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肿瘤的分型预后套路大家可能已经司空见惯了，本期我们来为大家介绍一下非肿瘤疾病的分型思路怎么样才能发高分。
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此前，有研究人员指出：目前只有约20%的癌症患者能从免疫疗法中受益。免疫疗法不同于化疗，它只使用药物帮助免疫系统对抗癌症，而不是用药物直接杀死癌细胞。基于此，拥有一种可以匹配患者免疫治疗方式的人工智能工具，无疑是能够显著降低医疗成本的。
据统计，到2025年人工智能应用市场总值将达到1270亿美元，其中医疗行业将占市场规模的五分之一，中国已经迎来医疗人工智能的风口。
大模型如雨后春笋般涌现，并以惊人的速度和规模，重塑着我们对AI能力的认知。AI应用的多样性和创新性也在这一年达到了新的高度，这些应用不仅提高了效率，降低了成本，更重要的是，它们正在加速改变我们的生产，生活方式。
鉴于肿瘤内菌群在单个肿瘤组织中具有异质性分布，试图确定这种空间分布是否与TME内的不同功能相关（DSP技术）,这里当然选择了丰度最高的前几种微生物。
所有的肿瘤项目，都会用到PFS。PFS规则复杂，删失情况多。刚刚接触这部分，往往是既不理解为什么要做这么复杂，也不知道怎么把逻辑简化，导致代码又乱又长。
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垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs，也称为垂体腺瘤）是第二常见的颅内肿瘤，大约每 1000 人中有 1 人发生。PitNETs 的分类包括通过表征激素基因和细胞谱系特异性转录因子 (TFs) 来定义细胞类型。PIT-1 谱系和促肾上腺皮质激素肿瘤通常会分泌过量的激素，这会导致高催乳素血症（分泌催乳素的促泌乳素肿瘤）、肢端肥大症（分泌生长激素的促甲状腺激素肿瘤）、甲状腺功能亢进（分泌促甲状腺激素的促甲状腺激素肿瘤）。
摘自：华大基因 微信：BGI1999 大数据与健康的关系日益紧密，用华大基因CEO王俊的“基友论”来解释，这也意味着硅基数据对碳基生命越来越重要了。 公开医疗数据的价值 医疗信息涵盖许多，包括CT、核磁共振、血液检测、基因检测结果，接种经历，医生诊断，手术视频……这些数据是典型的“整体大于部分之和”，至少，对科技型创业者Jonathan Hirsch和MIT博士Steven Keating来说是这样的。 科技型创业者Jonathan Hirsch在手被生锈的金属割伤后匆匆前往医院，但他忘记了自己是否接种
中性粒细胞是免疫系统中含量最丰富的白细胞，在对抗病原体感染时发挥了快速和有效的作用。
如今，随着一篇Nature论文的发布，又兴起了“第四次革命”的说法，主角居然是染色体外DNA (ecDNA) 。
首先进一步对上皮细胞再分群，细胞亚类注释：respiratory epithelium呼吸上皮细胞(including alveolar epithelial肺泡上皮细胞 types 1 and 2, ciliated, club, neuroendocrine神经内分泌细胞, and tuft cells) and hepatocytes肝细胞 derived from liver metastases.
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雷锋网《AI掘金志》频道：只做 AI +「安防、医疗、零售」三大传统领域的深度采访报道。
远端转移是肺癌致死的主要原因。理解转移性肺癌的肿瘤微环境动态变化，可以揭示肿瘤诱导的免疫改变，有助于探索新的免疫治疗策略。
不增加对正常组织和器官毒性的情况下提高治疗效果是抗肿瘤治疗的一大难题。众所周知，肿瘤细胞过度表达碱性磷酸酶。碱性磷酸酶是临床上测试最多的肿瘤生物标志物。在活细胞碱性磷酸酶活性谱的研究中发现碱性磷酸酶存在于多种肿瘤细胞(例如HeLa和Saos2)的表面，而不存在于骨髓基质细胞(例如HS-5)的表面。在此，布兰迪斯大学徐兵教授团队将细胞表面的碱性磷酸酶作为上下游相关信号提高蛋白酶抑制剂硼替佐米的疗效，从而有效抑制肿瘤细胞，并减少硼替佐米的毒副作用(如对骨髓基质细胞的毒性)。
肿瘤细胞是一群发生突变和恶性转化的自身细胞，其大部分成分与机体正常细胞相同，只有极少数异常蛋白质和多糖具有免疫原性。早期研究表明:致瘤病毒诱发的肿瘤免疫原性最强，化学致癌物诱导的肿瘤免疫原性次之,自发性肿瘤的免疫原性最弱。由于肿瘤细胞之间也存在免疫原性的差异，免疫原性较强的肿瘤细胞可以诱导有效的抗肿瘤免疫应答而易被清除，但是，免疫原性相对较弱的肿瘤细胞则能逃脱免疫系统的监视而选择性地增殖。经过机体对肿瘤的这一免疫选择(immunoselection)的过程，肿瘤的免疫原性越来越弱。
缺氧作为实体瘤的标志，通过调节缺氧相关基因的表达，对抑制肿瘤生长、转移和耐药性具有指导意义。缺氧也代表了一种肿瘤特异性刺激，已被用于开发前体药物和相应的药物输送系统。细胞分裂周期基因20(CDC20)在肿瘤发生中起着癌基因的作用，已经证实了CDC20 mRNA在乳腺癌患者肿瘤与癌旁组织中的显著上调，并与肿瘤缺氧呈正相关。在此，哈佛大学医学院施进军、Omid C. Farokhzad和吉林大学生命科学学院滕乐生合作通过2-硝基咪唑修饰的多肽与类阳离子脂质化合物的自组装，制备了一种缺氧响应纳米粒(HRNP)，用于携带针对乳腺癌治疗中与乏氧相关的促瘤基因CDC20的siRNA。HRNP介导的siCDC20靶向递送充分沉默了CDC20的表达，显示出较强的抗肿瘤作用。
Google, 这家市值千亿美金的互联网巨头，似乎对生物医疗领域有格外偏好，通过旗下的风投Google Ventures，在生命科学、健康和医疗领域里表现的相当活跃。本文对Google的投资案例进行了盘点： 基因测试的先驱：23andme 23andMe是一个为客户提供完全个人化DNA测试服务的公司，客户只需邮寄一份自己的唾液样本并支付99美元，即可进行DNA测试。测试结果在4-6周之后出来，客户可以通过在线的方式查看。最后生成的测试报告涉及250 多项与健康相关的特点，甚至还包含家谱、病史、遗传性状、对
Heterogeneity of tumor-infiltrating myeloid cells in era of single-cell genomics 文章地址：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36714348/ 详细信息：Chu X, Zhang Y, Cheng S. Heterogeneity of tumor-infiltrating myeloid cells in era of single-cell genomics. Chin J Cancer Res. 2022 Dec 30;34(6):543-553. doi: 10.21147/j.issn.1000-9604.2022.06.01. PMID: 36714348; PMCID: PMC9829493. 不是学徒作业了，但是看到有翻译的需求，正好自己也很感兴趣，就试着翻译一下，如果有不准确的地方，欢迎批评指正。
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医学领域中，为了满足病情诊断、治疗方案制定等需求，常常需要对病人进行扫描，从而确定各内部器官的情况。深度学习方法出现以前，这个过程主要是由医生直接完成。
MicroRNA（miRNA；miR）与肿瘤的发生、发展密切相关，在多种肿瘤中异常表达。控制癌症相关miRNAs的表达有望成为新一代药物模式，用于晚期癌症的治疗。
CD40是一种共刺激细胞表面受体，CD40配体的相互作用通过增加肿瘤细胞的免疫原性细胞死亡(ICD)、APC激活、上调主要组织相容性复合体(MHC)分子的肿瘤免疫原性、促炎因子的产生、CD4和CD8 T细胞的共刺激介导抗肿瘤免疫应答，以及肿瘤细胞对T细胞裂解的敏感性。
王新民 编译自Google Research Blog 量子位·QbitAI 出品 Google Brain技术主管Martin Stumpe和产品经理Lily Peng在官方博客上发表文章，描述了他们将深度学习用于病理检查的研究。这项工作由Google Brain和研究生命科学的兄弟公司Verily共同完成的。 以下内容来自 Google Research Blog 诊断疾病时候，需要病理学家在检查患者的生物组织样品后给出诊断意见，这份诊断报告通常是疾病治疗中的黄金标准。特别是癌症，病理学家的诊断报告对患
医学影像是医疗数据最密集的领域，医疗数据中超过80%来源于医学影像，人工智能技术已经应用在医疗行业多个领域，但医学影像是应用最成熟的领域之一。深度学习算法模型的训练需要海量数据支撑，医学影像由于其数据密集的特性，让以深度学习为代表的人工智能技术有了广阔的发挥空间，而其中又以X光、CT等类型影像的识别分析最为成熟。
该研究通过运用scRNA测序技术，深入探索了胶质母细胞瘤（GBM）发展过程中的免疫微环境。在这种无法治愈的原发性恶性脑癌中，发现了大量的促肿瘤免疫成分。研究表明，在GBM的发展早期，存在一种促炎症的小胶质细胞亚群。然而，在肿瘤晚期，发现抗炎免疫细胞和促肿瘤的骨髓来源的抑制细胞MDSC的出现。这种演变过程与血脑屏障的破坏以及表皮生长因子受体阳性GBM细胞的广泛增长有着相似的特征。在低级别胶质瘤和GBM的患者活检样本中，也发现了微胶质细胞和巨噬细胞之间的类似关系。此外，本文研究了标准治疗方法特莫唑胺和放疗对小鼠GBM免疫组成的影响。结果显示，特莫唑胺能够降低骨髓来源的抑制细胞的积累，而同时给予特莫唑胺和辐射治疗则会增加肿瘤内的GranzymeB+ CD8+T细胞，但也会增加CD4+调节性T细胞的数量。
文章转载自微信号腾讯AI实验室（tencent_ailab） 昨天，腾讯发布了首款AI医学影像产品——腾讯觅影，使用腾讯AI Lab技术的食管癌早期筛查也成为首个进入临床预试验的项目，实现了筛查一个内镜检查用时不到4秒，对早期食管癌的发现准确率高达90%[1]。 同时，腾讯还宣布发起成立了人工智能医学影像联合实验室，中山大学附属肿瘤医院（广东省食管癌研究所）、广东省第二人民医院、深圳市南山区人民医院成为首批加入联合实验室的合作医院。 食管癌是常见恶性肿瘤之一，治疗时机非常关键，如果在癌症早期发现，只需
肿瘤利用多种机制逃避抗肿瘤免疫反应。在这项工作中，作者提出由于高糖酵解活性导致的肿瘤微环境的酸化可以调节肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的极化，从而促进肿瘤的生长。他们在TCGA数据库中对原发性人皮肤黑色素瘤（SKCM）和结肠腺癌（COAD）进行了比较数据库分析，发现SKCM表现出更高的需氧糖酵解。在已建立的B16和MC38小鼠模型的同系肿瘤模型中，B16细胞的糖酵解能力高于MC38，导致肿瘤微环境的酸化程度相对较高（乳酸的产生）。从机制上讲，这种肿瘤性酸中毒诱导了与肿瘤相关的巨噬细胞中转录阻遏物ICER的G蛋白偶联受体依赖性表达，从而导致其功能性极化为非炎性表型并促进了肿瘤的生长。ICER缺陷小鼠具有有效的抗肿瘤免疫应答，而ICER缺陷TAM在功能上朝促炎性巨噬细胞表型极化。这些发现表明高糖酵解速率诱导的TME酸化导致免疫抑制环境，并有助于肿瘤的免疫逃逸。
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斯坦福大学科学家利用现在的谷歌算法创建了一个数据库，目的是训练神经网络。它最初用来判断猫和够的AI项目，现在可以用来诊断癌症。 —2016年，仅美国就有约一万人死于黑色素瘤，病情快速发现可降低死亡率； —有将近3亿的美国人是没有医保的，通过智能APP来给医疗服务带来革命性的变化。 拯救人类生命 他们从网上搜出了大量的图像，并且与皮肤科的医生和教授建立合作，随后，他们基于该数据库的算法，区分致命的皮肤病变和干燥皮肤。该团队的本意是“解决问题而不是将答案编入程序。” 研究人员通过三个诊断任务对比了算法与21
在过去数十年中，通过使用免疫疗法、靶向疗法和联合方案，癌症治疗领域取得了很大的进步。但这些治疗方案中的绝大多数最终都无法治愈患者，甚至对治疗有显著初始反应的肿瘤也经常复发为耐药恶性肿瘤。另一方面，越来越多的证据表明，肿瘤微环境 (TME) 在肿瘤进展中发挥关键作用，如局部耐药、免疫逃逸和癌症转移。
对于癌症治疗，耐药性的发生很大程度上限制了各类药物对癌症的临床有效性。例如，激酶抑制剂vemurafenib, erlotinib 和 crizotinib，分别对有BRAF突变的黑色素瘤，EGFR突变或ALK移位的肺腺癌有临床疗效。大部分患者对此治疗方法有反应，肿瘤缩小或是病情稳定。然而，临床数据表明，以上抑制剂在六至十二个月内会出现不同程度的耐药性，阻碍了长期治疗的成功性。
2015年初，精准医学正式进入大众的视野，美国总统奥巴马在国情咨文中提出“精准医学”计划。自此，精准医学在全球掀起一股浪潮，个性化医学的大幕也正式拉开。
本文介绍了腾讯AI Lab发布的人工智能医学影像产品“觅影”，以及其在食管癌筛查中的技术突破。利用深度学习技术，该产品可以辅助医生发现癌变征兆，将病魔遏制在摇篮里。在食管癌筛查中，该产品的准确率达到了90%。
今天和大家分享的是2020年1月发表在British journal of haematology （IF=5.518）上的一篇文章：“AML through the prism of molecular genetics”，作者描述了基因组学和分子遗传学是如何改变人们对急性髓系白血病（AML）的理解，并介绍了儿童与成人、偶发与遗传性AML的差异，阐明了目前学界对AML在分子遗传学角度的研究进程，对AML未来的研究潜力作出了肯定，认为人们有机会向髓系恶性肿瘤的个性化更进一步。
文章标题：《Comparative single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reveals liver metastasis-specific targets in a patient with small intestinal neuroendocrine cancer》
营养物质、氧气、代谢物、化学介质和代谢废物可以通过细胞之间的血管运输，以维持免疫系统、体温和PH值的动态平衡。血管在胚胎发育、身体生长和伤口愈合中起着重要作用。尽管血管有利于组织生长和再生，但它会助长炎症和恶性疾病，并被肿瘤细胞利用来转移和杀死癌症患者。因为血管滋养着身体的几乎每一个器官，偏离正常的血管生长会导致许多疾病。仅举几个例子，血管生长或维持不足可导致中风、心肌梗死、溃疡性疾病和神经退化，以及血管异常生长或重塑导致癌症、炎症性疾病、肺动脉高压和盲眼疾病。
肿瘤细胞与其所处的微环境是一个功能整体，肿瘤细胞看做是种子，而肿瘤细胞所处的微环境看做是土壤，肿瘤细胞与其微环境相互影响，共同进化，促进了肿瘤的产生。
本文研究了CAF在肝内胆管癌(ICC)中的功能作用，通过遗传谱系追踪、单细胞RNA测序和配体-受体分析发现肝星状细胞(HSC)是CAF的主要来源，而HSC来源的CAF是与肿瘤细胞相互作用的主要亚群。单细胞RNA测序将CAF分为炎性和生长因子富集(iCAF)和肌成纤维细胞(myCAF)亚群等，它们具有独特的配体-受体相互作用。
先天免疫系统在保护人体免受肿瘤侵袭方面起着关键作用。然而，这种保护会在很大程度上被肿瘤的免疫抑制功能所抵消。研究表明，这种免疫抑制是由免疫抑制微环境所诱导产生的，包括耗尽的细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)和促肿瘤的M2极化巨噬细胞。在此，中科院上海硅酸盐研究所施剑林院士和胡萍副研究员提出了一种利用纳米催化剂诱导肿瘤特异性线粒体DNA(mtDNA)氧化损伤而激活先天免疫以用于肿瘤免疫治疗的策略。
尽管达芬奇手术机器人价格昂贵，需要2000多万元一台，然而全国各地却争先恐后地引进，据了解，目前国内宫引进了29台达芬奇手术机器人，因具有减轻患者痛苦、减少患者住院日、减少输血量等传统手术所不具备的优
通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的调控机理提供了技术保障。但是，常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞和空间转录组结合可以弥补这个遗憾，帮助研究人员探索肿瘤异质性和肿瘤微环境(TEM)的复杂相互作用。
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