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蛋白质及核酸知识测试

是一种测试方法,用于评估个体对蛋白质和核酸相关知识的理解程度。以下是对该测试内容的完善且全面的答案:

蛋白质:

  • 概念:蛋白质是生物体内一类重要的有机化合物,由氨基酸组成,具有多种生物学功能。
  • 分类:蛋白质可以根据其结构和功能进行分类,包括结构蛋白质、酶、激素、抗体等。
  • 优势:蛋白质在生物体内起着重要的作用,包括参与代谢过程、构建细胞结构、调节生物活动等。
  • 应用场景:蛋白质在医药领域、食品工业、生物技术等方面具有广泛的应用场景。

核酸:

  • 概念:核酸是生物体内的一类重要有机化合物,包括DNA和RNA,是遗传信息的携带者。
  • 分类:核酸可以根据其结构和功能进行分类,包括DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)。
  • 优势:核酸在生物体内起着存储和传递遗传信息的重要作用,是生命的基础。
  • 应用场景:核酸在基因工程、医学诊断、疾病治疗等领域具有广泛的应用场景。

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Methods | RoseTTAFoldNA准确预测蛋白质-核酸复合体

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BIB|通过深度多任务学习准确预测RNA、DNA 和蛋白质结合的内在无序残基

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生化小课 | 氨基酸序列决定三级结构

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常用分子生物学实验技术–整理「建议收藏」

常用的分子生物学实验技术: 离心技术:   是分离纯化蛋白质、酶、核酸(DNA、RNA)、细胞的最常用方法之一。...1.蛋白质的电泳:       用途:蛋白质的定量。     2.核酸的电泳:       用途:用于核酸的分离、鉴定、纯化、回收。         比如:我只需要长度300bp左右的分子。...用途:检测样品中特定蛋白质是否存在以及半定量分析、研究蛋白质间的相互作用。     ...(4)免疫共沉定技术(co-immunoprecipitation,Co-IP)     (5)GST pull-down技术     (6)生物信息学预测蛋白质 核酸分子杂交(nucleic acid...,通过对杂交信号的检测分析,获得待测核酸的各种序列表达信息。

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三大基础公共数据库介绍

目前生物信息学研究者已经开发了2000多个分子生物学数据库,几乎覆盖了生命科学的各个领域,大致可分为五类:基因组数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)三维结构数据库以及根据生命科学不同研究领域的实际需要...,对基因组、核酸和蛋白序列、蛋白质结构和文献等数据进行分析、整理、归纳、注释,构建具有特殊生物学意义和用途的二次数据库。...Institutesof Health,NIH)和国家医学图书馆(United StatesNational Library of Medicine,NLM)联合发起成立的分子生物学、生物化学、遗传学知识储备和文献整理平台...cDNA特征序列信息。...、基因功能和相关文献信息等,并与GenBank、OMIM、遗传多态数据库(如dbSNP、dbVar)等NCBI子库,KEGG、Gene Ontology等外源性数据库进行交叉引用。

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blast+本地化中blastp操作(基于PDB库)—linux

blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库...(blastx)、蛋白质比对翻译后的核酸数据库(tblastn)、 翻译后的核酸序列比对翻译后的核酸数据库(tblastx) BLAST+ 链接地址: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...PDB -in:待格式化处理的fasta文件(一般是从PDB/NCBI里下载所有的相关或者整个库中的序列); -dbtype: 数据库类型,prot或者nucl; -out: 输出的数据库名; 蛋白质比对蛋白数据库...name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs 6 参数说明: -query: 输入文件路径文件名...(.fasta格式); -out: 输出文件路径文件名(.blast); -db: 格式化了的数据库路径数据库名(数据库可以从PDB/NCBI里下载所有的相关/整个库中的序列); -outfmt

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微生物组常用数据库国内备份站点来啦!再也不用为数据库无法下载发愁啦!

国际数据目前包括核酸蛋白质序列数据库、 基因组数据库、 蛋白质结构功能数据库、文献数据库、物种元数据库、宏基因组数据库、Blast数据库。 ?...例如点击核酸蛋白质序列数据库,就可以看到其所属类别下的Genbank-核酸数据库、DDBJ-核酸数据库、EMBL-核酸数据库、NCBI Gene数据库、NCBI Refseq数据库等11个子数据库。...如Genbank-核酸数据库,其下方有该数据库的详细描述介绍、中英文关键词、最近更新日期、文件大小下载链接等信息,用来帮助用户更好的识别该数据库的重点用途和了解数据的体量大小。...国家微生物数据中心数据下载功能欢迎广大科研用户使用,后续国际数据工具资源还会持续增加,敬请期待~ 如果您有什么需要下载的资源,也可以直接留言或发邮件告诉我们哦!

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【Briefings in Bioinformatics】四篇好文简读-专题20

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打造生物科技领域的“EDA”,智峪生科推出全生态蛋白计算设计平台

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【Briefings in Bioinformatics】四篇好文简读-专题22

许多IDR与核酸蛋白质相互作用。这些相互作用的注释是由计算预测支持的,但到目前为止,只有一个工具预测与核酸的相互作用被发布,最近的评估表明,目前的方法只能达到中等水平的准确性。...因此文章开发了DeepDISOBind,这是一种创新的深度多任务架构,可以从蛋白质序列准确预测脱氧核糖核酸(DNA)-、核糖核酸(RNA)-和蛋白质结合IDR。...公共输入层连接到区分蛋白质核酸结合的层,后者进一步连接到区分DNA和RNA相互作用的层。...经验测试表明,与单任务设计和现有方法的代表性选择相比,这种多任务设计在三种组合类型的预测质量上提供了统计上显著的收益,这些方法涵盖了无序和结构训练工具。...在训练集和独立测试集上,文章方法在交叉验证下获得了可比的皮尔逊相关系数0.72,在独立测试下获得了可比的皮尔逊相关系数0.67,为最终模型的可泛化性和鲁棒性提供了信心。

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生物信息学数据库分类概览 (第一版)

PomBase 网址:https://www.pombase.org/ 描述:裂殖酵母Schizosaccharomyces pombe的知识库。...) 3.1.1 一级核酸数据库 下面三个数据库是核酸的主数据库,存储来自所有生物的核酸序列,接受用户提交核酸序列,每天交换更新数据以实现他们之间的最佳同步。...RefSeq 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ 描述:参考序列数据库收集了从病毒、细菌到真核生物等主要生物的核酸序列(DNA、RNA)及其蛋白质常产物。...4.2 Protein structure databases Protein Data Bank (PDB) 网址:http://www.rcsb.org 描述:一个专门收录蛋白质核酸的三维结构资料的数据库...NDEx提供了一个开源框架,科学家和机构可以共享、存储、操作和发布生物网络知识

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Nature | AlphaFold 3 预测了所有生命分子的结构和相互作用

新的 AlphaFold 模型在许多先前专门工具上显著提高了准确性:在蛋白质-配体相互作用方面比最先进的对接工具准确得多,比核酸特异性预测器在蛋白质-核酸相互作用方面具有更高的准确性,比 AlphaFold-Multimer...基准模型分为两类:一类仅使用蛋白质序列和配体SMILES作为输入,另一类则额外泄露了已解析的蛋白质-配体测试结构的信息。传统的对接方法使用后者的特权信息,尽管在实际使用情况下这些信息不可用。...有关仅预测核酸(不包括蛋白质)的准确性的进一步分析,请参见扩展数据图5b。 AF3还可以准确预测共价修饰(键合配体、糖基化和修饰的蛋白质残基和核酸碱基)。...为了解决这个问题,在PoseBusters基准测试中,研究人员在模型预测的排名公式中包含了手性违规的惩罚项。尽管如此,研究人员仍然观察到基准测试中4.4%的手性违规率。...为了在AF3中鼓励产生丝带状预测,我们使用了AlphaFold 2预测的蒸馏训练,并添加了一个排名项以鼓励产生更多的溶剂可表面积。

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DSSP教程:一步步教你预测蛋白质二级结构

蛋白质的二级结构通常是以主链中氨基之间的氢键模式来定义〈与主链-侧链间以及侧链-侧链间的氢键无关〉,亦即DSSP的定义。而核酸的二级结构是以碱基之间的氢键来定义。...课外知识: 对生物大分子的二级结构含量可以以光谱来初步估计。对于蛋白质,最常用的方法是圆二色性(Circular dichroism), (利用长紫外线,波长范围170-250nm)。...在获得的光谱吸收曲线上,α螺旋结构会在208nm222nm两处同时出现极小值,而204nm和207nm处出现单个极小值则分别表示存在无规卷曲和β折叠结构。...然后在ubuntu服务器上测试安装成功: 安装指令: sudo apt-get install dssp 然后就安装成功了 三.使用dssp对蛋白质序列进行分析, 这里的31条蛋白质序列,我已经使用...,这里我们主要实现了打印出蛋白质对应的结构的片段序列。

1.2K10

【Briefings in Bioinformatics】四篇好文简读-专题18

通过对不同类型数据进行测试,并与现有的通用和单细胞特异性分类方法进行比较,证明scIAE在数据集内细胞类型注释、跨批次、跨平台、跨物种以及疾病状态预测等方面具有很强的分类能力。...许多IDR与核酸蛋白质相互作用。这些相互作用的注释是由计算预测支持的,但到目前为止,只有一个工具预测与核酸的相互作用被发布,最近的评估表明,目前的方法只能达到中等水平的准确性。...因此文章开发了DeepDISOBind,这是一种创新的深度多任务架构,可以从蛋白质序列准确预测脱氧核糖核酸(DNA)-、核糖核酸(RNA)-和蛋白质结合IDR。...公共输入层连接到区分蛋白质核酸结合的层,后者进一步连接到区分DNA和RNA相互作用的层。...经验测试表明,与单任务设计和现有方法的代表性选择相比,这种多任务设计在三种组合类型的预测质量上提供了统计上显著的收益,这些方法涵盖了无序和结构训练工具。

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比对NR库看看物种分布【直播】我的基因组88

-> nucleotide sequence database blastx: nucleotide query -> protein sequence database blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询...;blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询;blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列,然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询...;tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列及其互补序列对其翻译结果进行查询;tblastx:先将待查询的核酸序列和核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋白质序列...,然后再将两种翻译结果从蛋白质水平进行查询。...参数说明: -query: 输入文件路径文件名 -out:输出文件路径文件名 -db:格式化了的数据库路径数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST

2.6K80

速溶颗粒:实验中的好伙伴 | MedChemExpress

MCE 速溶颗粒涵盖了核酸、蛋白实验中常见的电泳洗涤缓冲液,采用 AR/GR 级别原料,多级质量控制,工业化生产,质量稳定,重复性好,批间差小,使用方便,节约时间。...MCE 速溶颗粒 核酸电泳时,TAE 适用于分离大片段的 DNA 片段,TBE 适用于分离小片段的核酸片段,Rapid Running Buffer 可大大缩短电泳时间。...TBE Powder (1 L of 1×)适用于分离小片段的核酸片段,以及长时间电泳。...蛋白研究 蛋白质在生命科学研究中始终占领着一席之地,实验党们或多或少地都会与蛋白打上交道。...快来看看 MCE 蛋白研究系列的速溶颗粒吧 蛋白研究 PBS Powder (1 L of 1×)广泛用于免疫分析实验、微生物学实验、蛋白质生化实验等。

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生化小课 | 可以化学合成小肽和蛋白质

除了商业应用外,较大蛋白质的特定肽部分的合成是研究蛋白质结构和功能的越来越重要的工具。...化学性质经过优化,允许在几天内以合理的产量合成100个氨基酸残基的蛋白质。一个非常相似的方法被用于合成核酸。值得注意的是,这项技术虽然令人印象深刻,但与生物过程相比仍然相形见绌。...这提供了一种方法来测试酶催化理论、创建具有改变的化学性质的蛋白质以及设计将折叠成特定结构的蛋白质序列。后一个应用提供了我们将肽的一级结构与其在溶液中占据的三维结构联系起来的能力的最终测试。...Principles of Biochemistry 本栏目信息图片均来源于Lehninger Principles of Biochemistry 第八版,其中文字信息为英文原版的小编翻译/整理版,...部分WORKED EXAMPLE全部Chapter Review未纳入翻译整理范围,如有需要建议参考原版图书该部分内容学习。

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Python每日一谈|No.26.实例.7-Bioinfor.1-Blast-Python调用

核酸序列对蛋白质序列库比对(blastx):自动将输入的核酸序列翻译为蛋白质氨基酸序列后(根据可能的读码框和编码链的差别,一段核酸序列可能翻译为六种氨基酸序列),比对数据库中的蛋白质序列。...•蛋白序列对核酸序列库比对(tblastn):将输入的蛋白质氨基酸序列,与由核酸数据库中的序列翻译而来的潜在的蛋白质氨基酸序列进行比对。...•核酸序列的翻译序列对核酸序列库的翻译序列的比对(tblastx):自动将输入的核酸序列翻译为蛋白质氨基酸序列后,与由核酸数据库中的序列翻译而来的潜在的蛋白质氨基酸序列进行比对 ---摘自百度百科 官网...blast使用 1.首先,我们需要建立本地版的Blast数据库 两个大类:核酸蛋白质 其中又可以细分为很多小类 这里我们选择蛋白质类数据库 数据库介绍: Unified Protein...在输出结果中,对LCR区的序列核酸用“N”代替,蛋白质序列用“X”代替。

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通过知识提炼来推动蛋白质设计

最近关于在寻找可以折叠成期望结构的氨基酸序列的蛋白质设计工作成果颇丰。但是,很多研究都忽视了预测置信度的重要性,没有涵盖广泛的蛋白质空间,也没有融入常见的蛋白质知识。...然而,这些方法中的很多要么忽视了预测置信度的重要性,要么没有覆盖广泛的蛋白质空间,要么缺乏对常见蛋白质知识的考虑。...作者认为,缺乏常见的蛋白质知识限制了蛋白质设计模型的普适性,而预测置信度可以帮助识别低质量的残基。...CATH4.2数据集包含了18,024个用于训练的蛋白质,608个用于验证的蛋白质和1,120个用于测试蛋白质,其数据划分与GraphTrans、GVP和PiFold相同。...CATH4.3数据集包括16,153个结构作为训练集,1,457个作为验证集,1,797个作为测试集,其数据划分与ESMIF相同。

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