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「R」ggplot2数据可视化

分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。...选项 详述 color 对点、线和填充区域的边界进行着色 fill 对填充区域着色，如条形和密度区域 alpha 颜色的透明度，从0（完全透明）到1（不透明） linetype 图案的线条（1=实线，...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...指定刻度标记、labels=指定刻度标记标签、limits=控制要展示的值的范围 scale_x_discrete()和scale_y_discrete() breaks=对因子的水平进行放置和排序，labels

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    R tips：debug并修复一个ggplot2绘图错误的例子

    出现bug的代码是在使用clusterProfiler的cnetplot函数绘制一个富集分析图，正常情况下，它应该是出图如下： bug重现 出现问题的R对象是一个clusterProfiler的富集分析对象...UseMethod("print"))(x) 可以看到，ggplot2对象p在绘制图形时发生了错误：第一个调用方法是print泛型方法，然后方法分发到print.ggplot方法上(#2)，再然后是调用...不过对于要修复这个问题来说，目前的信息已经足够了。 如何使用RStudio进行debug代码以及如何自由的查看R中的函数源码，在以前的R tips推文中都曾经说过。...前文中，我们已经知道ggplot_build是一个S3泛型方法，而此处的x其实是ggplot2对象。...p % clusterProfiler::cnetplot()p 上述思路是具有普遍适用性的，在需要对ggplot2对象的泛型方法进行修改的场合，都可以构造一个自己的generic.gg

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    R可视化：不一样的ggplot2箱线图

    欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍使用 ggplot2 包画箱线图通常使用 geom_boxplot...在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...下面是box1参数的详细解释：data: 包含要展示的数据的数据框。x: 箱线图的 x 轴变量，通常是分组的因子。y: 箱线图的 y 轴变量，表示要展示的数值数据。...stroke = 1)：根据 plotOcc 数据框添加点，这些点表示出现率，映射 Group 到 x 轴，position 到 y 轴，occ 到点的大小，不显示图例，点的形状设置为 1（圆形），并且有...pl结果：带有显示Index在不同分组出现率的箱线图画图: prism主题结果：带有显示Index在不同分组出现率的prism风格的箱线图

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    ggplot2|详解八大基本绘图要素

    本文将从ggplot2的八大基本要素逐步介绍这个强大的R可视化包。...）映射到分组属性： #默认分组设置, 即group=1 p + geom_boxplot() #分组(group)也是ggplot2种映射关系的一种, 如果需要把观测点按额外的离散变量进行分组处理,...比如柱状图，fill是柱子的填充颜色，这时就使用scale_fill系列函数来更改颜色。 比如点图使用color分组，则使用scale_color_系列函数来更改颜色。...2 坐标轴标尺修改（x , y） 本部分主要是对坐标轴做如下改变， 更改坐标轴名称 更改x轴上标数的位置和内容 显示对一个轴做统计变换 只展示一个区域内的点 更改刻度标签的位置 实现上面的这些可以使用scale_x...#fun.y 对y的汇总函数，返回单个数字，y通常会被分组汇总后每组返回1个数字 g + stat_summary(fun.y = "mean", color = "red", size = 2, geom

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    R for data science （第一章） ②

    使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量的一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用的方法是将绘图分割为多个子图，每个子图显示一个数据子集。...如果您不想在行或列维度中进行构面，请使用。 而不是变量名，例如facet_grid（.〜cyl）。 Genometric Objects 两个图包含相同的x变量，相同的y变量，并且都描述相同的数据。...左边的图使用点geom，右边的图使用光滑的geom，一条适合数据的平滑线。 要更改绘图中的geom，请更改添加到ggplot（）的geom函数。...在这里，geom_smooth（）根据他们的drv值将汽车分成三行，描述汽车的动力传动系统。 一行描述具有4值的点，一行描述具有f值的点，并且一行描述具有r值的点。...这里，4代表四轮驱动，f代表前轮驱动，r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪，我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意，此图包含同一图表中的两个geom！

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    课后笔记：ggplot2优雅的显示WB结果

    下面是马拉松线上课程优秀学员cyber的笔记投稿 不想要这么丑的图。 ? 要优雅的输出结果 ?...「ggplot2中柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍： 「data和mapping是ggplot的基本参数，数据和映射。」...✦ 统计转换（Statistical trassformations, stats）是对数据进行某种汇总，例如将数据分组创建直方图，或将一个二维的关系用线性模型进行解释。...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary...image.png 增加抖动的点图 ggplot(dat,aes(x=Group,y=Relative,fill=Group))+ geom_bar(stat="summary",fun=mean,width

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    ggcor |相关系数矩阵可视化

    mapping对应ggplot()中的mapping参数，当为空（默认）时，根据cor_tbl中的变量情况添加，基础形式是aes(x = x, y = y, r = r, fill = r)。...在ggcor包中，相关系数矩阵若是n * m的矩阵，那么第i行对应的坐标点（即as_cor_tbl()返回结果中的y)为n-i（为了和表格呈现样式一致，行方向翻转了），第j列对应的坐标点（即as_cor_tbl...()返回结果中的x)为j，得到第（i, j）个数据点所在的方格坐标为(xmin = j-0.5, xmax = j+0.5, ymin = n-i-0.5, ymax = n-i+0.5)。...除了ggplot2中一般化的参数（x、y、fill、colour、size等）最常用参数r、p、low、upp、num、r0、sig.thres、sig.level、mark等。...想对颜色分组？ 很多情况下，连续性颜色棒并不是很好分区每个单元格对应的数值区间，这时根据相关系数大小对颜色进行分组可能更适合。

    7.8K65

    用纹理增加细节

    一.理解纹理 　　OpenGL中的纹理可以用来表示照片，图像。每个二维的纹理都由许多小的纹理元素组成，他们是小块的数据，类似于我们前面讨论的片段和像素。要使用纹理，最直接的方式是从图像文件加载数据。...这些新的着色器和我们之前使用的着色器非常类似，只是为了支持纹理做了轻微的改动。 　　...我们选择纹理图像[0.1,0.9]范围的高，对图像进行了裁剪，取图像的中间部分，这时，宽高比正好是1:1.6，纹理图像就不会被压缩了。 　　创建一个Mallet类，用于管理木槌数据。...,false,matrix,0)//传递投影矩阵 //在opengl里使用纹理进行绘制时，不需要直接传递纹理给着色器，我们使用纹理单元texture unit保存那个纹理，然后将纹理单元传递给着色器...){ glUniformMatrix4fv(0,1,false,matrix,0) } } 　　现在，我们已经把顶点数据和着色器程序放在不同的类了，现在就可以更新渲染器类，使用纹理进行绘制了

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    R数据科学|5.5.1 习题解答

    .5.1 习题解答 问题一 前面对比了已取消航班和未取消航班的出发时间，使用学习到的知识对这个对比的可视化结果进行改善。...然而，由于数据中有大量的点，我将绘制对carat进行分区的箱线图，需要注意的是，装箱宽度的选择很重要，如果宽度太大，就会模糊任何关系;如果宽度太小，箱中的值可能变化太大，无法揭示潜在的趋势： ggplot...【注】会发现得到的两幅图是一样的，但是x和y表示的变量却不同。现在的ggplot2可以直接通过设置参数orientation来改变图形朝向。...问题六 对于小数据集，如果要观察连续变量和分类变量间的关系，有时使用 geom_jitter() 函数是特别有用的。ggbeeswarm 包提供了和 geom_jitter() 相似的一些方法。...geom_beeswarm()生成一个类似于小提琴绘图的绘图，但是通过抵消这些点。我将使用mpg盒图示例，因为这些方法显示单独的点，它们更适合于较小的数据集。

    3K41

    「R」绘制分组排序点图

    我在看过的一些 Nature 文章和 COSMIC 数据库中看到用点图来展示不同癌症类型下 TMB 的分布差异。...在 R 包中，我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图，用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较，这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题，我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...下面是一个使用示例，通过构建一个示例数据进行绘图，展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及点的透明度等： set.seed(1234) data <- data.frame( yval...使用 ggplot2 实现这个图我遇到了不少难点，在实现的过程中除了深入理解了 ggplot2，我也同时感受到了它的灵活和限制。...难度有以下几点，感兴趣的读者不妨带着这些问题阅读源代码： 怎么对点排序，构建绘图坐标？ 怎么对不同的 panel 展示不同的背景颜色？theme() 中的选项都不支持向量化，所以必须另辟蹊径。

    1.7K30

    R语言ggplot2折线图(line plot)添加置信区间（CI）展示学术论文作者数量的变化趋势

    image.png 作图代码 ibrary(ggplot2) ggplot(df, aes(x=year, y=auth_num, col=journal, fill=journal)) + stat_summary...(fun.data="mean_cl_boot", geom="ribbon", #width=.2, alpha=I(.5)) + stat_summary...(fun="mean", geom="line") + labs(x="Year", y="Mean number of authors per paper") + theme_bw() +...image.png 根据上图确实可以看出学术期刊的作者数量确实是有增加的趋势的 这里新学到的知识点是使用stat_summary()函数添加置信区间，之前自己也实现过这个图，但是需要提前算好置信区间和平均值...，比如之前的推文 R语言ggplot2画带有置信区间的折线图和分组求均值遇到的一个问题，如果换成 stat_summary() 这个函数以后就方便很多 好了，今天的内容就到这里了 大家如果需要推文的示例数据和代码的话可以直接在公众号

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    R语言地理可视化：中国国内航线航班信息统计、绘制分布夜景图

    为了更好地帮助客户进行航运业务、航线设计、港口定位等决策研究，我们使用基于R语言地理信息系统的中国航线分布可视化。...该方法利用地理信息系统的空间数据库管理功能，对中国各航线进行统计和分析，并基于R语言统计分析工具，对分析结果进行可视化处理，生成中国航线的空间分布图。...115 # 航线坐标计算中心距离 gcircles$long.reenter <- ielse(gcicles$long < center - 由于地图是图形数据，若是简单移动，地图会被切割，绘制时会出现图形变形等错误...然后分别对极端值分组标号为一组，将低于300的坐标作为一组。 闭合曲线 分别计算世界点图每个航线的起始点 终点，和航线的曲线数据 ....找到曲线数据中不连续的数据即为没有闭合的曲线 , 然后 , 将断点数据重新赋值 , 进行连接 , 得到闭合的航线曲线 . g <- rep(1, length(df[, longcol]))   if

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    R语言ggplot2做簇状柱形图并添加误差线的一个完整示例

    ggplot2的代码 首先是将3个子表格的数据整理到一张表格里 比如这里我新建了一个子表格sheet4,数据最终的格式如下（原始数据里第一列的编号是没有用的，可以直接删掉） 接下来R语言里操作 首先是读取数据...) } ebbottom<-function(x){ return(mean(x)-sd(x)/sqrt(length(x))) } ggplot2作图 library(ggplot2) ggplot..."XXXXX",y="YYYYY") 调整不同分组之间的顺序 new_df$name<-factor(new_df$name, levels = c("var2..."XXXXX",y="YYYYY") 这里新学到一个知识点是，柱子默认是不贴底的，如果要贴底使用函数scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0.1...))) mult对应的两个值一个是控制下面，一个是控制上面，贴底就设置为0 就可以了 还有一个知识点是 expand.grid(x=c(1,2,3),y=c(4,5,6)) 可以生成两两配对的数据

    2.5K20

    万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

    你和PPT高手之间，就只差一个iSlide Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及 特点 可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或base R...bmp文件中 graph2png: 将当前R图保存到png文件中 graph2tif: 将当前R图保存到TIF文件中 graph2jpg: 将当前R图保存为JPEG文件 使用帮助信息如下： graph2bitmap...使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象，要创建半透明的颜色，可以使用alpha图形属性，其值从0（完全透明）到1（完全不透明）。...vector.graphic: 指定是否以可编辑的向量DrawingML格式输出。默认值为TRUE，在这种情况下，编辑Powerpoint或Word中的图形时，可以先对图形元素进行分组。...digits:除具有p值的列外，要显示所有列的有效位数的数目。 digitspvals:具有p值的列要显示的有效位数的数目。

    3.8K20

    【Android 音视频开发打怪升级：OpenGL渲染视频画面篇】三、OpenGL渲染多视频，实现画中画

    一、渲染多画面 在上篇文章中，详细的讲解了如何通过OpenGL渲染视频画面，以及对视频画面进行比例矫正，基于前面系列文章中封装好的工具，可以非常容易地实现在OpenGL中渲染多个视频画面。...---- 简单讲一下如何传递参数到片元着色器。 要把Java中的值传递到片元着色器中，直接传值是不行的，需要通过顶点着色器，间接传递。...为此，要平移画面，就需要对x，y，z进行相应的缩放处理（否则移动的距离将被原矩阵中的缩放因子改变）。...接着，在translate方法中，对dx和dy分别做了缩放。那么缩放是如何得出的呢？ 计算移动缩放比 首先，来看下普通矩阵平移是如何计算缩放的。 ?...x/y坐标 pervX/prevY：为上一个手指触摸点的x/y坐标 即dx，dy是归一化的距离，范围（0～1）。

    2.5K40

    R for Data Science - 2.3 Common problems

    没加载R包在运行一个R对话时，除了一些基础函数包会自动加载，其他的函数包都需要手动加载才能使用其中的函数，一般用library()函数，未加载R包会出现找不到函数的报错信息：ggplot(data =...输入错误一般是字符或者符号错误，如中文字符：library(tidyverse)ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ, y =...(x = displ, y = hwy， color = class))#这里Class应为classError in FUN(X[[i]], ...) : object 'Class' not found3...ggplot(data = mpg,> ggplot(data = mpg,+另外一种情况是使用ggplot2函数作图时，多个函数的连接是在函数的末尾，而不是开头：library(ggplot2)ggplot...ggplot2；或者用光标选中函数后按F1键，很多帮助文档不仅有详细的参数说明，还有一些简单的例子，也可以粘贴这些例子在控制台一行一行的运行，可以加速自己对函数的理解。

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    「R」用purrr实现迭代

    ，我们可以先将for循环包装在函数中，然后再调用函数，而不是使用for循环，因此for循环在R中不像在其他编程语言中那么重要。...这个时候我们会收到一条错误信息，但得不到任何结果。这让人很恼火！我们怎么保证不会出现一条鱼腥了一锅汤？ safely()是一个修饰函数（副词），它接收一个函数（动词），对其进行修改并返回修改后的函数。...这样，修改后的函数就不会抛出错误，相反，它总是返回由下面两个元素组成的列表： result - 原始结果。如果出现错误，那么它就是NULL error - 错误对象。...，一般来说，我们应该检查一下y中错误对象所对应的x值，或者使用y中的正常结果进行一些处理： is_ok = y$error %>% map_lgl(is_null) x[!...本节就是对它们进行简单介绍 预测函数 一些函数可以与返回TRUE或FALSE的预测函数一同使用。

    4.8K20

    干货 | 移动应用中使用OpenGL生成转场特效

    本议题主要包含了对OpenGL的简单介绍及相关API使用，GLSL着色器语言的基本使用，以及如何通过编写自定义的着色器程序来实现图片的转场效果。...它可以得到当前OpenGL 中的状态，GLSL内置变量进行传递。GLSL其使用C语言作为基础高阶着色语言，避免了使用汇编语言或硬件规格语言的复杂性。...* step(p.x, 1.0) );} 我们可以看到，从GLTransitions的片元着色器代码已经提供了转场效果，但是还需要使用者进行一些修改。...在绘制流程中，对我们开发者比较重要的是使用GLSL来编写顶点着色器和片元着色器。...在使用OpenGL处理图片轮播转场时，关键点是编写转场所需的着色器，我们可以参考GLTransitions网站的开源转场效果。该网站提供丰富的转场效果和着色器代码，可以很方便的移植到客户端中。

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