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我有一个关于我在分析蛋白质表达的统计中观察到的p和q值的问题。 我得到了下面的p值，它们是非常重要的，但是q值非常高。我已经在一个名为progenesis的软件中执行了这项分析，并希望以本论坛中描述的方式分析这些数据。 请看附件中的图片。你从这个输出中得出了
浏览 90提问于2020-10-20得票数 0
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背景:我有七个样本的蛋白质组学数据(pvalue/ log-折叠率变化得分)，我想通过网络(交互组)分析这些数据。问:我喜欢从数据中创建所有蛋白质的相互作用组，并将具有显着p值的蛋白质映射到这个网络(与对照相比)，然后我喜欢创建子网络；也喜欢将路径丰富添加到子网络中。请求:请推荐适合我要求的在线或独立
浏览 16提问于2016-09-07得票数 0
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我最初试图再现中显示的PCA图(图1)。
本文采用主成分分析( PCA )技术，将蛋白质结构构象按 (图1-B和C)显示在较低的维数中。PC图中的每一个点都表示一个低维空间中的蛋白质结构。因此，我查看了这个，它是一个名为bio3d的R库，来自于参考文献-16的作者。每个pdb文件在其pdb文件中都有{X Y Z}坐标位置。在蛋白质之间的区域对齐之后，你就会把这些数据用于PCA。我
浏览 3提问于2017-02-17得票数 2
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共现矩阵的数据转换
、、、
"P40763", "P05067", "P60709", "Q9UDW1", "Q9H160",
"Q9UKL0", "P26038", "P61244", "，数据帧细胞填充蛋白质与菌株相互作用的<
浏览 4提问于2018-05-25得票数 1
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：我试图通过比较4个细胞系的核心/全蛋白质组实验中发现的核蛋白的比例，来比较一种蛋白质组学方案的效率，该方法可以丰富染色质。为了做到这一点，我使用人类蛋白质图谱来注释蛋白质的亚细胞位置，并比较从染色质富集到全浓缩的核蛋白。然而，染色质富集的方案是一维猎枪，而整个蛋白质组数据是2D-猎
浏览 2提问于2017-11-13得票数 0
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我试图用Node2Vec和支持向量机对蛋白质-蛋白质相互作用图上的节点进行分类，以预测与特定疾病相关的疾病基因。准确地说。关键是，我已经使用networkx创建了一个图，我的节点具有labels(蛋白质名称)和属性=0/1(如果该蛋白质是否导致疾病)。我在这张图上应用了node2vec，我有了我的模型。(在这个阶段，我不关心p和q的值)，但我不知道如何将
浏览 4提问于2021-12-15得票数 0
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我已经将列表作为文本文件读取到R中： "data <- readLines("Publications _ CCDM.txt")“ 下面是列表中的几行： 首页--期刊主要分类--期刊细介绍--期刊题录与文摘肉桂疫霉病的致病因子--肉桂疫霉菌的蛋白质组学验证和改造。bioRxiv。DOI：https://doi.org/10.1101/2020.10.25.35
浏览 43提问于2020-11-21得票数 0
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我一直在看斯丁森和帕特森的“密码学:理论与实践书”，当我进入施诺尔识别计划时，我读到的句子是这样的：
注意到v可以计算为(\alpha ^a)^{-1} \bmod p，或者(更有效地)计算为\alpha^{q-a}\bmod p。在这种情况下，\alpha是组\mathbb{Z}_p^*中具有素数级q的元素(其中p是素数和q\
浏览 0提问于2021-09-05得票数 0
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我有一个命名列表，它代表了一组生物路径，其中的名称是路径名，列表中的载体是属于该通路的蛋白质。"), `GO:0000033` = c("Q9DBE8", "F6RBY3", "Q8BMZ4",
"Q8K2A8", "F6XUH0", "D6RCW8", "Q6P</e
浏览 1提问于2018-06-25得票数 1
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我有序列翻译器，和一个可以读取dna和蛋白质序列的python代码。代码读取dna序列并将其翻译为蛋白质序列，读取蛋白质序列，将其与翻译的蛋白质序列进行比较，并打印出存在于读取的蛋白质序列中的蛋白质序列的列表。我如何打印它们中都存在的蛋白质的列表？":"L", "CTC&
浏览 2提问于2019-03-25得票数 0
我在读“基于配对的密码体制的实现”。好的。让我们用r = 2进行测试。我们知道，这4种解决方案是：\{O, (a_0, 0), (a_1, 0), (a_2, 0)\}，其中a_n是立方x^3 +
浏览 0提问于2022-01-26得票数 2
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大家好，在论坛上，我想给大家一个想法我想从一开始就以一种可以理解的方式来描述这个想法。161/7 = 23 851/ 37 =23581/7 = 83 3071/37 = 83等等
当我们将组"2“中的数字除以31 . + 30时，情况也是如此我们得到1
浏览 0提问于2022-06-06得票数 -2
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我刚开始编码和编写一个shell脚本，它在蛋白质序列文件中搜索基序，并打印它们的位置(如果存在)。但是这些主题有退化的位置。例如，基序可以是(psi，psi，x，psi)，其中psi=(I，L或V)和x可以是20个氨基酸中的任何一个。>
MSGIALSRLAQERKAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMN
浏览 2提问于2018-11-01得票数 0
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考虑Z_N组N=pq，其中p,q是大素数。在强RSA假设下，在不访问z的情况下，对手能有效地从Z_N中计算出随机元素p,q, \phi(N)的逆值吗？数学上是否存在有效的算法\mathcal{A} s.t？\mathbb{P}\left( z.u=1,\quad z \leftarrow Z_N,\; u=\mathcal{A}(x,N) \right) \geq \text{neglible}?PS:我正在学习密码
浏览 0提问于2019-02-10得票数 2
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我想比较两组患者(耐药和敏感)的蛋白质表达值(n=465蛋白)。
我有11名耐药患者和8名敏感患者。我想比较耐药组(A res到K res)和敏感组(L sens到S sens)、蛋白质2(抗性)和蛋白2(敏感)的蛋白1的表达值。作为输出，我只需要p值<0.05的蛋白质.sens 2321 6335 6494
浏览 2提问于2014-12-08得票数 3
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在有限域上定义的椭圆曲线要么是循环的，要么是两个循环群的直接和。在密码学中，我们只使用前者。我想知道在\mathbb{F}_{q}上定义的关于素数幂q的秩-2椭圆曲线有多常见(或很少)，是否有任何结果。
)它们似乎并不罕见。对于64位的固定素数p，我对定义在\mathbb{F}_p上的1000条随机曲线进行了采样，得到了170条2级曲线，用128位p</e
浏览 0提问于2022-05-24得票数 1
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预测图与实际图
、、
我刚接触R和统计学，在运行多元线性回归后，我还不知道如何绘制预测值与实际值。我也遇到过类似的问题(只是不能理解代码)。如果您能解释一下代码，我将不胜感激。这是我到目前为止所做的： # Attach file containing variables and responsesattach(q)
# Run
浏览 59提问于2016-08-29得票数 12
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B(v,w)}它用与维基百科链接相同的方式定义了双语。Now，问题：双语的定义如下：
{\displaystyle \forall a,b\in F_{q}^{*},\ \forall P\in G_{1},Q\in G_{2}:\ e\left(aP,bQ\right)=e\left(P,<em
浏览 0提问于2022-08-02得票数 1
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我有一个蛋白质组数据集，目前有60列(病人和信息，如蛋白质名称)和1800行(特定的蛋白质)。
我需要从长格式转换为宽格式，这样每一行都对应于病人，而所有的列都代表蛋白质。我可以做(非常)简单的转换，但是在这个示例中有很多列，而且在扩展过程中，需要进行一些数据管理，因为需要从下面的原始蛋白质组输出中创建/提取新的协变量。蛋白质组软件<e
浏览 4提问于2021-07-20得票数 0
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