蛋白质-核糖核酸（RNA）和蛋白质-脱氧核糖核酸（DNA）复合体在生物学中扮演着至关重要的角色。...当前预测蛋白质-核酸复合体结构的方法包括分别构建蛋白质和核酸的模型，然后使用对接计算来构建复合体。...作者在这份工作中着手将RoseTTAFold泛化，以模拟核酸以及蛋白质，并通过在PDB的结构上训练来学习蛋白质-核酸系统所需的许多新参数。...研究人员通过测试新近发布的核酸复合体结构，评估了RoseTTAFoldNA在预测蛋白质-核酸复合体结构方面的能力，并将其预测结果与AlphaFold和蛋白质-DNA对接计算方法的组合进行了比较。...和RoseTTAFold及AlphaFold一样，RoseTTAFoldNA不仅输出预测结构，还输出模型的预测置信度。如预期，该方法能正确识别哪些结构模型是准确的。
具有IDR的蛋白质参与多种细胞功能。许多IDR与对象分子相互作用，包括脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)和蛋白质。...例如，与核酸和蛋白质结合的残基比非结合残基具有更高的相对溶剂可及性，而核酸结合残基通常带正电荷，并且比蛋白质结合残基在进化上更保守。...将这些蛋白质分为三个子集，分别构成训练数据集、验证数据集和测试数据集。 我们将原始蛋白质集与CD-HIT以30%的序列相似性进行聚类，并将整个蛋白质簇放入训练、验证和测试数据集中。...测试数据集上的平均敏感度(在三种相互作用类型上)与平均交叉预测和过度预测比率的比较。更大的比率表示更高的质量预测。 结合残基具有某些特征，如高度的进化保守性和高度的溶剂可及性。...DeepDISOBind获得的AUC为0.76，与测试数据集上的结果相似。 4.结论 IDR与包括核酸和蛋白质在内的各种对象分子相互作用。
氨基酸序列决定三级结构 球状蛋白质的三级结构由其氨基酸序列决定。这方面最重要的证据来自实验，表明某些蛋白质的变性是可逆的。...核糖核酸酶的重折叠非常准确，以至于在复性分子中与天然核糖核酸酶中相同的位置重新形成四个链内二硫键。后来，使用化学合成的催化活性核糖核酸酶A获得了类似的结果。...随后的工作表明，只有少数蛋白质（其中许多很小且本质上稳定）会自发折叠成其天然形式。尽管所有蛋白质都有可能折叠成其天然结构，但许多蛋白质都需要一些帮助。...Principles of Biochemistry 本栏目信息及图片均来源于Lehninger Principles of Biochemistry 第八版，其中文字信息为英文原版的小编翻译/整理版，...部分WORKED EXAMPLE及全部Chapter Review未纳入翻译整理范围，如有需要建议参考原版图书该部分内容学习。
目前生物信息学研究者已经开发了2000多个分子生物学数据库，几乎覆盖了生命科学的各个领域，大致可分为五类：基因组数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、生物大分子（主要是蛋白质）三维结构数据库以及根据生命科学不同研究领域的实际需要...，对基因组、核酸和蛋白序列、蛋白质结构和文献等数据进行分析、整理、归纳、注释，构建具有特殊生物学意义和用途的二次数据库。...Institutesof Health，NIH）和国家医学图书馆（United StatesNational Library of Medicine，NLM）联合发起成立的分子生物学、生物化学、遗传学知识储备和文献整理平台...及cDNA特征序列信息。...、基因功能和相关文献信息等，并与GenBank、OMIM、遗传多态数据库（如dbSNP、dbVar）等NCBI子库，及KEGG、Gene Ontology等外源性数据库进行交叉引用。
常用的分子生物学实验技术： 离心技术： 是分离纯化蛋白质、酶、核酸（DNA、RNA）、细胞的最常用方法之一。...1.蛋白质的电泳： 用途：蛋白质的定量。 2.核酸的电泳： 用途：用于核酸的分离、鉴定、纯化、回收。 比如：我只需要长度300bp左右的分子。...用途：检测样品中特定蛋白质是否存在以及半定量分析、研究蛋白质间的相互作用。 ...（4）免疫共沉定技术（co-immunoprecipitation，Co-IP） （5）GST pull-down技术 （6）生物信息学预测蛋白质 核酸分子杂交（nucleic acid...，通过对杂交信号的检测分析，获得待测核酸的各种序列及表达信息。
这一方法不仅能够有效预测蛋白质与蛋白质之间的相互作用，还能轻松拓展至预测蛋白质与其他非蛋白质物质（如核酸、脂质、配体和离子）的相互作用。此外，该模型运行速度快，且预测结果具有高置信度。...测试集融合了MaSIF-site、PPDB5、ScanNet15多个基准数据集的特定结构及共同子集，全面验证模型预测能力。...3.4 非蛋白质结合界面 由下图可知，PeSTo模型不仅能够预测蛋白质与蛋白质之间的相互作用界面，还能预测与核酸、离子、配体和脂质的相互作用界面。...测试结果显示，该模型在检测核酸、离子、配体和脂质界面方面均表现出较高的AUC值。...该模型不仅局限于蛋白质-蛋白质相互作用的预测，还成功扩展为通用模型，能够广泛预测蛋白质与其他生物分子（包括核酸、离子、配体和脂质）之间的相互作用界面。
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库...(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译后的核酸数据库(tblastx) BLAST+ 链接地址： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...PDB -in:待格式化处理的fasta文件(一般是从PDB/NCBI里下载所有的相关或者整个库中的序列); -dbtype: 数据库类型，prot或者nucl; -out: 输出的数据库名; 蛋白质比对蛋白数据库...name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs 6 参数说明： -query: 输入文件路径及文件名...(.fasta格式); -out: 输出文件路径及文件名(.blast); -db: 格式化了的数据库路径及数据库名(数据库可以从PDB/NCBI里下载所有的相关/整个库中的序列); -outfmt
化学奖背后的核心进展是在原子水平上对生命物质的全面计算理解，特别是通过能够预测、分析和设计蛋白质三维结构的人工智能模型，理解蛋白质或蛋白质如何与核酸、离子和小配体等其他分子形成复合物。...这些新知识和工具被广泛重新利用、发展或改编，推动了计算结构生物学新工具的不断涌现。...将AI扩展到所有生物分子 AlphaFold及类似模型最初聚焦于蛋白质结构预测，但最新进展已将其应用范畴拓展至核酸、离子、脂质等生物大分子及小分子，这一转变标志着生物学研究从单一蛋白质研究迈向复杂分子环境建模的新阶段...随着纯蛋白质建模接近成熟，多聚体组装、配体与蛋白质结合、多种蛋白质构象及核酸折叠等成为新挑战，CASP已初现端倪。...这些评估赛道预示着计算结构生物学及蛋白质设计、小分子药物开发等领域的未来方向。 另一方面，人工智能在生物学中的另一大贡献是多模态生物学基础模型。
国际数据目前包括核酸及蛋白质序列数据库、 基因组数据库、 蛋白质结构及功能数据库、文献数据库、物种及元数据库、宏基因组数据库、Blast数据库。 ?...例如点击核酸及蛋白质序列数据库，就可以看到其所属类别下的Genbank-核酸数据库、DDBJ-核酸数据库、EMBL-核酸数据库、NCBI Gene数据库、NCBI Refseq数据库等11个子数据库。...如Genbank-核酸数据库，其下方有该数据库的详细描述介绍、中英文关键词、最近更新日期、文件大小及下载链接等信息，用来帮助用户更好的识别该数据库的重点用途和了解数据的体量大小。...国家微生物数据中心数据下载功能欢迎广大科研用户使用，后续国际数据及工具资源还会持续增加，敬请期待~ 如果您有什么需要下载的资源，也可以直接留言或发邮件告诉我们哦！
许多IDR与核酸和蛋白质相互作用。这些相互作用的注释是由计算预测支持的，但到目前为止，只有一个工具预测与核酸的相互作用被发布，最近的评估表明，目前的方法只能达到中等水平的准确性。...因此文章开发了DeepDISOBind，这是一种创新的深度多任务架构，可以从蛋白质序列准确预测脱氧核糖核酸(DNA)-、核糖核酸(RNA)-和蛋白质结合IDR。...公共输入层连接到区分蛋白质和核酸结合的层，后者进一步连接到区分DNA和RNA相互作用的层。...经验测试表明，与单任务设计和现有方法的代表性选择相比，这种多任务设计在三种组合类型的预测质量上提供了统计上显著的收益，这些方法涵盖了无序和结构训练工具。...在训练集和独立测试集上，文章方法在交叉验证下获得了可比的皮尔逊相关系数0.72，在独立测试下获得了可比的皮尔逊相关系数0.67，为最终模型的可泛化性和鲁棒性提供了信心。
2021 08/06基因日签 Ⅱ类内含子可编码多功能蛋白质 .壹. 关键概念 Ⅱ类内含子在体外能进行自我剪接，但通常需要内含子所编码的活性蛋白质的协助。 .贰....关键概念 单一阅读框专门编码一种蛋白质，它具有反转录酶和成熟酶活性、包含一个DNA结合基序和DNA内切核酸酶。 .叁. 关键概念 内切核酸酶切割靶DNA，并可使内含子插入到新位点。...文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。 THE END
它是指在核酸序列（DNA或RNA）中，从起始密码子开始，到终止密码子结束的一段连续的核苷酸序列，这段序列能够被核糖体识别并可能编码出具有特定功能的蛋白质。...多模式识别：ORFipy支持多种识别模式，可识别标准起始（如ATG、GTG、TTG等）及终止密码子，且能依不同物种密码子偏好性灵活调整，在分析不同生物核酸序列时能准确找ORF。...它可输出ORF位置信息（核酸序列起始和终止位点）及预测蛋白质序列，结果文件能以FASTA、GFF等常见格式保存，方便与其他生物信息学工具对接，如将预测蛋白质序列导入蛋白质结构预测软件探究功能。 5....高效快速：处理大规模核酸序列数据时，ORFipy高效快速，采用优化算法能在短时间内完成大量序列的ORF识别，节省研究人员分析海量基因组测序数据的时间，提高研究效率。 6....应用实例表明，它能助力发现不同生物基因组中的新基因和功能元件，为基因功能研究、生物进化分析及生物医学应用等领域提供支持。
蛋白质的二级结构通常是以主链中氨基之间的氢键模式来定义〈与主链－侧链间以及侧链－侧链间的氢键无关〉，亦即DSSP的定义。而核酸的二级结构是以碱基之间的氢键来定义。...课外知识： 对生物大分子的二级结构含量可以以光谱来初步估计。对于蛋白质，最常用的方法是圆二色性(Circular dichroism), （利用长紫外线，波长范围170-250nm）。...在获得的光谱吸收曲线上，α螺旋结构会在208nm及222nm两处同时出现极小值，而204nm和207nm处出现单个极小值则分别表示存在无规卷曲和β折叠结构。...然后在ubuntu服务器上测试安装成功： 安装指令： sudo apt-get install dssp 然后就安装成功了 三.使用dssp对蛋白质序列进行分析， 这里的31条蛋白质序列，我已经使用...，这里我们主要实现了打印出蛋白质对应的结构的片段序列。
新的 AlphaFold 模型在许多先前专门工具上显著提高了准确性：在蛋白质-配体相互作用方面比最先进的对接工具准确得多，比核酸特异性预测器在蛋白质-核酸相互作用方面具有更高的准确性，比 AlphaFold-Multimer...基准模型分为两类：一类仅使用蛋白质序列和配体SMILES作为输入，另一类则额外泄露了已解析的蛋白质-配体测试结构的信息。传统的对接方法使用后者的特权信息，尽管在实际使用情况下这些信息不可用。...有关仅预测核酸（不包括蛋白质）的准确性的进一步分析，请参见扩展数据图5b。 AF3还可以准确预测共价修饰（键合配体、糖基化和修饰的蛋白质残基和核酸碱基）。...为了解决这个问题，在PoseBusters基准测试中，研究人员在模型预测的排名公式中包含了手性违规的惩罚项。尽管如此，研究人员仍然观察到基准测试中4.4%的手性违规率。...为了在AF3中鼓励产生丝带状预测，我们使用了AlphaFold 2预测的蒸馏训练，并添加了一个排名项以鼓励产生更多的溶剂可及表面积。
同时，与给定核酸序列相关的每个蛋白质序列会分配一个以“C_”开头，后跟3个字母、5个数字和序列版本号后缀的访问编号（图1）。每当序列发生变化时，序列版本号就会修改。...截至2024年4月16日，GenBase已整合并更新了来自GenBank的270,606,796条核酸序列和305,810,135条蛋白质序列（图3C）。...截至2024年4月16日，GenBase已接收用户提交的67,399条核酸序列和681,930条蛋白质序列，涵盖393个物种（图3C）。...提交的数据中，62,988条核酸序列（93%）和613,351条注释蛋白质序列（90%）已释放。...此外，还提供了FTP站点（https://download2.cncb.ac.cn/genbase/daily/），方便用户下载GenBase每日发布的核酸和蛋白质序列。
“全生态、全流程、全好用” 根据Anfinsen法则，蛋白质的氨基酸序列决定其三维结构，同时三维结构又是蛋白质行使其生物学功能的基础，直接关系到人类对疾病成因及治疗手段的探索。...从高效率高精度的蛋白质结构建模fastAF2，到自研的独树一帜的高精度大分子（包括蛋白质与核酸）设计算法SWORD，再到高精度绝对自由能计算(autoFEP)、高精度结合口袋寻找(PointSite)、...除了在核心催化元件（即：酶）的设计与改造上取得了重大成功之外，ZCloud平台上的SWORD算法已打通了单体核酸（如：RNA）以及蛋白-核酸复合物的结构计算，这将让我们能够进行调控元件的精准设计。...在智峪生科首席执行官王晟博士看来，在峪云ZCloud问世后，通过“AI+大分子建模+高性能计算”的新一代分子设计技术，智峪生科可实现药物分子设计中精度、效率和成本的大幅度优化，为大分子（包括蛋白质与核酸...上线12个月，已经有50多家生物科技企业及学术机构通过峪云ZCloud模块完成了50多万个蛋白与核酸结构的预测，并挖掘出了之前未被发现的新酶，有力的推动了诸如人体健康、猴痘候选疫苗、动物免疫、生物合成制品等现实世界问题研究
PomBase 网址：https://www.pombase.org/ 描述：裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe的知识库。...） 3.1.1 一级核酸数据库 下面三个数据库是核酸的主数据库，存储来自所有生物的核酸序列，接受用户提交核酸序列，每天交换更新数据以实现他们之间的最佳同步。...RefSeq 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ 描述：参考序列数据库收集了从病毒、细菌到真核生物等主要生物的核酸序列（DNA、RNA）及其蛋白质常产物。...4.2 Protein structure databases Protein Data Bank (PDB) 网址：http://www.rcsb.org 描述：一个专门收录蛋白质及核酸的三维结构资料的数据库...NDEx提供了一个开源框架，科学家和机构可以共享、存储、操作和发布生物网络知识。
通过对不同类型数据进行测试，并与现有的通用和单细胞特异性分类方法进行比较，证明scIAE在数据集内细胞类型注释、跨批次、跨平台、跨物种以及疾病状态预测等方面具有很强的分类能力。...许多IDR与核酸和蛋白质相互作用。这些相互作用的注释是由计算预测支持的，但到目前为止，只有一个工具预测与核酸的相互作用被发布，最近的评估表明，目前的方法只能达到中等水平的准确性。...因此文章开发了DeepDISOBind，这是一种创新的深度多任务架构，可以从蛋白质序列准确预测脱氧核糖核酸(DNA)-、核糖核酸(RNA)-和蛋白质结合IDR。...公共输入层连接到区分蛋白质和核酸结合的层，后者进一步连接到区分DNA和RNA相互作用的层。...经验测试表明，与单任务设计和现有方法的代表性选择相比，这种多任务设计在三种组合类型的预测质量上提供了统计上显著的收益，这些方法涵盖了无序和结构训练工具。
-> nucleotide sequence database blastx: nucleotide query -> protein sequence database blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询...；blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架（逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码）翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询...；tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列，然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询；tblastx:先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列...，然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询。...参数说明: -query： 输入文件路径及文件名 -out：输出文件路径及文件名 -db：格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST
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