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单细胞分析过程中的稀疏矩阵删减

引言在单细胞转录组分析中，偶尔会出现电脑内存有限等情况，无法直接读取所有数据，这种时候可以考虑分析部分数据。...网上的教程提供了 python 和 R 两种代码1,2，但是实际操作中发现 R 代码并未提供正确的写出功能，所以本文以 python 作为示范。...print("cell_ID_len : " + str(rna_count.shape[1])) ### 获取表达矩阵细胞数# 重新写出 DataFrame 为 10X 格式的 sparse matrix...numpy==1.24.3pandas==2.0.1scipy==1.11.4结论总而言之但是读进去了，但是也是真慢啊...引用python 和 R 写出表达矩阵为稀疏矩阵 matrix.mtx.gz...的方法-CSDN 博客「单细胞转录组系列」如何从稀疏矩阵中提取部分数据进行分析_单细胞稀疏矩阵-CSDN 博客

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【学术】一篇关于机器学习中的稀疏矩阵的介绍

教程概述 本教程分为5部分;分别为: 稀疏矩阵 稀疏的问题 机器学习中的稀疏矩阵 处理稀疏矩阵 在Python中稀疏矩阵 稀疏矩阵 稀疏矩阵是一个几乎由零值组成的矩阵。...稀疏矩阵与大多数非零值的矩阵不同，非零值的矩阵被称为稠密矩阵。 如果矩阵中的许多系数都为零，那么该矩阵就是稀疏的。...矩阵的稀疏性可以用一个得分来量化，也就是矩阵中零值的个数除以矩阵中元素的总个数。...机器学习中的稀疏矩阵 稀疏矩阵在应用机器学习中经常出现。 在这一节中，我们将讨论一些常见的例子，以激发你对稀疏问题的认识。...在Python中稀疏矩阵 SciPy提供了使用多种数据结构创建稀疏矩阵的工具，以及将稠密矩阵转换为稀疏矩阵的工具。

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    frida反射调用对象中的方法与字段

    该篇文章主要介绍当我们碰到参数或者返回值是一个对象时，如何通过frida反射调用该对象的方法（methods）与获取该对象的字段（fields） 添加测试frida反射调用的demo app 写一个测试类...，其中包含字段（fields）int类型的count、String类型的plainText 及多个简单方法。...其中display方法参数为ParametersTest对象， 在文中，我们要hook display方法并hook它的参数ParametersTest对象反射调用ParametersTest对象的所有方法及打印...parametersTest的所有字段 public class ParametersTest { private final int count = 523;//字段count private...is: " + (field.getName())); send("field value is: " + field.get(val1)); }) } 结果如下： frida反射调用类中的方法

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    导出Seurat对象中的单细胞表达矩阵

    做单细胞数据分析的时候，我们经常会从公共数据库，或者从别人那里得到一个seurat对象，有些人可能想从这个seurat对象中提取原始的表达矩阵，自己再从头分析一遍。...数据集，如果已经安装过，可以跳过 InstallData("pbmc3k") #加载pbmc3k数据集 pbmc <- LoadData("pbmc3k") pbmc 下面就是pbmc这个seurat对象的一些详细信息...原始的单细胞表达矩阵保存在pbmc[["RNA"]]@counts中，每一行是一个基因，每一列是一个细胞，如果counts数是0，就用一个.来表示。...接下来我们就可以导出这个矩阵到文件中，我们来比较两种方法。....csv",as.data.frame(pbmc[["RNA"]]@counts),quote = F)}) 导出所用的时间如下 通过比较我们可以发现，两种方法导出的矩阵文件是一样的，但是fwrite

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    【踩坑】探究PyTorch中创建稀疏矩阵的内存占用过大的问题

    转载请注明出处：小锋学长生活大爆炸[xfxuezhagn.cn] 如果本文帮助到了你，欢迎[点赞、收藏、关注]哦~ 目录 问题复现 原因分析 解决方案 碎碎念 问题复现 创建一个COO格式的稀疏矩阵...其中，active_bytes.all.current 表示当前正在使用的所有活跃内存总量。在输出中，这个值为 8598454272 字节，约等于 8192 MB。...reserved_bytes.all.current 表示当前已保留的所有内存总量。在输出中，这个值为 14250147840 字节，约等于 13595 MB。...总的来说，保留的所有内存总量是由系统根据实时的内存使用情况和策略进行动态调整和触发的。它的目的是优化内存的分配和释放，以提高系统的性能和稳定性。...比如以下这个连续创建矩阵的，那么在创建第二个矩阵的时候，就不会再去申请新的内存，而是会放在保留内存里。

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    Kubernetes 中的对象是如何删除的：Finalizers 字段介绍

    前言 Kubernetes 中的对象删除并不像表面上看起来那么简单，删除对象涉及一系列过程，例如对象的级联和非级联删除，在删除之前检查以确定是否可以安全删除对象等等。...Finalizers 终结器 Finalizers 是由字符串组成的数组，当 Finalizers 字段中存在元素时，相关资源不允许被删除，Finalizers 是 Kubernetes 资源删除流程中的一种拦截机制...如下所示，我们首先创建了一个属主对象，然后创建了一个附属对象，根据 ownerReferences 字段中的 name 和 uid 关联属主对象。...PV 使用节点本地的 /tmp/mydata 目录作为存储，磁盘容量为 1Gi，在 PVC 中申领容量至少为 1Gi 的卷，Pod 使用 PVC 作为存储卷。...Pod 中的 volumes.persistentVolumeClaim 字段记录了使用的 PVC。

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    MySQL中的字段类型对应于Java对象中的数据类型

    我在网上也搜过很多，就是想知道在数据库中的建表语句的字段类型对应Java实体类中属性的类型是什么。   结果网上一套一套的说法不一，完全不一致，有没有一致点的，不会错的！看我，你就有。   ...实体类对象如下(篇幅原因，我删掉自动生成的getter和setter)： public class testType { private Integer intUnsigned; private...2.自增字段类型必须是整型而且必须是unsigned，推荐int或者bigint，并且自增字段必须是主键或者主键的一部分，我个人写物理主键id一般就是bigint unsigned。...10.仅仅只有单个字符的字段用char(1)，比如性别字段。 11.按照规范，每个列定义的时候必须加上comments，我上面举例子偷懒了所以没写。...12.数据库的字符集只能选择utf8mb4，如果需要导出，也需要显式选择utf8mb4作为导出格式。

    2.9K10

    .NET中string类型可以作为lock的锁对象吗

    string类型可以作为lock的锁对象吗,需要的朋友可以参考下。...引用类型具有一个重要的特性，即它们在内存中具有唯一的地址。因此，能够使用引用类型作为锁对象，让多个线程通过共享同一个引用来实现同步。...当多个线程尝试进入 lock 代码块时，它们需要获取锁对象的控制权。如果使用值类型作为锁对象，每个线程都会创建并持有自己的锁对象实例，导致无法达到互斥的目的。...因为值类型是每个实例独立存在的，它们在内存中具有不同的地址，这样就无法确保多个线程之间共享同一个锁对象。 使用引用类型作为锁对象可以解决这个问题。...由于字符串常量的“暂留”特性，如果将字符串作为锁对象，可能会导致意外的行为和不正确的同步。

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    Python中使用deepdiff对比json对象时，对比时如何忽略数组中多个不同对象的相同字段

    一般是用deepdiff进行对比的时候，常见的对比是对比单个的json对象，这个时候如果某个字段的结果有差异时，可以使用exclude_paths选项去指定要忽略的字段内容，可以看下面的案例进行学习：...上面的代码是一般单条数据对比的情况。...那么如果数据量比较大的话，单条对比查询数据效率比较低，因此，肯呢个会调用接口进行批量查询，然后将数据转成[{}，{}，{}]的列表形式去进行对比，那么这个时候再使用exclude_paths就无法直接简单的排除某个字段了...从上图可以看出，此时对比列表元素的话，除非自己一个个去指定要排除哪个索引下的字段，不过这样当列表的数据比较多的时候，这样写起来就很不方便，代码可读性也很差，之前找到过一个用法，后来好久没用，有点忘了，今晚又去翻以前写过的代码记录...这里对比还遇到一个问题，等回头解决了再分享： 就这种值一样，类型不一样的，要想办法排除掉。要是小伙伴有好的方法，欢迎指导指导我。

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    因在缓存对象中增加字段，而导致Redis中取出缓存转化成Java对象时出现反序列化失败的问题

    背景描述 因为业务需求的需要，我们需要在原来项目中的一个DTO类中新增两个字段（我们项目使用的是dubbo架构，这个DTO在A项目/服务的domain包中，会被其他的项目如B、C、D引用到）。...但是这个DTO对象已经在Redis缓存中存在了，如果我们直接向类中增加字段而不做任何处理的话，那么查询操作查出来的缓存对象就会报反序列化失败的错误，从而影响正常的业务流程，那么来看一下我的解决方案吧。...那么DTO所在的A项目发到预发布之后，会启动一个后台定时任务把最新的DTO对象刷新到缓存中去，但是除了这个工程以外的其他依赖服务如果没有发的话，那么他们jar包里面的domain还是旧的DTO。...那么这个时候取出来的缓存（最新的DTO的缓存）就会有反序列化的错误，发包的延迟和预发布验证的时间都会导致线上反序列化失败，从而阻塞业务。...解决方案就是升级缓存的版本号（修改原来缓存DTO的Redis的Key值） 缓存key升级版本号，在其他未更新的应用中的缓存key已经在跑的jar包里面，他们的key是旧的，比如v1，那么v1对应的DTO

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    【C++】STL 算法 ③ ( 函数对象中存储状态 | 函数对象作为参数传递时值传递问题 | for_each 算法的 函数对象 参数是值传递 )

    文章目录 一、函数对象中存储状态 1、函数对象中存储状态简介 2、示例分析 二、函数对象作为参数传递时值传递问题 1、for_each 算法的 函数对象 参数是值传递 2、代码示例 - for_each...函数的 函数对象 参数在外部不保留状态 3、代码示例 - for_each 函数的 函数对象 返回值 一、函数对象中存储状态 1、函数对象中存储状态简介 在 C++ 语言中 , 函数对象 / 仿函数...传入 循环算法 中 , 每次遍历 vector 容器中的元素时 , 都会调用 该 函数对象 , 同时 每次调用 时 , 函数对象中的 n 值都会自增 1 ; // 向 foreach 循环中传入函数对象...二、函数对象作为参数传递时值传递问题 1、for_each 算法的 函数对象 参数是值传递 下面开始分析 for_each 函数中 函数对象 作为参数的 具体细节 ; for_each 算法的调用代码如下..., 这个函数对象 保留了 内部 函数对象参数副本 的状态值 ; 2、代码示例 - for_each 函数的 函数对象 参数在外部不保留状态 如果 在 for_each 算法中 调用了 函数对象 , 函数对象中

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    理解java中反射，区别Class.forName（）,Class.forName().instance（） ,new，如果获取对象中的方法和字段「建议收藏」

    将原程序翻译成计算机语言的过程中，将.java翻译为.class文件的过程 什么是运行时？...反射就是可以将一个程序（类）在运行的时候获得该程序（类）的信息的机制，也就是获得在编译期不可能获得的类的信息，因为这些信息是保存在Class对象中的，而这个Class对象是在程序运行时动态加载的 它...就是可以在程序运行的时候动态装载类，查看类的信息，生成对象，或操作生成对象。...三种方式得到Class对象： 1．调用对象的getClass方法，返回该对象的Class对象。 2．Class.forName(“类的完整名字”);可以在类不确定的情况下实例化Class，最灵活。...—————————————————————————————————————————————————————————— 下面通过反射获取类中的方法、字段等属性： package test; import

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    《机器学习》-- 第十一章 特征选择与稀疏学习

    压缩感知 第十一章 特征选择与稀疏学习 对于数据集中的一个对象及组成对象的零件元素： 统计学家常称它们为观测（observation）和变量（variable）；数据库分析师则称其为记录（record...在机器学习中特征选择是一个重要的“数据预处理”（data preprocessing）过程，即试图从数据集的所有特征中挑选出与当前学习任务相关的特征子集，再利用数据子集来训练学习器；稀疏学习则是围绕着稀疏矩阵的优良性质...稀疏矩阵即矩阵的每一行/列中都包含了大量的零元素，且这些零元素没有出现在同一行/列（特征选择则考虑的是去除全为零的特征列），对于一个给定的稠密矩阵，若我们能通过某种方法找到其合适的稀疏表示(sparse...例如在文档分类任务中,通常将每个文档看作一个样本,每个字(词)作为一个特征,字(词)在文档中出现的频率或次数作为特征的取值;换言之，数据集 所对应的矩阵的每行是一个文档,每列是一个字(词),行、列交汇处就是某字...那么,这个矩阵有多少列呢?以汉语为例,《康熙字典》中有47035个汉字,这意味着该矩阵可有4万多列, 即便仅考虑《现代汉语常用字表》中的汉字,该矩阵也有3500列。

    2.2K10

    JAX 中文文档（十五）

    在此配置中运行时，网格应包含跨所有进程的设备。所有输入参数必须具有全局形状。fun仍将在网格中的所有设备上执行，包括来自其他进程的设备，并且将以全局视图处理跨多个进程展布的数据作为单个数组。...批量坐标（BCOO）稀疏矩阵 JAX 中目前主要的高级稀疏对象是 BCOO，或者 批量坐标 稀疏数组，它提供与 JAX 变换兼容的压缩存储格式，特别是 JIT（例如 jax.jit()）、批处理（例如...这组基元足以支持相对复杂的稀疏工作流程，如下一节所示。 示例：稀疏逻辑回归 作为更复杂稀疏工作流的示例，让我们考虑在 JAX 中实现的简单逻辑回归。...bcoo_sum_duplicates(mat[, nse]) 对 BCOO 数组中的重复索引求和，返回一个排序后的索引数组。 bcoo_todense(mat) 将批量稀疏矩阵转换为密集矩阵。...ndarray，包含稀疏矩阵中显式存储的数据。

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    电子表格实战锦囊:巧用稀疏数组是关键!

    前文中我们详细介绍过稀疏数组的那些事儿，以及在实际项目中，稀疏数组如何在前端电子表格中发挥出它最大的效果。而这次，我们将从实战应用出发，为大家介绍稀疏数组在前端中的具体应用。...我们都知道在Javascript中是通过Array()构造函数构件稀疏矩阵，或者通过数组，设定数组的索引长度大于当前数组长度的方式来创建稀疏矩阵。...JS中已经支持稀疏数组的存储，但在实际情况中，我们保存稀疏数组的保存并不是直接进行，而是会根据实际情况构建其他存储方式保存稀疏数组。想了解为什么要多此一举，这里就需要大家了解一个概念——数据持久化。...为了解决数据持久化，我们使用了JSON，但这时新的问题也随之出现，JSON存储中没有undefined。我们对数组进行操作的时候，数组中empty字段都会序列化为null，如下图所示。...例如在Spread JS中，对象属性名称对应所在单元格的行列，value属性保存单元格的值，同样可以拓展出formula和style等属性保存单元格公式和样式。

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    【数据结构】数组和字符串（四）：特殊矩阵的压缩存储：稀疏矩阵——三元组表

    4.2.1 矩阵的数组表示 【数据结构】数组和字符串（一）：矩阵的数组表示 4.2.2 特殊矩阵的压缩存储   矩阵是以按行优先次序将所有矩阵元素存放在一个一维数组中。...对称矩阵：指矩阵中的元素关于主对角线对称的矩阵。由于对称矩阵的非零元素有一定的规律，可以只存储其中一部分元素，从而减少存储空间。 稀疏矩阵：指大部分元素为零的矩阵。...Triple 结构体表示稀疏矩阵的非零元素，包含三个字段：row 表示行号，col 表示列号，value 表示元素的值。...TripletTable 结构体用于存储稀疏矩阵的数据，包含一个 data 数组用于存储非零元素的 Triple 结构体，以及 rows、cols 和 length 字段分别表示矩阵的行数、列数和非零元素的数量...： 创建一个与稀疏矩阵相同大小的二维数组 matrix，并将其所有元素初始化为 0； 遍历 data 数组中的非零元素，输出每个元素的行号、列号和值，并将相应位置的 matrix 数组元素更新为对应的值

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    稀疏数组如何帮助我们节省内存，提升性能

    什么是稀疏矩阵 稀疏矩阵是指矩阵中大部分元素为零的矩阵。在实际应用中，很多矩阵都是稀疏的，比如网络图、文本数据等。由于矩阵中存在大量的零元素，因此稀疏矩阵的存储和计算都具有一定的特殊性。...下面的矩阵就是一个典型的稀疏矩阵： 优化稀疏矩阵数据存储的方法 1.直接存储为二维矩阵 使用二维矩阵作为电子表格的存储方法具有简单直接的优点，可以避免频繁地创建或删除内存段。...具体来说，可以将需要查找的元素作为键，将存储这些元素的数据结构作为值，然后将它们存储在一个哈希表中。这样，当需要查找某个元素时，只需要使用该元素作为键，通过哈希表的查找操作即可快速找到对应的值。...字符串处理：在需要对字符串进行匹配、查找等操作的场景中，可以将字符串作为键，将相应的处理结果作为值，存储在一个键值对的数据结构中，可以大幅提高字符串处理的效率。...在构造函数中，我们传入矩阵的行数和列数，并创建了一个 HashMap 对象 matrix 来存储非零元素。

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    数据库中存媒体文件的字段用什么类型？一文带你了解二进制大对象BLOB

    在大数据环境中，BLOB 很常见，并且存储在关系或非关系数据库系统中，本文瑞哥带大家了解一下BLOB，让我们直接开始。什么是BLOB？...英文全称：Binary Large Object中文名称：二进制大对象Jim Starkey是 BLOB 的发明者，它于 1970 年代首次出现，描述的是一个二进制形式的大文件，一般可以是视频、音频或图像和图形文件...BLOB可以具有数 GB 大小的数字存储单元，它被压缩成单个文件，然后存储在数据库中。由于二进制数据只能被计算机读取，并且由数字0和1组成，因此通常需要打开相关程序。...BLOB在数据库中的使用二进制大对象由不同的数据库系统以不同的方式存储，数据库的结构通常不适合直接存储 BLOB。...我们来看下每个数据库系统存储大文件对象用的是什么字段：MySQL：BLOB，TINYBLOB（最大 64 KB）、MEDIUMBLOB（最大 16 MB）、LONGBLOB（最大 4 GB）PostgreSQL

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