首先需要设置好Rstudio的镜像： #设置镜像 options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") options(BioC_mirror="https...来自CRAN的包 可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...repo genecell/COSGR@HEAD Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, :...cannot open URL 'https://api.github.com/repos/genecell/COSGR/tarball/HEAD' R包安装报错 下载到本地之后再导入Rstudio...在使用remotes将R包导入Rstudio中 # 括号里填入R包所在的位置 remotes::install_local(".
配置环境后出现了超级诡异的事情，前前后后折腾了两三天，值得分享一下： 一般来说，拿到全新电脑，就按照我五年前写的生物信息学办公电脑环境配置教程安装好R和rstudio，以及对应的R包，详见：http:/.../www.bio-info-trainee.com/3727.html 但是加载包的时候，出现了让我百思不得其解的报错情况，每次我都需要重新打开rstudio，然后加载 library(RTN)，你能看到下面有几种不同的报错吗...这个时候，灵感来了，我去原始的R里面加载同样的包，居然就不会报错，让我彻底明白了，所谓的报错，居然是Rstudio这个工具的问题！...但是我明明是在官网下载的最新版啊：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ 官网的最新版Rstudio 这个时候，跟朋友们交流了一下， 发现大家的...rstudio并不是目前官网显示的日期这样的标记，而是 普通的版本号，比如：RStudio-1.4.1717.dmg 所以我去下载了旧版本的rstudio，果然，这次就没有了前面的奇奇怪怪的报错。
根据提交给美国证券交易委员会的文件显示，马斯克在周一给推特的一封信中提出了这一建议。...在信中，马斯克的律师写道，马斯克及其支持者打算按照 2022 年 4 月 25 日合并协议中的条款和条件，继续完成合并协议中设想的交易。 看来之前马斯克退出交易的努力全部白费。...根据周二的一份法庭文件显示，马斯克原定于 10 月 6 日至 7 日在德克萨斯州奥斯汀回答有关该交易的问题。...消息一出，推特股价在纽约股市收盘时上涨 22%，股票盘后价约为 52 美元（马斯克方面之前在收购合同里承诺的 54.2 美元 / 股报价），极速拉高了连月低迷的推特股价。...据了解，该举报人在提交的一份投诉中称，推特存在员工权限混乱、能够随意访问用户数据、虚假账号数量检测流程存在漏洞等许多问题。
如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...解决方案就是想办法让dbplyr显式的置于这个包的安装依赖中，且使其依赖优先级最高。...Depends是代表这个依赖项会载入到全局环境中。 Imports是代表这个依赖项只会在当前包的环境中载入。 Suggests一般是用于帮助文档渲染时使用的依赖项。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。
安装python 的包 其他详细内容参考：https://rstudio.github.io/reticulate/articles/python_packages.html#overview-1 这里我只介绍在...类似我们通常在shell 中的使用习惯，也非常方便。 使用conda 毕竟作为一个跨平台，且集各种环境与软件于一身的工具，我们在日常中很难不去接触他。...直接在R 中运行python 模块与函数 reticulate 包非常牛X 的一点是，它允许我们使用R 风格的代码来运行python。...另外，我们在python 中执行的这些操作，都会被保存在py 对象中。...创建python 脚本运行 类似在R 中，我们通过source 运行R 脚本。reticulate 包提供了source_python() 函数，可以让我们加载python 中的函数。
作者：HelloGitHub-小鱼干 想当初 Markdown 的出现，拯救了多少死在 Word 样式调整上的人，现在，slidev 出现了，它让你 Focus 在本该专注的 PPT 内容制作上而不需要花太多精力在样式调整上...以下内容摘录自微博@HelloGitHub 的 GitHub Trending 及 Hacker News 热帖（简称 HN 热帖），选项标准：新发布 | 实用 | 有趣，根据项目 release 时间分类...本周特推 在开始本周的特推之前，如果你有什么想要的 GitHub 项目，记得留言呀~你的留言超重要 (≧▽≦) 1.1 Markdown 方式做 PPT：slidev 本周 star 增长数：3,950...2.3 跨平台 UI 工具包：ionic-framework 本周 star 增长数：700+ Ionic Framework 是一个移动框架，作为一个强大的跨平台 UI 工具包，它可用于构建同原生质量的...如果你是个熟悉 RStudio、MATLAB、Spyder、JupyterLab 或其他 IDE 的数据科学家或机器学习工程师，但对 VSCode 茫然无措，不妨试试这个项目。
install.packages(" xxxxxx ") 加载包 library( xxxxx ) 查看包的帮助文档help("xxxxx") 或?...) 下载R语言的软件: https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 下载Rstudio这个R编辑器: https://www.rstudio.com/products.../rstudio/download/ 安装一些必要的包，了解CRAN和bioconductor 理解R语言与Excel表格在数据处理的异同点 重中之重！！！...明白R中的变量 向量和因子：向量特简单,没什么好说的，因子太复杂了，我说不清楚，你们慢慢理解。 数据框：就像我们的表格,第一行就是每一列的名字,我们称之为字段,或者变量名。...也可以用一些包，比如reshape2，dplyr。 当然，R里面的字符串对象是另外完全不一样的操作模式，建议大家自行搜索学习。
安装新版本的 R 4.3 之后，安装 clusterProfiler 出现报错：依赖包不存在， 这其实是新版本的 bioconductor 3.18 在使用 clusterProfiler 的时候，引入了一个新的依赖包...你一直在点run或者输入了别的。你重新运行回答一个yes就可以了。 5【R包】我重新下载了R后，hug133plus2这个包安装不上了 把这个包对应的安装代码重新运行一遍。...是路径问题，答疑文档最后一个，有提到如果你这两个 gz 下载之后放在桌面，在Rstudio里install 的时候，需要给对路径。 14【R包】为什么还是报错呀？...dim显示的是61列，没有问题，但是在数据窗口只能看到50列 更新Rstudio即可，R语言可以不用更新。 29【Rstudio】在Rstudio的左上角输入代码后用什么快捷键run？...=1) 报错： 我在脚本里添加了如下代码行：library(R.utils) R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method","auto") 报错依旧
同时使用R和RStudio的好处及其在操作系统中的安装。 Unix Shell的优势及其使用方法。 Git的优势及其在操作系统中的安装。 接下来，让我们开始学习吧！...RStudio集成开发环境(IDE)通常被认为是使用R 语言最简单、最高效的方法。 RStudio的优点 安装R语言后，你就可以使用R语言提供的功能和项目啦，还可以在R解释器中构建和运行命令。...这些特性使得它能够成为在你安装R语言之后真正需要的RStudio。新手们经常问的一个问题是如何在R中安装软件包。下面的视频演示了使用RStudio的包管理器安装tidyverse的一个方法。 ?...为了解决这个问题，Mac上面有人做了一个Homebrew软件来对其进行管理，就像R语言的包用RStudio管理、Python的包用Anaconda进行管理一样方便。...同步妥：Git跨平台能力很好，在什么系统上都能用Git管理项目，所以在一个跨平台多人合作的团队项目中用着特顺手 开源轻松：Git能让R和Python开源包的开发更容易 和其他技术的集成 Git和其他技术也经常能混搭使用
应该尽量在项目中使用特别的文件，防止对默认文件进行修改，更保险。...2） 设置CRAN镜像 其实可以在Rstudio中简单完成，这里是配置文件进行。.../CRAN/" options(repos <- r) }) 3） fortunes包 这只是为了好玩而已，有趣的灵魂呀！...2、 .Renviron R_LIBS是这个文件的典型应用，Sys.getenv("R_LIBS") 二、 Rstudio Rstudio我们都很熟悉了，看下有什么更值得学习和记录的东西，杰出的调试支持...1）自动完成功能 R语言里有一些基本的自动完成，Rstudio更好用。最近很火的kite号称可以人工智能自动补全，应该是更更好用了。
5.1.2 Github Github并不特定于R，任何类型的代码都可以上传。无法保证上传到github的软件包可以安装。...5.1.3 Bioconductor Bioconductor是专门用于生物分析的R包装库。它对上传有最严格的要求，包括在每个平台上安装，以及完整的文档和一个教程（称为插图），解释如何使用包。...Bioconductor还要求创作者支持他们的包裹，并定期发布6个月。在尝试安装课程包之前，请确保使用最新版本的bioconductor。...通常，只有在您自己编辑包时，或者由于因为某种原因之前的方法失败时才会执行此操作。...Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢 当然，如果你已经下定决心要掌握R，那么群主的超10万学习量的10个小时R教学视频，应该是能满足你的胃口： https://www.bilibili.com
R本来由来自新西兰奥克兰大学的统计学家罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，现在由R核心小组负责开发，同时也有其他用户编写了诸多外挂的软件包。RStudio是为R语言设计的一种跨平台集成开发环境。...RStudio有免费的自由软件版本及收费的专业版本，并分为在本地电脑上执行的桌面版和与在服务器上执行而可由浏览器连接后使用的服务器版。...-x 的值赋值给变量 x输入后会在Rstudio右上角框框Environment中显示，在控制台中输入x，回车后就会显示1+4的值，即5。...初级绘图R语言的基础绘图系统主要由基础包graphics提供，它包含了各式的图形绘制函数，如折线图、直方图、箱形图等。其中plot()函数主要用于绘制散点图和折线图。...这一列数据，iris$Species则表示iris数据框的Species这一列数据iris$Sepal.Length~iris$Species意思就是Species这一列数据中不同类别数据对应的Sepal.Length
每一个喜欢R语言不巧又同时喜欢写作的人，遇到这两个包都会有抑制不住的好奇心。余，概莫能外。...在开始写书之前，首先要把硬件配置起来：R、 RStudio、LaXTex、以及pandoc这写软件要安装起来。...bookdown把版式这一块结合tinytex做到了尽可能的极致，让写作者可以安心喻内容，而不必花太多心思在版式上。可以说解决了书籍的排版问题。...就像家里配置了一个印刷厂，在您写作的间隙就可以随时building出一本成品出来，随意浏览。...也就是在写作的过程中，就可以随时了解书籍的版式是不是自己喜欢的。
R版本，并实现版本间的切换，遂尝试如下： 服务器：阿里云；系统：Ubuntu 18.04 64位 R3.6的安装和Rstudio Server的配置参考《在Ubuntu下安装单细胞3大R包》—— 生信技能树...后续R包的安装可以在RStudio Server的这个界面进行，也可以在shell终端敲“R”进入R界面进行，安装的位置可能有所不同，但设置好了都是可以调用的。...有些R包的依赖比较纠结，各种解决方案都未果的话可以尝试conda安装，详见R4.0中R包的安装。 ?...通过在shell里面切换/etc/rstudio/rserver.conf文件中rsession-which-r所指定的R的位置就可以调用不同版本的R，注意需要在shell里面对rstudio-server...3.3 R4中R包的安装和调用 有些R包需要调用很多动态库和一些依赖包，在R中安装经常报错，很伤脑细胞，还打击学习生信的积极性，经常让人累觉不爱，所幸现在conda越来越万能，所以遇到不省心的R包可以尝试
RStudio 1.1 更新亮点包括： ● connections tab：可轻松连接、浏览和查看各种数据库中的数据。...Abseil 它是从 Google 内部代码块中抽取出来的一系列最基础的软件库。作为基本的组成部分，这些软件库支撑了几乎全部 Google 在运行的项目。...7、由于开发者使用弱凭证 过半的 npm 包易遭受入侵 调查发现，有成千上万的开发者在使用弱凭证来保护自己的 npm 账户，这种做法无意中将超过一半的 npm 软件包置于被劫持的风险中。...更重要的是，如今开发者主要通过使用 npm 的依赖关系管理来加载他们需要的库，这种自动依赖关系管理意味着当开发者加载了一个 npm 包 A 时，还会加载其依赖关系 —— npm 包 B, C, D, E...通过这种依赖关系，攻击者可将恶意代码传播到整个 npm 生态系统的 52% 软件包。
写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。...如果你是用的Rstudio这个IDE，默认镜像就是：https://cran.rstudio.com/ 如果你直接用的R语言，那么就是：http://cran.us.r-project.org 但是一般你安装的时候会提醒你选择...如果你是Rstudio的IDE，只需要鼠标点击直接进入全局设置，一劳永逸的选择好镜像！ ?...你可以check一下每个镜像的包是不是一致的： dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib.../')\"" 如果是linux，命令行安装本地包，在shell的终端 sudo R CMD INSTALL package.tar.gz window或者mac平台一般不推荐命令行格式，可视化那么舒心，
正常情况下，我们的R包都是依附于R语言环境，常见的情况是在个人电脑的Rstudio这样的界面软件安装的。...但是单细胞数据处理相关R包有一点点特殊， 它首先依赖的包特别多，其次很有可能是并不会在个人电脑里面安装，也就是说不一定有Rstudio这样的界面软件给你。...另外就是，大家在安装它的时候，它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题，所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。...首先是在cran的 代码如下所示： CRANdep utils","dplyr","ggplot2","clustree","ape","gtools...如果你需要安装包依赖了一个仍然是在GitHub的包，就只能说自己独立安装依赖了。
写在前面： 谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。...如果你是用的Rstudio这个IDE，默认镜像就是：https://cran.rstudio.com/ 如果你直接用的R语言，那么就是：http://cran.us.r-project.org 但是一般你安装的时候会提醒你选择...如果你是Rstudio的IDE，只需要鼠标点击直接进入全局设置，一劳永逸的选择好镜像！ ?...你可以check一下每个镜像的包是不是一致的： dim(available.packages(contriburl = "http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib.../')\"" 如果是linux，命令行安装本地包，在shell的终端 sudo R CMD INSTALL package.tar.gz window或者mac平台一般不推荐命令行格式，可视化那么舒心，
打开 RStudio 这是我的 RStudio 界面： ?...在 R6 类的最后我添加了一个 plot() 方法，这个函数调用了 hchinamap 包的 hchinamap() 函数进行绘图。...编写 ncov 包的 DESCRIPTION 文件 使用下面的命令把该包依赖的 R 包写入 DESCRIPTION 文件中的 Imports 字段下： for(pkg in c("jsonlite",...R 包发布在 CRAN 上，Description 字段应该是由多个句子组成的段落介绍，Title 字段应该是呀标题格式（该首字母大写的要大写）。...License 字段是声明该包的许可证的，这里我使用的是 MIT 许可 + 文件许可证，这个文件在的内容是： YEAR: 2020 COPYRIGHT HOLDER: Zhenxing Cheng 这是符合
本周话题：RStudio 改名 Posit 2022年的RStudio大会上RStudio宣布改名为Posit（https://posit.co/），以拓宽其在数据科学领域的探索与应用，其核心产品RStudio...推特用户@Sharon Machlis写道：RStudio changes its name to Posit as it expands focus to Python and VS Code - but...@ShixiangWang - 之前万万没想到改名，但RStudio公司的改名对我们使用RStudio软件的人来说没什么影响。...，在14种不同癌症类型中确定了决定TMB效力的关键免疫因子。...它为开发者提供了在标准 HTML 中嵌入编写 Python 代码的能力、使用 Python 调用 JavaScript 函数库，以及创建 Python Web 应用。
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