尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...同样地，导入ggplot2全部450个导出对象到你的命名空间会让分离你的包和ggplot2包的责任变得困难，特别是读者会搞不清这些函数到底来自哪里。 我个人碰到过很多这种情况。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！...如果ggplot2或者你代码的改变对可视化输出引入了改变，当你在本地或者Travis运行测试时会失败。
://github.com R包安装前设置 镜像 镜像网站相当于主网站的副本，在访问主网站存在障碍时，访问镜像 网站也可。...加载：二选一，不加引号,library()或require() library() require() library(tidyr) require(tidyr) R包的使用逻辑及帮助 (1)安装包-加载包...原因1：包名写错 原因2：安装命令使用错误 原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符(极少) (3)别更新 能不更新就不更新，除非一直报错。...问是否更新的、“不存在”的是依赖包 (4)依赖包问题 它问是否更新的是依赖包 R包之间存在复杂的依赖关系 使用A包，就必须同时用B、C， 而C又依赖了D包 理论上: 安装A，就会自动安装BCD 加载A，...就会自动加载BCD 实际上：常会因为一两个依赖包的安装失败，导致你想安装的那个包安装失败。
事实证明，包还是非常难安装的，一边安装，一边想着，一些收费的软件是有原因的…… 目录： 1. ggplot2包安装报错 2，安装rlange1.0.0 3. 安装Rtools3.6 4....重新安装ggplot2 5. 安装ellipsis包 6. 安装pillar包 7. 重新安装ggplot2 8....测试成功安装ggplot2 现在最新的R版本是4.2.1，因为有些包只能运行在3.6版本中，因此我需要安装3.6，这里安装常用的ggplot2时报错了，总结一下问题解决的方法。...问题来了，我有两个选择： 第一个：下载旧版本的ggplot2，它支持rlang0.4.11版本，但是很多更新的函数我无法使用了。测试了一下，可以实现。但我要用第二个。...这种方法可以推广到R3.5，R4.0，R4.1，windows系统安装Rtools就是为了防止本地编译时出错，里面有C，C++，Fortran等各种编译器，一篮子满满的。有了它，就不怕R包安装了。
p=16691 问题重现： 我需要安装R软件包stochvol，该软件包 仅适用于3.6.0版的R。因此，我安装了R（3.6.0 版本），并使用打开它 RStudio。...但是现在 ，即使我成功 使用来 安装软件包，也无法加载任何库 。具体来说，我需要加载的库是stochvol ，Rcpp和 caret。我尝试重新安装 R， 但仍然无法正常工作。...软件：R 环境：Mac osx 我收到的错误消息是 install.packages("package_name")caretforecastggplot2Error: package or namespace...（在升级之前，一切正常，除了我无法安装 quadprog，所以也无法安装 forecast 软件包）。 解决方案： 我了解到，升级到的新版本后，您需要重新编译旧软件包 R。...---- 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包 3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R语言GGSURVPLOT
（1）R包安装 按需索取，目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。 不需要安装所有的R包，需要哪一个，装哪一个。...例如：install.packages("stringr") 安装后需要加载,加载的时候加不加引号都可以， 两个都是加载，load是加载数据，library是加载R包 library()...#library是判断R包是否安装成功的唯一标准， require() 一次安装，每次打开新的session（交互式会话）都要加载。...require(stringr))install.packages("stringr") require()，library() 两个都是安装完R包之后的加载，但是library() 只是单纯的加载，而...R语言版本与R包不符 可能原因4:包过时了 2）是否更新 图片 3）加载A包，报错B包不存在 先安装B包，成功后再安装A包 4）依赖包的版本不够新 图片 更新一个包：重新安装，或先删除再重新安装 更新所有的包
这个包，所以仍然是失败的，只能是IMvigor210CoreBiologies这个包写的有点问题， 应该是它本来就并不是为了发布它，所以也无所谓，这样的粗制滥造的包本来就是不可能过审，没办法发布的。...就是这个改 DESCRIPTION 文件里面的R版本依赖 ，可以看到里面有 DESeq, DESeq2,等包，其实没有必要依赖这些啊， 删除 DESeq即可，修改好文件后，重新安装这个包： Depends...这样你可以很顺利的安装它，但是因为你强行修改了它的依赖，所以你安装的应该是一个残缺版本，如果后续它这个包确实是依赖于 DESeq 包里面的函数或者对象，就尴尬了。...，其实就存储在 data 文件夹： 存储在 data 文件夹 你不需要安装这样的包，也不需要加载它，仅仅是load这个压缩包里面的文件夹里面的对应的R数据对象文件即可。...但是，尴尬的是它这个对应的R数据对象文件里面的 cds变量其实是一个 CountDataSet object ，这个对象来自于 DESeq 包，如果你没办法按照它这个DESeq包，就不可能使用它定义的CountDataSet
因为之前旁听过几节R语言的课程，再加上自己练习数据可视化的需要（特别是可视化包——“ggplot2”），学了些R语言的皮毛。...以下是小魔方总结的关于R语言包的下载，加载以及更新以及R语言软件更新的方法技巧，供大家参考： 关于包的安装、加载及更新、卸载: update.packages()#查看可更新包 install.packages...("ggplot2")#安装下载工具包 library(ggplot2)#加载下载工具包 detach("ggplot2")#分离包（从内存空间中移除） remove.packages("ggplot2...")#删除（相当于卸载） 关于R语言软件的更新： install.packages("installr")#下载安装工具包 library(installr) #加载安装工具包 check.for.updates.R...()#检测是否有最新版的R软件 installr()#下载并安装新版R软件 copy.packages.between.libraries()#复制旧版R中的包到新版R中
R语言包是扩展其功能的重要工具，涵盖数据处理、统计分析、图形展示等多个领域。如dplyr用于数据清洗和操作，ggplot2实现高级绘图等。 今天这篇文章我们来汇总一下R语言安装包的方式。...install.package('ggplot2') library(ggplot2) 这样，就可以在RStudio中成功安装和加载R包了。...解决方法：尝试手动安装、使用BiocManager安装、使用devtools安装、降级R版本或寻找替代包。 • 依赖项错误：安装包时缺少依赖项导致失败。解决方法：安装缺少的依赖项。...解决方法：查找适用于当前R版本的包或降级R版本。 • 包冲突：安装的包与已安装的包冲突。...解决方法：根据具体错误信息进行调查，可能需要安装额外的软件或库。 好了，关于 R 语言包的安装方式我们就总结到这里，大家有什么补充的欢迎在评论区留言。
Seurat依赖的R包spatstat升级了，这是一个分析空间数据的R包，在Seurat中是分析空间转录组数据的支持包，对应的主要函数是Seurat::RunMarkVario()。...不推荐，这种方法是不在命名空间文件中出现spatstat，因为目前我还没有空间数据，我不用它为什么要加载它呢？当然，这要求懂一些R包构建的基本知识，不然，不知道修改哪里呀。...install的过程是我们买书（R包），为什么会有不同的安装方式呢？因为不同的书放在不同的商城，所以我们要从不同的地方来采购。...所以，在安装R包之前要知道这个包在那个仓库放着的，百度R包名字即可。 R包的基本形态有以下几种： ? 这些都对应一个文件，可以在.libPath()输出的路径下查看。...那么，如何快速查看一个R包的依赖环境呢？ library(Seurat) packageVersion('Seurat') [1] ‘4.0.0’ 我们使用pacman这个R包开查看。
当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。...构建函数，使其具有如下功能：判断未安装R包；使用 install.packages或BiocManager::install函数安装来源你不同的R包；用lapply分别加载R包，并不输出加载过程中产生的信息...R包外，还可以通过已经构建好的R包内置函数安装，例如现在比较友好的R pacman，它提供的p_load函数其实可以看成是上述InstallPackageFun的升级版本。
安装和使用 直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import()，用于替换library()加载包。...如果不想要在全局直接访问包内的函数，在导入时设定attach=FALSE。...use()将代码文件加载为模块 最近使用GitHub page的时候发现它的访问速度相当可观，哪怕GitHub主站点本身网络我们国内访问时好时坏。...这里一个对绝大部分读者有用的函数是install()，它之前被放在R包wfun中。我前几天把它重新进行了迁移和修改。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。
接下来我们就连载其中一个佼佼者的系统性学习五本书的笔记： 下面是YT的分享 ❤️前言 WHY R? 本书在每一次R示例之前都要加载以下包。...) library(tidyverse) 第一章 R基础知识 第一章内容包括：安装包，使用包和加载数据 1.1 安装包 Q：什么是R包?...A：R中的包是一些为了便于分发而封装在一起的函数，数据的集合。安装包就可以扩展R的功能。...1.2加载包 Q: 如何加载已经安装好的包？...A: 使用library() 函数，在括号内直接添加加载包的名字。但是要注意包与库之间的区别，即库实际上是一个包含了若干包的目录。
- John Tukey 本章将教您如何使用ggplot2可视化您的数据。 R有几个用于制作图形的系统，但ggplot2是最优雅和最通用的系统之一。...它还告诉您tidyverse中的哪些函数与基本R（或您可能已加载的其他包）中的函数冲突。...如果您运行此代码并收到错误消息“没有名为'tidyverse'的软件包”，则需要先安装它，然后再次运行library（）。...install.packages("tidyverse") library(tidyverse) 您只需要安装一次包，但每次开始新会话时都需要重新加载它。...如果外围点是混合动力车，它们应该归类为紧凑型轿车，或者可能是微型汽车（请记住，这些数据是在混合动力卡车和SUV变得流行之前收集的）。
一、原理简述 包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。计算机上存储包的目录称为库（library）。...其他包可通过下载来进行安装。安装好以后，它们必须被载入到会话中才能使用。命令search()可以告诉你哪些包已加载并可使用。 二、使用步骤 1、包安装 有许多R函数可以用来管理包。...例如： install.packages("ggplot2") 2、包载入 包的安装是指从某个CRAN镜像站点下载它并将其放入库中的过程。...要在R会话中使用它，还需要使用library()命令载入这个包。例如，要使用ggplot2包，执行命令library(ggplot2)即可。当然，在载入一个包之前必须已经安装了这个包。...使用函数help()可以查看其中任意函数或数据集的更多细节。这些信息也能以PDF帮助手册的形式从CRAN下载。 例如： help(package="ggplot2") ?
最近写了不少关于网页数据抓取的内容，大多涉及的是网页请求方面的，无论是传统的RCurl还是新锐大杀器httr,这两个包是R语言中最为主流的网页请求库。...RCurl包是R语言中比较传统和古老的网页请求包，其功能及其庞大，它在请求网页之后通常搭配XML解析包进行内容解析与提取，而对于初学者最为友好的rvest包，其实他谈不上一个好的请求库，rvest是内置了...（默认加载了xml2包）解析库，所以我们在解析HTML/xml文件的时候感觉很顺手，但是它的请求功能极其有限，对于一些高级请求设置（比如cookie管理、身份验证、报头伪装、代理设置、进程管理）几乎无能为力...，我会将删除命名空间后的atom.xml文件共享到GitHub上，如果你想要自己直接读取网页版的话，记得删除命名命名空间） xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xmlParse...“|”符号代表或条件，无论是在正则中还是在函数逻辑符号中都是如此，在XPath中也是如此，使用Xath分割两个单XPath表达式，即可同时返回符合两个条件的所有信息。
第一次提问：在r编程语言里面绘制一个箱线图 在R语言中，你可以使用ggplot2包来绘制箱线图，或者使用基础图形系统中的boxplot()函数。...以下是两种方法的示例： 使用ggplot2包绘制箱线图 首先，确保你已经安装并加载了ggplot2包： install.packages("ggplot2") # 如果你还没有安装ggplot2包 library...以下是两个常用的包： ggpubr包： ggpubr是一个基于ggplot2的扩展包，它提供了创建符合出版物要求的图形的功能。...在使用ggstatsplot包绘制图形时遇到"Error in select(): ! Names must be unique."的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。...同时，确保你的ggstatsplot包是最新版本，因为软件更新可能包含错误修复。
初试Seurat的V5版本 使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵 使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 首先是安装 Seurat_v5包 #查看R包的路径...#官方还建议安装这些额外的软件包，它们会增强 Seurat 的功能： #Signac：分析单细胞染色质数据 #SeuratData：自动加载预先打包为 Seurat 对象的数据集 #Azimuth：跨多个器官和组织的...，请使用下面的命令重新安装 TFBSTools 软件包，并打开一个新的 R 会话： # BiocManager::install("TFBSTools", type = "source", force...包版本 packageVersion('Seurat') ##### library(ggplot2) #这里是找了一个之前的复现过的数据，将seuratv4对象转为v5对象。...也可以删除，如果不删除的话，你会看到sce对象的大小是之前的一倍，分别是1.3G 和2.6G。
在使用 R 的过程中，肯定需要使用到 R 的包，因此，需要掌握 R 包的管理，包括包的查找，安装，加载，升级，取消加载，删除，查看帮助文档等等操作。...1.3bioconductor 项目 Bioconductor 是建立在 R 语言环境上的，用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集，由一系列 R 扩展包组成。...在使用 bioconda 管理 R 包之前，首先需要知道 R 包在 bioconda 中名字为名字为 r-base，一些 Bioconductor 包的名字为 bioconductor-前缀。...6.2 获取名字重新安装 获取要迁移的 R 包名字列表，在一台设备上使用循环逐个安装。但是该方法无法处理Bioconductor 或者 github 上安装的包。..." [2] "/ifs1/Software/biosoft/R-4.1.1/library" new 选项会去掉之前默认的，可以通过在函数中增加一个向量增加多个目录。
【R包安装】安装"ggplot2", "pheatmap", "ggpubr"R包的时候点击是的之后无限弹窗应该怎么操作？ 先试试重启一下RStudio，再重新从第一行开始运行。...【软件安装】请问之前有装有R4.2.3，但我看咱必装的版本是R 4.4.0，需要卸载重装吗？ 建议卸载重装，否则部分R包可能安装比较困难。...【R实战】没有找到select这个函数该怎么解决？ 找不到一个函数，不是因为没有加载相应的包吗？所以你去查一下来出自谁的包，出自哪个包，去加载一下不就好了。...【Linux实战】我在进行hisat2构建索引时，一直报错，是不是单纯是储存空间不足？该怎么办？ 大概率是空间不够哈，学会构建索引这个操作就行，服务器有构建好的，不用重复运行。...【R实战】我用getGEO下载GSE121211，平台文件下载失败了，但是在GEO官网下载soft文件又很慢，有什么办法吗 试试换个网络环境 【R实战】我一运行这一步的时候就卡住不动了， 是怎么回事啊
jimmy 安装R包多个函数打包存放包含函数，数据...特定分析功能需要相应的包实现。...找到R包的使用规律R包的位置：CRANinstall.packages("tidyr")R包的位置：bioconducterBiocManager::install("ggplot2")R包的位置：githubdevtools...安装后加载library(stringr)require(stringr)library("stringr")#library() 检查包是否安装成功的唯一标准国内镜像# 清华镜像# http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...R包可以用::快速调用里面的函数pheatmap::pheatmap()常见疑问图片图片图片更新一个包：重新安装或者先删除后重新安装；图片图片分情况讨论安装包if(!
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