今天学习一篇高分杂志中的复杂热图绘制，文献标题为：《KRAS mutant rectal cancer cells interact with surrounding fibroblasts to deplete...the extracellular matrix》，于 2021 年 10 月发表在 Mol Oncol 杂志上： 复杂热图介绍 这幅图展示了 两分组（KRAS-mt vs KRAS-wt）差异分析结果中...数据背景 这幅热图对应的数据在 GEO 中：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...(gse_number, dat, group_list, pd, file = 'step1_output.Rdata') 2、读取样本临床信息 使用 excel 读取进来，并进行一些预处理，如 连续值的...，可以 留言区给出你的图片来源，我们尽可能的复现出来，学会更多的高颜值绘图技巧！
连续值和缺省值的处理 ---- 决策树模型 决策树基于“树”结构进行决策 每个“内部结点”对应于某个属性上的“测试” 每个分支对应于该测试的一种可能结果(即该属 性的某个取值) 每个“叶结点”对应于一个...(image-43a3a6-1530459814769)] 1.1 连续值处理 如果数据中有连续值，如何处理? [图片上传失败......(image-58d933-1530459814769)] 基本思路: 连续属性离散化 常见做法: 二分法 (bi-partition) n个属性值可形成(n-1)个候选划分 把候选划分值当做离散属性处理...会造成数据的极大浪费 如果使用带缺失值的样例，需解决几个问题: 基本思路: 样本赋权，权重划分 分辨西瓜的例子 仅通过无缺失值的样例来判 断划分属性的优劣 有缺失值的西瓜数据集 [图片上传失败......(image-4e3b3e-1530459814769)] 好处: 改善可理解性 进一步提升泛化能力 要点总结 ---- 连续值处理 二分思路 n 个属性值可形成 n-1 个候选划分，当做离散值来处理
1.0689431 # 5 5.0 1 5 1.0792841 # 6 5.4 1 6 0.9182002 #1.1 横向云雨图绘制...轴坐标在绘图数据中为1和2] labs(x = "Species", y = "Sepal.Length") + theme_classic() p1 #1.2 纵向云雨图绘制：在上面的基础上进行了翻转操作...limits = c(0.8, 3)) + labs(x = "Species", y = "Sepal.Length") + theme_classic() p2 #1.3 配对云雨图绘制...(0.5, 3)) + # labs(x = "Species", y = "Sepal.Length") + # theme_classic() # p4 #2.1 双刻度重复配对云雨图绘制...limits = c(0, 3)) + labs(x = "Time", y = "Length") + theme_classic() p5 #2.2 四刻度重复配对云雨图绘制
（1）计算韦恩venn图交集的P值 #======================================================= #=======================...计算韦恩图P值的代码为 > phyper(inter-1, a, 20000-a, b, lower.tail = F) [1] 2.098632e-06 可以看到P值小于0.05，因此该overlap...的基因不是随机生成的，是可以被接纳的。...计算venn图P值的具体资料大家可以检索：超几何分布检验（hypergeometric test）与费歇尔精确检验（fisher's exact test）； Statistical significance...（2）绘制韦恩venn图 categrory1 <- c("DEG", "PRG") lty1 <- rep("blank", 2) fill1 <- c("light blue", "pink"
::install_github("xjsun1221/tinyarray") 1.带有侧边密度图的相关性点图呀 没错就是上次刚自己搓的代码，太长了，有点常用，写成函数方便用呀(ggstatplot...最新版本报错，旧版本又各种套娃) corscatterplot(iris,"Sepal.Length","Sepal.Width") 可以看帮助文档自行指定密度图的颜色，趋势线的颜色，支持ggscatter...corscatterplot(iris,"Sepal.Length","Sepal.Width",size = 0.5) image.png 侧边栏也可变成条形图 corscatterplot(iris...,"Sepal.Length","Sepal.Width",type = "histogram") image.png 2.相关性热图 同样是因为出镜率高，代码太长。。。...受示例数据限制，没有太多的发挥空间，放两个用它搞成的图： 横坐标斜着是横坐标数量多时自动的O(∩_∩)O
FREQUENCY函数是一个较难掌握的Excel工作表函数，这篇文章收集整理了一组运用FREQUENCY函数的公式，用来统计不同值、唯一值和连续值的数量，希望能够帮助有兴趣的朋友更进一步熟悉掌握FREQUENCY...文本和/或数值 如果想要在包含文本值的数据中获得不同值的数量，那么就会变得更加复杂，因为FREQUENCY函数会忽略文本值。...接下来，公式的ROW(B4:B12)-ROW(B4)+1部分返回一个连续整数数组，例如{1;2;3;4;5;6;7;8;9}。...仅数值 如下图3所示，想要获得单元格区域B4:B12中的唯一值的数量。 ? 图3 很显然，列表中唯一出现1次的数值是3和7，即有2个数值。...文本和/或数值 如下图4所示，想要获得单元格区域B4:B12中的唯一值的数量。 ? 图4 很显然，列表中唯一出现1次的数值是1、2、e和b，共4个。
前面在 所有的肿瘤都有恶性增殖的特性吗，我们发现了绝大部分癌症都有MKI67和TOP2A这样的细胞增殖通路相关基因的高表达，最后的gsea分析结果里面展示的通路包括： 2.4 Replication and...es值在可视化，所以是行是通路，列是癌症的，数值是gsea的es打分的矩阵。...对初学者来说， 跳过了大量细节，所以跟这个教程会比较吃力，有粉丝就提问了希望可以对这些通路在在具体的癌症里面细化展示，比如绘制gsea图，热图和火山图。...gsub('/','-',up_kegg$Description[i]), '.pdf')) }) 然后 批量针对每个通路绘制火山图...，把每个通路里面的基因列表标记在火山图里面，这个时候仍然是分成两步走，首先绘制一个火山图 (不同的包做差异分析得到的矩阵列名不一样，下面是DEseq2的结果举例哦 )： ## for volcano
统计满足条件的不同值 如下图5所示，想要得到与列A中字母b相对应的列B中的不同值的数量。 ? 图5 很显然，对应于字母b的不同值为2、aa和3，共3个。...统计满足条件的唯一值 这个示例与上例相似，只是统计与字母b相对应的唯一值的数量。 ? 图6 很显然，与字母b相对应的行中仅2、aa和3出现1次，因此共有3个唯一值。...文本和/或数值 如下图10所示，“1”、“2”、“e”和“b”仅出现了1次，因此出现次数最小值是1。 ?...1;2;0;1;0;1;2;0;0},{1;1;2;0;1;0;1;2;0;0})) 即： =MIN({1;1;2;FALSE;1;FALSE;1;2;FALSE;FALSE}) 得到结果： 1 所给值最大连续出现的次数...如下图11所示，想要计算给定值1在列表中连续出现的最大次数。
思路： 这题目应该是最基础的动态规划的题目：最大子数组的和一定是由当前元素和之前最大连续子数组的和叠加在一起形成的，因此需要遍历n个元素，看看当前元素和其之前的最大连续子数组的和能够创造新的最大值。...我们只要找出前面的一个元素的最大连续子数组值即可，而前面一个元素和他前面的元素如果形成的最大数组是负的，我们还不如用自己一人一个队伍呢，如果前面形成的数组是正的我们可以加入队伍。
今天小编向大家介绍一下使用gapmap和dendsort包生成带间隙的热图绘制方法及效果。...gapmap在树状图和热图的可视化中都引入了间隙，以指数方式将两个节点的距离（不相似）映射到间隙大小的比例。...install.packages("dendsort") library(dendsort) 1.绘制排序后的热图 gapmap(m = as.matrix(dataTable), d_row...gap_dendrogram 是ggplot2绘制空白树状图的方法，输入数据类型为gapdata class，由gap_data()生成 row_data <- gap_data(d= dendsort...小编总结： R语言中绘制聚类热图的方法有很多，比如pheatmap、heatmap还有我们今天介绍的gapmap等，小伙伴们可以比较优势，选择适合自己作图的R包哦~
介绍下绘制火山图和热图的方法，如何在火山图或者热图中标记特定的基因，顺便学习下EnhancedVolcano包绘制火山图。...前面已经介绍了单基因富集分析：单基因富集分析 数据准备 使用TCGA黑色素瘤的转录组数据，使用easyTCGA，1行代码下载，即可得到6种表达矩阵和临床信息，而且是官网最新的数据： library(easyTCGA...绘制火山图需要差异分析的结果，我们再增加一列信息展示这个基因是上调、下调还是没意义。...legend.background = element_blank() ) plot of chunk unnamed-chunk-7 EnhancedVolcano 一个专门用于绘制火山图的...首先是准备热图需要的数据，其实就是表达矩阵的可视化而已。
大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...@size顶部高度这里的高度主要的值是eg:unit(8, "cm") bottom_annotation =new("HeatmapAnnotation")底部绘制的图像 bottom_annotation_height...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?...运行这个函数可以允许我们在绘制的图形中进行选择对应的区域以及此区域包含的值。 ?
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...关于左值和右值的理解： ①从位置来讲： eg：a = b;a在左边，a为左值，那在右边的b就是右值(前提是语句合法，比如说a+25 = b;则不合法) ②深层次讲: 左值(L_value,L理解为Location...)为地址值 右值(R_value,R理解为Read)为数据值 eg：a = b;即 将b(右值–数据值)赋值给a(左值–地址值) ③再通俗一点讲： 左值就是那些能够出现在赋值符号左边的东西，右值就是那些可以出现在赋值符号右边的东西
FSA）（补充数据1和补充图1）。...这些地区的土壤至少已经施肥29年，按照三种施肥制度（不施肥，对照；施用氮、磷、钾化肥，NPK；以及施用有机肥料加化肥，NPKM），这导致了土壤肥力水平和细菌群落的巨大差异（补充表1和补充图2）。...，香农指数达到最大值，此时群落的多样性最高。...最小值：当群落中所有个体都属于同一个物种时，香农指数为0，此时群落的多样性最低。 应用 香农指数广泛应用于生态学、微生物学和信息科学等领域，用于评估群落的生物多样性、生态系统的稳定性和信息的不确定性。...小提琴图绘制 1、数据读取 rm(list=ls()) library(Hmisc) library(car) # Test for normality and homogeneity of variance
目标 想要获取一个整形数字的二进制表示 bin 内置函数 看一下官方的解释 Convert an integer number to a binary string prefixed with “0b”...14, '#b'), format(14, 'b') ('0b1110', '1110') >>> f'{14:#b}',f'{14:b}' ('0b1110', '1110') 可以看到bin函数返回二进制数字表示的形式是采用了负号...，而不是补码的形式。...那么如何获得补码形式的二进制表示呢，很简单只需要对数值进行与操作就可以。...>>> bin(-27 & 0b1111111111111111) '0b1111111111100101' 这个例子手工指定了位数，也可以用下面带参数的形式 def bindigits(n, bits
二进制(Binary): 取值数字 0 和 1 ；前缀 0b 或 0B。十六进制(Hexadecimal)：取值数字 0-9 和 a-f ；前缀 0x 或 0X。...位运算符指的是二进制位的运算，先将十进制数转成二进制后再进行运算。 在二进制位运算中，1表示true，0表示false。...或 B 如果对应的二进制位有一个为 1，则该二进制位为 1 按位异或（XOR） A ^ B 如果对应的二进制位只有一个为 1，则该二进制位为 1 按位非（NOT） ~A 反转所有二进制位，即 1...那么我们可以定义4个二进制变量表示：// 所有权限码的二进制数形式，有且只有一位值为 1，其余全部为 0const READ = 0b1000 // 可读const WRITE = 0b0100 //...，有一定的前提条件：每种权限码都是唯一的，有且只有一位值为 1。
在C/C++中，左值(lvalue)和右值(rvalue)是用于规定表达式(expression)的性质。C++中表达式要不然是左值，要不然是右值。...但是当来到C++时，二者的理解就比较复杂了（PS：有对象真是麻烦） 简单的归纳： 当一个对象被用作右值的时候，用的是对象的值（内容）；当对象被用作左值的时候，用的是对象的身份即在内存中的地址。...eg: num1 = num2 =num3; 在这里，等于运算符从右到左计算，所以num2和num1是左值,num2=num3得到的结果也是左值，但是在这个语句里被当成右值使用了...内置解引用运算符、下标运算符、迭代器解引用运算符、string和vector的下标运算符的求值结果，都是左值。 内置类型和迭代器的递增递减运算符作用于左值运算对象所得的结果也是左值。...特例两个 当函数的返回值是引用类型是，可以用作左值，当函数的返回值是其他类型时，不能用作左值。
3.621140 3.698909 2.815539 3.278493 2.785017 ## N5 3.812910 4.214652 2.814199 2.800704 2.916013 整合小提琴图...#theme_gray(base_size = 14)##background ggsave("all_violin.pdf", width = 10, height = 8) 小提琴图DCIS...theme_gray(base_size = 14)##background ggsave("group1_violin.pdf", width = 10, height = 8) 小提琴图DCISS
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 一、前言 一直以来，我都对C++中左值（lvalue）和右值（lvalue）的概念模糊不清。...我认为是时候好好理解他们了，因为这些概念随着C++语言的进化变得越来越重要。 二、左值和右值——一个友好的定义 首先，让我们避开那些正式的定义。在C++中，一个左值是指向一个指定内存的东西。...另一方面，右值就是不指向任何地方的东西。通常来说，右值是暂时和短命的，而左值则活的很久，因为他们以变量的形式（variable）存在。...三、返回左值和右值的函数 我们知道一个赋值的左操作数必须是一个左值，因此下面的这个函数肯定会抛出错误：lvalue required as left operand of assignment int...答案很简单：x和y经历了一个隐式（implicit）的左值到右值（lvalue-to-rvalue）的转换。许多其他的操作符也有同样的转换——减法、加法、除法等等。 五、左值引用 相反呢？
C++中的左值和右值 学C++时间也不短了，突然发现，还不知道左值和右值是什么，毕竟学C++不够系统，详细。...当然，以常量对象为代表的某些左值实际上不能作为赋值语句的左侧运算对象（本人理解：功能不全的左值；除了自己的初始化，一般不用作左值使用。） 个人理解：左值一般和地址有关系。...左值和右值转换的一个重要原则：在需要右值的地方可以使用左值来替代，但是不能在需要左值（位置）的地方，使用右值。当然，也有一种例外的情况（参见P470，还没看到）。...P149：左值是指那些求值结果为对象或函数的表达式。一个表示对象的非常量左值可以作为赋值 关于运算符操作数和返回值的左右值 ?...对于基本数据类型来说(primitive types)，左值右值的概念和 c 没有太多不同，不同的地方在于自定义的类型，而且这种不同比较容易让人混淆: 1) 对于基础类型，右值是不可被修改的(non-modifiable
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