选自Upflow.co 作者:Killian 机器之心编译 参与:Nurhachu Null、李亚洲 在这篇文章中,研究员 Killian 介绍了自己的深度学习开发环境:TensorFlow + Docker + PyCharm + OSX Fuse + Tensorboard。但根据自己的预算、语言习惯、开发需求,每个人都会配置不同的开发环境,也遇到过各种各样的难题。因此,我们在文后附上了一份调查问卷,希望能了解众多不同开发者的深度学习环境,最终汇集成一篇文章为大家提供不同的洞见。 在尝试用不同的东西来配
在实际的生产环境中,使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多,通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。这样一来既能节约资源和时间,又能申请到更大规模的计算资源,对于平台管理人员还是用户来说都是非常有利的。国家超算中心,地方超算中心,学校超算中心一般都对外提供这样的服务,不过需要按核时进行计费。所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时,这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。作为超算中心或者高性能集群,必不可缺的就是集群作业管理系统,它可以根据用户的需求,统一管理和调度集群的软硬件资源,保证用户作业公平合理地共享集群资源,提高系统利用率和吞吐率。
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/snakemake-chap.html
大家好哇!随着时代的不断发展,我们在做项目时所使用的数据也越来越大。当进行计算量很大的任务时,我们不可避免地会使用超级计算机(以下简称超算)来帮助我们完成。常见的超级计算机作业调度系统有SLURM和Torque PBS,但我自己在实际应用过程中常见到的是slurm,以下就slurm作业调度系统进行一些简单的介绍!
目前,一个上市的药物平均需要花费20-30亿美元,并且需要10年左右的研发时间。大部分经费都花费在了昂贵且耗时的湿实验部分,初始Hits阳性率太低以及(临床前)阶段的高损耗率。使用基于结构的虚拟筛选,Hits质量随着筛选化合物的数量而提高。尽管存在大量的化合物数据库,但是缺乏有效的灵活的方式使用计算机集群进行大规模的SBDD的手段。本文介绍VirtualFlow,这是一个高度自动化的开源平台,可以有效的准备化合物库并进行超大规模的虚拟筛选。VirtualFlow能够使用各种强大对接程序。本文准备了目前已知的最大的免费使用的配体库,配体库包含了超过14亿个可商业购买的分子。VirtualFlow可以探索广阔的化学空间,并可以准确的识别与目标蛋白具有高亲和力的分子。
配置 GRAILS_HOME,注意一定要配置到 build.xml 所在的文件夹:
密码都正确之后你会进入到 login 节点,在这里千万不能随意执行大规模的计算任务,因为很有可能会被封号。你需要使用 compute 节点执行计算任务。
1.windows的网上邻居,是通过smb协议来共享信息的,如果需要给访问linux上的共享目录被windows访问到,需要linux有smb协议
前段时间为了能让运行的 CONQUEST 任务在后台运行、并尽可能地进行资源调控,特别采用了 Slurm 作业管理系统。Slurm 单节点的部署配置还是比较简单的,直接运行本人构建好的镜像就可以了。随着对 Slurm 的深入了解,笔者发现 Slurm 在集群部署上比其他作业管理系统更加简单方便,因此有了在多机集群上部署一个 Slurm 集群的想法。经过调查发现以下两种通用的部署 Slurm 集群的方案:
执行NFS挂载时,你可能会看到设备繁忙状态。在这种情况下,你必须以适当的方式强制卸载。 在这种情况下,我们创建了 /var/linoxide 安装目录。如果尝试卸载远程分区,则会收到错误消息。 # df -h Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on /dev/vda1 20G 3G 18G 7% / devtmpfs 236M 0 236M 0% /dev tmpfs 245M 0 245M 0% /dev/shm tmpfs 245M 4M
Slurm可以被配置为收集每个作业和作业步骤执行的核算信息。核算记录可以被写入一个简单的文本文件或一个数据库。目前正在执行的作业和已经终止的作业的信息都是可用的。sacct命令可以报告正在运行或已经终止的作业的资源使用情况,包括单个任务,这对于检测任务之间的负载不平衡非常有用。sstat命令可用于仅对当前正在运行的作业进行统计。它也可以为你提供关于任务之间不平衡的有价值的信息。sreport可以用来生成基于特定时间间隔内执行的所有作业的报告。
他们必须在过程的顶部进入人体,在任何其他声明块(即input,output等),并具有以下语法:
Slurm为cgroup v2的系统提供支持。这个cgroup版本的文档可以在kernel.org Control Cgroup v2文档中找到。
SELinux(Security Enhanced Linux)是美国国家安全局2000年发布的一种高级MAC(Mandatory Access Control,强制访问控制)机制,用来预防恶意入侵。SELinux在DAC(Discretionary Access Control,自主访问控制)的基础上实现了强制访问控制,比如读、写和执行权限。
作为电脑小白,即使对电脑系统了解不多,也可以通过简单的扫描、清理和按提示操作来提升电脑效能。今天,我向大家推荐8款免费的Windows电脑系统工具,它们可以帮助你清理、整理、杀毒和管理系统,让你的电脑更专业高效。
部分视图是普通的视图文件(.cshtml),可以嵌入到另外的视图文件里,这意味这相同的视图文件能被使用在多个地方并且减少代码重复,如果在我们应用程序中有重复的视图,我们可以将这个视图作为部分视图,在别的视图中加载这个文件,这种方式可以阻止代码重复
SELinux(Security-Enhanced Linux)是一种基于 域-类型 模型(domain-type)的强制访问控制(MAC)安全系统,它由NSA编写并设计成内核模块包含到内核中,相应的某些安全相关的应用也被打了SELinux的补丁,最后还有一个相应的安全策略。任何程序对其资源享有完全的控制权。假设某个程序打算把含有潜在重要信息的文件扔到/tmp目录下,那么在DAC情况下没人能阻止他。SELinux提供了比传统的UNIX权限更好的访问控制。
仓库地址:WhitemuTeam/Folder-exe-virus-killer: 文件夹exe专杀器(针对某高中的拉跨系统制作) (github.com)
随着计算机的计算能力和运行规模的不断提升,基于第一性原理计算理论的计算材料学科越来越得到重视。但是一般来说这样的模拟对一个包含成千上万的原子、电子而言,所需的计算框架是非常复杂的,计算代价是相当昂贵的。比如为人所熟知的商用类型 第一性原理计算框架 VASP 授权通常需要五六万人民币以上,而且在一个普通超算集群上计算一个完整的体系结构(超过 1,000 个原子)可能需要几周,甚至几个月。无论是软件授权成本,还是时间成本,都比较高昂。对于想学习和实践第一性原理计算的小伙伴而言,当然也有比较节省的方式。首先软件可以选用免费的开源第一性原理计算框架,比如说本文中即将介绍到的 CONQUEST,以及 ABINT,SMASH 和 QUANTUM ESPRESSO 等。
作为罪犯,你需要为自己的身份保密;而作为中情局成员,你同样也需要为自己的身份保密。但是,你却不是他们其中的任何一员,你只是不想其他人查探到你的金融数据、家庭照片、尚未出版的手稿,或者记录着你能发家致富的最初想法的私密笔记。
并不保护仓库避免意外的损坏,每一个用户都有“远程”目录的完整 shell 权限,没有方法可以 阻止他们修改或删除 Git 内部文件和损坏仓库。
本文主要是简述一下本人为了完成极市平台赛事过程中,使用 MMSegmentation 语义分割开源库的心得。
RASP英文为 Runtime application self-protection,即运行时应用程序自我保护。“运行时应用程序自我保护”的概念由Gartner在2014年提出,含义是:对应用服务的保护不应该依赖于外部系统,应用应该具备自我保护的能力。这意味着,RASP在程序执行期间运行,使程序能够自我监控并识别有害的输入和行为。OpenRASP 是该技术的开源实现,它改变了防火墙依赖请求特征来拦截攻击的模式。
“ 大家好哇!前面我们对slurm作业调度系统进行了一个简单的介绍【科研利器】slurm作业调度系统(一),今天我们继续对如何用slurm提交批处理任务以及使用 sinfo、squeue、scontrol命令查询作业信息进行具体的介绍。”
曾经开发一直去android官网下载adt-bundle的。里面已经包括了eclipse和android SDK,搭建android环境特别方便,仅仅须要3步:1.下载并安装jdk(也就是jar se) 2.配置java环境变量 3.下载adt-bundle。这样就能够打卡eclipse直接开发Android了。
我们在使用Linux的时候,难免要在系统中查找某个文件,比如查找xxx配置文件在哪个路径下、查找xxx格式的文件有哪些等等。
既然是Linux系统,那么使用命令行形式去查找肯定是最快最直接的方法,虽然现在有很多连接工具可以提供查找功能,但是归根到底还是利用了相关查找的命令,那么今天瑞哥就带大家来学习一下,如何用命令的形式查找文件。
AI 研习社消息,日前, Facebook 人工智能研究院发布 wav2letter 工具包,它是一个简单高效的端到端自动语音识别(ASR)系统,实现了 Wav2Letter: an End-to-End ConvNet-based Speech Recognition System 和 Letter-Based Speech Recognition with Gated ConvNets 这两篇论文中提出的架构。如果大家想现在就开始使用这个工具进行语音识别,Facebook 提供 Librispeech
随着systemd越来越成熟,systemd提供了很多的功能特性可以对进程进行资源隔离和防护,虽然不是完全的隔离性,但是还是为安全性提供了保障。
不管Windows 7和Windows 8.1操作系统用户是否想要保留原来的操作系统,微软已经开始帮助Windows 7和Windows 8.1用户更新到Windows 10。 如果你已经遇到了这样的情况,下面将会向你展示如何删除Windows10升级安装文件;如果你还没有遇到这个情况,下面也会介绍按照自己的需求来控制是否需要下载Windows10升级安装文件。 如何删除Windows 10更新文件 浏览你的系统分区,你会发现一个或两个文件夹,名为$Windows.~BT和$Windows.~WS。这两
检測username Login: root 到该文件夹下检查 /etc/passwd
(以前申请过的,并且可以找到的,直接跳过。(请跳至[第17步])) (找不到的,点击更换证书)
2.把apache-jmeter-4.0zip包 用rz命令上传到linux系统的根目录下 解压
当您打开终端窗口(如 Windows 上的命令提示符或 MacOS 和 Linux 上的终端)时,您会看到一个几乎空白的窗口,您可以在其中输入文本命令。你可以从终端运行你的程序,但是如果你不习惯,通过终端(也称为命令行)使用你的计算机可能会令人生畏:不像图形用户界面,它不提供你应该做什么的提示。
本文将介绍slurm,一个 Linux服务器中的集群管理和作业调度系统。并对其基础命令和运行方式进行实战演练。
近期,手下有一个项目。需要嵌入一个富文本编辑器,基于大厂的光环,选择了百度富文本 UEditor,之前都是 Windows+Eclipse ,转到 Mac+IDEA 后,发现差别还是有的,不管大小,即使有一点不对,都不符合预期效果。鼓捣了一下午,记录分享一下。
文件结构 创建一个shizhan文件夹,根据flask的文件结构,在shizhan里面创建app文件夹,其他如下的结构 ├── app │ ├── __init__.py │ ├── admin │ │ ├── __init__.py │ │ └── views.py │ ├── home │ │ ├── __init__.py │ │ └── views.py │ ├── models.py │ ├── static │ └── templates
什么时候server上PHP已安装。需要额外补充PHP如何扩展?你并不需要再次安装PHP。同phpize我们可以在原PHP安装扩展直接的基础上,。
我使用的是python3.6 文件结构 创建一个shizhan文件夹,根据flask的文件结构,在shizhan里面创建app文件夹,其他如下的结构 ├── app │ ├── __init__.py │ ├── admin │ │ ├── __init__.py │ │ └── views.py │ ├── home │ │ ├── __init__.py │ │ └── views.py │ ├── models.py │ ├── static │
输出java版本 虽然默认已经将Java的路径配置到了系统环境变量中,但由于后续需要使用JAVA_HOME,我们最好将JAVA_HOME显式写入到系统的配置文件中。参考链接:https://segmentfault.com/a/1190000007950960
选自GitHub 作者:Ronan Collobert等 机器之心编译 参与:李亚洲、刘晓坤 近日,Facebook AI 研究院开源了端到端语音识别系统 wav2letter,本文是该架构的论文实现,读者可据此做语音转录。 GitHub 地址:https://github.com/facebookresearch/wav2letter wav2letter wav2letter 是 Facebook AI 研究院今天开源的简单高效的端到端自动语音识别(ASR)系统。该实现的原作者包括 Ronan Col
在Slurm集群中,有很多组件需要能够相互通信。有些站点有安全要求,不能打开机器之间的所有通信,需要有选择地打开必要的端口。本文件将介绍不同的组件需要怎样才能相互交流。
文件权限模式针对三类对象:当前用户user(这里也是文件的所有者),组group,其他用户other。 文件权限有读Read,写Write,执行Execute。
由于 Create React App 脚手架创建的项目过于简陋,没有集成诸如 eslint 等工具,致使每次在开发 react 项目的时候,就要颇费一番周折。针对这种不便,我搞了这个模板仓库。
Samba是在Linux和UNIX系统上实现SMB协议的一个免费软件,由服务器及客户端程序构成。SMB(Server Messages Block,信息服务块)是一种在局域网上共享文件和打印机的一种通信协议,它为局域网内的不同计算机之间提供文件及打印机等资源的共享服务。
%~dp0 “d”为Drive的缩写,即为驱动器,磁盘、“p”为Path缩写,即为路径,目录
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说到网络框架,Ruby的Ruby on Rail和Python的Django都相当轻巧好用,但Java下的框架,则要沉重很多。有人因此质疑Java语言本身是否符合网络时代的需求。Java大神们对这一问
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cp 命令使用 -r 参数可以将 packageA 下的所有文件拷贝到 packageB 中:
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