识)中偶尔出现的测序错误,从而使片段与原始条形码相关联,从而提高数据质量。16bp条形码序列是从“I2”索引读取得到的。每个条形码序列都根据正确的条形码序列的“白名单”进行检查,并计算每个白名单条形码的频率。我们试图纠正不在白名单上的条形码,方法是找出所有白名单上的条形码,它们与观察到的序列之间的2个差异(汉明距离(Hamming distance)<= 2),并根据reads数据中条形码的丰度和不正确碱基的质量值对它们进行评分。如果在此模型中,未出现在白名单中的观察到的条形码有90%的概率是真实的条形码,则将其更正为白名单条形码。

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    Stanford | 基于蛋白-配体复合物的几何深度学习指导基于片段的配体生成

    本文介绍一篇来自于斯坦福大学计算机科学系Ron O. Dror教授组的分子生成工作——《Fragment-Based Ligand Generation Guided By Geometric Deep Learning On Protein-Ligand Structure》。计算辅助新型分子设计有可能加速药物发现。然而,在药物发展中分子优化是一项耗时的工作,通常需要花费数年对分子的多种性质同时进行优化。将一个能和蛋白质口袋结合的小的、片段状初始分子扩展成更大的分子,使之与已知药物的物理化学性质相匹配,这是生物信息学中一个特定的分子优化问题。针对这一问题,作者使用数据有效的E(3)等变网络和3D原子点云表征进行建模,这种方法能结合蛋白质口袋的3D空间信息同时生成合理的分子,从而加速药物发现过程。通过对多种性质进行评估证明该框架确实能生成可行的分子。

    03

    Clickhouse-MergeTree原理解析

    表引擎是ClickHouse设计实现中的一大特色。可以说,是表引擎决定了一张数据表最终的“性格”,比如数据表拥有何种特性、数据以何种形式被存储以及如何被加载。ClickHouse拥有非常庞大的表引擎体系,截至本书完成时,其共拥有合并树、外部存储、内存、文件、接口和其他6大类20多种表引擎。而在这众多的表引擎中,又属合并树(MergeTree)表引擎及其家族系列(*MergeTree)最为强大,在生产环境的绝大部分场景中,都会使用此系列的表引擎。因为只有合并树系列的表引擎才支持主键索引、数据分区、数据副本和数据采样这些特性,同时也只有此系列的表引擎支持ALTER相关操作。合并树家族自身也拥有多种表引擎的变种。其中MergeTree作为家族中最基础的表引擎,提供了主键索引、数据分区、数据副本和数据采样等基本能力,而家族中其他的表引擎则在MergeTree的基础之上各有所长。例如ReplacingMergeTree表引擎具有删除重复数据的特性,而SummingMergeTree表引擎则会按照排序键自动聚合数据。如果给合并树系列的表引擎加上Replicated前缀,又会得到一组支持数据副本的表引擎,例如ReplicatedMergeTree、ReplicatedReplacingMergeTree、ReplicatedSummingMergeTree等。合并树表引擎家族如图所示:

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    Nat. Commun. | 利用常见的亚结构进行单步反合成预测

    今天为大家介绍的是来自微软亚研院Fang Lei研究员的一篇关于回顾合成分析的论文。回顾合成分析是有着众多工业应用的有机化学中的重要任务。先前的机器学习方法利用自然语言处理技术在这个任务中取得了令人期待的结果,通过将反应物分子表示为字符串,然后使用文本生成或机器翻译模型预测反应物分子。传统方法主要依赖于字符串表示中的原子级解码,化学家很难从中获得有用的见解,因为人类专家倾向于通过分析组成分子的亚结构来解释反应。众所周知,某些亚结构在反应中是稳定的并且保持不变的。在文中,作者开发了一个亚结构级别的解码模型,通过完全数据驱动的方法自动提取产品分子中的常见保留部分。作者的模型在先前报道的模型基础上取得了改进,并且证明通过提高这些亚结构的准确性可以进一步提升其性能。

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