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基因组选择中的参考群更新策略

基因组选择中,不同世代不断的进展,一般后代选择表现好的个体,测量表型数据后,将其添加到参考群中,这样有可能会失去遗传多样性,今天分享一篇文献,介绍一下这方面的研究。 1....GS的特点 ❝如Meuwissen等人(2001)所述,基因组选择(GS)的发展是动物育种中最重要的最新创新。...在家畜育种中,GS包括对基因组估计育种值(GEBV)的估计,以及基于这些GEBV对仅有可用基因型的个体(例如,作为选择候选的年轻个体)的实际选择(补充材料,图S1)。...参考群体由具有已知表型和基因型的个体组成,基于基因组中的许多标记,用于建立预测方程和推断选择候选的GEBV。...最后,它允许选择难以记录且成本高昂的新性状(Meuwissen等人,2001;Calus和Veerkamp 2011)。

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    基因组选择的几个概念

    基因组选择:(Genomic selection) 中文: 基因组选择利用覆盖全基因组的高密度SNP标记, 结合表型记录或系谱记录对个体育种值进行估计, 其假定这些标记中至少有一个标记与所有控制性状的QTL...参考群和候选群 参考群:(Reference population)候选群:(Candidate population) 中文: 基因组选择中, 参考群是指有基因型和表型信息的群体....根据参考群的数据进行建模, 预测只有基因型个体的表型值. 基因组选择的效率主要受参考群的大小, 规模以及和候选群的关系等因素的影响....中文: 基因组选择将群体分为参考群体和候选群体, 参考群体用于建模, 估算候选群体的育种值. 参考群有表型和基因型, 候选群只有基因型.

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    基因组选择和SNP分析在ASREML-SA中的实现方法

    基因组选择在育种中的应用, 其基础是常规的系谱动物模型, 动物模型也可以很复杂, 看一下asreml的说明书就知道了, 有300多页, 据我了解, 其厚度可以用这个公式表示: ?...这个教程是asreml在基因组选择和分子育种中的应用, 下面是我的读书笔记....查看sln的BLUP值 ? 3, 基因组选择 理论介绍 GBLUP所依据的公式为: ? M是n*m构成的矩阵, n是个体数, m为标记数(marker), g是每个标记的BLUP值....相关的R包, 参考wgaim包 在下一章节中, 我们将对GS的延伸方法: Fast Bayes A进行介绍. 4, 基因组选择的其它方法 EM BayesA-like方法, 参考 Sun et al....PEV会给出标记的标准误, 结果不可靠 基因型的GBLUP在.sln中, mark的效应在.mef中, 标记的权重(weight)在.mef中, 大效应的标记在.res文件中. 6, asreml基因组选择考虑

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    域名 A 记录和 CNAME 记录区别在哪?如何选择?

    什么是 A 记录,什么是 CNAME 记录,如何选择等等,对于新手来说搞不清楚这两个概念也是挺愁人的,因为这两个记录是域名解析中使用频率最高的,浏览本博客的访客中也有很多正在学习的新人。...2、什么是 A 记录 A 记录用来记录域名对应的 IP 地址,下图的主机记录是域名前缀,记录值是 IP 地址,其他无需修改。...主域名的主机记录是@,国内常用的域名前缀是 www,mail 之类的,也可以自定义。 A 记录是使用频率最高的了,很多网站默认使用 A 记录解析域名。...IP 地址是互联网世界中唯一的,而 CNAME 指向的域名也要指向 A 记录,也就说 IP 地址可以按需更换,而无需变更 CNAME 的记录值。...现在搜索引擎对网站的收录,从 A 记录和 CNAME 记录的角度来说没有差别。

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    人生中的选择

    亚里士多德认为这三种关系中只有第三种才能叫爱,他认为基于愉悦或功利的相互关系中,有一个取舍条件,这种关系是一种有来有往(quid pro quo)的关系,是一种交易关系,这种交易关系背后不断思考公平的问题...我当然认同这个观点,就如同在我之前写过一篇《我所理解的爱情》中,把爱分成四个层级,低级自恋,中级交易,高级规则,顶级就是如果爱就去爱。...但在实际的生活中很难达到这个理想状态,所以我今天想说一点我的其他思考,就是人生,包括爱情和职业等问题在内,都是一个选择的问题。 我们先岔开这个话题,说点别的事情。...遗憾,是人生中的一个永恒命题。 所以人生不必遗憾,凡是发生的定是要发生的。既然自己选择了,就这样走下去,至于是晴空万里还是阴云密布,都接受好了。因为,这是自己的选择。...回到起初的那个问题上去,选择性伴侣也好,选择商业伙伴也罢,还是最终选择了精神伴侣,都是自己的选择,别人其实很难指手画脚,只要你自己愿意,不后悔,乐在其中就好了。

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    基因组选择分析软件调研

    引用语: 果然专业的编辑人员, 界面更漂亮, 排版更科学. 为前同桌点赞. 目前, 基因组选择进入了一个高速发展的阶段, 各种新的算法和模型被提出。...为了解相关软件应用的整体情况,也为选择合适的软件进行全基因组选择分析提供决策,这里对基因组选择的软件进行一个汇总。...目前市面上用于基因组选择的软件, 大体是以上这么多。...总体而言, 传统评估软件, 比如ASREML, DMU, BLUPF90都是基于Fortran编写的, 在常规分析中应用较广, 支持的模型和矩阵结构丰富。...随着基因组时代的到来, 特别是一步法的应用, 其本质将系谱构建的A逆矩阵, 替换为系谱和基因组构建的H逆矩阵, 因此这些软件在基因组选择时代也可以广泛应用。

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    Kafka生产者架构-选择记录的分区

    Java的默认分区使用记录Key的哈希来选择分区,如果记录没有Key,则使用轮循策略。 这里的重要概念是生产者选择分区。 ?...生产者正在对Offset 12进行写,同时消费者组A正在从偏移量9中读取。 Kafka生产者的写节奏和记录的分区 生产者以自己的节奏写记录,所以在分区之间不能保证记录的顺序。...生产者选择分区,使得记录/消息根据数据转到给定的分区。例如,您可以将某个“employeeId”的所有事件都转到相同的分区。...如果不需要分区中的顺序,则可以使用“轮循”分区策略,因此记录在分区之间均匀分布。 生产者回顾 生产者偶尔会写得比消费者快? 是的。...具有相同key的记录将被发送到同一个分区。 一个记录发送到哪个被选择的分区上? 生产者选择一条记录转到哪个分区上。

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    PHP正则中的捕获组与非捕获组

    今天遇到一个正则匹配的问题,忽然翻到有捕获组的概念,手册上也是一略而过,百度时无意翻到C#和Java中有对正则捕获组的特殊用法,搜索关键词有PHP时竟然没有相关内容,自己试了一下,发现在PHP中也是可行的...array &$match,它是一个数组,&表示匹配出来的结果会被写入$match中。...捕获组是正则表达示中以()括起来的部分,每一对()是一个捕获组。...捕获组的忽略与命名 我们还可以阻止PHP为匹配组的编号:在匹配组中模式前加  ?: $mode = '/a=(\d+)b=(?...非捕获组的用法: 为什么称为非捕获组呢?那是因为它们有捕获组的特性,在匹配模式的()中,但是匹配时,PHP不会为它们编组,它们只会影响匹配结果,并不作为结果输出。 /d(?

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    当机器学习遇到基因组选择

    摘要 全基因组选择(Genomic selection)可以大大加快育种进程, 这篇文章从以下几个方面进行讨论: 基因组选择的历史和现状 基因组选择的基础和准则 基因组选择的模型, 包括GbyE 基因组选择如何改良获得优良品系...系谱数据整合基因组选择(SSBLUP) 3....GS的优势在于, 可以通过基因型值, 直接检测孟德尔抽样, 这样就不需要多地点的测试去计算孟德尔抽样. 4. 基因组选择的流程 ?...当机器学习遇到基因组选择 GBLUP, RRBLUP, 贝叶斯类的方法, 本质上是线性核心(Linear core), 其实可以把GS当做分类的选择, 应为GS本质上是为了选择好的, 中等的, 低的,...它包含了大量用于实现传统机器学习和数据挖掘任务的算法,比如数据降维、分类、回归、聚类、以及模型选择等。随着时间的发展,sk-learn不断演进。

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    科研课题组的组会是选择最新文献还是专题文献好

    年前看到了北京大学李程老师课题组的2023组会安排,时间为每两周的周一下午 3:00-5:00,每次 2 位同学主讲。...三维基因组及多组学技术开发 三维基因组构象捕获技术开发 基于深度学习的基因组学研究 早期胚胎的转录调控相关研究 内分泌衰老的单细胞转录组研究 细胞力学因素与染色质结构的关系 结直肠癌多组学及染色质结构研究...看到这里,我想起来了一个讨论,就是科研课题组的组会是选择最新文献还是专题文献好?...据我所知,绝大部分课题组都是组员们挑选最近一个月或者半年内的比较新的CNS及其子刊水平的文献进行交流,当然了,也会是围绕着课题组的研究方向,但是并不会细化到如此多的专题。...基于对癌症基因组中非整倍体变异频繁出现的原因和后果的研究兴趣和基础,李程研究组在2014年开始将研究重心聚焦在癌症三维基因组学领域,通过自主建立的Hi-C实验和分析流程,首先研究多发性骨髓瘤细胞中非整倍体变异对三维基因组和表达谱的影响

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    学习 | BLUP与全基因组选择

    BLUP是怎么起作用的? 很简单,通过构建混合线性模型,估计个体的育种值(BLUP),然后可以推断出子代的育种值应该是亲本的平均值。选择BLUP大的个体就行了。 ? 3....BLUP选择的优势 可以容易的考虑固定因子 构建A矩阵,考虑亲缘关系 对不平衡性试验支持 可以估计后代的值(根据亲本) ? 8....BLUP的缺点 方差组分不是已知的,有误差 相对于大规模选择(mass selection),BLUP的方法容易增加近交系数 ? 9. BLUP的扩展 比如重复测量,母体效应,多性状模型等等 ?...BLUP到GBLUP的过渡 ? ? ? 11. 指数选择 ? 12. GBLUP介绍 ? ? ? 13. 基因组选择 ? ? 14. 基因组选择的优势 ? 15. 基因组选择适合的性状 ? 16....基因组选择与近交系数 模拟数据显示,GS相对于传统BLUP,能够降低近交系数。因为孟德尔抽样误差可以被估计,这样相似度高的全同胞不会进行组配。

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    python中的原组Tuple

    python中的原组Tuple 在Python中,元组(Tuple)是一种有序、不可变的数据类型。相对于列表(List),元组具有不可变性,即创建后不能被修改。...元组中的元素可以是不同类型的对象,也可以是相同类型的对象。 元组是不可变的,一旦创建就不能被修改。...# 输出: 6 **注意:**尽管元组是不可变的,但如果元组中的元素是可变对象(如列表),则可以修改该可变对象。...这是因为元组本身不存储对象,而是存储对可变对象的引用。但是,不能修改元组中的原始元素。...应用场景: 元组通常适用于需要一组不可变数据的情况,例如: 当函数需要返回多个值时,可以使用元组将多个值打包起来并返回。 元组可以用作字典的键,因为元组是不可变且可哈希的。

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