计算R中COVID-19的死亡率_R中的累积死亡率图_计算R中的滚动差异 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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|COVID-19死亡率预测模型系列评论及作者回复

COVID-19患者的死亡率预测模型所存在的问题。...相比之下，Yan等人的存活率预测精确度为100%，死亡率预测精确度为81%。 ? 在我们的303名患者中，有42名进入重症监护室（ICU）。...我们使用https://github.com/siabolourani/YIN_reply上提供的代码在Python和R上进行了分析。...排除ICU入院后三天内未测量LDH，hs-CRP或淋巴细胞的患者。这178名患者中，在第14天和第28天，死亡率分别为18％和34.2％。...3 总结对于Yan等人提出的COVID-19患者的死亡率预测模型，或者说是决策规则，三篇评论的作者分别使用了荷兰、美国、法国的部分COVID-19患者的数据对该模型进行了验证，结果显示：相比于原作者表示的该模型对患者存活率和死亡率的高预测精度

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机器学习预测《权力的游戏》中角色的死亡率

（TyrionLannister）也只有2.5%的死亡率。...这群来自慕尼黑工业大学计算机科学研讨会的学生开发了一个应用程序，在网上搜索权游的数据，然后使用自己搭建的人工智能算法来预测每个角色的生存几率。...）死亡率也高达73.3%，弟弟布兰（BranStark）紧随其后。...而这个项目，我们使用了类似的技术，只是这次主题是一个受欢迎的电视节目。乔治.马丁（George R. R. Martin）创造的史诗级内容，几乎是给我们提供了无穷无尽的原始多维数据资源。...链接地址： https://github.com/Rostlab/JS16_ProjectE 在这个项目中，将把项目B，C和D中开发的所有应用程序放入ProjectF中开发的网站中。

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新冠病毒或致个人年内死亡率翻倍！哥大校友用机器学习飞速筛选抗体

关于COVID-19患者中使用这些药物的一些数据已经显示，HIV联合疗法在中国的一项小规模研究中失败了，但世卫组织认为，有必要对更多患者进行大规模试验。...Satz补充说：“我们尽可能在计算机模拟中试错，以减少下游实验室发生错误的可能性。这样可以从繁琐而费时的工作中节省大量的时间。”...不同年龄组感染COVID-19后的死亡率 如果将感染COVID-19后的死亡率叠加在上面的“生命表”上（绘制每10年中的第7年），结果如下图，可以看出，感染COVID-19后的死亡风险与正常死亡风险的趋势是一致的...然后，将COVID-19风险与生命表中的死亡风险进行比较，得出相对风险，范围为0.5到2。 ? 可以看出，感染COVID-19的死亡风险相当于一年内任何其他原因的死亡风险。...，基础死亡率可能会增加）。

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钟南山、李兰娟等重磅新论文：新冠致死率1.4%低于SARS；美疾控专家：新冠或类似全球严重流感

Clifford Lane，美国疾控中心主任Robert R. Redfield。...文中基于现有研究作出了一个判断：Covid-19的总体临床结果可能最终更类似于严重的季节性流感（病死率约为0.1％）或大流行性流感。接下来分享这篇文章中的重点内容。...患者的中位年龄为59岁，老年人和合并症患者（与流感情况相似）的发病率和死亡率较高；56%的患者为男性。值得注意的是，15岁以下儿童中没有病例。...-19患者中死亡率为1.4％；这些患者的疾病严重程度范围很广。...任何呼吸道病毒的传播效率对遏制和缓解策略都具有重要意义。当前的研究表明，估计的基本繁殖数R0为2.2，这意味着平均每个感染者会将感染传播给另外两个人。

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MIT喊你买加湿器了：室内相对湿度40-60%，新冠感染率、死亡率最低！

在11月16日发表在皇家学会界面杂志上的一项研究中，麻省理工学院的团队表示：当室内相对湿度保持在40%到60%之间时，新冠感染率和死亡率明显下降；而低于或者高于这个湿度范围时，新冠病毒的感染率和死亡率明显上升...相对湿度即空气中的水汽含量，指空气中水汽压与相同温度下饱和水汽压的百分比。该团队对2020年1月至2020年8月期间，121个国家/地区的COVID-19数据和气象测量结果进行了分析。...新冠季节性传播的「真相」众所周知，新冠病毒似乎存在「喜冷怕热」的现象，其感染率和死亡率都在冬季上升、夏季下降。自COVID-19大流行以来，科学家们一直在分析这种病毒的毒性随季节变化的可能原因。...对于可追踪到新冠数据的每一天，他们都使用气象数据来计算一个国家/地区的室外相对湿度，并根据室外相对湿度和人体舒适温度范围指南估算室内平均相对湿度。...对于每次室外温度低于典型人类舒适范围的情况，他们都假设室内空间被加热以达到该舒适范围。根据增加的热量，他们计算了室内相对湿度的相应下浮。

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R中如何计算效应值与无缝拼图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来回答VIP会员群中两位观众老爷的问题，「R中计算效应值及如何无缝拼图」，下面通过两个案例来进行展示，结果仅供参考，希望各位观众老爷能够喜欢。...❞加载R包 library(tidyverse) library(magrittr) library(patchwork) library(aplot) library(cowplot) R种计算效应值大小..."pre"]) + var(data$outcome[data$treatment == "post"])) / 2) d <- (mean_A - mean_B) / sd_pooled # 计算组间平方和...（SST） SST <- sum((data$outcome - mean(data$outcome))^2) # 计算Eta-squared eta_squared <- SSB / SST ❝R...中用于拼图的包有很多，小编常用的主要有「patchwork」，「cowplot」两款，当然「aplot」也属于拼图包的范畴，但是要实现无缝隙的拼图显然「cowplot」更胜一筹。

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Nat. Mach. Intell. | 华科同济医学院剑桥联手推出新冠预测模型！

文章中作者提出了一个基于XGBoost机器学习的模型，可以提前10天以上预测患者的死亡率，准确率超过90%，从而实现对COVID-19患者的检测、早期干预，并有可能降低死亡率。...具体统计结果如下表所示，在随后分析包括的375例病例中，有201例从COVID-19中康复并出院，其余174例死亡。...在作者的研究中看到的高死亡率与同济医院收治的武汉重症和危重病例的较高比率有关。医生仅在入院时根据表1中的标准根据经验评估患者的严重程度。 ?...这将计算出表征每个特征的相对重要性的度量，这对于评估模型结果中最具区别性的特征特别有价值，尤其是当它们与有意义的临床参数相关时。...总体而言，本文提出了一个简单且可操作的决策规则可以快速预测处于最高风险的患者，从而实现对COVID-19患者的检测、早期干预，并有可能降低死亡率。

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R 语言中的矩阵计算

用R语言很好地封装了，矩阵的各种计算方法，一个函数一行代码，就能完成复杂的矩阵分解等操作。让建模人员可以更专注于模型推理和业务逻辑实现，把复杂的矩阵计算交给R语言来完成。...本文总结了 R 语言用于矩阵的各种计算操作。 1....K.matrix(r, c=r) ，返回阶数为 p=r*c 的方阵，对于 r 行 c 列的矩阵 A，计算 A 和 t(A) 的直积。计算公式： ?...c=r) 使得 r 阶 c 阶的子列表的分量，计算从 r 行和 c 列的单位矩阵的列向量的外积导出的方阵。...n 个组件中的每一个也是列表。每个子列表具有 n 个分量，每个分量是 n 阶矩阵。计算公式： ?

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【R语言】R中的因子（factor）

R中的因子用于存储不同类别的数据，可以用来对数据进行分组，例如人的性别有男和女两个类别，根据年龄可以将人分为未成年人和成年人，考试成绩可以分为优，良，中，差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数，向量作为输入参数。...levels：指定各水平值, 不指定时由x的不同值来求得。 labels：水平的标签, 不指定时用各水平值的对应字符串。 exclude：排除的字符。 ordered：逻辑值，用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究的，一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己的需要来排列因子的顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的，跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的，例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。

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计算机科学家研发了这些战疫终极武器

---- 新智元报道来源：medium 编辑：张佳【新智元导读】新冠肺炎全球蔓延，通过开发将新冠肺炎与普通流感区分开来的算法、通过用深度学习分析CT图像、通过构建模型预测疫情走向，计算机科学家和机器学习研究人员正在以他们知道的方式来应对这种流行病...不同的人正在用不同的方式应对这次疫情。而计算机科学家和机器学习研究人员正在以他们知道的方式来应对这种流行病：编译数据集，并构建从中学习的算法。...这些图片是从公开的疾病研究中获取的。 https://github.com/ieee8023/covid-chestxray-dataset/blob/master/README.md?...，并定期更新，让全世界看到了疾病的传播和死亡率。...以下是其中一些论文：论文地址：https://arxiv.org/abs/2003.04655v2 论文题目：深度学习对CT图像中COVID-19的肺部感染定量研究上海研究人员设计了一种系统，伴随着人工检查

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「R」说说r模型中的截距项

y ~ x y ~ 1 + x 很多读者在使用 R 的模型构建时可能会对其中的截距项感到困惑。上述两个模型都描述了简单的线性回归，是等同（完全一致）的。...当我们了解这一点后，我们在实际的操作过程中尽量指明截距项，这样能够更加方便自己和他人理解。 y ~ 0 + x y ~ -1 + x y ~ x - 1 上述3个模型都去除了截距项。...如果是 y ~ 1 那么得到的模型结果恰好是均值。为什么是均值呢？大家不妨想一想。...相关资料： https://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#Statistical-models-in-R https://stackoverflow.com.../questions/13366755/what-does-the-r-formula-y1-mean

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R语言中的分子描述的计算

学习药化的同志们应该都了解化合物分子的特征描述有很多计算软件，今天我们来给大家展示下在R语言中如何实现分子特征描述的计算。主要以MACCS分子指纹的实现作为案例。...我们需要对应的R包有：rJava，rcdklibs，rcdk（主包）。我们看下rcdk包的函数构成。...R语言安装参见：R语言在Linux的安装。然后就是对应的依次安装rJava，rcdk。数据的导入格式 a. load.molecules()。 ?...MACCS指纹的计算及基础的分子描述。 a. get.smiles() 获取分子的SMILE结构 b. get.atom.count() 获取组成分子的原子数目 c....只要把所有的指纹数据导出就可以进行我们下一步的计算了。

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「R」R 中的方差分析ANOVA

R默认类型I（序贯型）方法计算ANOVA效应（类型II和III分别为分层和边界型，详见R实战（第2版）202页）。...R中的ANOVA表的结果将评价： A对y的影响控制A时，B对y的影响控制A和B的主效应时，A与B的交互影响。一般来说，越基础性的效应需要放在表达式前面。...单因素方差分析单因素方法分析中，你感兴趣的是比较分类因子定义的两个或多个组别中的因变量均值。...glht.png par语句增大了顶部边界面积，cld()函数中的level选项设置了使用的显著水平。有相同的字母的组说明均值差异不显著。...effects()函数计算调整的组均值。

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R tips: R中的颜色配置方案

数据可视化不可避免的就是要选择一些颜色方案，颜色方案除了手动设置之外，在R中也有自动生成颜色方案的工具。...R中的HCL配色方案 HCL本意是和RGB HSV等一样的颜色空间的术语，由于这里所用的颜色方案在R中是hcl.pals函数，所以就称为HCL配色方案了。...HCL相比较HSV等颜色空间的一个重要优点就是颜色的视觉明度是均一的，在R中也是推荐使用hcl颜色方案，不推荐使用rainbow等颜色方案了。...，常用于着色离散变量； sequential的颜色方案中色调较少，体现了颜色的连续过渡，可以用于着色连续变量； diverging和divergingx也是颜色的连续过渡，但是不同于sequential...") # [1] "#1B9E77" "#D95F02" "#7570B3" 不同于hcl的配色方案，RColorBrewer中颜色方案数量是固定的，不会对颜色进行自动插值，比如Dark2配色一共只有

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Nature:What scientists have learnt from COVID lockdowns

介绍第一波 COVID-19 大流行迫使各国政府采取了比较严格的lockdown措施——取消体育和文化活动，关闭零售店、餐馆、学校和大学，居家。...但评估也很有困难：综合评估政策的影响并不是简单的计算，而取决于价值判断，如何权衡社会某些部分的成本高于其他部分，可能导致激烈的分歧。...评估之困难要在疾病传播率或死亡率等措施上来评估，lockdown政策严格的国家是否比宽松的国家表现更好，非常不简单：执法、政府援助水平、对官方政策的遵守因地区而异——文化背景和许多其他因素不同，包括人口密度...到2020年10月，全民戴口罩已经普及；学校和公共场所要求保持距离；医院知道如何最好地治疗 COVID-19，仅因改善治疗条件，死亡率就就下降了20%。这些变化减少了各国从lockdown中的受益。...当然，未来的威胁也可能与 COVID-19 的传播方式完全不同。假如下一次大流行是由主要影响幼儿的病毒引起，那么道德判断可能会截然不同。

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【R的极客理想系列文章】R语言中的数学计算

前言 R是作为统计语言，生来就对数学有良好的支持，一个函数就能实现一种数学计算，所以用R语言做数学计算题特别方便。如果计算器中能嵌入R的计算函数，那么绝对是一种高科技产品。...本文总结了R语言用于初等数学中的各种计算。目录 1. 基本计算 2. 三角函数计算 3. 复数计算 4....方程计算是数学计算的一种基本形式，R语言也可以很方便地帮助我们解方程，下面将介绍一元多次的方程，和二元一次方程的解法。...4.4 二元一次方程组 R语言还可以解二次的方程组，当然计算方法，其实是利用于矩阵计算。假设方程组：是以x1,x2两个变量组成的方程组，求x1,x2的值 ? 以矩阵形式，构建方程组 ?...我们看到两条直线交点的坐标，就是方程组的两个根。多元一次方程，同样可以用这种方法来解得。通过R语言，我们实现了对于初等数学的各种计算，真的是非常方便！

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R中的循环绘图

❝本节来介绍在 R中如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存，下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一的城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建的图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了，下面来介绍如何将其全部组合起来，分别介绍两种R包的方法

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BenevolentAI | 基于知识图谱发现的COVID-19潜在治疗药物进入临床试验

BenevolentAI很高兴礼来制药将Baricitinib推进到针对COVID-19患者的临床测试。...在等待开发疫苗的同时，迫切需要可以预防威胁生命的呼吸道疾病和其他严重的COVID-19感染并发症的药物。” ?...2月，面对日益严峻的全球健康危机，BenevolentAI成立了一个专业的科学团队，并使用其药物发现平台开展了一项研究，以鉴定可能阻止COVID-19进程，抑制细胞因子风暴并减少COVID-19进程的已批准药物...缺乏的是一种能治疗感染者的特异性药物，并且最好能减少病毒的脱落和随后的传播。随着暴发的继续，此类试验的结果将对临床护理至关重要，预计这种治疗将提高死亡率并减轻医院和ICU在全球范围内的压力。...这项研究以其在短短几个月内从计算机到工作台和床边的惊人速度而著称。”

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让时光倒流：逆转压力诱导的生理性衰老

在人类或小鼠的大外科手术、孕期和严重的 COVID-19 期间也观察到生理年龄的瞬时变化，这表明从压力中康复的能力可能在衰老和长寿中发挥重要作用。...但是，我们所观察到的可逆性改变尚未被报道。从最初的观察结果中，我们推测其他自然发生的情况也可能触发生理年龄的可逆性变化。”...同样地，怀孕的受试者以不同的速率和程度经历了生理年龄的产后恢复；COVID-19病人经过托珠单抗（一种免疫抑制药物）治疗后，其生理年龄得到恢复。...Gladyshev说：“研究结果表明，严重的压力至少在一定程度上通过增加生理年龄来增加死亡率。这一概念立即提示可以通过降低生理年龄来减少死亡率，并且应对压力的能力可能是成功衰老和长寿的重要决定因素。...“需要进一步探讨的关键领域是，理解生理年龄短暂升高或从成功恢复如何促进生命周期内的加速衰老。” 传统上认为，衰老是一种不断积累损伤和功能丧失的轨迹，导致发病率和死亡率上升。

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R中的sweep函数

函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具，一般可以结合apply()函数来使用。...，与apply的用法一样 STATS：需要对原数据集操作用到的统计量 FUN：操作需要用到的四则运算，默认为减法"-"，当然也可以修改成"+","*","/"，即加、乘、除 check.margin:是否需要检查维度是否适宜的问题...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一，通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一行的均值，MARGIN=1，对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一，通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一列的均值，MARGIN=2，对列做操作 sweep(M,2,

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