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脚本在通过shell与rstudio调用时未运行，会生成r个错误，在gui中运行时不会得到这些错误。

这个问题可能是由于环境配置或者权限问题导致的。在shell或者rstudio中运行脚本时，可能会遇到以下几种情况导致错误：

环境变量配置问题：在shell中运行脚本时，需要确保环境变量正确配置，包括路径、库依赖等。可以通过在脚本开头添加环境变量配置的代码来解决，例如使用export命令设置路径。
权限问题：在shell中运行脚本时，需要确保脚本具有执行权限。可以使用chmod命令给脚本添加执行权限，例如chmod +x script.sh。
用户权限问题：在shell中以不同的用户身份运行脚本时，可能会导致权限不足的错误。可以尝试以root用户身份运行脚本，或者使用sudo命令提升权限。
文件路径问题：在shell中运行脚本时，需要确保脚本中的文件路径是正确的。可以使用绝对路径或者相对路径来指定文件位置，避免出现找不到文件的错误。
RStudio配置问题：在RStudio中运行脚本时，可能需要检查RStudio的配置是否正确。可以尝试重新安装或者更新RStudio，或者检查RStudio的设置选项是否正确配置。

总结起来，解决脚本在通过shell与RStudio调用时未运行的错误，可以从环境变量配置、权限问题、用户权限、文件路径和RStudio配置等方面入手。根据具体情况逐一排查，确保脚本能够在不同环境下正常运行。

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