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皮尔逊相似度计算的例子(R语言)

大家好,又见面了,我是全栈君 编译最近的协同过滤算法皮尔逊相似度计算。下顺便研究R简单使用的语言。概率统计知识。...1)余弦类似度(Cosine-based Similiarity) 2)相关性类似度(Correlation-based Similiarity) 这样的类似度计算使用的算法就是皮尔森...1)和2)整理自维基百科: 1)代数特性 皮尔逊相关系数的变化范围为-1到1。...并不会改变两个变量的相关系数(该结论在整体和样本皮尔逊相关系数中都成立)。我们发现更一般的线性变换则会改变相关系数。...同一时候还有一个问题是,假设一些几何变换不会影响相关系数,则评分的高低也被忽略掉了,仅仅是分数的趋潜在影响。当然,这是对于矩阵0和1用户-购买的物品矩阵没有效果。 版权声明:本文博主原创文章。

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    撸模型时总要分析的相关性究竟是什么?皮尔逊值给你答案

    我们可以用这一项来反应X和Y之间的相关性,这就是协方差的公式: 所以协方差反应的不是变量的离散和分布情况,而是两个变量之间的相关性。...皮尔逊值和余弦值类似,可以反映两个分布之间的相关性,如果p值大于0,说明两组变量成正相关,否则则成负相关。我们可以通过计算证明p值是一个位于-1到1之间的数。...如果p值等于0,说明X和Y完全独立,没有任何相关性。如果p值等于1,说明可以找到相应的系数W和b使得Y = WX+b。 结尾 在机器学习领域当中,计算两组变量之间的相关性非常重要。...所以,我们经常会通过分析特征和label之间的皮尔逊值来衡量特征的重要程度,从而对特征进行取舍和再加工。...如果单纯只看皮尔逊值和它的公式,很难完全理解和记住,而我们从方差入手,将整个链路梳理了一遍,则要容易得多,即使以后忘记了,也可以根据它们之间的关系重新推导。

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    R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图

    我们在做表达谱数据分析的时候,经常需要检测基因两两之间表达的相关性。特别是在构建ceRNA网络的时候,我们需要去检查构成一对ceRNA的mRNA和lncRNA之间的表达是否呈正相关。...前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性,今天小编就给大家分享一个实际的应用案例,用R去批量的检测大量mRNA跟lncRNA之间表达的相关性,并绘制散点图。...<- expand.grid(deLNC, dePC) #第一列为lncRNA,第二列为mRNA names(combination)=c("lnc","pc") #通过循环来计算所有lncRNA和...& result$cor>0) #创建一个文件夹corplot来存放相关性图 dir.create("corplot") #循环画出显著相关的mRNA和lncRNA的相关性散点图 for(i in...参考资料: R计算多个向量两两之间相关性

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    基于点击图模型Query和Document相关性的计算

    title形成的预料库合并成一个预料库,然后基于共同的这个预料库训练模型,但是在query和document上词法上的区别会在之后计算相关性上带来不好的影响。...另外,当query或者是document是没有点击日志时,如何学习query和document的相关性就会变得困难起来。...Vector Propagation Algorithm 迭代更新Q和D的过程很像HIT算法迭代计算authority和hub得分的过程。...这种计算query和document向量的方式都是从query vocabulary space或者是document vocabulary space中得到的,当我们能够计算得到两个vector向量,...则可以利用cosine函数来计算query-document Pair的相关性,计算得到的相关性得分则可以作为影响排序的一个特征。

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    【计算机视觉】二、图像形成:2、几何基元和几何变换:2D变换

    一、向量和矩阵的基本运算 【计算机视觉】二、图像形成:1、向量和矩阵的基本运算:线性变换与齐次坐标 二、几何基元和变换 1、几何基元(Geometric Primitives)   几何基元是计算机图形学中最基本的图形对象...刚体变换不改变对象的形状和大小,只改变其位置和方向。非刚体变换会改变对象的形状或大小。...各种变换的关系   使用文氏图(Venn diagram)的形式展示二维变换之间的关系和包含情况: 最内层圆圈表示恒等变换(Identity)和旋转变换(Rotation)。...,是计算机图形学、计算机视觉等领域的基础工具。...不同类型的变换矩阵在形式和自由度上有所区别,平移矩阵比较简单,相似变换增加了缩放,仿射变换支持非等比缩放和错切,而射影变换是最通用的。矩阵的秩决定了变换的自由度和约束条件。

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    图像的线性变换和非线性变换

    图像的线性变换和非线性变换,逐像素运算就是对图像的没一个像素点的亮度值,通过一定的函数关系,转换到新的亮度值。...这个转换可以由函数表示: s = f( r ) 其中r为原来的像素值,s为新的像素值,通常采用的函数了单调函数进行变换。...线性变换: s(x,y) =c+kr(x,y) 其中c和k均为常数 非线性变换: s=a+\frac {ln(r+1)} {blnc} 其中a,b,c为常数 Gamma变换: s = cr^γ...对于不同灰度图和彩色图像,利用不同方式展 示,定义show()函数 def show(img): if img.ndim == 2: plt.imshow(img, cmap...img的类型为uint8,线性变换后,像素值会循环 img2 = np.clip(img2,0,255) #利用np.clip来截断 show(img2) np.clip是一个截取函数,用于截取数组中小于或者大于某值的部分

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    R语言蒙特卡洛计算和快速傅立叶变换计算矩生成函数

    p=13734 概率论中,矩生成函数(Moment-generating Function)和特征函数(Characteristic Function)是定义 概率分布函数的另一种形式。...特征函数能够唯一确定随机变量的概率分布,如果随机变量的概率密度函数f(x)存在,特征函数相当于 f(x)的傅里叶变换。 如果随机变量分布的矩母函数存在,那么矩母函数和特征函数之间存在关系。...考虑计算Gamma随机变量复合和的99.5%分位数的问题,即 策略是分散损失金额, 然后,要计算的代码 , 我们用 99.5%分位数 > sum(cumsum(f)<.995) 考虑以下损失金额...因此,可以计算复合和的累积分布函数, 如果我们求解那个函数,我们得到分位数 > uniroot()$root [1] 13654.43 这与我们的蒙特卡洛计算一致。...现在,我们也可以在此处使用快速傅立叶变换, > sum(cumsum(f)<.995) [1] 13654 让我们比较获得这三个输出的计算时间 > system.time user system

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    R语言蒙特卡洛计算和快速傅立叶变换计算矩生成函数

    因此,   是指数变量和Dirac质量之间的混合  。这实际上是问题的棘手部分,因为当我们看到上面的公式时,它并不明显。 从现在开始,这是高中阶段的计算, 如果   。...快速傅立叶变换 回想一下欧拉公式, 因此,看到傅立叶变换就不会感到惊讶。...考虑计算Gamma随机变量复合和的99.5%分位数的问题,即  和  。...因此,可以计算复合和的累积分布函数, 如果我们求解那个函数,我们得到分位数 > uniroot()$root[1] 13654.43 这与我们的蒙特卡洛计算一致。...现在,我们也可以在此处使用快速傅立叶变换, > sum(cumsum(f)<.995)[1] 13654 让我们比较获得这三个输出的计算时间 > system.time user

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    傅里叶变换的理解和应用

    当我蒸包子的时候,我会将100克面粉,10克酵母500克水,混合起来,再将猪肉和蔬菜以及各种调料按一定比例混合起来。...如果我们把各种材料以及比例,看成频域里发生的事情,那么各种材料和时间作用形成最终的一个个包子,就是食欲,哦不,是时域里发生的事情。 或许上帝也是个和时间做朋友的人 吧。...上帝掌管着各种原料以及比例的秘方,手握潘多拉之盒,将各种正弦波撒向世间,它们逐渐在时空形成自己的轨迹,和规律。 也许我们终其一生的奔波,在上帝看来只是一个静止的频率值。...而傅里叶变换,正是将一个成品的成分和用量分离出来。 只不过这次,原材料不是面粉和猪肉,而是各种正(余)弦波。 三、图像的傅里叶变换 图像实际上存储为2维矩阵。...设:模糊图像=原图像*模糊算子 这样我们通过傅里叶变换在图像模糊和还原之间来回切换。

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    Matlab短时傅里叶变换和小波变换的时频分析

    一段时间没写公众号,今天正好有个朋友发了一段语音,可以用来做信号分析,故分享一下MATLAB短时傅里叶变换和小波变换的时频分析 简介 本文主要给定一小段音频,通过短时傅里叶变换和小波变换制作时频图。...,默认为256和大于每段长度的最小2次幂之间的最大值。...Nfft---计算离散傅里叶变换的点数。它需要为标量。 Fs---采样频率Hz,如果指定为[],默认为1Hz。 S---输入信号x的短时傅里叶变换。...而在其他的使用nfft语法中,短时傅里叶变换方法将被使用。对于返回值中的F向量,为四舍五入的频率,其长度等于S的行数。 T---频谱图计算的时刻点,其长度等于上面定义的k,值为所分各段的中点。...P矩阵的元素计算公式如下P(I,j)=k|S(I,j)|2,其中的的k是实值标量,定义如下对于单边PSD,计算公式如下,其中w(n)表示窗函数,Fs为采样频率,在0频率和奈奎斯特频率处,分子上的因子2改为

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    KDD 2022 | 深度图神经网络中的特征过相关:一个新的视角

    3.1 过相关和过平滑 这节证明了堆叠多个图神经网络层可以显著增加特征维度之间的相关性。文章选择皮尔逊相关系数来评估深层GNN中特征维度之间的相关性。...:,i}, X_{:,j})| 其中 X_{:,i} 表示 X 的第 i 列,简单来讲,就是计算所有列两两之间的皮尔逊相关系数再求均值。...3.2 过相关分析 如第2.1节所述,传播和变换是图神经网络中的两个主要组成部分。在本小节中,首先证明了传播和变换可以增加特征相关性,然后讨论了过相关特征引起的潜在问题。...3.2.2 变换导致更高的相关性 通过实证研究,文章还发现,除了传播外,变换同样可以使特征更加相关。直观地说,过度叠加变换会导致过度参数化,这会让神经网络提取到冗余特征。...时间复杂度 如第4.1和4.2节所示,额外的计算成本来自对 \mathcal{L}_{D} 和 \mathcal{L}_{M} 的计算和反向传播。

    1.2K30

    Python 实现三维姿态估计遮挡匹配预测

    余弦相似度计算源于向量余弦计算的思想,通过测量两个向量内积空间夹角的余弦值来度量它们之间的相似性,常用于机器学习中对文本的处理过程。...1.2 皮尔逊系数 皮尔逊相关系数是一种广泛用于测量两个变量之间线性相关性的方法。它基于数据的协方差矩阵来评估两个向量之间关系的强度。...通常,两个向量之间的皮尔逊相关系数为: 皮尔逊相关系数可以应用于样本或总体。样本和总体的皮尔逊相关系数的绝对值均小于或等于 1。...图像模板匹配方法可以分成四种类型:基于图像灰度的图像匹配算法、基于变换域的图像匹配算法、基于模板的图像匹配算法和给予特征的图像匹配算法。...基于特征的匹配算法通过提取图像中对形变、光照等具有不变性的信息,对这些信息进行描述构造描述符,之后对这些特征进行匹配,计算出图像之间几何变换的参数。

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    机器学习特征降维

    ,也会干扰模型的学习 特征降维是指在某些限定条件下,降低特征个数常用的方法: 低方差过滤法、PCA(主成分分析)降维法、相关系数(皮尔逊相关系数、斯皮尔曼相关系数) 低方差过滤法 低方差过滤法:指的是删除方差低于某些阈值的一些特征...通过正交变换将一组可能存在相关性的变量转换为一组线性不相关的变量,转换后的这组变 量叫主成分。...= PCA(n_components=3) data2 = transfer2.fit_transform(data) print(data2, data2.shape) 主成分分析变换后...特征x和目标值y的密切程度,是否同增同减;特征x和特征x之间是否同增同减; 可以把密切相关的2个列,删除掉1列,达到特征降维的效果 常见2个相关系数:皮尔逊相关系数、斯皮尔曼相关系数 皮尔逊相关系数...import pearsonr 斯皮尔曼相关系数:通过等级差进行计算,计算相对简单,使用更广,from scipy.stats import spearmanr

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    【非监督学习 | 聚类】聚类算法类别大全 & 距离度量单位大全

    基于网格的方法 STING算法(统计信息网络),CLIOUE算法(聚类高维空间)和WAVE-CLUSTER算法(小波变换)。...在欧氏空间中,两个向量的欧氏距离等于它们各个维度差值的平方和的开方。优点:简单直观,易于理解和计算。缺点:对异常值敏感,受维度灾难影响。...马氏距离可以解决特征之间的相关性和尺度不同的问题。优点:考虑了特征之间的相关性,适用于高维数据。缺点:需要估计协方差矩阵,计算复杂度较高。...皮尔逊相关系数(Pearson Correlation Coefficient)皮尔逊相关系数衡量两个向量之间的线性相关性。...它的取值范围在-1到1之间,其中-1表示完全负相关,1表示完全正相关,0表示无相关性。优点:可以衡量线性相关性,不受尺度变换影响。缺点:只能衡量线性相关性,对于非线性关系不敏感。

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    基于网格的方法 STING算法(统计信息网络),CLIOUE算法(聚类高维空间)和WAVE-CLUSTER算法(小波变换)。...在欧氏空间中,两个向量的欧氏距离等于它们各个维度差值的平方和的开方。 优点:简单直观,易于理解和计算。缺点:对异常值敏感,受维度灾难影响。...马氏距离可以解决特征之间的相关性和尺度不同的问题。 优点:考虑了特征之间的相关性,适用于高维数据。缺点:需要估计协方差矩阵,计算复杂度较高。...皮尔逊相关系数(Pearson Correlation Coefficient) 皮尔逊相关系数衡量两个向量之间的线性相关性。...它的取值范围在-1到1之间,其中-1表示完全负相关,1表示完全正相关,0表示无相关性。 优点:可以衡量线性相关性,不受尺度变换影响。缺点:只能衡量线性相关性,对于非线性关系不敏感。

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    基于网格的方法 STING算法(统计信息网络),CLIOUE算法(聚类高维空间)和WAVE-CLUSTER算法(小波变换)。...在欧氏空间中,两个向量的欧氏距离等于它们各个维度差值的平方和的开方。优点:简单直观,易于理解和计算。缺点:对异常值敏感,受维度灾难影响。...马氏距离可以解决特征之间的相关性和尺度不同的问题。优点:考虑了特征之间的相关性,适用于高维数据。缺点:需要估计协方差矩阵,计算复杂度较高。...皮尔逊相关系数(Pearson Correlation Coefficient)皮尔逊相关系数衡量两个向量之间的线性相关性。...它的取值范围在-1到1之间,其中-1表示完全负相关,1表示完全正相关,0表示无相关性。优点:可以衡量线性相关性,不受尺度变换影响。缺点:只能衡量线性相关性,对于非线性关系不敏感。

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    【数字信号处理】序列傅里叶变换 ( 序列傅里叶变换与反变换 | 序列绝对可和 与 存在傅里叶变换之间的关系 | 序列傅里叶变换性质 )

    文章目录 一、序列傅里叶变换与反变换 二、序列绝对可和 与 存在傅里叶变换之间的关系 三、序列傅里叶变换性质 一、序列傅里叶变换与反变换 ---- 在上一篇博客 【数字信号处理】序列傅里叶变换 ( 序列傅里叶变换定义详细分析...| 证明单位复指数序列正交完备性 | 序列存在傅里叶变换的性质 | 序列绝对可和 → 序列傅里叶变换一定存在 ) 的介绍了如下内容 : 傅里叶变换 : 时域 " 离散非周期 " 信号 , 其频域就是...{-\pi} ^\pi X( e^{j \omega } )e^{j \omega k} d \omega 二、序列绝对可和 与 存在傅里叶变换之间的关系 ---- 序列绝对可和 与 存在傅里叶变换 :...如果 " x(n) 序列绝对可和 " , 则 " 序列傅里叶变换 SFT " 一定存在 ; 如果 " 序列傅里叶变换 SFT " 存在 , 不一定 " x(n) 序列绝对可和 " ; 某些 " 非绝对可和序列...\omega = \Omega T , 计算 \omega =\pi 点对应的 模拟频率 , \omega = \Omega T = \pi 模拟角频率 \Omega = \cfrac{\pi}

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