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读取文件时的大坑(python的scanpy库)

基于《python的scanpy库读取几种常见的格式的单细胞数据文件汇总》的文章，不知道有没有细心的小伙伴发现，在使用scanpy读取单细胞数据txt文件或者其他格式文件时，得到的AnnData数据对象有点奇怪...那我们来看看是什么样的一个大坑，代码如下： #导入scanpy库 import scanpy as sc #读取GSE数据库的单细胞示例数据txt文件 data_1=sc.read_text('C:/Users...在使用scanpy的read_text()进行读取txt文件时，要注意了哦！...注意：如果你使用的scanpy的其他的读取文件函数进行读取不同格式的文件，一定要小心了哦，一定要查看读取后Anndata的obs是不是存储细胞信息，var是不是存储基因信息！..."填坑" 如果你也使用scanpy的read_text()这个函数来读取txt文件，或使用scanpy别的读文件函数读取别的格式文件，读取后的AnnData也出现上述的这种情况，别慌！

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详解Pandas读取csv文件时2个有趣的参数设置

导读 Pandas可能是广大Python数据分析师最为常用的库了，其提供了从数据读取、数据预处理到数据分析以及数据可视化的全流程操作。...其中，在数据读取阶段，应用pd.read_csv读取csv文件是常用的文件存储格式之一。今天，本文就来分享关于pandas读取csv文件时2个非常有趣且有用的参数。 ?...01 sep设置None触发自动解析 既然是csv文件（Comma-Separated Values），所以read_csv的默认sep是","，然而对于那些不是","分隔符的文件，该默认参数下显然是不能正确解析的...此时，当然可以简单的通过传入正确的分隔符作为sep参数来实现正确加载，但如果文件的分隔符是未知的呢？实际上，我们可以无需传入分隔符，而交由解析器自动解析。...； 传入嵌套列表，并尝试将每个子列表中的所有列拼接后解析为日期格式； 出啊如字典，其中key为解析后的新列名，value为原文件中的待解析的列索引的列表，例如示例中{'foo': [1, 3]}即是用于将原文件中的

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    盘点一个文件读取时utf-8错误的解决办法

    一、前言 前几天在Python白银交流群有个叫【大侠】的粉丝问了一个Python读取文件的时候报错的问题，这里拿出来给大家分享下，一起学习下。 二、解决过程 看上去代码有报错，截图如下。...这个错误倒是很常见，因为数据没有给utf-8编码，或者读取的时候，没有指定utf-8编码，都会报类似的错。 上图是他的代码，15行那里指定一下编码就可以了。 指定编码之后，就完美解决啦！...这篇文章主要分享了一个文本文件读取时utf-8错误的解决办法，针对该问题给出了具体的解析和代码演示，帮助粉丝顺利解决了问题。 最后感谢粉丝【大侠】提问，感谢【dcpeng】给出的具体解析和代码演示。

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    R中读取包含中文字符的文件时这个诡异的错误你见过吗?

    我们有一个文件，里面写了一些中文信息，命名为chinese.txt，内容为 Train Time 转录组开课时间 2021/10/29-2021/10/31 临床基因组学开课时间 2021/11/...宏基因组开课时间 2021/11/19-2021/11/21 扩增子开课时间 2022/01/07-2022/01/09 尝试读入R，报错 line 2 did not have 2 elements 很诡异的提示...如果我们一直去数列数，这是怎么都不会发现问题的。考虑到大多数程序语言对非英文支持不好，考虑是编码格式问题。..., what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 2 did not have 2 elements 解决方案1：指定编码格式 正确的读了进来...有时在read.table中即使指定了fileEncoding = "utf-8"参数后依然解决不了问题的文件，用readr毫无压力。

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    golang defer关键字的使用

    但之前创建的src(文件句柄)没有被释放。上面这段代码很简单，所以我们可以一眼看出存在文件未被释放的问题。如果我们的逻辑复杂或者代码调用过多时，这样的错误未必会被及时发现。...而不是defer真正执行时的变量值(很重要，搞不清楚的话就会产生于预期不一致的结果) 但为什么是先输出1，在输出0呢？看下面的规则二。...因此defer仍然可以读取c函数内的变量(如果无法读取函数内变量，那又如何进行变量清除呢....)。 当执行return 1 之后，i的值就是1....此时此刻，defer代码块开始执行，对i进行自增操作。因此输出2. 掌握了defer以上三条使用规则，那么当我们遇到defer代码块时，就可以明确得知defer的预期结果。...所以在循环中定义defer可能导致大量的资源开销，在本例中，可以将f.Close()语句前的defer去掉，来减少大量defer导致的额外资源消耗。

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    漫画：什么是 volatile 关键字？

    线程对共享变量的所有操作都必须在工作内存进行，不能直接读写主内存中的变量。不同线程之间也无法访问彼此的工作内存，变量值的传递只能通过主内存来进行。...而其他线程读取这个变量的时候，也会从主内存中拉取最新的变量值。 为什么volatile关键字可以有这样的特性？这得益于java语言的先行发生原则（happens-before）。...("s=" + s); 当线程A先执行的时候，把s = 3写入主内存的事件必定会先于读取s的事件。...，但是进行iadd的时候，由于并不是原子性操作，其他线程在这过程中很可能让count自增了很多次。...end = 6; 线程A执行如下代码： while (start < end){ //do something } 线程B执行如下代码： start+=3; end+=3; 这种情况下，一旦在线程A的循环中执行了线程

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    Java多线程学习（三）volatile关键字

    如在C语言中，volatile关键字可以用来提醒编译器它后面所定义的变量随时有可能改变，因此编译后的程序每次需要存储或读取这个变量的时候，都会直接从变量地址中读取数。...这就可能造成一个线程在主存中修改了一个变量的值，而另外一个线程还继续使用它在寄存器中的变量值的拷贝，造成数据的不一致。...[volatile关键字的可见性] 二 volatile关键字的可见性 volatile 修饰的成员变量在每次被线程访问时，都强迫从主存（共享内存）中重读该成员变量的值。...因为：JVM会尽力保证内存的可见性，即便这个变量没有加同步关键字。换句话说，只要CPU有时间，JVM会尽力去保证变量值的更新。...最开始的代码，一直处于死循环中，CPU处于一直占用的状态，这个时候CPU没有时间，JVM也不能强制要求CPU分点时间去取最新的变量值。

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    日志切割工具-Logrotate实现nginx日志切割

    不仅是这个，如果你是一个日志文件的话，你阅读、打开都要花费很大力气，那么怎么才能处理好这种情况？ logrotate是个十分有用的工具，它可以自动对日志进行截断（或轮循）、压缩以及删除旧的日志文件。...例如，你可以设置logrotate，让/var/log/foo日志文件每30天轮循，并删除超过6个月的日志。配置完后，logrotate的运作完全自动化，不必进行任何进一步的人为干预。...对于第六个归档，时间最久的归档将被删除。 compress: 在轮循任务完成后，已轮循的归档将使用gzip进行压缩。...这在你或任何软件仍然需要读取最新归档时很有用。 missingok: 在日志轮循期间，任何错误将被忽略，例如“文件无法找到”之类的错误。 notifempty: 如果日志文件为空，轮循不会进行。...当你设置的条件没有满足时 我们也可以通过使用‘-f’选项来强制logrotate轮循日志文件，‘-v’参数提供了详细的输出 logrotate -vf /etc/logrotate.d/log-file

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    漫画：什么是volatile关键字？（整合版）

    线程对共享变量的所有操作都必须在工作内存进行，不能直接读写主内存中的变量。不同线程之间也无法访问彼此的工作内存，变量值的传递只能通过主内存来进行。...而其他线程读取这个变量的时候，也会从主内存中拉取最新的变量值。 为什么volatile关键字可以有这样的特性？这得益于java语言的先行发生原则（happens-before）。...，但是进行iadd的时候，由于并不是原子性操作，其他线程在这过程中很可能让count自增了很多次。...在Load2要读取的数据被访问前，保证Load1要读取的数据被读取完毕。...volatile特性之二： 阻止编译时和运行时的指令重排。编译时JVM编译器遵循内存屏障的约束，运行时依靠CPU屏障指令来阻止重排。 几点补充： 1.

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    【Java】循环语句for、while、do-while

    循环语句 1.1 循环概述 循环语句可以在满足循环条件的情况下，反复执行某一段代码，这段被重复执行的代码被称为循环 体语句，当反复执行这个循环体时，需要在合适的时候把循环判断条件修改为false...，从而结束循 环，否则循环将一直执行下去，形成死循环。...原因是 for 循环结束，该变量就从 内存中消失，能够提高内存的使用效率。 在已知循环次数的时候使用推荐使用 for ，循环次数未知的时推荐使用 while 。...扩展知识点 2.1 死循环 死循环： 也就是循环中的条件永远为 true ，死循环的是永不结束的循环。例如： while(true){} 。...在后期的开发中，会出现使用死循环的场景，例如：我们需要读取用户输入的输入，但是用户输入 多少数据我们并 不清楚，也只能使用死循环，当用户不想输入数据了，就可以结束循环了，如何去结束一个死循环

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    JAVA语言程序设计（一）04747

    ，字母后缀F和L不要丢掉 byte或者short右侧的数据值一定要在左侧的范围 没有进行赋值的变量是不能直接使用的 变量的使用不能超过作用域的范围 自考简单小列子 数据类型转换 当数据类型不一样时...，在发生数学运算时，都会首先被提升为int类型，然后再计算。...对应的结果自行查找。 自增自减运算符：++、– 基本含义：让一个变量涨一个数字1，或者让一个变量降一个数字1....、自增++ 二元运算符 例如：加法+、赋值=、 三元运算符 数据类型 变量名称 = 条件判断?...jdk给对应上 然后会生成src文件 在里面新建一个package 文件名需要公司的网址倒过来 随便搞2下 需要自行关闭的.

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    java voliate_voliate关键字及其示例

    当一个变量被声明为volatile时候，线程写入时候不会把值缓存在寄存器或者或者在其他地方，当线程读取的时候会从主内存重新获取最新值，而不是使用当前线程的拷贝内存变量值。...与synchronized相似之处在于 如图线程A修改了volatile变量b的值，然后线程B读取了改变量值，那么所有A线程在写入变量b值前可见的变量值，在B读取volatile变量b后对线程B都是可见的...volatile的内存语义和synchronized有类似之处，具体说是说当线程写入了volatile变量值就等价于线程退出synchronized同步块(会把写入到本地内存的变量值同步到主内存)，读取...最坑的地方来了,打开代码中的while循环中的打印语句,将voliate关键字注释掉,执行代码.神奇的事情发生了,程序正常的停止了,WTF!...最开始的代码，一直处于试了循环中，CPU处于一直被饱受占用的时候，这个时候CPU没有时间，JVM也不能强制要求CPU分点时间去取最新的变量值。

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    JavaScript之选择控制语句(if,switch,while,do-while,for循环)及很重要的表达式真与假

    作者 | 随笔川迹 ID | suibichuanji 前言 撰文:川川 您将在本文当中学习到 顺序语句 分支语句 If判断,switch,while循坏,do..while循环,for循环,表达式中的真...hanldeAddContent } disabled = { btnDisable }>提交 相比于if..else语句,switch语句可能会没那么熟练,switch语句只支持常量值相等的分支判断...,需要注意几点: 循环的初始条件是定义在外面的 只有while中条件表达式为真时,才执行里面的语句体 while循环中应该有循环变量的更新,否则它会造成死循环 06 do...while循环 创建一个执行指定语句的循环...，这三个表达式被包围在圆括号之中，使用分号分隔，后跟一个用于在循环中执行的语句 应用场景:用于固定循环次数的场景 写法: for(初始化变量;循环条件;循环自增变量){ 循环体; } 注意事项: for...,常用于遍历数组 小结： for循环拥有三个表达式的语法结构,得给定初始条件,条件判断、自增变量,它是在已经知道循环次数的情况下使用它 while循环是先判断后执行,表达式中只有一个boolean类型的值用于作为循环结束的判断

    2.1K20

    负载均衡调度算法大全

    基于这个前提，轮循调度是一个简单而有效的分配请求的方式。然而对于服务器不同的情况，选择这种方式就意味着能力比较弱的服务器也会在下一轮循环中接受轮循，即使这个服务器已经不能再处理当前这个请求了。...通常，这是一个非常公平的分配方式，因为它使用了连接数和服务器权重比例;集群中比例最低的服务器自动接收下一个请求。但是请注意，在低流量情况中使用这种方法时，请参考“最小连接数”方法中的注意事项。...对于非常强大的“基于代理的自适应负载均衡”方法来说，负载主机以这种方式来定时检测所有服务器负载情况：每台服务器都必须提供一个包含文件，这个文件包含一个0~99的数字用来标明改服务器的实际负载情况(0=空前...，99=超载，101=失败，102=管理员禁用)，而服务器同构http get方法来获取这个文件;同时对集群中服务器来说，以二进制文件形式提供自身负载情况也是该服务器工作之一，然而，并没有限制服务器如何计算自身的负载情况...固定权重(Fixed Weighted) 最高权重只有在其他服务器的权重值都很低时才使用。然而，如果最高权重的服务器下降，则下一个最高优先级的服务器将为客户端服务。

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    常见负载均衡策略「建议收藏」

    基于这个前提，轮循调度是一个简单而有效的分配请求的方式。然而对于服务器不同的情况，选择这种方式就意味着能力比较弱的服务器也会在下一轮循环中接受轮循，即使这个服务器已经不能再处理当前这个请求了。...通常，这是一个非常公平的分配方式，因为它使用了连接数和服务器权重比例；集群中比例最低的服务器自动接收下一个请求。但是请注意，在低流量情况中使用这种方法时，请参考 “最小连接数” 方法中的注意事项。...对于非常强大的 “基于代理的自适应负载均衡” 方法来说，负载主机以这种方式来定时检测所有服务器负载情况：每台服务器都必须提供一个包含文件，这个文件包含一个 0~99 的数字用来标明改服务器的实际负载情况...(0 = 空前，99 = 超载，101 = 失败，102 = 管理员禁用)，而服务器同构 http get 方法来获取这个文件；同时对集群中服务器来说，以二进制文件形式提供自身负载情况也是该服务器工作之一...固定权重 Fixed Weighted： 最高权重只有在其他服务器的权重值都很低时才使用。然而，如果最高权重的服务器下降，则下一个最高优先级的服务器将为客户端服务。

    6.9K30

    JS(javascript)入门

    当引入文件和内部js同时存在时，内部js不会执行。 不能使用的单标签。 js 语句严格区分大小写。 { } 一个花括号就是一个代码块。...先将结果赋予当前位置，然后再自增（先运算，后自增） ++a：前自增，将自增后的结果赋予当前位置（先自增，后运算） 赋值运算符: = 、+= 、-= 、*= 、/= 、%= 关系运算符：> 、=...，如果出现了指定的条件，然后继续循环中的下一个迭代。...在最典型的客户端应用中，JavaScript脚本程序被嵌入到HTML文件中，随着HTML文件一同下载到浏览器端。浏览器读HTML文件，然后解释执行并显示其中的元素。...读取HTML文件并分辨其中的元素的过程称为语法分析或解析（parsing）。如果解析到JavaScript脚本，则浏览器执行其脚本语句。”

    1.2K20

    Perl语言程序应用（资料汇总版）

    循环和foreach循环是等价的，当控制条件只为一个列表时，for循环实际上就是foreach循环，也即关键字foreach可以直接写成for。...先自增后赋值，得$n为6，$m为6 my $n = $m++; #后置自增，先赋值再自增，得$n为6，$m为7 自减的规律与自增相同。...自增可以放在foreach循环中用来判断已经出现过的条目，如下所示： my @people = qw/ fred barney wilma dino barney betty pebbles /; my...\n"; } while循环中钻石操作符按行读取参数文件并将内容存入$_，foreach循环中将外层中$_内容按空格进行拆分成列表并将每一部分依次存入内层$_，内层循环中的标量变量和哈希其初始值均为undef...在use引用模块时，如果模块名称中包含::双冒号，该双冒号将作为路径分隔符，相当于Linux下的/，当然这里前面省略了@INC数组中包含的默认搜索路径。

    3.6K30

    OushuDB-PL 过程语言-控制结构

    LOOP LOOP定义一个无条件的循环，直到由EXIT或者RETURN语句终止。可选的label可以由EXIT和 CONTINUE语句使用，用于在嵌套循环中声明应该应用于哪一层循环。 2)....CONTINUE 如果没有给出label，CONTINUE就会跳到最内层循环的开始处，重新进行判断，以决定是否继续执行循 环内的语句。如果指定label，则跳到该label所在的循环开始处。...条件是在每次进入循环体时进行判断的。见如下 示例: 5)....每次迭代name值自增1，但如果声明了REVERSE，name变量在每次迭代中将 自减1，见如下示例: LOOP -- do something EXIT WHEN count > 100; CONTINUE...循环，在该循环中可以遍历命令的结果并操作相应的数据，见如下示例: PL/pgSQL还提供了另外一种遍历命令结果的方式，和上面的方式相比，唯一的差别是该方式将SELECT 语句存于字符串文本中，然后再交由

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