文档建议反馈控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

(R中)如何将dr4pl模型中的剂量响应IC50值合并到ggplot2曲线中？

在R中，将dr4pl模型中的剂量响应IC50值合并到ggplot2曲线中可以通过以下步骤实现：

  1. 首先，确保已经安装了所需的R包，包括ggplot2、drc和tidyverse。可以使用以下命令安装这些包：
代码语言：txt
复制
install.packages("ggplot2")
install.packages("drc")
install.packages("tidyverse")
  1. 导入所需的库：
代码语言：txt
复制
library(ggplot2)
library(drc)
library(tidyverse)
  1. 准备数据集。假设你已经有一个包含剂量和响应数据的数据框，命名为data。确保数据集中的剂量和响应值是数值型数据。
  2. 使用drc包中的drm()函数来拟合dr4pl模型，并提取IC50值：
代码语言：txt
复制
model <- drm(response ~ dose, data = data, fct = DR.4())
IC50 <- IC50(model)
  1. 创建一个新的数据框，将原始数据和IC50值合并在一起：
代码语言：txt
复制
merged_data <- data %>%
  mutate(IC50 = IC50)
  1. 使用ggplot2创建曲线图，并将IC50值添加到图表中：
代码语言：txt
复制
ggplot(merged_data, aes(x = dose, y = response)) +
  geom_line() +
  geom_vline(xintercept = IC50, linetype = "dashed", color = "red") +
  labs(x = "Dose", y = "Response") +
  theme_minimal()

这样，你就可以将dr4pl模型中的剂量响应IC50值合并到ggplot2曲线中了。请注意，这只是一个示例，你需要根据实际情况调整代码以适应你的数据和需求。

相关搜索:如何将数据合并到使用另一个文件(R)中的数据在ggplot2中构建的绘图中？在哪里去用c语言字符串转置c语言做c语言用啥软件占用内存的c语言注册登入 c语言掌握c语言的途径怎么用c语言包装在线c语言编程器哲学家算法c语言
相关搜索:
页面内容是否对你有帮助？
有帮助
没帮助

相关·内容

Nucleic Acids Res | DrugComb更新:更全面的药物敏感性数据存储和分析门户

1.2 评估敏感性和协同作用 DrugComb使用SynergyFinder R软件包分析药物组合的敏感性和协同作用。 单一药物的敏感性以其IC50和RI值的剂量反应曲线来描述。...RI是log10-transformed剂量反应曲线下的归一化面积，可以比较不同浓度范围的药物反应。...药物组合的敏感性使用作者提供的CSS(Combination Sensitivity Score)指标，其基于当两种药物之一固定在其IC50浓度时，组合剂量反应曲线的log10-transformed归一化面积...作者还将癌细胞系的转录组学图谱整合到网络中，以显示其基因表达值(图3A)。此外，作者还提供了基因表达和药物敏感性的相关性(图3B)。 ? 图3 药物组合的网络建模。...作者使用高质量的ONEIL数据集来训练CatBoost模型。为了加快模型的训练过程，作者只考虑了39个细胞系中前5%的变异基因(n = 153)(图4)。 ?

3K30

    • MCE 抑制剂 | MedChemExpress

    体外实验 雷帕霉素在 HEK293 细胞内抑制内源性 mTOR 活性的 IC50 值为 0.1 nM,更分别有效地抑制 iRap （IC50=5 nM）和 AP 21967 （IC50=10 nM）[1...雷帕霉素以剂量依赖性的方式抑制三种细胞系的细胞活力，但其敏感性各不相同。对于 T98G、U87-MG U373-MG 三种细胞的 IC50 值分别为 2 nM，1 μM，和 > 25 μM[3]。...治疗 WT 或 LS/+小鼠 4 周，随后每周注射相同剂量的雷帕霉素 4 周。雷帕霉素处理的 LS/+小鼠心脏异常胎儿基因表达谱显著逆转合物[5]。 [1]. Edwards SR, et al....MK 2206 可有效力地抑制 Ras 野生型(WT)细胞系(A431, HCC827, NCI-H292)的细胞生长; IC50 值分别为 5.5、4.3 和 5.2 μM。...相比之下, MK-2206 对 Ras-mutant 细胞系(NCI-H358、NCI-H23、NCI-H1299、 Calu-6） 的 IC50 值分别为 13.5、 14.1、 27.0 和 28.6

    32840

    RNAseq纯生信挖掘思路分享？不，主要是送你代码！（建议收藏）

    差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析 ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 R|clusterProfiler-富集分析 ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ggplot2|绘制...R|生存分析 - KM曲线 ，必须拥有姓名和颜值 注：可以使用其他机器学习的方法进行筛选，如lasso，随机森林，SVM等，可以参考使用机器学习方法构建预后模型的集大成者文献，2010年NC的文章 Pan-cancer...使用ROC 曲线可以比较直观的展示模型的好坏，处于ROC 曲线下方的那部分面积的大小越大越好，也就是Area Under roc Curve(AUC)值。...RNAseq|构建预后模型后你还需要这些图，森林图，诺莫图，校准曲线，DCA决策曲线 4，模型基因-预后模型联动 如果想展示riskscore中具体的基因表达与预后风险得分关系的话可以绘制风险因子联动图...四 预后模型特征 1，临床和免疫指标 经过上面的分析可以初步确定预后模型是有意义的，最好再加一些和常见临床指标（左侧两个）以及药物反应（IC50） 和 免疫反应（IPS，TIDE）等。

    1K51

    MTT法检测细胞增殖

    在理想的MTT实验中，如果是细胞抑制实验，不加药物处理的空白组的吸收值应该在0.8-1.2左右，太小检测误差占的比例较多，太大吸收值可能已经超出线性范围。这个原理在朗伯-比尔定律中有解释。...4.实验步骤： 4.1 细胞标准曲线制作 （1） 0.5%的胰酶消化对数期细胞，待细胞即将脱离皿底时，加少量血清终止反应，1000r/min，离心5min，吸去上清，将细胞沉淀用培养基吹打混匀，制成细胞悬液...10～20 min，这样有助于 DMSO对紫色结晶物的溶解（尤其在冬天））； d) 加DMSO后10min内，用酶标仪检测各孔波长490nm的吸光值； （4） 标准曲线制作 以时间为横坐标，吸光度值为纵坐标绘制细胞增殖标准曲线...（6）MTT结果分析 关于如何计算IC50，使用改良寇式法:lgIC50=Xm-I(P-(3-Pm-Pn)/4) Xm:lg 最大剂量 I:lg(最大剂量/相临剂量) P:阳性反应率之和 Pm:最大阳性反应率...=45.186 该药物的IC50值为45.186ug/ml，IC50值也可以通过Graphpad prism7进行计算，具体可参考文章： https://jingyan.baidu.com/article

    2.3K20

    Nat. Commun. | 使用机器学习发现抗衰老药物

    为了将化学结构转化为数字格式以进行模型训练，作者将训练库中的每个化合物二值化为0（阴性）或1（阳性），并使用RDKit软件包计算了200个物理化学描述符。...首先，在人二倍体成纤维细胞IMR90中评估了由融合蛋白ER:RAS诱导的细胞衰老（OIS），该融合蛋白通过向培养基中加入4-羟基他莫昔芬（4-OHT）诱导致癌基因RasG12V介导的应激响应。...IC50对照= 300 nM；IC50衰老= 24 nM）和4.6 μM ginkgetin（IC50对照= 26 μΜ；IC50衰老= 2.6μΜ）的剂量下，有最清晰的效果。...这些浓度对正常细胞的核数量影响微小，但在衰老细胞中核数量显著减少（图3c，d）。剂量-响应曲线显示，与正常细胞核相比，这三种化合物在衰老细胞核中的IC50较低（图3d）。...., Elliott, R.J.R. et al. Discovery of senolytics using machine learning.

    39920

    MTT法测细胞增殖和药物毒性实验protocol

    在理想的MTT实验中，如果是细胞抑制实验，不加药物处理的空白组的吸收值应该在0.8-1.2左右，太小检测误差占的比例较多，太大吸收值可能已经超出线性范围。这个原理在朗伯-比尔定律中有解释。...4.实验步骤： 4.1 细胞标准曲线制作 （1） 0.5%的胰酶消化对数期细胞，待细胞即将脱离皿底时，加少量血清终止反应，1000r/min，离心5min，吸去上清，将细胞沉淀用培养基吹打混匀，制成细胞悬液...10～20 min，这样有助于 DMSO对紫色结晶物的溶解（尤其在冬天））； d) 加DMSO后10min内，用酶标仪检测各孔波长μl570nm的吸光值； （4） 标准曲线制作 以时间为横坐标，吸光度值为纵坐标绘制细胞增殖标准曲线...（6）MTT结果分析 关于如何计算IC50，使用改良寇式法:lgIC50=Xm-I(P-(3-Pm-Pn)/4) Xm:lg 最大剂量 I:lg(最大剂量/相临剂量) P:阳性反应率之和 Pm:最大阳性反应率...=45.186 该药物的IC50值为45.186ug/ml，IC50值也可以通过Graphpad prism7进行计算，具体可参考文章： https://jingyan.baidu.com/article

    9.9K25

    MCE 化合物库 | MedChemExpress

    在 1 μmol/kg 的剂量下，EC0489 可减少 nu/nu 小鼠 （接种 KB 细胞）的皮下肿瘤质量。EC0489 在动物模型中的活性，表明其可能对人类癌症的化疗有作用。...R916562 R916562 是有效的和有选择性的 Axl/VEGF-R2 双重抑制剂, IC50 值分别为 136 nM和 24 nM。...R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。在 MDA-MB-231 人乳腺癌异种移植模型中，R916562 可延迟和抑制肿瘤的生长。...BAY-678 BAY-678 是具有口服生物活性的、高效的、选择性的、人中性粒细胞弹性蛋白酶 (HNE) 的细胞渗透性抑制剂，其 IC50 值为 20 nM。...BAY-678 是一种口服生物活性强、选择性强、细胞渗透性强的 HNE 抑制剂，IC50 为 20 nM, Ki 值为 700 nM。该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。

    18310

    纯AI研发新药登Nature，效率提升3倍，临床实验疗效拔群

    随后，进一步评估了42个热门激酶，以确定INS018_055的IC50。 研究人员的剂量依赖性研究显示，TNIK是受抑制作用最强的靶点，其IC50为31nM。...一项已发表的使用50个激酶面板对NCB-0846进行的选择性检测显示，有8个激酶的IC50 小于 100 nM56。 INS018_055 可抑制其中6种激酶，其IC50值大大高于该浓度。...SAD和MAD试验的PK概况 在SAD试验中，空腹个体的INS018_055血浆浓度随时间的变化曲线显示，在快速吸收阶段，INS018_055浓度达到峰值，达到最大浓度所需的中位时间（Tmax）值为服药后...在所有剂量中，INS018_055的水平直到72小时的最后一个采样点仍可检测到，但接受30毫克剂量的组群除外，而INS018_055在服药后48小时仍可检测到。...总体而言，INS018_055的几何平均峰值（Cmax）和总暴露量（曲线下面积（AUC）0-t）以及跨时间的总暴露量（从零到无穷大的AUC（AUC0-inf））随剂量成比例增加（补充信息9），但90毫克剂量的

    11410

    MCE 化合物库 | MedChemExpress

    在 1 μmol/kg 的剂量下，EC0489 可减少 nu/nu 小鼠 （接种 KB 细胞）的皮下肿瘤质量。EC0489 在动物模型中的活性，表明其可能对人类癌症的化疗有作用。...R916562 R916562 是有效的和有选择性的 Axl/VEGF-R2 双重抑制剂, IC50 值分别为 136 nM和 24 nM。...R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。在 MDA-MB-231 人乳腺癌异种移植模型中，R916562 可延迟和抑制肿瘤的生长。...BAY-678 BAY-678 是具有口服生物活性的、高效的、选择性的、人中性粒细胞弹性蛋白酶 (HNE) 的细胞渗透性抑制剂，其 IC50 值为 20 nM。...BAY-678 是一种口服生物活性强、选择性强、细胞渗透性强的 HNE 抑制剂，IC50 为 20 nM, Ki 值为 700 nM。该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。

    37310

    DDR1 和 DDR2 双靶点抑制剂的设计合成及其抗炎作用研究 | MedChemExpress

    DDR1 敲除的小鼠可以降低脂多糖（LPS）诱导的趋化因子分泌，并使死亡率降低。小分子 DDR1 抑制剂可以减少炎性细胞因子的释放，在小鼠炎症模型中明显的治疗效果。...Ⅰ型胶原介导的 DDR2 激活对于纤维化发生至关重要，在早期酒精性肝病模型中，沉默 DDR2 的表达可减少酒精性肝损伤和纤维化。...首先，化合物 5n 可以降低原发性腹腔巨噬细胞种 LPS 诱导的 IL-6 分泌（图6）。其次，化合物可以改善 LPS 诱导的急性肺损伤小鼠模型中的炎症症状。...DDR1-IN-2 DDR1-IN-2 是一种盘状结构域受体 1 (DDR1) 抑制剂，IC50 值为 13.1 nM，对 DDR2 的抑制作用相对较弱， IC50 of 203 nM。...DDR1-IN-3 DDR1-IN-3 是圆盘状受体 1 (DDR1) 的一个选择性抑制剂， IC50 值为 9.4 nM。

    39510

    MCE 化合物 | MedChemExpress

    BI-671800 BI-671800 是高特异性的、有效的前列腺素 D2 受体 (DP2/CRTH2) 的拮抗剂，其对人和小鼠 CRTH2 转染细胞中 PGD2 结合CRTH2 的 IC50 值分别为...T-26c T-26c 是高效和选择性的 基质金属蛋白酶-13(MMP-13) 抑制剂， IC50 值为 6.75 pM。比对其他相关金属酶的选择性高 2600 倍。...PRN1008 PRN1008 是布鲁顿氏酪氨酸激酶 (BTK) 可逆的、选择性的、有口服活性的共价抑制剂，其 IC50 值为 1.3 nM。...在临床前实验中，该选择性化合物被鉴定为一种可逆的 BTK 共价抑制剂， IC50 为 1.3±0.5 nM。当在 251 个其他激酶的板中进行测试时，也发现它具有很高的选择性。...在动物模型中，该强效抑制剂在从体内循环清除后，仍然显示出持续的效果，这与延长目标停留时间一致。此外，口服活性药物还能以剂量依赖的方式逆转和完全抑制鼠关节炎（胶原诱导）的病情。 [1].

    29120

    R语言实现非房室模型算法

    药代动力学分析过程中房室模型和非房室模型成为两大主要分支。...房室模型分析法的基础是把机体以类群形式分为几个不同的隔室或房室，然后根据药物在各房室间的转运或消除速率常数建立能够反应药物在机体内的变化规律的数学模型。其参数的估测都是依据房室模型而进行的。...尽管非房室模型可以覆盖所有的房室模型，同时在用于药物浓度非特异性测定方面优于房室模型，但是目前房室模型已成为药代动的金标准。总之，两者各有所长。今天我们主要给大家介绍在R语言中如何实现非房室模型分析。...我们需要用到R包PKNCA。 首先包的安装需要:install.packages(“PKNCA”)。...，可以给出达到稳定状态所需的所有剂量时间。

    3.5K42

    Logistic回归模型、应用建模案例

    logistic回归的公式可以表示为： 其中P是响应变量取1的概率，在0-1变量的情形中，这个概率就等于响应变量的期望。...模型预测的结果是得到每一个样本的响应变量取1的概率，为了得到分类结果，需要设定一个阈值p0——当p大于p0时，认为该样本的响应变量为1，否则为0。阈值大小对模型的预测效果有较大影响，需要进一步考虑。...一般情况下，我们比较关注响应变量取1的情形，将其称为Positive（正例），而将响应变量取0的情形称为Negative（负例）。常见的例子包括生物实验的响应、营销推广的响应以及信用评分中的违约等等。...2）lift曲线 在营销推广活动中，我们的首要目标并不是尽可能多地找出那些潜在客户，而是提高客户的响应率。客户响应率是影响投入产出比的重要因素。...',ylab='病人静止概率',xlab='麻醉剂量') lines(y~x,lty=2,col='blue') 案例二：利用iris数据集，进行逻辑回归二分类测试，该数据集是R语言自带得数据集，包括四个属性

    3.2K40

    药物敏感性分析之pRRophetic

    ，训练集和测试集分别进行quantile-normalization, 去除方差低的基因，用每个基因作为预测变量，药物的IC50作为结果变量拟合岭回归，然后使用拟合好的模型对新的数据进行预测。...这个包就可以帮你做这样的事情，而且只需要你提供自己的表达矩阵即可，它默认会使用cgp2014的数据作为训练集建立模型，然后对你的表达矩阵进行预测，这样你就可以得到每个样本的IC50值。...加载R包： library(pRRophetic) 在预测对某个药物的敏感性前，最好先评估数据的正态性，因为CGP中的许多药物的IC50并不是呈正态分布的，此时是不适合使用线性模型的。...，就是每个样本的IC50值： head(predictedPtype) ## GSM246523 GSM246524 GSM246525 GSM246526 GSM246527 GSM246528 #...0.42，还给出了P值、R^2、预测错误率等信息，可以画个图展示下真实结果和预测结果： plot(cvOut) 使用CCLE示例数据 CCLE中只有24个药物，500+细胞系，用的很少，数据量比CGP

    1.6K40

    RNAseq|Lasso构建预后模型，绘制风险评分的KM 和 ROC曲线

    先将riskscore进行二分类，常见的是按照中位数（median）分为高风险组和低风险组，也有按照1/4进行区分，也可以使用最优cutoff方式R生存分析|关心的变量KM曲线不显著，还有救吗？...break.x.by = 720#横坐标间隔 ) lasso_KM 更多参数设置详见 R|生存分析 - KM曲线 ，必须拥有姓名和颜值 2，...ROC曲线 ROC（Receiver Operating Characteristic Curve），主要是用来确定一个模型的阈值，同时在一定程度上也可以衡量这个模型的好坏。...使用ROC 曲线可以比较直观的展示模型的好坏，处于ROC 曲线下方的那部分面积的大小越大越好，也就是Area Under roc Curve(AUC)值。...◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 更多精心内容详见：精心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化（R统计，ggplot2绘图，生信图形可视化汇总）

    7.3K73

    . | 基于PKPD建模的深度学习从早期数据预测患者的反应时间过程

    血小板减少是T-DM1的剂量限制毒性，从而需要减少和延迟剂量给药。 神经常微分方程(Neural-ODE)方法非常适合时间序列分析，特别是在PK/PD设置中，因为剂量和测量时间都可能是不规则的。...2 结果 模型概述 作者通过对以下标准PK/PD假设进行编码，将PK/PD的基本原理合并到文中的neural-PK/PD体系结构中(图1)：(1)PK的动态由给药驱动而与PD无关；(2)PD的动态既受PK...图4表明neural-PK/PD模型使用预测性能的r2和RMSE度量都超过了前者。...图5中所示的模拟结果显示，与Q1W（once every week）给药相比，Q3W（once every 3 week）给药中血小板计数的峰谷摆动更大，但具有相当的最低值，与pop-PK/PD模拟结果一致...模型预测基准 确保在R2和RMSE方面，pop-PK/PD和Neural-PK/PD都以相同的方式与测试患者的基础血小板数据进行比较。

    1.1K10

    2017年11月R新包推荐

    科学 1）benthos v1.3-4: 为分析海洋底栖生物数据，提供数据预处理工具和生物多样性度量工具. 2）nlmixr v0.9.0-1: 在药物动力学和药效学中，提供了常见的弹性剂量信息的微分方程非线性混合效应模型的拟合和比较函数.... 3）PCRedux v0.2.5-1: 提供了提取聚合酶链反应(qPCR)放大曲线数据的功能....7）probout v1.0: 提供函数来估计多变量数值数据的非监督离群概率，并通过非参数离群统计量进行观测. 8）quokar v0.1.0: 为分位数回归模型提供诊断方法，包括检测有影响的观测值...Robust Distance-Residual Plot 10）trialr v0.0.1: 提供一个贝叶斯临床试验设计的展示，在RStan包和R中实现，同时包含第一次在R中实现的一些设计 (例如：...可视化 1）ALEPlot v1.0: 在黑箱监督学习模型中，提供了可视化个体预测变量的主要影响和二阶交互影响的功能 2）dbplot v0.1.1: 利用dplyr包处理数据库内的图形计算功能.

    89380

    R语言实现逻辑回归模型

    密度图可用于识别预测变量相对于彼此的分布以及响应变量，使用ggplot2绘制关于balance特征密度直方图，如图1。...summary结果一样，将获得有关残差相关的信息，以及预测变量的显着性估计，logisitic回归框架中p值的解释与线性回归模型的p值相同。...评估分类模型最常见的事情可能是使用交叉表将实际响应值与预测响应值进行比较，交叉表通常称为混淆矩阵。...我们可以使用pROC包中的roc（）函数为的预测生成ROC曲线，roc()函数的第一个参数是数据集的真实标签，第二个参数是模型的预测结果，第三个参数plot需要输入一个逻辑值，用以表明是否需要绘制ROC...AUC（曲线下面积）用于量化ROC的轮廓，从图4中可以看到，AUC的值为0.952，模型效果很不错。 注： 本文选自于清华大学出版社出版的《深入浅出R语言数据分析》一书的小节，略有改动。

    4.7K20
    点击加载更多

    扫码

    添加站长 进交流群

    领取专属 10元无门槛券

    手把手带您无忧上云

    扫码加入开发者社群

    相关资讯

    热门标签

    更多标签

    活动推荐

      运营活动

      活动名称
      广告关闭

      腾讯云开发者

      扫码关注腾讯云开发者

      扫码关注腾讯云开发者

      领取腾讯云代金券

      热门产品

      热门推荐

      更多推荐

      Copyright © 2013 - 2024 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有

      深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 深公网安备号 44030502008569

      腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号 | 京公网安备号11010802020287

      领券