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使用图生成多任务模型缩小基于靶标和基于细胞的药物发现之间的差异

另一个原因是体外纯化的靶酶与体内天然靶酶之间的差异,蛋白质结构可能因体外和体内环境而异,从而改变药物与靶蛋白之间的结合亲和力。...针对SARS-CoV-2的药物开发,作者提出一种框架来缩小基于靶标和基于细胞的药物发现之间的差异。如图 1 所示,框架包括两部分:预测器和生成器。...表1. 3CLpro 和抗病毒数据集的模型性能比较 靶点抑制化合物和细胞活性化合物之间的差异 有研究表明3CLpro抑制作用与抗病毒作用之间没有普遍的相关性,即化合物对3CLpro的高抑制活性不能保证其抗病毒作用...作者希望通过MATIC模型提取在 3CL 和抗病毒任务中重要的子结构,然后使用这些子结构生成新的多属性分子。为了缩小不同任务之间侧重不同的功能组的差异,作者使用了多种多目标分子优化的方法。...;第三,作者提出了一个图多任务深度学习模型MATIC,来预测体外和体内都有效的化合物;最后,作者提出了一种基于强化学习的生成模型来生成新的多属性化合物,从而缩小了基于靶标和基于细胞的药物发现之间的差异。

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SkyPilot:构建在多云之上的 ML 和数据科学,可节约 3 倍以上成本

如何很好的利用地区之间的巨大价格差异,或者不同云厂商之间更大的价格差异来降低成本? 如果云上有一个简单、统一的 ML 和数据科学接口,具有成本效益、容错性、多区域和多云,是不是会更好?...SkyPilot 项目介绍 SkyPilot,由加州大学伯克利分校的 Sky Computing 实验室主导研发的一个开源框架,用于在任何云上无缝且经济高效地运行 ML 和数据科学批处理作业。...它被 10 多个组织用于各种用例,包括:GPU/TPU 模型训练(成本节省 3 倍)、分布式超参数调优以及 100 多个 CPU 抢占实例上的生物信息学批处理作业(在持续使用的基础上成本节省 6.5 倍...CPU 抢占实例上的生物信息学批处理作业,成本节省 6.5 倍 生物研究所 Salk 的科学家们一直在使用 SkyPilot 在抢占实例上运行每周定期执行的批处理作业任务。...在 2022 年底时,Azure 拥有最便宜的 NVIDIA A100 GPU 实例,GCP 和 AWS 分别收取 8% 和 20% 的溢价。 图片 相同配置硬件的云价格差异。

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    使用Kubernetes和容器扩展Spinnaker

    ,我们将讨论运行作业阶段,以及它如何使团队能够使用Kubernetes和容器的功能扩展Spinnaker。...关于批处理作业 当涉及到自动化工作流中的任务时,批处理作业是一个强大的工具。批处理作业通常用于处理大量数据,可以用于任何需要定期或突发运行的任务,而传统的“持久”工作负载则需要始终可用。...批处理作业具有一些特性,使它们不仅仅适合数据处理。 批处理作业可以用任何语言编写,使团队中的任何工程师都可以访问它们。...使用Kubernetes作业,我们将执行两个步骤 从Github中取出应用程序的源代码 构建并将Docker镜像推送到Dockerhub 下面是我们将用来完成此任务的作业规范。...使Job可重用 Run Job阶段提供了几乎无限的灵活性,因为它允许我们使用任何语言扩展Spinnaker。但是,上述方法的缺点之一是不容易在管道之间移植。

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    Volcano火山:容器与批量计算的碰撞

    最近比较有名的例子应该算是 Tensorflow 的 "ps-work模式" 和 ring all-reduce 了,各个子任务之间需要大量的数据交换和信息同步,单独的子任务无法独立完成。...由于简单并行的作业一般会有大量的子任务,而且每个子任务所需要的资源相对一致,子任务之间也没有通信和同步;使得资源的复用率相对比较高,因此二次调度在这种场景下能发挥比较大的作用;Hadoop的YARN,Symphony...但是在面对复杂并行的作业时,二次调度就显得有也吃力;复杂并行作业一般并没有太多的子任务,子任务之间还经常需要同时启动,子任务之间的通信拓扑也可能不同 (e.g. ps/worker, mpi),而且作业与作业之间对资源的需求差异较大...常见调度场景 组调度 (Gang-scheduling) 运行批处理作业(如Tensorflow/MPI)时,必须协调作业的所有任务才能一起启动;否则,将不会启动任何任务。...队列 (Queue) 队列还广泛用于共享弹性工作负载和批处理工作负载的资源。

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    深入解析Spring Batch:企业级批处理框架的技术之旅

    Spring Batch提供了大量可重用的组件,包括日志、追踪、事务、任务作业统计、任务重启、跳过、重复、资源管理,能够支持简单的、复杂的和大数据量的批处理作业,同时也提供了优化和分片技术用于实现高性能的批处理任务...二、Spring Batch的核心概念 Job:作业是批处理的核心概念,它代表了一个完整的批处理任务。一个作业由一个或多个步骤(Step)组成,这些步骤按照特定的顺序执行。...开发者根据具体需求编写作业配置、定义步骤、读写器等。 核心层:提供了启动和管理批处理作业的运行环境。...配置作业启动器:配置JobLauncher来启动和管理作业的执行。可以通过命令行、REST API或定时任务等方式触发作业启动。 运行和监控作业:启动应用程序后,可以运行和监控批处理作业的执行情况。...大规模并行批处理:对于需要处理大量数据的情况,Spring Batch提供了优化和分片技术,以实现高性能的批处理任务。 5.

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    2.5.5 作业和进程的关系

    进程是系统资源的使用者,系统的资源的大部分都是以进程为单位分配的。而用户使用计算机是为了实现一串相关的任务,通常把用户要求计算机完成的这一串任务成为作业。...(1)批处理系统中作业与进程的关系(进程组织) 批处理系统中的可以通过磁记录设备或卡片机向系统提交批作业,由于系统的spooling输入进程将作业放在磁盘的输入井中,作为后备作业。...至此,一道进入运行的作业全部结束。 (2)分时系统中作业与进程的关系 在分时系统中,作业的提交方法,组织形式均与批处理作业有很大差异。分时系统的用户通过命令语言逐条与系统应答式地输入命令,提交作业步。...(3)交互地提交批作业 在同时支持交互和批处理的操作系统中,人们可以用交互的方式准备好批作的有关程序,数据及作业控制说明书。...这时,用交互系统提供的全屏编辑命令编辑好将要提交的作业控制说明书文件,如windows系统BAT文件和linux系统的sh文件。然后用一条 作业提交命令将作业提交给系统作业队列中。

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    【译】A Deep-Dive into Flinks Network Stack(1)

    与通过Akka使用RPC的TaskManagers和JobManagers之间的协调通道相比,TaskManagers之间的网络堆栈依赖于使用Netty的低得多的API。...我们将简要介绍这些优化的结果以及Flink在吞吐量和延迟之间的权衡。 本系列中的未来博客文章将详细介绍监控和指标,调整参数和常见的反模式。...批处理作业生成有界结果分区,而流式处理作业产生无限结果。 批处理作业也可能以阻塞方式产生结果,具体取决于所使用的运算符和连接模式。 在这种情况下,必须先生成完整的结果,然后才能安排接收任务。...这允许批处理作业更有效地工作并且资源使用更少。 批处理作业也可能以阻塞方式产生结果,具体取决于所使用的运算符和连接模式。 在这种情况下,必须先生成完整的结果,然后才能安排接收任务。...要调整批处理作业中的输出类型和调度决策,请查看ExecutionConfig #setExecutionMode() - 特别是ExecutionMode - 以及ExecutionConfig #setDefaultInputDependencyConstraint

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    注意了,学习前端开发,可提高Web开发效率的15类工具

    可用的Web开发框架包括ASP.NET,JavaEE,WebObjects,web2py,OpenACS等。 2.协作工具 对于远程工作的团队,需要时刻保持联系和协作。...7.文本对比检查 Diff checkers 可以帮助您比较文件之间的差异,然后合并更改,帮助我们更直观的看见文本之间的差异。...10.任务批处理工具/包管理器 任务批处理工具有助于自动化工作流程。例如,你创建了一个任务,可以通过JavaScript编写的工具来自动化工作流程。...除此之外,还可以新建和组合任务,使用任务管理器缩短开发时间,加快开发速率。 另一方面,包管理器也是很重要的,它可以跟踪所有软件,确保这些软件都更新至最新版本,拥有最强的功能。...编程语言被设计为开发人员或程序员和计算机之间的桥梁,并帮助程序员创建我们每天使用的程序。比较流行的编程语言包括JavaScript,NodeJS,Python,Ruby等。

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    Spring Batch 批处理(1) - 简介及使用场景

    官网详细介绍:https://spring.io/projects/spring-batch 架构组件分类 * Application(应用层):包含开发者应用Spring-batch编写的所有批处理作业和自定义代码...; Batch Core(核心层):包含加载和控制批处理作业所必需的核心类,它包含了Job,Step,JobLauncher的实现; Infrastructure(基础架构层):基础架构层包含了...丰富的流程定义 支持顺序任务、条件分支任务、基于这两种任务可以组织复杂的任务流程。 健壮的批处理应用 支持作业的跳过、重试、重启能力、避免因错误导致批处理作业的异常中断。...我们可以将任务分成多个批处理或者多个步骤去实现。 3、保证数据处理和物理数据紧密相连。笼统的说就是我们在处理数据的过程中有很多步骤,在某些步骤执行完时应该就写入数据,而不是等所有都处理完。...概念说明可见下表: 领域对象 描述 JobRepository 作业仓库,保存Job、Step执行过程中的状态及结果 JobLauncher 作业执行器,是执行Job的入口 Job 一个批处理任务,由一个或多个

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    一篇文章全面解析大数据批处理框架Spring Batch

    : 定期提交批处理任务(日终处理) 并行批处理:并行处理任务 企业消息驱动处理 大规模的并行处理 手动或定时重启 按顺序处理依赖的任务(可扩展为工作流驱动的批处理) 部分处理:忽略记录(例如在回滚时)...完整的批处理事务 与OLTP类型交易不同,批处理作业两个典型特征是批量执行与自动执行(需要无人值守):前者能够处理大批量数据的导入、导出和业务逻辑计算;后者无需人工干预,能够自动化执行批量任务。...通过Spring Batch框架可以构建出轻量级的健壮的并行处理应用,支持事务、并发、流程、监控、纵向和横向扩展,提供统一的接口管理和任务管理。 ?...请求和返回之间的传输会被确保在发送者和单个消费者之间。...企业需要统一的批处理平台来处理复杂的企业批处理应用,批处理平台需要解决作业的统一调度、批处理作业的集中管理和管控、批处理作业的统一监控等能力。 那完美的解决方案是什么呢?

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    Spring batch批量处理框架最佳实践

    .SpringBatch基于POJO和Spring框架,相当容易上手使用,让开发者很容易地访问和利用企业级服务.spring batch具有高可扩展性的框架,简单的批处理,复杂的大数据批处理作业都可以通过...: 定期提交批处理任务(日终处理) 并行批处理:并行处理任务 企业消息驱动处理 大规模的并行处理 手动或定时重启 按顺序处理依赖的任务(可扩展为工作流驱动的批处理) 部分处理:忽略记录(例如在回滚时)...完整的批处理事务 与OLTP类型交易不同,批处理作业两个典型特征是批量执行与自动执行(需要无人值守):前者能够处理大批量数据的导入、导出和业务逻辑计算;后者无需人工干预,能够自动化执行批量任务。...请求和返回之间的传输会被确保在发送者和单个消费者之间。...企业需要统一的批处理平台来处理复杂的企业批处理应用,批处理平台需要解决作业的统一调度、批处理作业的集中管理和管控、批处理作业的统一监控等能力。 那完美的解决方案是什么呢?

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    深度解读!新一代大数据引擎Flink厉害在哪?(附实现原理细节)

    当作业执行完成后,批处理系统会将最终的结果存储到持久介质中。由于批处理是离线计算,且大数据量的处理往往耗时较久,所以批处理适合于对时效性要求没那么高的场景。...批处理和流处理的差异主要体现在:首先,流处理中的数据集是“无边界”的;其次,流处理中的数据不一定是持久化的,有可能是业务系统实时产生的。...每一个TM还包含一个CommunicationManager(多个任务之间共享)和一个MemoryManager(也是多个任务之间共享)。TM之间通过TCP连接进行通信。...这里需要强调的是,在Flink中,一个TaskManager内的多个任务和另一个TaskManager内的多个任务之间复用同一个网络连接来实现通信(同一个TaskManager内部的任务之间也可能需要通信...作业在执行时,每个事件以执行source运算符对应的任务的节点的当前时钟作为时间戳。摄入时间介于事件时间和处理时间之间。跟处理时间相比,其开销会稍微大一点,但会更接近正确的结果。

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    spring batch精选,一文吃透spring batch

    : 定期提交批处理任务(日终处理) 并行批处理:并行处理任务 企业消息驱动处理 大规模的并行处理 手动或定时重启 按顺序处理依赖的任务(可扩展为工作流驱动的批处理) 部分处理:忽略记录(例如在回滚时)...完整的批处理事务 与OLTP类型交易不同,批处理作业两个典型特征是批量执行与自动执行(需要无人值守):前者能够处理大批量数据的导入、导出和业务逻辑计算;后者无需人工干预,能够自动化执行批量任务。...通过Spring Batch框架可以构建出轻量级的健壮的并行处理应用,支持事务、并发、流程、监控、纵向和横向扩展,提供统一的接口管理和任务管理。...请求和返回之间的传输会被确保在发送者和单个消费者之间。...企业需要统一的批处理平台来处理复杂的企业批处理应用,批处理平台需要解决作业的统一调度、批处理作业的集中管理和管控、批处理作业的统一监控等能力。 那完美的解决方案是什么呢?

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    学习Flink,看这篇就够了

    当作业执行完成后,批处理系统会将最终的结果存储到持久介质中。由于批处理是离线计算,且大数据量的处理往往耗时较久,所以批处理适合于对时效性要求没那么高的场景。...批处理和流处理的差异主要体现在:首先,流处理中的数据集是“无边界”的;其次,流处理中的数据不一定是持久化的,有可能是业务系统实时产生的;再次,流式计算常常需要处理业务系统实时产生的数据,而并非已就绪。...每一个TM还包含一个CommunicationManager(多个任务之间共享)和一个MemoryManager(也是多个任务之间共享)。TM之间通过TCP连接进行通信。...这里需要强调的是,在Flink中,一个TaskManager内的多个任务和另一个TaskManager内的多个任务之间复用同一个网络连接来实现通信(同一个TaskManager内部的任务之间也可能需要通信...作业在执行时,每个事件以执行source运算符对应的任务的节点的当前时钟作为时间戳。摄入时间介于事件时间和处理时间之间。跟处理时间相比,其开销会稍微大一点,但会更接近正确的结果。

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    操作系统笔记【入门概述】

    缺点:在作业的输入和执行结果的输出过程中,主机CPU仍处在停止等待状态,这样慢速的输入输出设备和快速主机之间仍处于串行工作,CPU的时间仍有很大的浪费 ② 脱机批处理 脱机批处理为了解决上面的浪费情况...” 指的是输入输出的方式,而 “ 单道程序 ” 和 “ 多道程序 ” 指的是外设与主机之间的数据传输方式 E:单/多道批处理系统 ① 单道批处理系统 在批处理中,操作员把用户提交的作业分类,把一批中的作业编成一个作业执行序列...,调度一切可利用的资源完成实时任务,并控制所有实时任务协调一致运行的操作系统。...例如,将实时处理和批处理相结合构成实时批处理系统 首先保证优先处理任务,插空进行批作业处理。通常把实时任务称为前台作业,批处理作业称为后台作业。...,以及实现设备独立性 通道、控制器、输入输出设备的分配和管理:设备管理的任务就是根据一定的分配策略,把通道、控制器和输入输出设备分配给请求输入输出操作的程序,并启动设备完成实际的输入输出操作。

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    Spark背景知识学习

    本文主要总结Spark及其生态圈,包括spark概述,产生背景,特点,以及与Hadoop的差异等,希望读者能从概念层面对spark有一个直观的认识。...②MapReduce中的Map作业和Reduce都是基于进程的,而进程的启动和销毁都有一定的开销。spark中作业是基于线程池的,任务启动的开销要比Hadoop快。 2....2.框架多样化 在spark之前,有很多框架用于处理不同的任务。主要可以分为以下几种: ① 批处理(或者称之为离线处理)框架,如MapReduce、Hive、Pig。...如上图所示: MapReduce执行时,从HDFS读取数据,结果写入到HDFS,下一个作业再从HDFS读数据,处理完之后再写回去。多个作业之间的数据共享借助于HDFS完成。...在yarn之上,可以运行各种作业,如批处理的MR,流处理的Storm,S4,内存计算的spark任务。 我们看到,Hadoop和Spark在生产生是相辅相成的,各自的模块负责各自的功能。

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    Spring Cloud Data Flow 2.3 正式发布

    这一版本的主要亮点包括:增加一项新的原生功能,即支持基于非预测型流量模式自动扩展流式应用;针对任务应用提供持续交付;批处理作业;以及组合任务等一系列亮点功能。...我们延续了这项成果,将其扩展到简单任务、批处理作业和组合任务,当然它在黄金时段也适用哦! Prometheus监控 重新设计的Prometheus监控集群现已推出。...从开发人员的角度讲,任务/批处理作业的开发要经历典型的工作流程,包括编写代码、测试和迭代。但是,从部署角度看,任务/批处理作业应用的逐步改进通常是离线进行的。...4、新添加的调度组件在随后的任务启动时,能够再次以智能方式确定最近的应用版本(如果有),并重复利用任务/批处理作业的现有元数据。 5、可以使用更新版本的任务/批处理作业应用重启任务或组合任务的定义。...集成,以监控和跟踪任务/批处理作业指标。

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    操作系统学习笔记-1:基础概念

    2.2 单道批处理系统 单道批处理系统通过连续处理尽可能地减少机器的空闲等待时间,但存在 CPU 和 IO 使用忙闲不均(总有一个人没做事)的情况,仍然没有做到充分利用资源。...2.3 多道程序批处理系统 作业存放在外存,形成“后备队列”,由作业调度程序选择若干个作业调入内存,使他们共享 CPU 和系统资源。由于有多道程序,可以及时补位 CPU 的空闲。.../作业都是公平的,循环地为它们执行一个时间片,不区分轻重缓急,因此不能优先处理紧急任务。...这里要注意和分时系统的区别:实时系统能够及时响应外部事件的请求,指的是紧急任务可以不需要时间片的排队而优先得到处理。 实时任务: 任务是否周期性?...> 物理地址 内存扩充:借助虚拟存储技术,从逻辑上进行内存扩充 4.3 设备管理功能 缓冲管理:在 I/O 和 CPU 之间引入缓冲,提高资源利用率和系统吞吐量。

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