重新启动使用pm2-run运行的Node应用程序会导致容器消失，但应用程序仍在运行

的原因是pm2-run命令会在后台启动一个新的Node进程来运行应用程序，而不是在容器中运行。当重新启动应用程序时，旧的容器会被停止并删除，而新的容器会在后台运行。

这种行为在某些情况下可能会导致容器消失，例如在使用容器编排工具（如Docker Compose）进行部署时，重新启动容器会导致旧的容器被替换。因此，如果需要保持容器的持久性，可以考虑使用其他的部署方式，如使用Dockerfile构建镜像并运行容器。

对于解决这个问题，可以考虑以下几种方法：

1. 使用pm2的其他命令：除了pm2-run，pm2还提供了其他命令，如pm2-start、pm2-restart等。这些命令可以在容器中重新启动应用程序，而不会导致容器消失。例如，可以使用pm2-restart命令来重新启动应用程序：pm2 restart <app_name>。
2. 使用容器编排工具：如果使用容器编排工具进行部署，可以通过配置文件来定义容器的行为。例如，在Docker Compose中，可以使用restart策略来指定容器的重启行为。可以将restart策略设置为"always"，这样当容器停止时，会自动重新启动容器。
3. 使用容器管理工具：使用容器管理工具可以更方便地管理容器的生命周期。例如，使用Kubernetes可以通过定义Pod和Deployment来管理容器的启动和重启行为。可以使用kubectl命令来重新启动应用程序：kubectl rollout restart deployment/<deployment_name>。

总结起来，重新启动使用pm2-run运行的Node应用程序会导致容器消失，但应用程序仍在运行。为了解决这个问题，可以考虑使用其他的pm2命令、容器编排工具或容器管理工具来重新启动应用程序，以保持容器的持久性。