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Rggplot2数据可视化

分组指的是在一个图形显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排图形上显示观察组。需要注意,ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。...选项 详述 color 、线和填充区域边界进行着色 fill 填充区域着色,如条形和密度区域 alpha 颜色透明度,从0(完全透明)到1(不透明) linetype 图案线条(1=实线,...分组R,组通常用分类变量水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型视觉特征分组变量来完成。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一图形,关系就是清晰。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形(在ggplot2也称为刻面图)。...指定刻度标记、labels=指定刻度标记标签、limits=控制展示范围 scale_x_discrete()和scale_y_discrete() breaks=因子水平进行放置和排序,labels

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    R tips:debug并修复一个ggplot2绘图错误例子

    出现bug代码是在使用clusterProfilercnetplot函数绘制一个富集分析图,正常情况下,它应该是出图如下: bug重现 出现问题R对象是一个clusterProfiler富集分析对象...UseMethod("print"))(x) 可以看到,ggplot2象p在绘制图形时发生了错误:第一个调用方法是print泛型方法,然后方法分发到print.ggplot方法上(#2),再然后是调用...不过对于修复这个问题来说,目前信息已经足够了。 如何使用RStudio进行debug代码以及如何自由查看R函数源码,在以前R tips推文中都曾经说过。...前文中,我们已经知道ggplot_build是一个S3泛型方法,而此处x其实是ggplot2象。...p % clusterProfiler::cnetplot()p 上述思路是具有普遍适用性,在需要对ggplot2泛型方法进行修改场合,都可以构造一个自己generic.gg

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    R可视化:不一样ggplot2箱线图

    欢迎大家关注全网生信学习者系列:WX公zhong号:生信学习者Xiao hong书:生信学习者知hu:生信学习者CDSN:生信学习者2介绍使用 ggplot2 包画箱线图通常使用 geom_boxplot...在ggplot2 ,可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点,这些可以代表分组特定指标的出现率。...下面是box1参数详细解释:data: 包含展示数据数据框。x: 箱线图 x 轴变量,通常是分组因子。y: 箱线图 y 轴变量,表示展示数值数据。...stroke = 1):根据 plotOcc 数据框添加点,这些表示出现率,映射 Group 到 x 轴,position 到 y 轴,occ 到点大小,不显示图例,形状设置为 1(圆形),并且有...pl结果:带有显示Index在不同分组出现箱线图画图: prism主题结果:带有显示Index在不同分组出现prism风格箱线图

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    ggplot2|详解八大基本绘图要素

    本文将从ggplot2八大基本要素逐步介绍这个强大R可视化包。...)映射到分组属性: #默认分组设置, 即group=1 p + geom_boxplot() #分组(group)也是ggplot2种映射关系一种, 如果需要把观测点按额外离散变量进行分组处理,...比如柱状图,fill是柱子填充颜色,这时就使用scale_fill系列函数来更改颜色。 比如使用color分组,则使用scale_color_系列函数来更改颜色。...2 坐标轴标尺修改(x , y) 本部分主要是对坐标轴做如下改变, 更改坐标轴名称 更改x轴上标数位置和内容 显示一个轴做统计变换 只展示一个区域内 更改刻度标签位置 实现上面的这些可以使用scale_x...#fun.y y汇总函数,返回单个数字,y通常会被分组汇总后每组返回1个数字 g + stat_summary(fun.y = "mean", color = "red", size = 2, geom

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    R for data science (第一章) ②

    使用ggplot2进行数据可视化② 添加其他变量一种方法是aesthetics。 另一种对分类变量特别有用方法是将绘图分割为多个子图,每个子图显示一个数据子集。...如果您不想在行或列维度中进行构面,请使用。 而不是变量名,例如facet_grid(.〜cyl)。 Genometric Objects 两个图包含相同x变量,相同y变量,并且都描述相同数据。...左边使用geom,右边使用光滑geom,一条适合数据平滑线。 更改绘图中geom,请更改添加到ggplot()geom函数。...在这里,geom_smooth()根据他们drv值将汽车分成三行,描述汽车动力传动系统。 一行描述具有4值,一行描述具有f值,并且一行描述具有r。...这里,4代表四轮驱动,f代表前轮驱动,r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪,我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意,此图包含同一图表两个geom!

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    课后笔记:ggplot2优雅显示WB结果

    下面是马拉松线上课程优秀学员cyber笔记投稿 不想要这么丑图。 ? 优雅输出结果 ?...「ggplot2柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍: 「data和mapping是ggplot基本参数,数据和映射。」...✦ 统计转换(Statistical trassformations, stats)是对数据进行某种汇总,例如将数据分组创建直方图,或将一个二维关系用线性模型进行解释。...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图高度设置为各组均值并联合stat_summary...image.png 增加抖动图 ggplot(dat,aes(x=Group,y=Relative,fill=Group))+ geom_bar(stat="summary",fun=mean,width

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    ggcor |相关系数矩阵可视化

    mapping对应ggplot()mapping参数,当为空(默认)时,根据cor_tbl变量情况添加,基础形式是aes(x = x, y = y, r = r, fill = r)。...在ggcor包,相关系数矩阵若是n * m矩阵,那么第i行对应坐标点(即as_cor_tbl()返回结果y)为n-i(为了和表格呈现样式一致,行方向翻转了),第j列对应坐标点(即as_cor_tbl...()返回结果x)为j,得到第(i, j)个数据点所在方格坐标为(xmin = j-0.5, xmax = j+0.5, ymin = n-i-0.5, ymax = n-i+0.5)。...除了ggplot2一般化参数(x、y、fill、colour、size等)最常用参数r、p、low、upp、num、r0、sig.thres、sig.level、mark等。...想颜色分组? 很多情况下,连续性颜色棒并不是很好分区每个单元格对应数值区间,这时根据相关系数大小颜色进行分组可能更适合。

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    用纹理增加细节

    一.理解纹理   OpenGL纹理可以用来表示照片,图像。每个二维纹理都由许多小纹理元素组成,他们是小块数据,类似于我们前面讨论片段和像素。要使用纹理,最直接方式是从图像文件加载数据。...这些新着色器和我们之前使用着色器非常类似,只是为了支持纹理做了轻微改动。   ...我们选择纹理图像[0.1,0.9]范围高,图像进行了裁剪,取图像中间部分,这时,宽高比正好是1:1.6,纹理图像就不会被压缩了。   创建一个Mallet类,用于管理木槌数据。...,false,matrix,0)//传递投影矩阵 //在opengl里使用纹理进行绘制时,不需要直接传递纹理给着色器,我们使用纹理单元texture unit保存那个纹理,然后将纹理单元传递给着色器...){ glUniformMatrix4fv(0,1,false,matrix,0) } }   现在,我们已经把顶点数据和着色器程序放在不同类了,现在就可以更新渲染器类,使用纹理进行绘制了

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    R数据科学|5.5.1 习题解答

    .5.1 习题解答 问题一 前面对比了已取消航班和未取消航班出发时间,使用学习到知识这个对比可视化结果进行改善。...然而,由于数据中有大量,我将绘制carat进行分区箱线图,需要注意是,装箱宽度选择很重要,如果宽度太大,就会模糊任何关系;如果宽度太小,箱值可能变化太大,无法揭示潜在趋势: ggplot...【注】会发现得到两幅图是一样,但是x和y表示变量却不同。现在ggplot2可以直接通过设置参数orientation来改变图形朝向。...问题六 对于小数据集,如果观察连续变量和分类变量间关系,有时使用 geom_jitter() 函数是特别有用。ggbeeswarm 包提供了和 geom_jitter() 相似的一些方法。...geom_beeswarm()生成一个类似于小提琴绘图绘图,但是通过抵消这些。我将使用mpg盒图示例,因为这些方法显示单独,它们更适合于较小数据集。

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    R」绘制分组排序

    我在看过一些 Nature 文章和 COSMIC 数据库中看到用图来展示不同癌症类型下 TMB 分布差异。...在 R,我有看到过 maftools 可以绘制这样图,用来表示新数据队列与 TCGA 数据比较,这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题,我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...下面是一个使用示例,通过构建一个示例数据进行绘图,展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及透明度等: set.seed(1234) data <- data.frame( yval...使用 ggplot2 实现这个图我遇到了不少难点,在实现过程除了深入理解了 ggplot2,我也同时感受到了它灵活和限制。...难度有以下几点,感兴趣读者不妨带着这些问题阅读源代码: 怎么排序,构建绘图坐标? 怎么不同 panel 展示不同背景颜色?theme() 选项都不支持向量化,所以必须另辟蹊径。

    1.7K30

    R语言ggplot2折线图(line plot)添加置信区间(CI)展示学术论文作者数量变化趋势

    image.png 作图代码 ibrary(ggplot2) ggplot(df, aes(x=year, y=auth_num, col=journal, fill=journal)) + stat_summary...(fun.data="mean_cl_boot", geom="ribbon", #width=.2, alpha=I(.5)) + stat_summary...(fun="mean", geom="line") + labs(x="Year", y="Mean number of authors per paper") + theme_bw() +...image.png 根据上图确实可以看出学术期刊作者数量确实是有增加趋势 这里新学到知识使用stat_summary()函数添加置信区间,之前自己也实现过这个图,但是需要提前算好置信区间和平均值...,比如之前推文 R语言ggplot2画带有置信区间折线图和分组求均值遇到一个问题,如果换成 stat_summary() 这个函数以后就方便很多 好了,今天内容就到这里了 大家如果需要推文示例数据和代码的话可以直接在公众号

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    R语言地理可视化:中国国内航线航班信息统计、绘制分布夜景图

    为了更好地帮助客户进行航运业务、航线设计、港口定位等决策研究,我们使用基于R语言地理信息系统中国航线分布可视化。...该方法利用地理信息系统空间数据库管理功能,中国各航线进行统计和分析,并基于R语言统计分析工具,对分析结果进行可视化处理,生成中国航线空间分布图。...115 # 航线坐标计算中心距离 gcircles$long.reenter <- ielse(gcicles$long < center - 由于地图是图形数据,若是简单移动,地图会被切割,绘制时会出现图形变形等错误...然后分别对极端值分组标号为一组,将低于300坐标作为一组。 闭合曲线 分别计算世界图每个航线起始点 终点,和航线曲线数据 ....找到曲线数据不连续数据即为没有闭合曲线 , 然后 , 将断点数据重新赋值 , 进行连接 , 得到闭合航线曲线 . g <- rep(1, length(df[, longcol]))   if

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    R语言ggplot2做簇状柱形图并添加误差线一个完整示例

    ggplot2代码 首先是将3个子表格数据整理到一张表格里 比如这里我新建了一个子表格sheet4,数据最终格式如下(原始数据里第一列编号是没有用,可以直接删掉) 接下来R语言里操作 首先是读取数据...) } ebbottom<-function(x){ return(mean(x)-sd(x)/sqrt(length(x))) } ggplot2作图 library(ggplot2) ggplot..."XXXXX",y="YYYYY") 调整不同分组之间顺序 new_df$name<-factor(new_df$name, levels = c("var2..."XXXXX",y="YYYYY") 这里新学到一个知识是,柱子默认是不贴底,如果贴底使用函数scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0.1...))) mult对应两个值一个是控制下面,一个是控制上面,贴底就设置为0 就可以了 还有一个知识是 expand.grid(x=c(1,2,3),y=c(4,5,6)) 可以生成两两配对数据

    2.5K20

    万能转换:R图和统计表转成发表级Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

    你和PPT高手之间,就只差一个iSlide Excel改变了你基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及 特点 可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或base R...bmp文件 graph2png: 将当前R图保存到png文件 graph2tif: 将当前R图保存到TIF文件 graph2jpg: 将当前R图保存为JPEG文件 使用帮助信息如下: graph2bitmap...使用半透明颜色可以有效减少图形元素重叠现象,创建半透明颜色,可以使用alpha图形属性,其值从0(完全透明)到1(完全不透明)。...vector.graphic: 指定是否以可编辑向量DrawingML格式输出。默认值为TRUE,在这种情况下,编辑Powerpoint或Word图形时,可以先图形元素进行分组。...digits:除具有p值列外,显示所有列有效位数数目。 digitspvals:具有p值显示有效位数数目。

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    【Android 音视频开发打怪升级:OpenGL渲染视频画面篇】三、OpenGL渲染多视频,实现画中画

    一、渲染多画面 在上篇文章,详细讲解了如何通过OpenGL渲染视频画面,以及对视频画面进行比例矫正,基于前面系列文章中封装好工具,可以非常容易地实现在OpenGL渲染多个视频画面。...---- 简单讲一下如何传递参数到片元着色器。 要把Java值传递到片元着色,直接传值是不行,需要通过顶点着色器,间接传递。...为此,平移画面,就需要对x,y,z进行相应缩放处理(否则移动距离将被原矩阵缩放因子改变)。...接着,在translate方法dx和dy分别做了缩放。那么缩放是如何得出呢? 计算移动缩放比 首先,来看下普通矩阵平移是如何计算缩放。 ?...x/y坐标 pervX/prevY:为上一个手指触摸x/y坐标 即dx,dy是归一化距离,范围(0~1)。

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    R for Data Science - 2.3 Common problems

    没加载R包在运行一个R对话时,除了一些基础函数包会自动加载,其他函数包都需要手动加载才能使用其中函数,一般用library()函数,未加载R包会出现找不到函数报错信息:ggplot(data =...输入错误一般是字符或者符号错误,如中文字符:library(tidyverse)ggplot(data = mpg) + geom_point(mapping = aes(x = displ, y =...(x = displ, y = hwy, color = class))#这里Class应为classError in FUN(X[[i]], ...) : object 'Class' not found3...ggplot(data = mpg,> ggplot(data = mpg,+另外一种情况是使用ggplot2函数作图时,多个函数连接是在函数末尾,而不是开头:library(ggplot2)ggplot...ggplot2;或者用光标选中函数后按F1键,很多帮助文档不仅有详细参数说明,还有一些简单例子,也可以粘贴这些例子在控制台一行一行运行,可以加速自己函数理解。

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    R」用purrr实现迭代

    ,我们可以先将for循环包装在函数,然后再调用函数,而不是使用for循环,因此for循环在R不像在其他编程语言中那么重要。...这个时候我们会收到一条错误信息,但得不到任何结果。这让人很恼火!我们怎么保证不会出现一条鱼腥了一锅汤? safely()是一个修饰函数(副词),它接收一个函数(动词),进行修改并返回修改后函数。...这样,修改后函数就不会抛出错误,相反,它总是返回由下面两个元素组成列表: result - 原始结果。如果出现错误,那么它就是NULL error - 错误对象。...,一般来说,我们应该检查一下y错误对象所对应x值,或者使用y正常结果进行一些处理: is_ok = y$error %>% map_lgl(is_null) x[!...本节就是它们进行简单介绍 预测函数 一些函数可以与返回TRUE或FALSE预测函数一同使用

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    干货 | 移动应用中使用OpenGL生成转场特效

    本议题主要包含了OpenGL简单介绍及相关API使用,GLSL着色器语言基本使用,以及如何通过编写自定义着色器程序来实现图片转场效果。...它可以得到当前OpenGL 状态,GLSL内置变量进行传递。GLSL其使用C语言作为基础高阶着色语言,避免了使用汇编语言或硬件规格语言复杂性。...* step(p.x, 1.0) );} 我们可以看到,从GLTransitions片元着色器代码已经提供了转场效果,但是还需要使用进行一些修改。...在绘制流程我们开发者比较重要使用GLSL来编写顶点着色器和片元着色器。...在使用OpenGL处理图片轮播转场时,关键是编写转场所需着色器,我们可以参考GLTransitions网站开源转场效果。该网站提供丰富转场效果和着色器代码,可以很方便移植到客户端

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