首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

运行TSNE图或任何其他图需要多长时间?

TSNE(t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding)图是一种降维和可视化高维数据的算法。其运行时间取决于数据集的大小和特征数量,以及计算机硬件的性能。

一般来说,较小的数据集可以在几秒钟到几分钟内生成TSNE图。对于中等大小的数据集,可能需要几分钟到几个小时。而处理大规模数据集可能需要几个小时到几天的时间。

然而,需要注意的是,TSNE图的生成时间还受到其他因素的影响,如算法参数的选择和数据的复杂性。调整算法参数可能会影响生成时间,以及对结果的质量产生影响。

在云计算领域,腾讯云提供了一系列适用于数据处理和机器学习任务的产品和服务,可以帮助加速TSNE图的生成过程。例如:

  1. 腾讯云弹性MapReduce(EMR):这是一项大数据处理服务,提供了在分布式环境下处理大规模数据集的能力。可以使用EMR来加速TSNE图的计算过程。
  2. 腾讯云人工智能机器学习平台(AI Lab):该平台为开发人员提供了一套完整的工具和资源,用于数据处理和机器学习任务。可以使用AI Lab中提供的GPU实例来加速TSNE图的计算过程。
  3. 腾讯云函数计算(SCF):这是一种无服务器计算服务,可以根据实际需求弹性地运行代码。可以将TSNE图的计算任务拆分为多个函数,以并行处理和加速生成过程。

综上所述,运行TSNE图或其他图的时间取决于多个因素,包括数据集的大小和复杂性,硬件性能,算法参数的选择等。腾讯云提供了多种产品和服务,可帮助加速这个过程。具体的时间需根据实际情况进行评估和测试。

相关搜索:在ggplot或任何其他绘图包中创建区块链图需要从任何其他图表模块或普通模块或任何类运行图表代码如何使用if语句或使用任何其他合适的方法从for循环创建子图如何计算比例显示饼图在熊猫或其他?计算图的传递闭包需要的Asymtotic运行时间?需要捕获traitsui "changed tab“事件或让Chaco初始化图尺寸有没有办法限制Python SEaborn条形图(或任何图表)的结果数量?尝试安装任何库时出现运行错误(需要python 3.5或更高版本)如何将阴影、条纹或其他图案或纹理添加到ggplot中的条形图?Docker在入门仪表板上运行,但不在PS终端(或任何其他)上运行如何知道脚本是否在Spyder或任何其他Python IDE中运行?条形图。我需要从文件中读取数据,列将是轴或需要3维来解释数据/我需要pandas代码来转换具有多个样本的df以运行箱形图在具有双向图信息的SQL表上使用自联接、联合或某些其他操作如何使用execvp或任何其他exec来仅在一个文件上运行?根据需要读取自报告文件,但其中不使用任何函数(或其他符号是否有任何使用FCM (Firebase Cloud Messaging)的限制、法规或任何其他国际化问题需要注意?在DC/OS马拉松(或任何其他java应用程序)上运行Apache Ignite如何在Power BI中显示总销售价值条形图或任何可视化内容如何更改或更新angular ag-grid的主题。我们是否需要编写任何自定义css文件或使用除material之外的任何其他网格
相关搜索:
页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

用 GPU 加速 TSNE:从几小时到几秒

1. MNIST Fashion上的cuML TSNE需要3秒。 Scikit-Learn需要1个小时。...然后,详细解释TSNE如何实现以及如何在cuML中对其进行优化,使其能在GPU上运行TSNE的应用 TSNE与传统的监督方法(例如线性回归和决策树)形成对比,因为它不需要标签。...在对所有60,000个数字图像应用TSNE之后,我们发现没有任何标签,TSNE设法分离数据。可以在3中看到如何用数字类型(0到9)对清晰的簇进行颜色编码。 ? 3....7.左图显示了拥挤问题。 TSNE通过使用T分布解决了这一问题。 现在,想象一下弹簧将低维空间中的每个点连接到其他点。 想象以下情况: 原先接近的点将互相拖拉。...现在,在总运行时间中,对称化花费的时间为总运行时间的1%更少,而以前为25%。 ? 表4. GPU上每个内核的时序。对称化花费了总时间的1%。

6.1K30
  • RunTSNE二维及三维结果可视化

    前情提要 在单细胞PCA降维结果理解以及细胞聚类分群及其可视化中,除了有PCA以及聚类分群结果的可视化以外,都展示了一下UMAP UMAP运行完RunUMAP()的线性降维可视化结果,和RunUMAP...()同样起非线性降维作用的还有RunTSNE() 在单细胞PCA降维结果理解中,我们运行完RunPCA之后,一共会保留下来50个维度,根据不同维度的相关性基因可以区分不同的细胞类群。...可以使用t-分布邻域嵌入算法(t-SNE)统一流形逼近与投影(UMAP)等非线性降维方法,在二维三维图中为每个数据点提供一个位置,对高维数据进行可视化 RunTSNE()及其参数 pbmc <- RunTSNE...使用哪种降维方法,一般默认是pca dims:对应的PCA维度 dim.embed:生成的tSNE嵌入的维度空间(默认为2),也可以根据我们的需要设置对应的维度空间 降维结果也是存放在reductions...,有一期就是对TSNE和UMAP进行美化——tsne及umap美化 使用ggplot2美化: 提取tSNE二维坐标数据,以及细胞分群情况celltype 计算二维坐标的中位数,作为细胞分群情况的标签坐标

    22710

    跟着小鱼头学单细胞测序-如何使用Cell Ranger V6 (二)

    30 30-50 用于设置TSNE的离散效果 tsne_max_dims 2 23 TSNE的维度 umap_input_pcs Null <=num_principal_comps 用于UMAP...TSNE和UMAP效果 可以看到可以调整的参数有很多,以上列出的大多是跟聚类和可视化小相关的参数。...Cell multiplexing 指的是用分子标签标记细胞细胞核样本,然后将该样本与其他标记的样本混合,并一起制备文库和测序。该操作的优势是提高实验中的细胞通量。...该模块的运行方法与count类似,也需要设置一个CVS文件列出library和实验设计的变量: $ cellranger multi --id= MySamples --csv=/home/MySamples.csv...一般情况下,我们拿到的10X测序数据都是fastq文件格式,通常是不需要我们从下机文件开始处理,通过count模块生成表达矩阵后,分析人员通常会用其他分析工具如Seurat,scanpy等来进行后续分析

    73940

    单细胞tSNE细胞降维还可以这样做?!

    后续对这一类细胞单独研究时,在保留其他细胞完整的情况下,如果突出需要研究的细胞类型呢?...该文采用了一种非常巧妙的展示方式,将其他细胞类型的细胞全部灰色标注,这样需要研究的细胞就非常醒目的凸显出来了(下图右)。 ?...数据加载完成后,点击左侧导航tSNE*(四种类型的任何一种)后会自动开始绘图,如果点击后未出,说明您的数据未加载完成,还请您再耐心等待一下!...点击tSNE-样本/分组后,默认按照样本着色进行图片展示,如果您的项目有生物学重复,需要按照分组着色展示,点击设置样本分组信息: ? ?...另外三种类型的tSNEtSNE-样本/分组基本结构一致,参数调整的方式也很相似,不再一一赘述。

    2.7K20

    单细胞测序正流行!这篇Nature Medicine顶级单细胞文献全套复现,你值得拥有!

    e,内皮细胞的tSNE,根据每个细胞中检测到的转录本的数量进行颜色注释。 f, 小提琴显示参与血管生成和免疫激活的特定基因的表达,按正常肿瘤内皮细胞亚群分类。...a, 1,465个成纤维细胞的tSNE,按其相关的亚群(上)来源的样品类型(下)进行颜色注释。 b, tSNE,按亚群的marker基因的表达(灰色到红色)进行着色。...a, 5,603个B细胞的tSNE,按其相关的亚群(上)来源的样品类型(下)进行颜色注释。 b, tSNE,按亚群的marker基因的表达(灰色到红色)进行着色。...d, 通过GSVA对从正常肺部肺部肿瘤分离的滤泡B细胞(第1和第2群)的通路进行差异分析 e, 9,756个髓样细胞的tSNE,按其相关的亚群(上)来源的样品类型(下)进行颜色注释。...a, 24,911个T细胞的tSNE,按其相关的亚群(上)来源的样品类型(下)进行颜色注释。 b, tSNE,按亚群的marker基因的表达(灰色到红色)进行着色。

    2.1K40

    还在用PCA降维?快学学大牛最爱的t-SNE算法吧(附PythonR代码)

    它将多维数据映射到适合于人类观察的两个多个维度。 在t-SNE算法的帮助下,你下一次使用高维数据时,可能就不需要绘制很多探索性数据分析了。 2.什么是降维?...有些人可能会问,当我们可以使用散点图、直方图和盒绘制数据,并用描述性统计搞清数据模式的时候为什么还需要降低维度。...它也可以用作其他分类和聚类算法的输入参数。 9.2机器学习竞赛爱好者 将数据集减少到23个维度,并使用非线性堆栈器将其堆栈。 使用保留集进行堆叠/混合。...此外,推荐的困惑度在(5至50)范围内 2.有时,具有相同超参数的多次运行结果可能彼此不同。 3.任何t-SNE图中的簇大小不得用于标准偏差,色散任何其他诸如此类的度量。...7.拓扑不能基于单个t-SNE来分析,在进行任何评估之前必须观察多个。 参考资料 [1] L.J.P. van der Maaten and G.E. Hinton.

    3.6K20

    单细胞转录组 | 细胞聚类分析

    前言 单细胞测序的细胞数目成千上万,在后续分析中需要对其进行注释,但是对每一个细胞都进行注释不现实,因此我们需要对这些细胞进行聚类,这样只需要对聚类生成的cluster进行注释就可以了(聚成一类的细胞大概率是相同的细胞类型...# 对选定的特征运行tSNE降维 scRNA1 = RunTSNE(scRNA1, dims = pc.num) # 绘制降维 plot1 = DimPlot(scRNA1, reduction =..."tsne") #label = TRUE把注释展示在图中 #DimPlot(scRNA1, reduction = "tsne",label = TRUE) # 将输出到画板 plot1 查看图片...# 对选定的特征运行umap降维 scRNA1 <- RunUMAP(scRNA1, dims = pc.num) # 绘制降维 plot2 = DimPlot(scRNA1, reduction =...),nrow=1) # 将输出到画板 tSNE_UMAP # 保存图片 ggsave(filename = "tSNE_UMAP_plot.pdf",tSNE_UMAP,wi = 25,he = 15

    1.3K40

    差异分析及KEGG注释简介

    我们接下来会利用tSNE方法继续判断 注意:Rtsne函数是对行进行操作,因此我们原来的表达矩阵需要转置后运行,来满足我们对样本聚类的需求。...函数每次运行都会绘制新的坐标,因此需要设定随机种子,保证重复性 tsne_out <- Rtsne(dat_matrix,pca=FALSE, perplexity=...这个可以看到,logCPM(最右边的)中样本分的还很开,logRPKM(最左边)次之,它把绿色的样本混在了一起,最差的是直接用RPKM得到的分组 如果使用logCPM矩阵进行作图: load(file...,这一点就要去原文寻找,他们怎么做的分组,看到:他们是将每个population和其他的混合群体进行差异分析 ?...那么好,现在处理完了第一组和其他组的比较,得到的在第一组的差异基因,那么如何得到其他组中的差异基因呢?最先想到的会是将上面?

    1.5K30

    一个可扩展的深度属性聚类的统一代码框架

    plot.py: 它包含一个绘制聚类TSNE可视化以及保存图像的函数。稍后也会开发特征热的图像绘制函数。...HSAN 不需要进行预训练。 之后我会陆续更新其他模型代码。如果你很喜欢我的框架并希望让它更强大,可随时提交你的代码。...-P' "store_true" False 2 --tsne -TS 如果需要绘制聚类TSNE图像,请使用'--tsne''-TS' "store_true" False 2 --heatmap -...:airplane: 步骤3: 修改path_manager.py文件第38行中的pretrain_type_dict变量,将你的模型中需要预训练的部分加到其中,具体格式可以参照已经写好的其他模型的预训练部分...注意,要把模型所有需要预训练的部分都写到其中,如果没有,请将列表设置为空而不能删除,因为后面的代码要判断是何种类型的预训练,如果是空的则表示不需要预训练,这一点很重要,否则代码不能正常运行

    23230

    t-SNE:可视化效果最好的降维算法

    但是在数据科学领域并不总是能够处理一个小于等于3维的数据集,我们肯定会遇到使用高维数据的情况。...t-SNE工作原理 首先,它将通过选择一个随机数据点并计算与其他数据点(|xᵢ—xⱼ|)的欧几里得距离来创建概率分布。...因为不可能将超过3维的数据集可视化,所以为了举例的目的,我们假设上面的是多维数据的可视化表示。 这里需要说明的是:相邻指的是与每个点最接近的点的集合。...t-SNE是一种不确定性算法随机算法,这就是为什么每次运行结果都会略有变化的原因。 即使它不能在每次运行中保留方差,也可以使用超参数调整来保留每个类之间的距离。 该算法涉及许多计算和计算。...t-SNE算法将有毒和可食用蘑菇聚类,没有任何重叠 PCA无法将蘑菇分类完美。 要知道在哪里可以得到稳定的形状,我们应该使用困惑度和n_iter参数。

    95520

    聚类算法之PCA与tSNE

    前 · 言 第二单元第六讲:聚类算法之PCA与tSNE 还是之前文章附件的图片,其中b是选取两个主成分做的PCA,ctSNE: ?...: 计算距离介绍过dist()函数,它是按行为操作对象,而聚类是要对样本聚类,因此要先将我们平时见到的表达矩阵(行为基因,列为样本)转置;同样PCA也是对行/样本进行操作,也是需要先转置;另外归一化的scale...()函数虽然是对列进行操作,但它的对象是基因,因此也需要转置 关于PCA的学习,之前写过: StatQuest-PCA学习:https://www.jianshu.com/p/b83ac8f7f5a7...nc), paste0('cell_02_',1:nc)) # 添加行名 rownames(a3)=paste('gene_',1:ng,sep = '') # 先做个热...没有体现任何的基因差异或者样本聚类(热图中的聚类是自然层次聚类),可以看到样本名都是无规律的交叉显示 如果做PCA呢?

    3.5K30

    月更单细胞图表复现-文献1-第四和五集

    需要我们去不断的调整坐标轴、标签、文字的位置、大小和粗细,还有图片的透明度、分组的顺序等等等等。配色协调考验的是绘图人的审美水平。...看看第三期的,配色是不是看着很舒服: 2.可视化 在分群注释之后,我们可以使用DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多种函数对细胞基因可视化。...facet:面板分组,允许在一个图中绘制多个小(facet_wrap() facet_grid())。 theme:用于设置图形的主题样式。...balloonplot(tb, text.size=0.8,label.size=0.8) 还可以调整X/Y标签的角度: 以及标签字体的颜色: balloonplot函数参数说明: x : 一个表对象,一个向量几个类别向量的列表...可能需要为不同的打印设备和布局调整此值。 dotchar : 用于点的绘图符号字符。有关符号代码的points函数,请参见帮助页。 dotcolor : 指定绘图点颜色的标量向量。

    17710

    机器学习 | 聚类分析总结 & 实战解析

    (1)多次运行,每次使用一组不同的随机初始质心,然后选取具有最小SSE(误差的平方和)的簇集。这种策略简单,但是效果可能不好,这取决于数据集和寻找的簇的个数。...如果这种情况发生,则需要某种策略来选择一个替补质心,否则的话,平方误差将会偏大。 (1)选择一个距离当前任何质心最远的点。这将消除当前对总平方误差影响最大的点。...= TSNE(learning_rate=100) # 对数据进行降维 >>> tsne.fit_transform(data_zs) >>> data =pd.DataFrame(tsne.embedding...中实现的聚类算法主要包括K-Means、层次聚类、FCM、神经网络聚类,其主要相关函数如下: KMeans: K均值聚类; AffinityPropagation: 吸引力传播聚类,2007年提出,几乎优于所有其他方法...,不需要指定聚类数K,但运行效率较低; MeanShift:均值漂移聚类算法; SpectralClustering:谱聚类,具有效果比KMeans好,速度比KMeans快等特点; 5.** AgglomerativeClustering

    2.2K20

    胃癌单细胞数据集GSE163558复现(四):细胞分群可视化

    站在审稿人的角度,好看的会令人赏心悦目,不好看的会成为巨大的减分项。好看的往往逻辑清晰、布局合理、配色协调。 逻辑清晰与否主要体现在机制/流程图上。...这张是全文的重中之重,是作者科研能力、绘图水平和文章质量的集中体现。布局是否合理大和小都会涉及。...小需要我们去不断的调整坐标轴、标签、文字的位置、大小和粗细,还有图片的透明度、分组的顺序等等等等。配色协调考验的是绘图人的审美水平。...看看第三期的,配色是不是看着很舒服: 2.可视化 在分群注释之后,我们可以使用DimPlot、FeaturePlot、DoHeatmap、DotPlot等多种函数对细胞基因可视化。...下一期,我们将在此基础上,绘制饼、堆积柱状、箱线图、气泡等,比较不同分组之间细胞比例差异。干货满满,欢迎大家持续追更,谢谢!

    42010

    使用Node2Vec进行知识图谱嵌入教程

    在知识图谱嵌入中,实体和关系被表示为低维向量(称为嵌入),这些嵌入保留了原始结构中的语义信息。本文将详细介绍如何使用Node2Vec方法对知识图谱进行嵌入。...项目开发流程1 项目环境搭建为了运行 Node2Vec 嵌入模型,我们需要安装以下工具和库:Python 3.8+NetworkXGensimNode2Vec库(可以通过pip安装)在项目目录下创建一个虚拟环境并激活它...,我们需要准备一个知识图谱。...4 嵌入可视化为了直观地展示节点的嵌入结果,使用 t-SNE PCA 进行降维,将高维嵌入映射到二维平面中,然后进行可视化。...进行降维tsne = TSNE(n_components=2, random_state=42)embeddings_2d = tsne.fit_transform(list(embeddings.values

    11220

    表达矩阵处理—数据可视化

    主成分的数量小于等于原始变量的数量。 在数学上,PC对应于协方差矩阵的特征向量。...如果您的答案不同,请将您的代码与我们的代码进行比较(您需要在打开的文件中搜索此练习)。 7.3.3 · tSNE 用于可视化scRNASeq数据的PCA的替代方案是tSNE。...与PCA相比,tSNE是一种随机算法,这意味着在同一数据集上多次运行该方法将导致不同的。由于算法的非线性和随机性,tSNE更难以直观地解释。...解释PCA和tSNE通常具有挑战性,并且由于它们具有随机和非线性特性,因此它们不太直观。但是,在这种情况下,很明显它们提供了类似的数据图像。...您可以在这里(http://distill.pub/2016/misread-tsne/)阅读更多关于使用tSNE的缺陷。 练习2当使用10200的perplexity 时,tSNE如何变化?

    1.1K30

    单细胞测序—PDA文章复现_单分组(Fig.1_Fig.2)

    ",label = T)+NoLegend();p1###### 标准流程 ######sce.all.int <- sce.all.filttable(Idents(sce.all.int))table...5, height = 8)PropPlot(object = sce.all.int, groupBy = 'celltype')dev.off()# 如果前面成功的给各个细胞亚群命名了# 就可以运行下面的代码...做了同文章中一样的mark基因小提琴,首先根据0.6的分辨率分的0-14簇分组进行绘图。...marker_paper_vio_0.6.pdf对比文章中的进行手动细胞注释获得降维聚类分群的结果paper_anno_and_tsne.pdf接下来再定义和调用PropPlot函数,得到亚群的比例...左下(tsne.pdf)和右(percentage.pdf)为复现过程中的细胞分群与比例Mark基因(右图为marker_paper_vio_celltype.pdf)对比以上是early-KIC分组中

    18310
    领券