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    【硬件】生信专用高性能计算机配置指南(续):关于配置、CPU和机箱

    虽然HPAC相比每平米房价不算个啥,但时代的一颗灰落到个人身上都是一座山,因此不少小伙伴还是限于经济望而却步。但横向来看,毕竟一台好的游戏主机也要好几万;纵向来看,如果看远一点,购买HPAC和发文章的数量肯定是正相关的,或许可以和老板商量,从实验室或小组的经费里拨点赞助,或者下班后可以加班去开滴滴送快递呀,或者街头唱歌的时候脚下放顶帽子,反正办法肯定是有的啦。如果你继续往下看,那么我就假设你已经有办法解决了经济问题,接下来我们将讨论在1.5-2.5w的范围内配置一台HPAC如何选择性价比最高,以及需要考虑哪些问题。

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    比对软件STAR创建索引文件(index)

    因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序通量的不断提升,高通量RNA-seq数据的准确比对仍然是一个有挑战性且未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对软件一般比对错误率较高,比对速度慢,受片段长度限制且比对偏差较大。STAR(Spliced Transcripts Alignments to a Reference,STAR)软件,使用了未压缩后缀阵列中的连续最大可比对种子搜索算法,接着对种子进行聚类和拼接。STAR在比对速度上胜过其他比对软件50多倍,在一个普通的12核服务器上,每小时比对5.5亿2 x 75 bp双端片段到人类基因组上,同时改进了比对敏感性和准确性。除了典型转录本外,STAR能够发现非典型剪切和嵌合(融合)转录本,并能够比对全长RNA序列。

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