结果在基因敲除中重复。
基因敲除是一种基因编辑技术，通过删除目标基因的DNA序列来研究该基因在生物体中的功能。在基因敲除中重复是指在多次实验中重复使用相同的敲除方法和目标基因，以验证实验结果的可靠性和重复性。
基因敲除的分类：
- 体细胞基因敲除：在体细胞中对目标基因进行敲除，主要用于研究基因功能和疾病模型的构建。
- 生殖细胞基因敲除：在生殖细胞中对目标基因进行敲除，通过繁殖后代来研究基因在整个生物体中的功能。
基因敲除的优势：
- 精确性：基因敲除技术可以精确地删除目标基因的DNA序列，避免了其他基因编辑技术可能引入的随机突变。
- 可靠性：通过多次重复实验，可以验证基因敲除的结果的可靠性和重复性。
- 研究功能：基因敲除可以帮助科学家们研究目标基因在生物体中的功能，揭示其对生物体发育、生理和疾病等方面的影响。
基因敲除的应用场景：
- 功能研究：通过敲除目标基因，研究其在生物体中的功能和作用机制。
- 疾病模型构建：通过敲除与某种疾病相关的基因，构建动物模型来研究疾病的发生机制和治疗方法。
- 药物筛选：通过敲除特定基因，筛选出对某种疾病具有治疗潜力的药物靶点。
腾讯云相关产品和产品介绍链接地址： 腾讯云提供了一系列与基因敲除相关的云计算产品和服务，包括：
- 人工智能平台（https://cloud.tencent.com/product/ai）
- 基因组学分析平台（https://cloud.tencent.com/product/ga）
- 生物信息学分析平台（https://cloud.tencent.com/product/bi）
- 数据库服务（https://cloud.tencent.com/product/cdb）
- 云服务器（https://cloud.tencent.com/product/cvm）
- 云存储（https://cloud.tencent.com/product/cos）
以上是基因敲除的概念、分类、优势、应用场景以及腾讯云相关产品和产品介绍链接地址的完善且全面的答案。
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1回答
敲除验证教程
、、
我正在使用knockout，现在我必须进行验证，以便
我选择knockout-validation。但据我在谷歌上搜索，
我没有找到任何教程，我可以说这是好的
事实上，问题是knockout-validation的并不是很好。
我在基因敲除验证中面临很多问题，比如
Implementing conditional validation etc etc.
任何机构都有链接到一个好的教程。
谢谢
浏览 1提问于2013-06-12得票数 2
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我是R的初学者。我有一个tibble data.frame:它是一个包含EntrezgeneID、GeneSymbol、基因描述和ENSG_ID的基因列表。我想删除与唯一ENSG ID相关的基因重复项。例如，在我的数据框中发现AKRC1与2个ENSG ID重复，其中包括一个与基因AKRC2相同的ID。
初始文件
我试着删除重复的，但问题是我用相同的ENSG ID保存了AKRC1 & AKRC2。这是使用的代码：
#确定非重复基因的索引
non_duplicated_idx <- which(duplicated(annotation1$GeneSymbol_v85) =
浏览 49提问于2021-05-21得票数 0
我正在尝试将一个重复的对象映射到一个环形结的路径上，有人熟悉这个过程吗？
我知道如何使用“路径约束”和“快照”沿路径映射对象，但我似乎不知道如何使用像圆环结这样的基元来实现这一点。
浏览 2提问于2015-01-29得票数 0
我怀疑这是一个重复的问题，但我已经搜索了一段时间，似乎没有正确的措辞找到这个问题的答案。对不起，如果这是一个重复提前！
我试图打印以下信息，从我正在读取的文件一行一行。
基因-1基因-2基因0* gene1 gene2
*在代码中称为ncRNA基因
我已经得到了gene0，gene1，gene2，但是我很难弄清楚如何缓冲基因-1和基因-2，直到满足条件基因0 (data2 = ncRNA)。
换句话说，我需要从前面的行中获得可变信息，但只有在满足当前行中的条件时才需要变量信息。我在下面的注释部分中考虑过这个问题，但似乎必须有更好的方法(这将是一个嵌套的混乱)。我正在查看的文件是一个gff文件。
浏览 1提问于2014-12-05得票数 0
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我有描述基因的数据，我有重复的基因。对于那些有重复信息的人，我想压缩信息，这样信息就不会丢失，所有重复的基因信息都会合并到一行中。我见过类似的问题(如)，但这是在选择最大的重复数，没有发现通常将重复信息保留在一行中的问题。
例如，我有这样的数据：
gene pvalue info
ACE 0.7 benign
ACE 0.001 pathogenic
ACE 0.5 benign
BRCA 0.01 benign
NOS 0.2 benign
NOS 0.003 pathogenic
NOS 0
浏览 0提问于2020-01-17得票数 1
我有一个~2000 GI号码的集合，我需要映射到HGNC (又名HUGO)基因名。
将来，作为数据分析管道的一部分，我将不得不重复进行类似的映射，所以我希望以编程的方式进行这种映射(而不是通过在一些交互工具的界面上切割和粘贴2KGI数字)。
此外，我不得不只使用自由软件。我最熟悉Python和Perl，尽管我可以使用R和Java，最后也可以使用其他任何东西(Ruby、MATLAB、Tcl等)。
(这个员额的其余部分对这个问题并不重要。在其中，我提供了额外的背景信息，FWIW。到最后，它变得越来越技术性；这些内容只对熟悉NCBI的eutils接口的人有意义。)
一种可能是从网页中为每个GI编号
浏览 4提问于2013-08-12得票数 0
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两个表之间的高级数据匹配
、、、
我是R的新手，我需要关于处理这个问题的建议：
我有两张桌子。表的开头如下所示：
表1：
SNP Gene Pval Best_SNP Best_Pval
rs2932538 ENSG00000007341 5.6007
rs10488631 ENSG00000064419 7.7461
rs12537284 ENSG00000064419 4.5544
rs3764650 ENSG00000064666 12.3401
rs10479002 ENSG00000072682 5.0141
rs6704644 ENSG000000
浏览 3提问于2013-07-01得票数 0
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我有一个文本文件，下面显示了文件内容的示例：
1234一个新的同源结构域编码基因与一个大的CpG岛有关，该岛被肌营养不良不稳定(CTG)n重复序列所打断。肌营养不良(DM)与蛋白激酶编码基因DMPK的( CTG )n三核苷酸重复扩增有关，该基因位于19q13染色体上。3.这种基因在病人组织中表达的特征，迄今产生了关于DMPK mRNA稳态水平的变化和在存在扩张时的最终DMPK蛋白水平的相互矛盾的数据。19号染色体的DM区基因丰富，重复扩增可能导致附近多个转录单元功能障碍，可能是染色质断裂的结果。我们已经在DMPK的3端寻找与CpG岛相关的基因。该区域的序列显示，该岛屿延伸超过3个。5kb，被(
浏览 0提问于2013-11-07得票数 0
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挑战
每个人都喜欢遗传学，对吧？在这个挑战中，你将被给予两个父母的基因型。你必须找到每一个可能的基因型，一个孩子生产的父母。你必须考虑显性和隐性等位基因以及不完全显性和共显性。
为父母提供的一个例子可以是：
R'RxRr
父母一方(左侧)有一个不完全显性的R等位基因和一个显性的R等位基因。父母二人(右边)有一个显性R等位基因和一个隐性等位基因。
每个父级由x分隔，输入将不包含x等位基因。
一个不完全占优势的等位基因后面跟着一个撇号(')。共显性等位基因只是指多种不同类型的等位基因组合在一起(例如A和W)。
规则
最短代码获胜(以字节为单位)。
每种可能的基因型都必须用逗号从其
浏览 0提问于2016-03-31得票数 7
我有一个data.frame，它的开头如下：
gene snp pval best_snp best_pval
1 ENSG00000007341 rs2932538 5.6007 rs17030613 10.0542
2 ENSG00000064419 rs10488631 7.7461 rs4728142 24.6101
3 ENSG00000064419 rs12531711 7.7449 rs4728142 24.6101
4 ENSG00000064419 rs12537284 4.5544
浏览 0提问于2013-07-02得票数 0
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简介:我是一个生物信息学家。在我对所有人类基因(大约20000个)进行的分析中，我搜索了一个特定的短序列基序，以检查这个基序在每个基因中出现的次数。
基因是用四个字母(A，T，G，C)“写”成线性序列的。例如: CGTAGGGGGTTTAC...这是由四个字母组成的遗传密码，就像是每个细胞的秘密语言，它实际上是DNA存储信息的方式。
我怀疑某些基因中特定短基序序列(AGTGGAC)的频繁重复在细胞中特定的生化过程中是至关重要的。由于基序本身非常短，因此很难用计算工具来区分基因中真正的功能示例和那些偶然看起来相似的示例。为了避免这个问题，我得到了所有基因的序列，并连接成一个单独的字符串，然后进行
浏览 213提问于2011-07-08得票数 23
1回答
我有一个函数，为每个样本生成一个基因名称列表。我想保存这个列表并在其他时间重复使用它。但是，在将文件转储到泡菜文件中时，我喜欢先读取泡菜文件，并且只选择转储不存在于泡菜文件中的基因。我不希望我的泡菜文件包含重复的基因列表，因为一直以来，它将创建一个巨大的泡菜文件。
例如：
如果我的腌制文件已经包含了以下基因：“a”、“ab”、“ac”以及我新创建的列表：
unique_genes_list = ["a", "ab", "ac", "ad"]
然后我只想把‘广告’扔到泡菜上。有什么好办法吗？
谢谢
浏览 4提问于2015-11-04得票数 0
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在使用MySQL中运行良好的以下代码执行计数步骤之后，我希望计算总体平均值：
mysql> SELECT name2, COUNT(name2) FROM refGene GROUP BY name 2;
name2是一个数据库列的可变名称，其中包含人类基因的名称，它通常具有重复值(因此，为了发现数据库中存在的重复par基因的次数，已经执行了计数(通过上述代码))，但在此之后，我想获得所有基因的总体平均值，而不是每个基因的平均值。
例如，
name2
COX2
COX2
BCL
BAX
BRO
BCL
因此，COX2的计数为2，BCL为2，BAX为1，BRO为1。所有这些值之和为6(示例
浏览 0提问于2018-05-14得票数 2
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我有一个人口的遗传算法。
在我运行这个基因并得到每个基因的结果之后，我对这些基因做一些加权乘法(这样排名越好的基因就能得到最多的倍数)。
我得到x*2或x*2+(x*100/10)基因。这10%是随机的新基因，它可能触发，也可能不触发，取决于突变率。
问题是，我不知道怎样才能使人口再次减少到X。
如果基因是一个列表，我应该只使用list
在交叉基因时，什么是常见的做法？
编辑：
我的遗传算法的例子，人口为100；
对健身功能中的100个基因进行运行，得到结果。现有人口: 100人
添加10%的随机基因。现有人口: 110人
重复前10%的基因。现有人口: 121人
去除10%最
浏览 0提问于2014-06-22得票数 0
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我有一个数据框架，希望删除名为"sample“的列上的重复项，并将基因和状态列中的字符串信息添加到新列中，如所附的图片所示。
提前谢谢你
下面是数据frame.where基因的修改版本，行中用实际的基因名代替。
浏览 0提问于2019-03-05得票数 3
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我有一个Excel工作簿，用来测量血液和肺部的基因表达。目前，表格的格式是每行代表一个不同的基因，前31列代表血液中该基因的水平，后31列代表肺部该基因的水平。我需要让血液水平是一列，肺是另一列，基因标签在左边，每个标签之间有30个空格。然而，我不能使用转置功能，因为我有22,000个不同的基因(因此22,000个不同的数据集)。任何帮助重新组织这篇文章的人都将不胜感激！
浏览 0提问于2015-01-13得票数 0
3回答
用R删除反向重复
、、
我在R中有一个数据框架，其中包含拟南芥中类似基因的基因ids，如下所示：
gene_x gene_y
AT1 AT2
AT3 AT4
AT1 AT2
AT1 AT3
AT2 AT1
与基因名称对应的“ATx”。
现在，对于下游分析，我只想继续使用唯一的对。有些对只是简单的重复，在使用duplicated()函数时可以很容易地删除。然而，上面人工数据帧中的第五行也是重复的，但顺序相反，不会被duplicated()或unique()函数捕获。
对如何删除这些行有什么想法吗？
浏览 1提问于2014-03-31得票数 13
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因此，我正在编写一个脚本来比较数据，我需要将收集到的数据关联起来。DataFrame由一列基因组成，并与其他基因进行比较以获得重复基因。我需要有相同重复基因的基因的相关性。
示例数据：Index Gene Duplicate of Value1 Value2 Value3 Etc. 0 Gene1 DGene1 0.1 14 13 .. 1 Gene14 DGene1 0 13 17 .. 2 Gene4 DGene3 20 0
浏览 5提问于2016-01-28得票数 1
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我对比较陌生，但我有，它可以验证。但我希望有一组大约5个观察点，并验证这一组。它意味着某种类型的向导，并在每个步骤中验证该步骤中的观察值。
我读过关于validatedObservable的文章，但是我是否必须在viewmodel之外为它创建一个变量，然后在视图模型中引用可观察对象？我发现很难理解分组和用基因敲除验证进行验证。
下面是我的JS代码：
function ovm() {
var self = this;
this.delStreet = ko.observable("").extend( {required: true} );
this.de
浏览 0提问于2013-05-30得票数 1
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2回答
我已经创建了一个dataframe df_list列表，每个列表都是一个18x4dataframe。数据的第一列是18次重复的基因名称，其余的三列是基因的信息。每种数据都描述不同的基因。
现在，我想在方框图上迭代dataframe列表(即基因列表及其各自的信息)，以获得每个基因的图表；但是，我不知道如何处理iterate的标题如下：
以下是我简化的盒图函数：
box <- function(df){
df %>%
ggplot(df, aes(x = df[,4], y = df[,2])) +
geom_boxplot() +
ggtitle(g)
浏览 1提问于2021-09-09得票数 0
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我正在修第四年的生物信息学课程。在目前的任务中，教授给了我们一个gff文件，其中包含了人类基因组中所有的miRNA基因，注释为基因-MIR。我们应该使用grep，以及正则表达式和其他命令行工具来生成人类基因组中唯一的miRNA名称列表。这看上去相当直截了当，我知道如何做到这一点。但我在整理文件和删除重复行时遇到了困难。我们应该在一个命令行中这样做，但我在这样做时遇到了困难。
这是一个grep命令，用于生成一个基因-和平号列表：
grep -Eo "(\gene-MIR)\d*\w*" file.gff
但这只会产生一个包含多个重复的庞大列表。所以我试着：
grep -Eo &#
浏览 1提问于2021-09-25得票数 2
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1回答
我有一个表达矩阵，也就是一个包含一些基因在不同人类样本中表达水平的矩阵，还有一些样本是重复的，所以我需要将这些重复中的表达组合起来，并计算出中位数。我将样本的名称作为行，在每一列中我有一个基因的表达。(我有大约200,000个基因，所以大约有200,000列)。第一列如下所示：
Adipocyte - breast, donor1
Adipocyte - breast, donor2
Adipocyte - omental, donor1
Adipocyte - omental, donor2
Adipocyte - omental, donor3
Alveolar Epithelial Ce
浏览 0提问于2015-12-13得票数 0
1回答
我有一个包含576个感兴趣的基因及其指定的功能类别的生物学数据库。我还为我正在工作的物种的基因组中的所有基因分配了功能类别。这允许我建立一个加权的，随机的绘图，我可以从基因组中挑选576个基因/功能分配，并查看各种功能类别的分布情况。我已经重复了100万次，这似乎有点过头了；然而，对于我的一个类别，我目前无法模拟像我在感兴趣的基因中那样的极端值。 为了提供上下文，功能类别(让我们使用"A")代表了14%的基因组和28%的感兴趣的基因。我模拟的最高值是A类的22.92%，97.5%的置信区间是17.19%。当我根据经验计算p值时，这给我带来了麻烦，即(为A模拟的值的数量超过了感
浏览 13提问于2019-05-25得票数 0
3回答
我有许多数据文件，其中每一列代表一个唯一的样本，每一行对应一个基因名称。下面是我的一个较小文件的示例：
MAPK3 9.49707613464767 9.34083460789419 9.12918870414545
TIE1 5.12900020712651 5.15008091018047 5.15008091018047
CYP2C19 3.80757247946463 3.80757247946463 3.87721584865861
CXCR5 6.40745840005515 6.40745840005515 6.40745840005515
CXCR5 6.0476392
浏览 1提问于2016-05-11得票数 1
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2回答
我在SQL上的桌子上有个问题。我有两个表：table 1 (8000 lines)由一列组成，其中一列只包含唯一的基因id's (ex. HxC4233)，table 2 (20000 lines)由两列组成，其中包含类似于表1的基因id，但是有一些重复的(所以不是唯一的)具有相应基因长度的列。问题是，一些相同的基因有不同的异构体(ex. HxC4233_i1, HxC4233_i2)，具有不同的长度，但我已经削减了我的基因id在这两栏中，只显示(HxC4233)。
我想要创建一个查询，由表一中所有唯一的基因ids和表二中相应的基因长度组成。但我只希望拥有独特的基因长度，而不是所有的基
浏览 2提问于2020-11-30得票数 0
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1回答
我在/ api /pin上有一个api端点，它返回以下JSON：
{
"num_results": 4,
"objects": [
{
"id": 1,
"image": "http://placekitten.com/200/200/?image=9",
"title": "Test"
},
{
"id": 2,
"image": "http://pl
浏览 1提问于2015-02-15得票数 0
1回答
我有一个Rna-seq数据集(rows=samples，columns=genes)，它具有聚类功能.这些基因被分类为n个簇，其中属于0簇的基因是非聚类基因。这些聚类又回到聚类中，我们又得到了n个标记数的簇，其中0又是非聚类基因。这一过程一直进行到没有进一步的基因被分类为第0组。我需要循环进入这个过程，以便在每次迭代时返回最终的聚类结果以及属于群集0的基因的合并。我知道这可以用时间或重复来完成。我试过使用重复，但没有工作，问题是，我没有真正清楚如何正确设置这一点。
#define my dataset
dat<-my_dataset
repeat{
#run the cluster
浏览 4提问于2020-05-06得票数 0
我正在尝试从RNAseq结果摘要文件中提取几个基因集的数据： ? 示例基因列表： ? 我正在使用Excel首先突出显示重复的基因，对摘要文件进行排序，然后复制所需的数据。这是耗时的，Excel在排序时总是“冻结”，特别是对于大的基因列表。 我想知道R能不能做得更好。如果R可以是一个更好的解决方案，有人能提供代码吗？
浏览 24提问于2020-06-12得票数 0
我尝试使用Awk来做以下事情:我有一个很大的txt文件，第一列是基因的名称，每一列都有不同的值，本质上是数字。现在，我有了一个包含要修改的基因(不是所有基因，只是一个子集)列表的文件。 最初，我只是使用我在论坛中找到的东西删除了一些行 awk -F '\t' ' FILENAME=="gene_list" {arr[$1]; next} # create an array without values
!($1 in arr)' gene_list original_file.txt > modified_file.t
浏览 23提问于2021-09-09得票数 1
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2回答
在基因组学研究中，经常会有许多重复基因名称的字符串。我想找到一种有效的方法，只将唯一的基因名称保存在字符串中。这是一个有效的示例。但是，有没有可能在一个步骤中做到这一点，也就是说，不必拆分整个字符串，然后必须将唯一的元素放在一起？
genes <- c("GSTP1;GSTP1;APC")
a <- unlist(strsplit(genes, ";"))
paste(unique(a), collapse=";")
[1] "GSTP1;APC"
浏览 1提问于2016-07-06得票数 0
2回答
我有两张表，每张表的开头如下：
表1:所有SNPs
SNp Gene
rs1798922 ENSG00000167634
rs4677723 ENSG00000167634
rs1609823 ENSG00000104450
rs11597390 ENSG00000104643
rs7824557 ENSG00000104643
rs1371867 ENSG00000104450
表2:每个基因的最佳单核苷酸多态性
SNP Gene
rs1371867 ENSG00000104450
rs7824557 ENSG
浏览 2提问于2013-06-27得票数 0
3回答
你能再帮我一次吗？ 我有一个包含4列的数据框，它们要么是基因符号，要么是我为基因符号分配的排名，如下所示： mb_rank mb_gene ts_rank ts_gene
[1] 1 BIRCA 1 MYCN
[2] 2 MYCN 2 MOB4
[3] 3 ATXN1 3 ABHD17C
[4] 4 ABHD17C 4 AEBP2
5 etc... for up to 6000 rows in some data sets.
the
浏览 20提问于2020-04-16得票数 0
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我有一个跟踪基因的Gene类。Gene有一种计算两个基因之间距离的方法。有什么理由让它成为静态的吗？
哪种更好些呢？
public static int geneDistance(Gene g0, Gene g1)
或
public int geneDistance(Gene other)
支持/反对将其设置为静态的论点？我理解成员是静态的意味着什么，我只是对它对最大程度的清洁/效率/等等的影响感兴趣。
我重复相同的模式，返回两个基因的修剪版本，查找基因之间的匹配，查找动物之间的匹配(包含基因集合)，等等。
浏览 12提问于2009-10-25得票数 33
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循环只打印唯一的字典项。
、、、
我已经将从文件中读取的字符串定义为
str = """foo\t1039|1736|t3958\n
frombric\t1039\n
bonn\t\n"""
我想要这样输出：
1039\tfoo
1736\tfoo
3958\tfoo
注意，重复基因(1039)只输出一次，与第一次发生的描述相关联。还请注意，可能没有与描述符相关的数字(基因)(本例中为波恩)。
我的方法是将这些基因作为字符串列表冗余地添加到字典中，同时维护一组基因，我最终使用这些基因来提取for循环中每个键的基因。在我看来，下面的代码必须只输出唯一的基因，因为最终的for循环会在
浏览 2提问于2014-10-07得票数 0
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我使用JGAP作为api来设置我的GA应用程序。在我的染色体中，有时会有重复的整数值被设置为等位基因。我正在使用基本的随机生成器从期望的范围中获取随机值。我想避免基因在染色体中是相同的整数。你知道我该怎么解决这个问题吗？
浏览 1提问于2013-10-31得票数 2
2回答
我在R中有一个数据框架，由两列组成：“基因”和“表达”。对于某些基因，它有重复的行，但是这些重复的条目有不同的表达值。我想压缩重复的行，这样每一个基因只有一行，并且这一行具有最大的“绝对”表达式值。例如，见下文：
对于这个数据框架..。
df <- data.frame(Gene=c("AKT","MYC","MYC","RAS","RAS","RAS","TP53"),
Expression=c(3,2,6,1,-4,-1,-3))
G
浏览 1提问于2015-03-13得票数 1
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1回答
有n个交叉点的素数
、、、、
素结是：
一个非平凡的结，不能写成两个非平凡结的结和。
结和的解释:将两个节点相邻，
📷
..。然后在两条线之间画两条线，在两条线上各画一条，然后移除你刚才画的两条线之间的部分。这两个结的组合将形成一个新的非素数结.
📷
以下是所有有7个或更少交叉点的质数结(未结不是素数)：
📷
您需要输出给定数目的交叉口的唯一素数结的数目。
1 0
2 0
3 1
4 1
5 2
6 3
7 7
8 21
9 49
10 165
11 552
12 2176
13 9988
14 46972
15 253293
16 1388705
我不认为输入大于16的值
浏览 0提问于2016-12-19得票数 9
耽误您时间，实在对不起!
我的数据框架很简单。两列:第一列有基因型(1-39)，第二列有性状值(数值，连续)。我想选择8个基因型，并计算相关性状值的平均值和stdev值。
最后，我想对8种基因型进行10,000次的抽样，而对于每一个样本，我希望得到相关性状值的stdev和平均值。理想的情况是，在矩阵中，每一行代表一个样本，每种基因型代表8列，对于stdev和与这些基因型关联的特征值的平均值，有两个最终列。这也可能是另一种方式。
如何从数据框架中的两个不同列中进行采样，以便在新示例中显示这两个值？即基因型和性状值的平均值和stdev计算的，如何像我前面描述的那样将这个样本放入一个矩阵？，如何重复
浏览 1提问于2012-06-05得票数 1
我在我的代码中使用JGAP，我想像这样评估染色体：
Evaluation 0:
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Evaluation 1:
3 5 2 1 4 6 7 8 9
到目前为止，我得到的是带有重复等位基因的染色体，就像这样：
Evaluation 1:
3 3 5 6 7 8 9 9 1
有没有什么配置可以用来获得具有非重复等位基因的染色体？
浏览 0提问于2012-06-15得票数 0
1回答
我有一个数据集，它是一个大的字符向量(1,024,459个元素)，由基因ID组成。看上去：
> length(allres)
[1] 1024459
>allres[1:10]
[1] "1" "1" "1" "1" "1" "1" "1" "10" "10" "100"
每个基因ID被重复的次数是在RNA seq运行时看到的(因此，这里有7条读取基因"1"，2条读取基
浏览 4提问于2014-12-22得票数 2
回答已采纳
我似乎想不出如何在DEAP中拥有可变长度的基因组。
我已经浏览了DEAP文档，没有发现与可变长度基因组相关的任何东西。
浏览 0提问于2019-08-15得票数 1
4回答
因此，我有几个文件，如下所示：
snpID Gene
rs1 ABC1
rs2 ABC1
rs3 ABC25
rs4 PT4
rs5 MTND24
在不同的文件中会有其他的snpID和基因对，但对于给定的snpID可能会有重复，但相关的相应“基因”可能不同。例如：
snpID Gene
rs100 URX1
rs95 KL4
rs1 ABC1
rs2 ABC1-MHT5
rs3 ABC25
rs4 PT4-FIL42
我想要做的是附加文件的所有内容，如果它们具有相同的snpID和基因对，则删除重复项。然而，如果snpID的对应基因不同，那么对于上面的示例，它必须放在同
浏览 0提问于2013-01-02得票数 2
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我是R和编码的新手，所以这可能是一个非常明显的答案！
我有一个数据集，其中包含数以千计的基因探针的四个水母重复的log2值，对应于各种基因(如图所示)。但是，对于每个重复，我希望获得每个基因的平均表达。有什么办法可以做到这一点吗？
这是我的数据框的顶部：
s_MC13_B1_Cd.Ni s_MC13_B2_Cd.Ni s_MC13_B3_Cd.Ni s_MC13_B4_Cd.Ni
[1,] "3.32737034165695" "3.30082063716602" "3.35288781669471"
"
浏览 5提问于2018-01-19得票数 0
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我有一个R数据，看起来是这样的：
Gene Symbol Prom 1 Prom 2 Prom 3
1 Gm16088 // Gm16088 7.168819 7.410547 7.634662
2 Gm26206 7.006416 6.824151 6.941721
3 Gm1992 // Gm1992 6.750240 6.591182 6.479798
4 Gm10568 4.390371 4.496734 4.672061
5
浏览 4提问于2016-07-05得票数 2
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我用seqinr包读取了一个包含一些基因的fasta文件。现在，每个基因都有属性，它们给了我这样一行：
> getAnnot(g[1])
">Translation:ENSANGP00000020176 Database:core Gene:ENSANGG00000017687 Clone:AAAB01008888 Contig:AAAB01008888_84 Chr:2R Basepair:42989807 Status:known"
我想得到的结果是基因:ENSANGG00000017687
谢谢，这是我的代码
##rm(list=ls())
library(
浏览 0提问于2014-07-09得票数 0
我对r有一个问题，这是我真实数据集的快照：
我想要创建一个变量，该变量从我所拥有的基因列表中指示是否至少有一个基因存在于我的数据集的D列中(如果它是there=1，如果是not=0)。
一个让我感兴趣的基因列表的-an例子:基因<-c(“Gene1~c_2_
我的数据集中的D列匹配一个变量，该变量指示每个个体中存在的基因(每一行中有一组基因，由,分隔)。
在我真实的数据集中，D列中的基因是用,分离的
我可以使用哪种功能？
浏览 3提问于2016-01-28得票数 0
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我想根据我在尝试识别多个数据帧中的交叉值时遇到的问题寻求建议，但在我看来，这有点复杂，我不知道如何使用普通的交集函数来做到这一点。 我有几个数据帧(最多12个)，其中有多个列，显示了基因随时间的变化(例如5个时间点)以及其他基因如何与这种变化相关(即，其他基因也以与数据中其他基因相关的方式下降或上升)。该分析一次提取每个基因，使用该基因作为参考，并针对每个单独的基因进行测试，以查看这些基因随时间的变化模式是否与第一个参考基因相关。这对每个单独的基因都是重复的。因此，以一个数据帧为例，结果如下所示。 第一列包含用作参考基因的基因，如果其他基因与该基因随时间的变化相关，则该值可能会多次出现。例如
浏览 16提问于2019-01-27得票数 0
我正在尝试使用BioMart来计算人类蛋白质编码基因的小鼠同源物的平行序列的数量。但例如，在“PLIN4”基因中，它计算的是35,000个类似物，而不是4个。
我们认为这是因为一些基因有一对多的类似物，这会导致重复。当我运行单个基因时，它会给我返回正确的副词数量。有没有一种方法可以从结果中删除这些重复，或者有一种方法可以绕过它，这样BioMart就不会输出这些重复。
我也想过，也许一次运行一个基因，然后通过建立某种循环来计算它，这样它就会自动计算列表中的所有基因。
到目前为止，我编写的代码是：
# Load the biomaRt package:
library(biomaRt)
ense
浏览 8提问于2018-01-27得票数 2
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我有一个数据帧
gene_symbols<- c ('ABL1', 'ABL1', 'Abl2', 'Accn1', 'Accn1')
Result_value<- c (1, 4, 5, 5, 2)
df<-data.frame(gene_symbols, Result_value)
在这个gene_symbols的数据框架中有重复，但它是人类和老鼠基因的混合体。
我还有第二个dataframe用作条件查找或字典
humanGene<-c('ABL1', '
浏览 56提问于2021-05-14得票数 0
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我试图使用q = bins._get_value(gene, 'quantile')从一个数据文件中获得一个值，但是有时我的基因值在回收箱的索引中不存在，并且我得到了一个关键错误。在基因不存在的情况下，我基本上不想做任何事情。如果基因确实存在，那么我想做以下几点：
def get_bins(gene, bins)
q = bins._get_value(gene, 'quantile')
df = bins[bins['quantile'] == q]
df = df.drop(index=gene)
return
浏览 9提问于2022-11-13得票数 0
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