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无论怎么做都是错误的单细胞水平相关性分析

不过，我这里可能需要提醒大家一定要注意， 如果是真正的单细胞水平相关性分析，无论怎么做都是不合理的。...这些数据更适合进行下游分析，如差异表达分析和聚类。 expr3: expr3是从sce对象的scale.data槽中提取的表达矩阵的转置。这个矩阵包含了经过缩放的表达值，通常用于可视化和聚类。...expr2提供了预处理后的数据，适合进行差异表达分析。 expr3提供了缩放后的数据，适合进行可视化和聚类分析。 在使用这些数据时，需要根据分析目的选择合适的表达量矩阵。...但是，实际上，如果大家是做真正的单细胞水平相关性分析，无论取什么样的表达量矩阵怎么做都是不合理的！...跨越细胞亚群的相关性 大家很少会关心这个维度的相关性， 因为单细胞转录组最重要的研究单位就是细胞亚群，何苦再把大家混合起来呢！

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    Claude vs DeepSeek：相关性分析与“星号”标记热图的高效绘制

    相关性分析是揭示变量间联系的基础，本文通过大型语言模型（LLM），Claude和DeepSeek进行相关性分析并绘制显著性星号标记的热图。...包绘制聚类热图，X和Y轴分别为环境因子和OTU，确保热图的格子的宽和高都为0.7，格子的描边为白色，粗细为1.2，聚类树的高度为1.5cm，热图的配色方案为：#9370DB，white，#FF7F24，...Claude经过5秒的思考，给出了分析绘图代码。deepseek经过274秒的深度思考，给出了分析绘图代码。 我们就得到了相关性分析及绘图代码。...对于本次相关性分析及绘图要求，Claude理解到位，很顺利的运行成功。...图12 Claude代码绘图 图13 Deepseek代码绘图 通过针对“相关性分析与‘星号’标记热图绘制”任务的对比实践，我们清晰地看到了Claude与DeepSeek在辅助科研编程时的显著特性差异。

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    Claude vs DeepSeek：相关性分析与“星号”标记热图的高效绘制

    相关性分析是揭示变量间联系的基础，本文通过大型语言模型（LLM），Claude和DeepSeek进行相关性分析并绘制显著性星号标记的热图。...包绘制聚类热图，X和Y轴分别为环境因子和OTU，确保热图的格子的宽和高都为0.7，格子的描边为白色，粗细为1.2，聚类树的高度为1.5cm，热图的配色方案为：#9370DB，white，#FF7F24，...Claude经过5秒的思考，给出了分析绘图代码。deepseek经过274秒的深度思考，给出了分析绘图代码。 我们就得到了相关性分析及绘图代码。...对于本次相关性分析及绘图要求，Claude理解到位，很顺利的运行成功。...图12 Claude代码绘图 图13 Deepseek代码绘图 通过针对“相关性分析与‘星号’标记热图绘制”任务的对比实践，我们清晰地看到了Claude与DeepSeek在辅助科研编程时的显著特性差异。

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    学姐问我推荐系统是怎么做的？我用23张图带她搞懂！

    这篇文章属于推荐系统的入门篇，本文暂不考虑线上环境的海量数据，目的是先了解清楚推荐系统的基本构成，我会通过图解推荐算法以及程序demo的形式展开，内容包括： 01 走进推荐系统的世界 “啤酒与尿布”...：美团、大众点评、携程等 社交类：微信、陌陌、脉脉等 头条、京东、网易云音乐中的推荐功能 推荐系统的应用场景通常分为以下两类： 基于用户维度的推荐：根据用户的历史行为和兴趣进行推荐，比如淘宝首页的猜你喜欢...基于物品维度的推荐：根据用户当前浏览的标的物进行推荐，比如打开京东APP的商品详情页，会推荐和主商品相关的商品给你。 3....推荐：不具有目的性，依赖用户的历史行为和画像数据进行个性化推荐。 广告：借助搜索和推荐技术实现广告的精准投放，可以将广告理解成搜索推荐的一种应用场景，技术方案更复杂，涉及到智能预算控制、广告竞价等。...02 推荐系统的整体架构 推荐系统的整体架构 上面是推荐系统的整体架构图，自下而上分成了多层，各层的主要作用如下： 数据源：推荐算法所依赖的各种数据源，包括物品数据、用户数据、行为日志、其他可利用的业务数据

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    当《疯狂动物城》全员发 SCI，这 5 组配色方案直接封神！

    这套 自然色系 (Earth Tone) 非常柔和、耐看，特别适合用于生物信息学中的 热力图 或 聚类分析 。从深到浅的渐变，能细腻地展示基因表达丰度或相关性强弱。...： 热力图 (Heatmap) / 聚类分析图 04、豹警官 (Clawhauser) —— 活力聚焦的“气泡图” 豹警官是高饱和度的 斑点金 搭配 制服蓝 。...这套配色明亮、活泼，非常适合 散点图 或 气泡图 。金色的气泡在深蓝色的背景坐标系中跳跃，既突出了数据分布，又显得活力满满，适合展示多维数据的相关性。...： 甜甜圈图 (Donut Chart) / 饼图 (Pie Chart) 06、 实操指南：如何一键搞定配色？...为了让大家能把这 5 套（以及未来更多套）神仙配色，无缝套用在 任何学科 的图表上，我总结了一个【万能科研配色文生图公式】。 你只需要做两件事： 复制下方模板。

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    当 Nature 遇上漫威漫画：5 套《漫威》配色，拯救你的“死亡”科研绘图！

    ： 对比柱状图 (Bar Chart) / 性能雷达图 (Radar Chart) PART.02 绿巨人 (Hulk) —— 极强差异的“火山图” 浩克的配色是漫威宇宙中最具辨识度的互补色：伽马绿 撞色...： 火山图 (Volcano Plot) / PCA 主成分分析 PART.03 美国队长 (Captain America) —— 经典发散的“热力图” 美队的配色是永不过时的 自由蓝、盾牌红 与 星条白...： 复杂热力图 (Heatmap) / 相关性矩阵 (Correlation Matrix) PART.04 黑寡妇 (Black Widow) —— 精准轨迹的“折线图” 娜塔莎的配色是冷峻的 特工黑...： 桑基图 (Sankey Diagram) / 甜甜圈图 (Donut Chart) / 饼图 PART.06 实操指南：如何一键搞定配色？...为了让大家能把这 5 套魔法配色，无缝套用在 任何学科 的图表上，我总结了一个【万能科研配色文生图公式】。 你只需要做两件事： 复制下方模板。

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    读者来稿~第一次独立写作SCI:从写作到接收过程回顾（IF=5.5）

    1、数据分析：方差分析与相关性分析 实验做完之后，得到了一堆实验数据，这个时候要对实验数据进行处理，绘制成图片把结果展示出来。我这篇论文中用到的数据分析方法只是一些简单的相关性分析与方差分析。...相关性分析可以去微信搜索（R语言相关性分析，会出来一大堆结果） 相关性分析：R语言ggplot2散点图添加拟合曲线和回归方程的简单小例子 当时做图的时候忘加p值了，我在下面把方法补充一下。...我现在把我自己论文中用到的方法给大家分享一下： image.png 上面的图是论文中的结果图，最终画出来的图片和这个是有差异的，水平有限，我一般用R画完图后，都会用AI进行修改。...image.png image.png 所以图片的配色对一张图片来说非常重要。关于图片的配色以前也写过一篇文章，里面介绍了几种关于配色的小技巧。...平时我在看文献的时候也注意素材的积累，看到好的图片，好的配色会收集起来，方便自己去模仿。这里推荐一个取色小软件：snipaste，非常好用的一个小软件，点击图片就可以提取颜色。

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    羡慕高分文章美图？这26款好看的可视化R包助你一臂之力

    4.名称：ggsci包 简介：ggsci提供了包括nature/cell/JCO等多个顶刊的推荐配色方案，使用palette可以直接在ggplot2基础上添加配色，告别审美不过关的问题，用顶刊的逼格弥补自己的审美...12.推荐：ggcorrplot 推荐理由：在平时科研作图里面很常需要用到相关矩阵以及相关性的表示里面，比较基础的就是这个包了，它的优点就是在于能表示出P VALUE。...18.推荐：ggcorrgram 简介：同样绘制相关矩阵以及相关性图片的选择之一，比起大众化ggcorrplot，ggcorrgram画出的图片有种高大上的风味，直接一行代码出图就帮你把其他参数设置得明明白白...19.推荐：ggcorrgram 简介：同样绘制相关矩阵以及相关性图片的选择之一，比起大众化ggcorrplot，ggcorrgram画出的图片有种高大上的风味，直接一行代码出图就帮你把其他参数设置得明明白白...pROC包对于 ROC曲线的的绘制和分析可谓得心应手。 23.推荐：ggfortify 简介：最开始在初学R的时候，一开始就知道如果要表达时间序列可以用最基本的ggplot2来实现。

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    这个插件直接帮你搞定配色和布局

    你告诉Claude Code要做什么界面，它会自动搜索这个数据库，给你推荐合适的设计方案，然后直接生成代码。...图表类型 数据可视化的各种图表推荐。 折线图、柱状图、饼图、热力图这些，每种图表都有推荐的JS库，Chart.js、Recharts、D3.js该用哪个都写清楚了。 还有无障碍使用的注意事项。...UX指南 动画怎么用、无障碍设计怎么做、z-index怎么管理、加载状态怎么设计，这些最佳实践都有。 还包含反面案例，告诉你什么不该做。 支持哪些技术栈 它针对8个主流技术栈做了适配。...第二步：AI分析你的需求，产品类型是宠物服务，风格是轻松友好，页面类型是落地页，CTA是预约。 第三步：搜索设计数据库，找到匹配的产品类型、UI风格、字体搭配、配色方案、落地页结构、UX规则。...第四步：生成代码，直接用搜到的设计方案生成HTML/CSS，配色、字体、布局全都按照推荐的来。 第五步：质量检查，确保用了SVG图标、加了hover反馈、深色模式对比度够、响应式布局没问题。

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    Graphpad Prism9.5激活免费版下载+安装教程！Mac+Win版！

    新增配色方案 2. Prism Cloud Early Access 3. 数据化功能改进 4. 分析Bug修复 5. 绘图Bug修复 6....Windows：如果已经存在同名的配色方案，Prism将用新配色方案替换旧配色方案，这可能导致意外丢失旧的配色方案。 【2】更高的数据上限 对多变量数据表进行了许多重大改进。...【5】主成分分析（PCA） Prism现在在执行PCA时默认生成“方差比例”图（执行此分析时，在分析参数对话框的“图”选项卡上默认选择此图） 注：上图以二维形式显示了PCA的图形示例。...投资组合文件浮动注释中的拼写错误（“Gaph”到“Graph”） 隆重推荐功能更强大的Prism，它具有增强的数据可视化和图形自定义能力，可进行更直观的导航和更复杂的统计分析。...制图 4、Graphpad制作生存曲线 5、lmageJ作图 6、Photoshop拼图 7、PPT拼图 8、Grappad绘制单式柱状图 9、Grappad绘制复式柱状图 10、Graphpad绘制相关性曲线

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    答读者问：R语言ggplot2画气泡图展示相关性分析的结果~文末留言送书

    有读者在公众号后台留言问下图应该如何实现 image.png image.png 实现这个图的办法很多，今天的推文介绍使用R语言ggplot2包实现这个图的方法。...signi<0.01 ~ "**", signi>0.01&signi<0.05 ~ "*", TRUE ~ "" ) ) -> df1 接下来是作图 首先是上三角的气泡图...legend.justification = c(0,0), legend.title = element_blank()) image.png image.png 这样就做好了 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本...小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

    2.8K20

    学会这4点人人都是设计师,赠10G PPT模板

    （4）重复：分析元素等级后，选取相同等级的元素来重复 从单个页面来说，“解释说明”部分的字体、大小都体现出重复性原则，保证了单个页面的稳定性。...10G PPT模板下载链接: https://pan.baidu.com/s/1kVvaq83 密码: 3qvy PPT配色：PPT的配色可以简单分几类，纯色，背景图，纹理背景等，一页PPT最好不超过三种颜色...下文中会介绍制作PPT，原型和海报的常用工具，查看第二章：工具推荐。 ? 原型配色：原型分低保真原型和高保真原型，低保真原型本质上为了将页面信息结构展示清楚，以黑白灰配色，将信息结构展示清楚即可。...海报设计：海报设计属于系统化设计，不单单只是配色问题，涉及到背景，字体，排版，抠图，手绘等很多因素，最好的方法是找到内容相符的已经设计好的海报修改文字内容，推荐大家一个神器-创客贴，有了它，所有图片设计基本都可以搞定...二、工具推荐 点击阅读原文：包含文中提到的所有设计工具，建议点击并收藏网址 创客贴（在线制图最强神器，没有之一） 花瓣网（瀑布流图片搜索神器） Piktochart（信息图制作） Color Scheme

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    一个函数完成数据相关性热图计算和展示

    （原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）、图形解读 (可视化之为什么要使用箱线图.../ggcorr/)，可以对数据的相关性分析进行可视化。...让我们将整个数据集直接用ggcorr进行分析，计算每一列数值列之间的相关性，并绘制一个下三角热图展示： ggcorr(nba) ## Warning in ggcorr(nba): data in column...相关性矩阵是一个对称阵，这里用下三角热图展示全部信息。每个格子的颜色代表对于行与列的相关性，颜色越红正相关性越强，越蓝负相关性越强。...(heatmap) R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 绘图参数 控制色阶 默认情况下，ggcorr使用从-1到+1的连续色标显示矩阵中表示相关性的强度。

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    Python 可视化实战：用 Matplotlib + Seaborn 打造专业级图表仪表盘

    热力图（相关性矩阵）python复制编辑corr = df.corr()sns.heatmap(corr, annot=True, cmap='coolwarm')plt.title("变量相关性热力图...")plt.tight_layout()plt.show() 效果图如下（可视化仪表盘示意）：七、实战项目：分析某公司员工满意度Step 1：读取数据python复制编辑data = pd.read_csv...plt.show()八、自定义图表风格python复制编辑sns.set_style("whitegrid") # 白底网格风格sns.set_palette("Set2") # 配色方案还可以使用...十、推荐实战项目练手项目描述股票趋势分析读取历史数据，绘制价格走势图销售数据仪表盘月度销售、客户构成、退货比网站流量分析不同入口来源趋势图、热力图机器学习模型评估ROC 曲线、混淆矩阵图新闻词频分析词云...+ 柱状词频图十一、进阶方向推荐 Plotly：交互图表（拖拽、缩放、点击） Streamlit：快速构建交互式仪表盘网页 Altair：声明式语法，可组合图形分析 Pyecharts：更适合国内环境

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    5个Python自动化EDA库

    Association 选项卡创建了一个热图，提供了对变量相关性的洞察，由于变量的数量很大，热图是难以辨认的，对我们没有用处。...但是它除了热图之外没有提供双变量分析，因此无法看到两个变量如何相互作用，这与YData不同。...可以做缺失值分析、时间序列分析、查找相关性或创建图表。选择想要的图表类型，选择x和y变量，如果需要，选择组，图形将自动加载。也可以选择多个变量或组。不需要代码，只需点击几下就可以绘制完整的图表。...这个库是由著名的数据科学教育家Krish Naik推荐的，所以值得一试。...由于变量的数量非常多，因此很难看到相关性，但默认的配色方案可以让我们看到相关性较高的地方聚集在一起，用深蓝色标记。 图表的配色方案很好，信息也很清晰。

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    人工智能之数据分析 Matplotlib：第五章 常见函数

    ()一次性创建 figure + axes（推荐）plt.tight_layout()自动调整子图间距，避免重叠plt.savefig('file.png', dpi=300, bbox_inches=...f.lower() or 'song' in f.lower()])四、Matplotlib 与 Seaborn 协同使用Seaborn 是基于 Matplotlib 的高级统计可视化库，语法更简洁，配色更美观...Matplotlib）sns.set_style("whitegrid") # 还有 "darkgrid", "ticks", "white"sns.set_palette("Set2") # 配色方案...SeabornMatplotlib分布sns.histplot(), sns.kdeplot()plt.hist()相关性sns.heatmap(df.corr())plt.imshow() + 手动标注分类比较...资料关注公众号：咚咚王《Python编程：从入门到实践》《利用Python进行数据分析》《算法导论中文第三版》《概率论与数理统计（第四版） (盛骤) 》《程序员的数学》《线性代数应该这样学第3版》《微积分和数学分析引论

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    如何用最少的时间制作一个看起来非常用心的PPT

    对于这些同事，我就很想说一句话：拜托你是数据分析师，你不是职业做PPT的！...比如你做得PPT需要黑白打印出来给老板（彩色打印颜色失真的问题类似哈），但是原有的配色打印出来完全分辨不出来，就可以在母版视图中直接调整，并且可以预览一下黑白打印的效果如何。...颜色也是类似的，如果有满意的配色或者公司有统一的PPT配色要求的话，也可以在这个地方进行配置。 插件用起来，满世界找图不累么 PPT中需要插图片的小伙伴们，其实木有必要满世界找图。...推荐一个插件，islide，直接解决你的找图找icon的问题。 虽然这个插件有付费的部分，但是免费的功能就已经足够日常办公使用了，毕竟对数据分析师来说，又不是靠PPT设计吃饭，能看得过去就够了。...这个做法我就只能说确实能实现，而且我实现过，但是我自己都不想再做一次，太折腾了，就不教大家怎么做了，毕竟这和提升办公效率这个主题是违背的。 如果就是单纯追求一下效率，做视频的需求不如试试AI生成。

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